ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53361

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 3, 5, 6, 5, 3, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.012, 0.018, 0.024, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.018 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.014 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.019, 0.026, 0.033, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.026 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.017, 0.028, 0.039, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.028 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.018, 0.029, 0.040, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.029 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.023, 0.035, 0.046, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.035 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.026, 0.039, 0.052, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.039 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.048, 0.077, 0.106, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.077 std_dev=0.029
O4 A 0, 0.123, 0.182, 0.241, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.182 std_dev=0.059
O4' A 0, 0.114, 0.282, 0.449, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.282 std_dev=0.168
C2' A 0, 0.130, 0.316, 0.502, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.316 std_dev=0.186
C4 B 0, 0.297, 0.487, 0.678, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.487 std_dev=0.191
N1 B 0, 0.447, 0.640, 0.832, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.640 std_dev=0.193
C5 B 0, 0.187, 0.387, 0.588, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.387 std_dev=0.200
O2' A 0, 0.507, 0.714, 0.921, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.714 std_dev=0.207
C6 B 0, 0.270, 0.481, 0.693, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.481 std_dev=0.211
C2 B 0, 0.435, 0.653, 0.871, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.653 std_dev=0.218
C4' A 0, 0.250, 0.472, 0.694, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.472 std_dev=0.222
N3 B 0, 0.371, 0.596, 0.820, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.596 std_dev=0.225
N7 B 0, 0.250, 0.476, 0.701, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.476 std_dev=0.225
N9 B 0, 0.392, 0.632, 0.872, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.632 std_dev=0.240
C8 B 0, 0.373, 0.623, 0.873, 1.282 max_d=1.282 avg_d=0.623 std_dev=0.250
N6 B 0, 0.305, 0.577, 0.850, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.577 std_dev=0.272
C3' A 0, 0.227, 0.521, 0.815, 1.328 max_d=1.328 avg_d=0.521 std_dev=0.294
C1' B 0, 0.554, 0.884, 1.214, 1.616 max_d=1.616 avg_d=0.884 std_dev=0.330
O4' B 0, 0.643, 1.031, 1.418, 1.726 max_d=1.726 avg_d=1.031 std_dev=0.388
C3' B 0, 0.491, 0.920, 1.350, 2.023 max_d=2.023 avg_d=0.920 std_dev=0.429
O3' A 0, 0.383, 0.815, 1.247, 1.895 max_d=1.895 avg_d=0.815 std_dev=0.432
C2' B 0, 0.509, 0.944, 1.378, 2.408 max_d=2.408 avg_d=0.944 std_dev=0.434
C5' A 0, 0.346, 0.786, 1.225, 1.908 max_d=1.908 avg_d=0.786 std_dev=0.439
C4' B 0, 0.638, 1.082, 1.527, 1.888 max_d=1.888 avg_d=1.082 std_dev=0.444
C5' B 0, 0.894, 1.381, 1.868, 2.239 max_d=2.239 avg_d=1.381 std_dev=0.487
O3' B 0, 0.586, 1.114, 1.642, 2.537 max_d=2.537 avg_d=1.114 std_dev=0.528
O5' B 0, 1.097, 1.744, 2.390, 3.678 max_d=3.678 avg_d=1.744 std_dev=0.646
O2' B 0, 0.603, 1.311, 2.019, 4.038 max_d=4.038 avg_d=1.311 std_dev=0.708
O5' A 0, 0.286, 1.028, 1.769, 3.272 max_d=3.272 avg_d=1.028 std_dev=0.742
P B 0, 0.897, 1.722, 2.548, 4.441 max_d=4.441 avg_d=1.722 std_dev=0.826
OP1 B 0, 1.198, 2.027, 2.855, 4.178 max_d=4.178 avg_d=2.027 std_dev=0.828
P A 0, 0.437, 1.306, 2.175, 3.897 max_d=3.897 avg_d=1.306 std_dev=0.869
OP1 A 0, 0.736, 1.680, 2.625, 4.332 max_d=4.332 avg_d=1.680 std_dev=0.944
OP2 B 0, 0.666, 1.696, 2.727, 5.313 max_d=5.313 avg_d=1.696 std_dev=1.031
OP2 A 0, 0.376, 1.456, 2.537, 4.163 max_d=4.163 avg_d=1.456 std_dev=1.080

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.11 0.15 0.17 0.16
C2 0.02 0.00 0.11 0.13 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.15 0.01 0.05 0.24 0.26 0.41 0.31
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.05 0.02 0.12 0.02 0.13 0.03 0.07 0.21 0.00 0.02 0.06 0.01 0.15 0.25 0.15 0.14
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.10 0.00 0.15 0.02 0.16 0.06 0.12 0.21 0.01 0.01 0.11 0.01 0.19 0.34 0.12 0.16
C4 0.01 0.01 0.05 0.10 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.13 0.01 0.02 0.29 0.39 0.51 0.42
C4' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.03 0.05 0.05 0.02 0.05 0.00 0.02 0.14 0.13 0.04
C5 0.01 0.01 0.12 0.15 0.01 0.07 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.18 0.01 0.04 0.28 0.41 0.44 0.42
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.10 0.01 0.12 0.00 0.10 0.06 0.08 0.06 0.05 0.04 0.11 0.02 0.01 0.15 0.22 0.03
C6 0.01 0.01 0.13 0.16 0.01 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.17 0.01 0.06 0.24 0.33 0.32 0.35
N1 0.00 0.01 0.03 0.06 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.01 0.20 0.24 0.30 0.28
N3 0.01 0.00 0.07 0.12 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.14 0.01 0.04 0.28 0.33 0.50 0.38
O2 0.03 0.00 0.21 0.21 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.16 0.25 0.02 0.09 0.22 0.24 0.41 0.28
O2' 0.02 0.07 0.00 0.01 0.05 0.05 0.09 0.05 0.09 0.03 0.05 0.16 0.00 0.04 0.05 0.03 0.05 0.21 0.10 0.06
O3' 0.02 0.15 0.02 0.01 0.13 0.02 0.18 0.04 0.17 0.06 0.14 0.25 0.04 0.00 0.14 0.02 0.16 0.45 0.18 0.18
O4 0.01 0.01 0.06 0.11 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.14 0.00 0.03 0.31 0.43 0.56 0.45
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.06 0.01 0.04 0.09 0.03 0.02 0.03 0.00 0.08 0.18 0.16 0.17
O5' 0.11 0.24 0.15 0.19 0.29 0.02 0.28 0.01 0.24 0.20 0.28 0.22 0.05 0.16 0.31 0.08 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.15 0.26 0.25 0.34 0.39 0.14 0.41 0.15 0.33 0.24 0.33 0.24 0.21 0.45 0.43 0.18 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.17 0.41 0.15 0.12 0.51 0.13 0.44 0.22 0.32 0.30 0.50 0.41 0.10 0.18 0.56 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.31 0.14 0.16 0.42 0.04 0.42 0.03 0.35 0.28 0.38 0.28 0.06 0.18 0.45 0.17 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.31 0.20 0.24 0.33 0.19 0.39 0.17 0.52 0.19 0.31 0.24 0.18 0.25 0.24 0.27 0.33 0.34 0.43 0.58 0.34 0.56 0.37
C2 0.31 0.17 0.24 0.34 0.19 0.39 0.16 0.52 0.18 0.32 0.20 0.16 0.26 0.24 0.27 0.32 0.34 0.41 0.56 0.33 0.57 0.35
C2' 0.40 0.21 0.30 0.38 0.29 0.40 0.27 0.48 0.20 0.39 0.19 0.26 0.20 0.34 0.36 0.35 0.37 0.44 0.50 0.35 0.65 0.38
C3' 0.51 0.29 0.37 0.40 0.37 0.46 0.32 0.50 0.25 0.45 0.24 0.35 0.22 0.37 0.45 0.43 0.39 0.55 0.57 0.41 0.63 0.40
C4 0.36 0.13 0.31 0.35 0.17 0.46 0.13 0.55 0.18 0.29 0.17 0.16 0.29 0.15 0.28 0.39 0.37 0.53 0.68 0.39 0.50 0.40
C4' 0.42 0.16 0.28 0.34 0.24 0.45 0.20 0.52 0.15 0.37 0.16 0.21 0.19 0.27 0.35 0.36 0.34 0.53 0.64 0.40 0.55 0.40
C5 0.39 0.14 0.33 0.35 0.18 0.48 0.13 0.56 0.18 0.30 0.18 0.17 0.29 0.16 0.29 0.41 0.37 0.56 0.71 0.41 0.49 0.41
C5' 0.52 0.19 0.34 0.37 0.31 0.54 0.23 0.58 0.14 0.43 0.14 0.28 0.16 0.30 0.42 0.44 0.36 0.66 0.76 0.49 0.55 0.48
C6 0.37 0.16 0.30 0.34 0.19 0.46 0.15 0.55 0.18 0.31 0.20 0.17 0.28 0.19 0.29 0.39 0.36 0.52 0.67 0.39 0.50 0.40
N1 0.33 0.17 0.26 0.33 0.19 0.41 0.16 0.53 0.19 0.32 0.21 0.17 0.27 0.23 0.28 0.34 0.34 0.46 0.60 0.35 0.54 0.37
N3 0.32 0.15 0.26 0.34 0.18 0.41 0.14 0.52 0.18 0.31 0.18 0.16 0.28 0.21 0.27 0.34 0.34 0.45 0.58 0.35 0.55 0.36
O2 0.27 0.18 0.21 0.35 0.19 0.35 0.18 0.49 0.18 0.31 0.21 0.17 0.23 0.27 0.25 0.29 0.34 0.35 0.50 0.32 0.60 0.33
O2' 0.33 0.21 0.26 0.37 0.25 0.35 0.24 0.47 0.20 0.35 0.21 0.22 0.21 0.32 0.31 0.30 0.36 0.37 0.46 0.33 0.67 0.38
O3' 0.55 0.38 0.42 0.43 0.43 0.47 0.39 0.49 0.34 0.48 0.34 0.42 0.31 0.42 0.49 0.48 0.41 0.55 0.54 0.44 0.69 0.42
O4 0.37 0.12 0.34 0.36 0.16 0.49 0.12 0.57 0.18 0.25 0.16 0.16 0.29 0.12 0.26 0.40 0.39 0.57 0.73 0.42 0.48 0.42
O4' 0.33 0.21 0.25 0.31 0.19 0.41 0.17 0.53 0.22 0.31 0.26 0.18 0.30 0.22 0.27 0.35 0.33 0.47 0.65 0.38 0.53 0.40
O5' 0.75 0.38 0.56 0.52 0.51 0.73 0.40 0.73 0.27 0.61 0.28 0.50 0.17 0.46 0.64 0.68 0.49 0.87 0.87 0.45 0.51 0.44
OP1 0.90 0.49 0.64 0.58 0.62 0.84 0.47 0.80 0.33 0.68 0.36 0.62 0.19 0.51 0.74 0.81 0.55 1.02 1.00 0.47 0.48 0.52
OP2 1.12 0.75 0.91 0.81 0.85 1.03 0.69 0.93 0.56 0.88 0.61 0.87 0.40 0.70 0.96 1.08 0.78 1.22 1.13 0.74 0.77 0.77
P 0.89 0.50 0.65 0.60 0.62 0.85 0.49 0.81 0.36 0.69 0.38 0.62 0.25 0.53 0.74 0.79 0.57 1.03 1.02 0.52 0.51 0.56

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.10 0.00 0.11 0.45 0.23 0.21
C2 0.03 0.00 0.31 0.36 0.00 0.09 0.00 0.21 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.33 0.18 0.20 0.33 0.59 0.21
C2' 0.00 0.31 0.00 0.00 0.16 0.02 0.06 0.10 0.13 0.18 0.23 0.32 0.08 0.11 0.02 0.01 0.02 0.01 0.18 0.46 0.38 0.15
C3' 0.02 0.36 0.00 0.00 0.26 0.00 0.25 0.02 0.30 0.13 0.35 0.32 0.29 0.17 0.14 0.02 0.01 0.03 0.30 0.40 0.43 0.18
C4 0.01 0.00 0.16 0.26 0.00 0.08 0.00 0.20 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.20 0.10 0.21 0.32 0.54 0.22
C4' 0.01 0.09 0.02 0.00 0.08 0.00 0.11 0.00 0.11 0.12 0.10 0.08 0.13 0.13 0.07 0.18 0.01 0.00 0.01 0.51 0.16 0.24
C5 0.01 0.00 0.06 0.25 0.00 0.11 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.12 0.21 0.05 0.29 0.31 0.69 0.33
C5' 0.06 0.21 0.10 0.02 0.20 0.00 0.26 0.00 0.28 0.25 0.25 0.18 0.32 0.30 0.17 0.09 0.12 0.01 0.01 0.25 0.28 0.02
C6 0.01 0.01 0.13 0.30 0.00 0.11 0.00 0.28 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.28 0.08 0.29 0.31 0.76 0.36
C8 0.01 0.01 0.18 0.13 0.00 0.12 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.24 0.12 0.12 0.35 0.35 0.58 0.34
N1 0.02 0.00 0.23 0.35 0.01 0.10 0.00 0.25 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.33 0.14 0.24 0.30 0.70 0.30
N3 0.03 0.00 0.32 0.32 0.00 0.08 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.20 0.28 0.18 0.17 0.35 0.49 0.16
N6 0.01 0.01 0.08 0.29 0.01 0.13 0.01 0.32 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.28 0.06 0.34 0.34 0.85 0.45
N7 0.01 0.01 0.11 0.17 0.00 0.13 0.00 0.30 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.23 0.16 0.07 0.37 0.36 0.73 0.42
N9 0.00 0.01 0.02 0.14 0.00 0.07 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.08 0.01 0.22 0.35 0.44 0.20
O2' 0.02 0.19 0.01 0.02 0.08 0.18 0.12 0.09 0.10 0.24 0.12 0.20 0.14 0.23 0.10 0.00 0.05 0.13 0.13 0.72 0.17 0.40
O3' 0.10 0.33 0.02 0.01 0.20 0.01 0.21 0.12 0.28 0.12 0.33 0.28 0.28 0.16 0.08 0.05 0.00 0.09 0.33 0.56 0.38 0.26
O4' 0.00 0.18 0.01 0.03 0.10 0.00 0.05 0.01 0.08 0.12 0.14 0.18 0.06 0.07 0.01 0.13 0.09 0.00 0.21 0.49 0.21 0.31
O5' 0.11 0.20 0.18 0.30 0.21 0.01 0.29 0.01 0.29 0.35 0.24 0.17 0.34 0.37 0.22 0.13 0.33 0.21 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.45 0.33 0.46 0.40 0.32 0.51 0.31 0.25 0.31 0.35 0.30 0.35 0.34 0.36 0.35 0.72 0.56 0.49 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.59 0.38 0.43 0.54 0.16 0.69 0.28 0.76 0.58 0.70 0.49 0.85 0.73 0.44 0.17 0.38 0.21 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.21 0.21 0.15 0.18 0.22 0.24 0.33 0.02 0.36 0.34 0.30 0.16 0.45 0.42 0.20 0.40 0.26 0.31 0.00 0.01 0.00 0.00