ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53360

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 5, 5, 6, 4, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.006, 0.012, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.007 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.005, 0.014, 0.024, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.014 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.011, 0.031, 0.051, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.031 std_dev=0.020
O4 A 0, 0.017, 0.076, 0.134, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.076 std_dev=0.059
N6 B 0, 0.200, 0.352, 0.504, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.352 std_dev=0.152
C6 B 0, 0.185, 0.342, 0.500, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.342 std_dev=0.157
C5 B 0, 0.154, 0.315, 0.475, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.315 std_dev=0.161
C4 B 0, 0.189, 0.371, 0.554, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.371 std_dev=0.183
N7 B 0, 0.139, 0.329, 0.519, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.329 std_dev=0.190
N1 B 0, 0.223, 0.429, 0.635, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.429 std_dev=0.206
N9 B 0, 0.219, 0.427, 0.635, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.427 std_dev=0.208
N3 B 0, 0.217, 0.427, 0.636, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.427 std_dev=0.209
C8 B 0, 0.186, 0.411, 0.636, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.411 std_dev=0.225
C2 B 0, 0.221, 0.450, 0.678, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.450 std_dev=0.228
C1' B 0, 0.288, 0.525, 0.763, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.525 std_dev=0.238
O4' A 0, 0.000, 0.357, 0.714, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.357 std_dev=0.357
C2' A 0, -0.017, 0.388, 0.793, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.388 std_dev=0.405
O4' B 0, 0.425, 0.874, 1.322, 2.045 max_d=2.045 avg_d=0.874 std_dev=0.449
O5' A 0, 0.210, 0.698, 1.186, 1.472 max_d=1.472 avg_d=0.698 std_dev=0.488
C4' A 0, -0.042, 0.565, 1.172, 1.668 max_d=1.668 avg_d=0.565 std_dev=0.607
C2' B 0, 0.468, 1.096, 1.724, 2.368 max_d=2.368 avg_d=1.096 std_dev=0.628
C3' B 0, 0.483, 1.157, 1.832, 2.363 max_d=2.363 avg_d=1.157 std_dev=0.675
C3' A 0, -0.132, 0.546, 1.224, 1.758 max_d=1.758 avg_d=0.546 std_dev=0.678
P A 0, 0.407, 1.088, 1.768, 2.027 max_d=2.027 avg_d=1.088 std_dev=0.680
O2' A 0, -0.012, 0.679, 1.369, 2.028 max_d=2.028 avg_d=0.679 std_dev=0.690
C5' A 0, 0.084, 0.778, 1.473, 2.131 max_d=2.131 avg_d=0.778 std_dev=0.694
C4' B 0, 0.453, 1.175, 1.898, 2.530 max_d=2.530 avg_d=1.175 std_dev=0.722
OP2 A 0, 0.492, 1.224, 1.955, 2.198 max_d=2.198 avg_d=1.224 std_dev=0.731
O3' B 0, 0.546, 1.311, 2.076, 2.614 max_d=2.614 avg_d=1.311 std_dev=0.765
OP1 A 0, 0.451, 1.448, 2.445, 3.041 max_d=3.041 avg_d=1.448 std_dev=0.997
O2' B 0, 0.439, 1.524, 2.610, 3.992 max_d=3.992 avg_d=1.524 std_dev=1.085
O3' A 0, -0.336, 0.764, 1.864, 2.744 max_d=2.744 avg_d=0.764 std_dev=1.100
O5' B 0, 0.598, 1.787, 2.977, 5.953 max_d=5.953 avg_d=1.787 std_dev=1.190
C5' B 0, 0.307, 1.586, 2.865, 4.737 max_d=4.737 avg_d=1.586 std_dev=1.279
P B 0, 0.579, 2.142, 3.706, 8.154 max_d=8.154 avg_d=2.142 std_dev=1.563
OP2 B 0, 0.421, 2.076, 3.730, 8.398 max_d=8.398 avg_d=2.076 std_dev=1.654
OP1 B 0, 0.435, 2.326, 4.217, 10.550 max_d=10.550 avg_d=2.326 std_dev=1.891

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.32 0.01 0.00 0.36 0.32 0.16 0.14
C2 0.01 0.00 0.19 0.24 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.15 0.16 0.01 0.12 0.47 0.31 0.28 0.22
C2' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.03 0.01 0.12 0.19 0.16 0.02 0.14 0.32 0.00 0.02 0.04 0.02 0.71 0.91 0.64 0.64
C3' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.37 0.00 0.36 0.01 0.30 0.22 0.32 0.16 0.01 0.00 0.39 0.02 0.36 0.76 0.15 0.35
C4 0.01 0.01 0.03 0.37 0.00 0.13 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.36 0.11 0.00 0.02 0.56 0.34 0.37 0.30
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.13 0.00 0.19 0.00 0.19 0.08 0.07 0.08 0.30 0.02 0.14 0.00 0.01 0.27 0.29 0.07
C5 0.01 0.01 0.12 0.36 0.00 0.19 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.43 0.18 0.01 0.09 0.56 0.35 0.37 0.31
C5' 0.07 0.05 0.19 0.01 0.13 0.00 0.19 0.00 0.17 0.05 0.06 0.11 0.10 0.20 0.15 0.01 0.01 0.31 0.42 0.01
C6 0.01 0.01 0.16 0.30 0.01 0.19 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.38 0.11 0.01 0.13 0.54 0.35 0.31 0.27
N1 0.00 0.01 0.02 0.22 0.01 0.08 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.10 0.01 0.01 0.48 0.33 0.25 0.21
N3 0.01 0.00 0.14 0.32 0.00 0.07 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.24 0.05 0.01 0.09 0.52 0.32 0.33 0.26
O2 0.01 0.00 0.32 0.16 0.01 0.08 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.18 0.31 0.02 0.20 0.42 0.30 0.24 0.19
O2' 0.02 0.15 0.00 0.01 0.36 0.30 0.43 0.10 0.38 0.21 0.24 0.18 0.00 0.03 0.39 0.20 0.33 0.63 0.55 0.38
O3' 0.32 0.16 0.02 0.00 0.11 0.02 0.18 0.20 0.11 0.10 0.05 0.31 0.03 0.00 0.15 0.22 0.04 0.50 0.24 0.14
O4 0.01 0.01 0.04 0.39 0.00 0.14 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.39 0.15 0.00 0.03 0.56 0.34 0.39 0.31
O4' 0.00 0.12 0.02 0.02 0.02 0.00 0.09 0.01 0.13 0.01 0.09 0.20 0.20 0.22 0.03 0.00 0.07 0.06 0.33 0.23
O5' 0.36 0.47 0.71 0.36 0.56 0.01 0.56 0.01 0.54 0.48 0.52 0.42 0.33 0.04 0.56 0.07 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.32 0.31 0.91 0.76 0.34 0.27 0.35 0.31 0.35 0.33 0.32 0.30 0.63 0.50 0.34 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.28 0.64 0.15 0.37 0.29 0.37 0.42 0.31 0.25 0.33 0.24 0.55 0.24 0.39 0.33 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.22 0.64 0.35 0.30 0.07 0.31 0.01 0.27 0.21 0.26 0.19 0.38 0.14 0.31 0.23 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.11 0.32 0.25 0.10 0.21 0.10 0.28 0.11 0.13 0.12 0.10 0.12 0.12 0.12 0.71 0.12 0.20 0.79 0.85 1.03 0.91
C2 0.12 0.10 0.32 0.26 0.10 0.21 0.09 0.28 0.11 0.13 0.12 0.09 0.13 0.11 0.11 0.72 0.12 0.20 0.81 0.83 1.03 0.90
C2' 0.22 0.45 0.26 0.31 0.32 0.26 0.32 0.29 0.41 0.17 0.48 0.39 0.43 0.20 0.24 0.53 0.20 0.29 0.75 0.85 1.00 0.88
C3' 0.36 0.28 0.32 0.47 0.31 0.47 0.27 0.48 0.23 0.31 0.25 0.31 0.19 0.27 0.33 0.57 0.36 0.47 0.92 0.97 1.03 1.01
C4 0.12 0.12 0.48 0.24 0.11 0.35 0.13 0.46 0.14 0.12 0.14 0.11 0.17 0.13 0.12 0.89 0.18 0.36 0.91 1.02 1.22 1.06
C4' 0.13 0.16 0.34 0.29 0.13 0.28 0.14 0.36 0.17 0.13 0.18 0.14 0.20 0.13 0.13 0.77 0.16 0.25 0.84 0.89 1.05 0.96
C5 0.11 0.11 0.50 0.23 0.10 0.36 0.11 0.48 0.13 0.11 0.13 0.10 0.16 0.11 0.11 0.90 0.20 0.37 0.91 1.08 1.24 1.09
C5' 0.14 0.16 0.37 0.33 0.13 0.38 0.14 0.48 0.17 0.13 0.19 0.14 0.21 0.13 0.13 0.84 0.22 0.34 0.87 0.95 1.12 1.00
C6 0.11 0.11 0.44 0.24 0.10 0.31 0.10 0.40 0.12 0.10 0.12 0.10 0.14 0.09 0.10 0.85 0.17 0.31 0.87 1.00 1.17 1.02
N1 0.11 0.11 0.37 0.25 0.10 0.24 0.09 0.32 0.11 0.12 0.12 0.10 0.13 0.10 0.11 0.76 0.13 0.23 0.82 0.89 1.08 0.95
N3 0.11 0.11 0.38 0.26 0.09 0.26 0.10 0.33 0.13 0.11 0.13 0.10 0.17 0.09 0.11 0.79 0.13 0.24 0.84 0.87 1.08 0.94
O2 0.14 0.10 0.24 0.27 0.11 0.16 0.11 0.22 0.10 0.16 0.11 0.10 0.12 0.15 0.14 0.63 0.12 0.17 0.76 0.77 0.93 0.84
O2' 0.36 0.23 0.43 0.32 0.18 0.47 0.16 0.64 0.20 0.39 0.29 0.16 0.29 0.29 0.31 0.62 0.34 0.48 0.82 1.05 1.13 1.02
O3' 0.12 0.26 0.30 0.18 0.19 0.18 0.25 0.28 0.34 0.16 0.33 0.20 0.43 0.22 0.15 0.61 0.14 0.20 0.79 0.89 0.95 0.92
O4 0.14 0.13 0.55 0.24 0.14 0.43 0.16 0.57 0.17 0.17 0.16 0.13 0.20 0.18 0.14 0.94 0.22 0.44 0.98 1.12 1.28 1.14
O4' 0.20 0.25 0.43 0.25 0.23 0.23 0.23 0.32 0.25 0.20 0.25 0.23 0.26 0.21 0.21 0.90 0.14 0.20 0.81 0.87 1.08 0.94
O5' 0.55 0.41 0.79 0.48 0.48 0.54 0.47 0.62 0.41 0.55 0.38 0.46 0.37 0.51 0.53 1.18 0.47 0.56 0.76 0.91 1.15 0.89
OP1 0.38 0.26 0.65 0.26 0.31 0.40 0.29 0.51 0.24 0.37 0.23 0.30 0.21 0.33 0.36 1.08 0.18 0.46 0.81 1.04 1.20 0.99
OP2 0.41 0.30 0.81 0.29 0.34 0.43 0.32 0.56 0.28 0.38 0.28 0.33 0.25 0.34 0.38 1.20 0.23 0.46 0.91 1.18 1.31 1.10
P 0.33 0.23 0.69 0.21 0.27 0.36 0.25 0.50 0.22 0.31 0.22 0.25 0.20 0.27 0.30 1.14 0.15 0.38 0.84 1.05 1.23 1.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.39 0.00 0.37 0.40 0.36 0.35
C2 0.02 0.00 0.50 0.41 0.00 0.13 0.00 0.22 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.28 0.28 0.31 0.59 0.72 0.50 0.66
C2' 0.00 0.50 0.00 0.00 0.26 0.01 0.13 0.23 0.24 0.23 0.40 0.49 0.17 0.11 0.02 0.00 0.06 0.02 0.70 0.79 0.76 0.74
C3' 0.01 0.41 0.00 0.00 0.34 0.01 0.39 0.02 0.44 0.25 0.45 0.35 0.46 0.34 0.23 0.01 0.01 0.02 0.42 0.51 0.19 0.37
C4 0.01 0.00 0.26 0.34 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.11 0.19 0.16 0.53 0.55 0.47 0.55
C4' 0.01 0.13 0.01 0.01 0.07 0.00 0.10 0.00 0.08 0.20 0.09 0.13 0.11 0.18 0.08 0.31 0.03 0.00 0.01 0.15 0.23 0.02
C5 0.01 0.00 0.13 0.39 0.00 0.10 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.25 0.14 0.08 0.61 0.59 0.59 0.63
C5' 0.09 0.22 0.23 0.02 0.10 0.00 0.07 0.00 0.10 0.18 0.16 0.21 0.10 0.16 0.05 0.08 0.24 0.02 0.01 0.19 0.39 0.01
C6 0.01 0.00 0.24 0.44 0.01 0.08 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.18 0.14 0.63 0.65 0.60 0.67
C8 0.01 0.01 0.23 0.25 0.01 0.20 0.01 0.18 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.49 0.09 0.18 0.68 0.63 0.67 0.65
N1 0.02 0.00 0.40 0.45 0.01 0.09 0.01 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.24 0.24 0.61 0.71 0.55 0.68
N3 0.02 0.00 0.49 0.35 0.00 0.13 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.30 0.29 0.31 0.54 0.63 0.44 0.59
N6 0.01 0.01 0.17 0.46 0.01 0.11 0.01 0.10 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.27 0.19 0.10 0.66 0.67 0.68 0.72
N7 0.01 0.00 0.11 0.34 0.00 0.18 0.00 0.16 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.46 0.11 0.09 0.69 0.64 0.72 0.71
N9 0.00 0.01 0.02 0.23 0.00 0.08 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.22 0.17 0.01 0.51 0.49 0.46 0.49
O2' 0.01 0.28 0.00 0.01 0.11 0.31 0.25 0.08 0.18 0.49 0.16 0.30 0.27 0.46 0.22 0.00 0.07 0.20 0.40 0.57 0.72 0.50
O3' 0.39 0.28 0.06 0.01 0.19 0.03 0.14 0.24 0.18 0.09 0.24 0.29 0.19 0.11 0.17 0.07 0.00 0.27 0.34 0.49 0.36 0.37
O4' 0.00 0.31 0.02 0.02 0.16 0.00 0.08 0.02 0.14 0.18 0.24 0.31 0.10 0.09 0.01 0.20 0.27 0.00 0.10 0.10 0.29 0.09
O5' 0.37 0.59 0.70 0.42 0.53 0.01 0.61 0.01 0.63 0.68 0.61 0.54 0.66 0.69 0.51 0.40 0.34 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.40 0.72 0.79 0.51 0.55 0.15 0.59 0.19 0.65 0.63 0.71 0.63 0.67 0.64 0.49 0.57 0.49 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.36 0.50 0.76 0.19 0.47 0.23 0.59 0.39 0.60 0.67 0.55 0.44 0.68 0.72 0.46 0.72 0.36 0.29 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.35 0.66 0.74 0.37 0.55 0.02 0.63 0.01 0.67 0.65 0.68 0.59 0.72 0.71 0.49 0.50 0.37 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00