ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53359

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 4, 2, 6, 7, 4, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.006, 0.018, 0.029, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.006, 0.018, 0.031, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.005, 0.019, 0.032, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.003, 0.018, 0.034, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.018 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.007, 0.024, 0.040, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.024 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.013, 0.038, 0.062, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.038 std_dev=0.025
O4 A 0, 0.019, 0.078, 0.136, 0.293 max_d=0.293 avg_d=0.078 std_dev=0.059
C2' A 0, 0.088, 0.215, 0.341, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.215 std_dev=0.126
O4' A 0, 0.054, 0.190, 0.326, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.190 std_dev=0.136
C4 B 0, 0.195, 0.369, 0.543, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.369 std_dev=0.174
C5 B 0, 0.152, 0.329, 0.505, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.329 std_dev=0.177
O2' A 0, 0.104, 0.281, 0.459, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.281 std_dev=0.178
C4' A 0, 0.092, 0.284, 0.476, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.284 std_dev=0.192
N9 B 0, 0.297, 0.491, 0.685, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.491 std_dev=0.194
C3' A 0, 0.157, 0.356, 0.555, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.356 std_dev=0.199
C6 B 0, 0.127, 0.328, 0.529, 0.772 max_d=0.772 avg_d=0.328 std_dev=0.201
C2 B 0, 0.141, 0.344, 0.547, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.344 std_dev=0.203
N1 B 0, 0.155, 0.360, 0.565, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.360 std_dev=0.205
C8 B 0, 0.298, 0.503, 0.709, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.503 std_dev=0.205
N7 B 0, 0.197, 0.405, 0.613, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.405 std_dev=0.208
N3 B 0, 0.151, 0.361, 0.571, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.361 std_dev=0.210
N6 B 0, 0.150, 0.409, 0.668, 0.965 max_d=0.965 avg_d=0.409 std_dev=0.259
O5' A 0, 0.166, 0.455, 0.744, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.455 std_dev=0.289
C1' B 0, 0.315, 0.608, 0.901, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.608 std_dev=0.293
O3' A 0, 0.257, 0.551, 0.846, 1.460 max_d=1.460 avg_d=0.551 std_dev=0.294
C5' A 0, 0.124, 0.488, 0.852, 1.674 max_d=1.674 avg_d=0.488 std_dev=0.364
P A 0, 0.217, 0.597, 0.977, 1.576 max_d=1.576 avg_d=0.597 std_dev=0.380
O4' B 0, 0.437, 0.904, 1.371, 2.267 max_d=2.267 avg_d=0.904 std_dev=0.467
C2' B 0, 0.475, 1.014, 1.553, 2.174 max_d=2.174 avg_d=1.014 std_dev=0.539
C3' B 0, 0.549, 1.158, 1.767, 2.502 max_d=2.502 avg_d=1.158 std_dev=0.609
C4' B 0, 0.525, 1.150, 1.775, 3.011 max_d=3.011 avg_d=1.150 std_dev=0.625
O2' B 0, 0.708, 1.369, 2.031, 3.168 max_d=3.168 avg_d=1.369 std_dev=0.661
OP2 A 0, 0.205, 0.954, 1.703, 3.395 max_d=3.395 avg_d=0.954 std_dev=0.749
C5' B 0, 0.768, 1.733, 2.699, 5.015 max_d=5.015 avg_d=1.733 std_dev=0.966
O3' B 0, 0.494, 1.484, 2.474, 3.619 max_d=3.619 avg_d=1.484 std_dev=0.990
OP1 A 0, 0.128, 1.124, 2.119, 2.923 max_d=2.923 avg_d=1.124 std_dev=0.996
O5' B 0, 0.432, 1.478, 2.524, 4.317 max_d=4.317 avg_d=1.478 std_dev=1.046
P B 0, 0.545, 1.999, 3.454, 4.630 max_d=4.630 avg_d=1.999 std_dev=1.455
OP2 B 0, 0.671, 2.320, 3.969, 5.105 max_d=5.105 avg_d=2.320 std_dev=1.649
OP1 B 0, 0.440, 2.433, 4.426, 7.293 max_d=7.293 avg_d=2.433 std_dev=1.993

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.08 0.21 0.34 0.14
C2 0.02 0.00 0.06 0.09 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.09 0.02 0.04 0.14 0.53 0.24 0.16
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.07 0.02 0.09 0.02 0.08 0.03 0.06 0.11 0.00 0.02 0.09 0.01 0.12 0.16 0.16 0.10
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.15 0.00 0.16 0.02 0.14 0.08 0.12 0.11 0.02 0.01 0.17 0.02 0.17 0.21 0.11 0.13
C4 0.03 0.01 0.07 0.15 0.00 0.08 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.18 0.01 0.05 0.19 0.79 0.30 0.20
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.08 0.04 0.06 0.05 0.06 0.02 0.10 0.01 0.01 0.21 0.33 0.05
C5 0.03 0.01 0.09 0.16 0.01 0.10 0.00 0.17 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.20 0.02 0.06 0.19 0.77 0.27 0.19
C5' 0.03 0.10 0.02 0.02 0.16 0.01 0.17 0.00 0.14 0.09 0.13 0.08 0.05 0.03 0.18 0.02 0.01 0.37 0.35 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.14 0.01 0.08 0.01 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.16 0.02 0.06 0.16 0.59 0.19 0.16
N1 0.01 0.01 0.03 0.08 0.02 0.04 0.02 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.08 0.03 0.02 0.13 0.45 0.24 0.15
N3 0.02 0.01 0.06 0.12 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.13 0.01 0.04 0.17 0.68 0.25 0.18
O2 0.04 0.00 0.11 0.11 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.13 0.02 0.05 0.13 0.44 0.28 0.16
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.07 0.06 0.06 0.05 0.06 0.04 0.08 0.14 0.00 0.05 0.08 0.05 0.06 0.15 0.24 0.06
O3' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.18 0.02 0.20 0.03 0.16 0.08 0.13 0.13 0.05 0.00 0.22 0.02 0.18 0.40 0.22 0.19
O4 0.03 0.02 0.09 0.17 0.01 0.10 0.02 0.18 0.02 0.03 0.01 0.02 0.08 0.22 0.00 0.05 0.20 0.87 0.37 0.22
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.05 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.04 0.05 0.05 0.02 0.05 0.00 0.10 0.12 0.49 0.17
O5' 0.08 0.14 0.12 0.17 0.19 0.01 0.19 0.01 0.16 0.13 0.17 0.13 0.06 0.18 0.20 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.21 0.53 0.16 0.21 0.79 0.21 0.77 0.37 0.59 0.45 0.68 0.44 0.15 0.40 0.87 0.12 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.34 0.24 0.16 0.11 0.30 0.33 0.27 0.35 0.19 0.24 0.25 0.28 0.24 0.22 0.37 0.49 0.02 0.03 0.00 0.01
P 0.14 0.16 0.10 0.13 0.20 0.05 0.19 0.02 0.16 0.15 0.18 0.16 0.06 0.19 0.22 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.13 0.22 0.45 0.10 0.28 0.10 0.54 0.13 0.17 0.16 0.09 0.18 0.13 0.13 0.56 0.41 0.22 0.68 1.12 1.24 0.88
C2 0.15 0.11 0.23 0.44 0.09 0.28 0.09 0.53 0.14 0.17 0.15 0.09 0.21 0.13 0.13 0.53 0.39 0.23 0.65 1.08 1.21 0.84
C2' 0.18 0.20 0.25 0.48 0.15 0.30 0.15 0.55 0.20 0.19 0.22 0.16 0.24 0.17 0.17 0.52 0.45 0.23 0.75 1.18 1.27 0.95
C3' 0.23 0.21 0.31 0.54 0.18 0.35 0.18 0.60 0.21 0.23 0.23 0.18 0.25 0.19 0.21 0.54 0.55 0.28 0.74 1.18 1.29 0.92
C4 0.20 0.13 0.35 0.50 0.12 0.37 0.13 0.68 0.17 0.17 0.16 0.12 0.22 0.13 0.16 0.64 0.59 0.36 0.68 1.21 1.38 0.94
C4' 0.17 0.14 0.25 0.49 0.11 0.32 0.11 0.60 0.14 0.18 0.17 0.11 0.18 0.14 0.15 0.57 0.49 0.27 0.69 1.16 1.27 0.89
C5 0.19 0.12 0.35 0.51 0.11 0.38 0.12 0.71 0.15 0.17 0.15 0.11 0.21 0.12 0.16 0.66 0.63 0.36 0.70 1.26 1.43 0.98
C5' 0.23 0.16 0.29 0.52 0.16 0.39 0.15 0.69 0.16 0.22 0.18 0.15 0.20 0.18 0.20 0.60 0.56 0.36 0.70 1.20 1.34 0.92
C6 0.18 0.11 0.31 0.50 0.10 0.35 0.10 0.65 0.14 0.17 0.15 0.09 0.20 0.12 0.14 0.63 0.56 0.31 0.68 1.19 1.36 0.92
N1 0.15 0.12 0.25 0.47 0.09 0.30 0.09 0.57 0.14 0.16 0.15 0.09 0.19 0.12 0.13 0.57 0.45 0.25 0.67 1.12 1.26 0.87
N3 0.17 0.12 0.27 0.46 0.10 0.31 0.11 0.56 0.16 0.17 0.16 0.10 0.22 0.12 0.14 0.56 0.45 0.28 0.64 1.09 1.24 0.84
O2 0.15 0.12 0.18 0.41 0.10 0.26 0.10 0.47 0.13 0.18 0.15 0.10 0.19 0.16 0.14 0.48 0.33 0.20 0.67 1.08 1.15 0.85
O2' 0.18 0.24 0.23 0.44 0.18 0.30 0.18 0.55 0.22 0.20 0.26 0.20 0.25 0.18 0.18 0.53 0.41 0.23 0.79 1.25 1.29 1.02
O3' 0.25 0.25 0.33 0.58 0.20 0.40 0.20 0.64 0.24 0.24 0.28 0.22 0.29 0.21 0.23 0.52 0.59 0.30 0.82 1.25 1.33 0.99
O4 0.22 0.15 0.40 0.53 0.15 0.42 0.16 0.75 0.19 0.18 0.17 0.15 0.23 0.16 0.18 0.67 0.67 0.42 0.72 1.30 1.45 1.03
O4' 0.14 0.14 0.23 0.46 0.09 0.30 0.10 0.59 0.14 0.15 0.17 0.10 0.18 0.12 0.12 0.59 0.45 0.24 0.66 1.14 1.26 0.87
O5' 0.26 0.18 0.33 0.55 0.18 0.41 0.16 0.71 0.18 0.23 0.19 0.17 0.21 0.18 0.22 0.63 0.65 0.40 0.78 1.30 1.45 1.03
OP1 0.87 0.62 0.90 0.78 0.73 1.00 0.68 1.35 0.58 0.83 0.56 0.70 0.51 0.74 0.82 1.14 0.83 1.03 1.22 1.74 1.93 1.52
OP2 0.35 0.35 0.38 0.66 0.30 0.58 0.31 0.88 0.37 0.30 0.38 0.32 0.43 0.28 0.31 0.65 0.81 0.54 0.94 1.58 1.56 1.26
P 0.28 0.23 0.32 0.48 0.22 0.46 0.21 0.84 0.24 0.25 0.25 0.22 0.28 0.21 0.24 0.67 0.63 0.48 0.82 1.43 1.55 1.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.09 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.04 0.37 0.01 0.23 0.46 0.46 0.29
C2 0.04 0.00 0.25 0.16 0.01 0.22 0.01 0.36 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.38 0.66 0.29 0.60 1.12 0.88 0.90
C2' 0.01 0.25 0.00 0.01 0.14 0.03 0.08 0.23 0.13 0.13 0.20 0.25 0.10 0.08 0.04 0.00 0.06 0.03 0.46 0.61 0.62 0.47
C3' 0.03 0.16 0.01 0.00 0.15 0.01 0.23 0.04 0.22 0.33 0.18 0.15 0.27 0.33 0.17 0.02 0.01 0.04 0.36 0.58 0.37 0.37
C4 0.02 0.01 0.14 0.15 0.00 0.11 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.26 0.42 0.15 0.46 0.83 0.73 0.64
C4' 0.03 0.22 0.03 0.01 0.11 0.00 0.13 0.01 0.14 0.21 0.18 0.20 0.16 0.19 0.08 0.28 0.04 0.01 0.02 0.29 0.23 0.11
C5 0.01 0.01 0.08 0.23 0.00 0.13 0.00 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.32 0.30 0.08 0.52 0.93 0.87 0.72
C5' 0.09 0.36 0.23 0.04 0.22 0.01 0.29 0.00 0.31 0.41 0.34 0.31 0.35 0.39 0.21 0.11 0.22 0.02 0.01 0.24 0.27 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.22 0.01 0.14 0.01 0.31 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.35 0.38 0.14 0.59 1.08 0.96 0.86
C8 0.02 0.01 0.13 0.33 0.01 0.21 0.01 0.41 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.35 0.20 0.15 0.44 0.82 0.86 0.57
N1 0.03 0.00 0.20 0.18 0.01 0.18 0.01 0.34 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.37 0.54 0.23 0.63 1.17 0.97 0.94
N3 0.04 0.00 0.25 0.15 0.00 0.20 0.01 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.34 0.66 0.28 0.51 0.94 0.74 0.74
N6 0.02 0.01 0.10 0.27 0.01 0.16 0.01 0.35 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.38 0.32 0.11 0.62 1.14 1.04 0.90
N7 0.01 0.02 0.08 0.33 0.01 0.19 0.00 0.39 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.37 0.21 0.08 0.49 0.92 0.94 0.66
N9 0.00 0.01 0.04 0.17 0.01 0.08 0.01 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.20 0.25 0.02 0.36 0.66 0.66 0.46
O2' 0.04 0.38 0.00 0.02 0.26 0.28 0.32 0.11 0.35 0.35 0.37 0.34 0.38 0.37 0.20 0.00 0.09 0.18 0.40 0.61 0.57 0.45
O3' 0.37 0.66 0.06 0.01 0.42 0.04 0.30 0.22 0.38 0.20 0.54 0.66 0.32 0.21 0.25 0.09 0.00 0.23 0.33 0.73 0.50 0.46
O4' 0.01 0.29 0.03 0.04 0.15 0.01 0.08 0.02 0.14 0.15 0.23 0.28 0.11 0.08 0.02 0.18 0.23 0.00 0.14 0.43 0.40 0.28
O5' 0.23 0.60 0.46 0.36 0.46 0.02 0.52 0.01 0.59 0.44 0.63 0.51 0.62 0.49 0.36 0.40 0.33 0.14 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.46 1.12 0.61 0.58 0.83 0.29 0.93 0.24 1.08 0.82 1.17 0.94 1.14 0.92 0.66 0.61 0.73 0.43 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.46 0.88 0.62 0.37 0.73 0.23 0.87 0.27 0.96 0.86 0.97 0.74 1.04 0.94 0.66 0.57 0.50 0.40 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.29 0.90 0.47 0.37 0.64 0.11 0.72 0.02 0.86 0.57 0.94 0.74 0.90 0.66 0.46 0.45 0.46 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00