ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53362

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 1, 5, 8, 2, 4, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.004, 0.025, 0.046, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.025 std_dev=0.021
C6 A 0, 0.006, 0.030, 0.055, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.030 std_dev=0.024
C4 A 0, 0.005, 0.030, 0.054, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.030 std_dev=0.025
C1' A 0, 0.007, 0.032, 0.058, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.032 std_dev=0.025
C2 A 0, 0.006, 0.031, 0.057, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.031 std_dev=0.025
O2 A 0, 0.013, 0.069, 0.124, 0.224 max_d=0.224 avg_d=0.069 std_dev=0.056
N9 B 0, 0.103, 0.190, 0.276, 0.406 max_d=0.406 avg_d=0.190 std_dev=0.087
O4 A 0, 0.027, 0.115, 0.204, 0.335 max_d=0.335 avg_d=0.115 std_dev=0.089
C8 B 0, 0.099, 0.194, 0.290, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.194 std_dev=0.095
C4 B 0, 0.138, 0.239, 0.340, 0.382 max_d=0.382 avg_d=0.239 std_dev=0.101
O4' A 0, 0.061, 0.168, 0.275, 0.399 max_d=0.399 avg_d=0.168 std_dev=0.107
N3 B 0, 0.168, 0.287, 0.405, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.287 std_dev=0.119
C2' A 0, 0.099, 0.222, 0.344, 0.425 max_d=0.425 avg_d=0.222 std_dev=0.123
N7 B 0, 0.153, 0.296, 0.438, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.296 std_dev=0.143
C5 B 0, 0.165, 0.325, 0.485, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.325 std_dev=0.160
C1' B 0, 0.128, 0.290, 0.452, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.290 std_dev=0.162
C4' A 0, 0.204, 0.378, 0.553, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.378 std_dev=0.174
C3' A 0, 0.253, 0.454, 0.656, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.454 std_dev=0.201
C2 B 0, 0.146, 0.367, 0.588, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.367 std_dev=0.221
C6 B 0, 0.207, 0.453, 0.700, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.453 std_dev=0.246
O2' A 0, 0.032, 0.285, 0.537, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.285 std_dev=0.252
N1 B 0, 0.182, 0.461, 0.740, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.461 std_dev=0.279
C5' A 0, 0.274, 0.557, 0.840, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.557 std_dev=0.283
N6 B 0, 0.268, 0.579, 0.891, 1.263 max_d=1.263 avg_d=0.579 std_dev=0.312
O3' A 0, 0.384, 0.725, 1.066, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.725 std_dev=0.341
O4' B 0, 0.435, 0.814, 1.193, 1.330 max_d=1.330 avg_d=0.814 std_dev=0.379
C2' B 0, 0.685, 1.140, 1.595, 1.704 max_d=1.704 avg_d=1.140 std_dev=0.455
C3' B 0, 0.776, 1.300, 1.824, 2.032 max_d=2.032 avg_d=1.300 std_dev=0.524
C4' B 0, 0.706, 1.260, 1.813, 2.077 max_d=2.077 avg_d=1.260 std_dev=0.554
O3' B 0, 1.111, 1.855, 2.599, 2.860 max_d=2.860 avg_d=1.855 std_dev=0.744
O2' B 0, 1.288, 2.062, 2.836, 2.759 max_d=2.759 avg_d=2.062 std_dev=0.774
O5' A 0, 0.908, 1.691, 2.475, 2.724 max_d=2.724 avg_d=1.691 std_dev=0.784
C5' B 0, 1.005, 1.820, 2.635, 2.809 max_d=2.809 avg_d=1.820 std_dev=0.815
OP1 A 0, 1.257, 2.147, 3.037, 3.379 max_d=3.379 avg_d=2.147 std_dev=0.890
P A 0, 1.064, 2.017, 2.970, 3.323 max_d=3.323 avg_d=2.017 std_dev=0.953
O5' B 0, 1.205, 2.186, 3.166, 3.335 max_d=3.335 avg_d=2.186 std_dev=0.981
OP2 A 0, 1.056, 2.173, 3.290, 3.669 max_d=3.669 avg_d=2.173 std_dev=1.117
P B 0, 1.959, 3.238, 4.516, 4.349 max_d=4.349 avg_d=3.238 std_dev=1.279
OP1 B 0, 1.965, 3.411, 4.858, 4.883 max_d=4.883 avg_d=3.411 std_dev=1.447
OP2 B 0, 2.811, 4.553, 6.294, 5.737 max_d=5.737 avg_d=4.553 std_dev=1.741

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.02 0.01 0.18 0.27 0.32 0.24
C2 0.02 0.00 0.05 0.09 0.02 0.05 0.02 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.10 0.03 0.02 0.44 0.48 0.65 0.51
C2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.08 0.02 0.09 0.02 0.08 0.04 0.06 0.10 0.00 0.02 0.10 0.01 0.28 0.23 0.23 0.26
C3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.15 0.01 0.17 0.03 0.15 0.08 0.12 0.12 0.02 0.01 0.18 0.01 0.37 0.29 0.17 0.29
C4 0.02 0.02 0.08 0.15 0.00 0.08 0.01 0.14 0.02 0.01 0.01 0.03 0.05 0.20 0.01 0.05 0.59 0.69 0.86 0.71
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.08 0.00 0.08 0.01 0.07 0.04 0.06 0.06 0.07 0.01 0.09 0.01 0.02 0.14 0.23 0.06
C5 0.02 0.02 0.09 0.17 0.01 0.08 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.21 0.01 0.07 0.58 0.70 0.76 0.69
C5' 0.04 0.11 0.02 0.03 0.14 0.01 0.14 0.00 0.12 0.10 0.13 0.11 0.07 0.04 0.16 0.02 0.01 0.22 0.36 0.01
C6 0.03 0.01 0.08 0.15 0.02 0.07 0.01 0.12 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.17 0.02 0.06 0.50 0.58 0.58 0.55
N1 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.09 0.02 0.02 0.40 0.45 0.52 0.44
N3 0.01 0.01 0.06 0.12 0.01 0.06 0.01 0.13 0.02 0.02 0.00 0.02 0.05 0.14 0.03 0.03 0.53 0.59 0.80 0.63
O2 0.05 0.01 0.10 0.12 0.03 0.06 0.03 0.11 0.02 0.02 0.02 0.00 0.09 0.13 0.04 0.05 0.39 0.40 0.61 0.45
O2' 0.02 0.05 0.00 0.02 0.05 0.07 0.06 0.07 0.05 0.03 0.05 0.09 0.00 0.05 0.06 0.06 0.09 0.15 0.11 0.07
O3' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.20 0.01 0.21 0.04 0.17 0.09 0.14 0.13 0.05 0.00 0.24 0.01 0.30 0.27 0.29 0.22
O4 0.02 0.03 0.10 0.18 0.01 0.09 0.01 0.16 0.02 0.02 0.03 0.04 0.06 0.24 0.00 0.06 0.62 0.75 0.94 0.77
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.07 0.02 0.06 0.02 0.03 0.05 0.06 0.01 0.06 0.00 0.08 0.25 0.33 0.16
O5' 0.18 0.44 0.28 0.37 0.59 0.02 0.58 0.01 0.50 0.40 0.53 0.39 0.09 0.30 0.62 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.27 0.48 0.23 0.29 0.69 0.14 0.70 0.22 0.58 0.45 0.59 0.40 0.15 0.27 0.75 0.25 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.32 0.65 0.23 0.17 0.86 0.23 0.76 0.36 0.58 0.52 0.80 0.61 0.11 0.29 0.94 0.33 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.24 0.51 0.26 0.29 0.71 0.06 0.69 0.01 0.55 0.44 0.63 0.45 0.07 0.22 0.77 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.10 0.17 0.22 0.07 0.17 0.07 0.26 0.10 0.08 0.11 0.08 0.12 0.07 0.07 0.34 0.25 0.12 0.28 0.34 0.59 0.41
C2 0.08 0.08 0.17 0.23 0.07 0.18 0.07 0.25 0.09 0.09 0.10 0.07 0.13 0.07 0.08 0.33 0.24 0.14 0.27 0.29 0.55 0.37
C2' 0.09 0.12 0.17 0.19 0.10 0.15 0.10 0.25 0.12 0.09 0.13 0.11 0.16 0.10 0.09 0.31 0.20 0.10 0.34 0.43 0.67 0.48
C3' 0.13 0.18 0.25 0.15 0.16 0.19 0.17 0.32 0.19 0.15 0.19 0.16 0.22 0.17 0.14 0.34 0.18 0.13 0.42 0.56 0.75 0.56
C4 0.10 0.11 0.25 0.19 0.10 0.18 0.10 0.28 0.12 0.10 0.12 0.10 0.16 0.10 0.10 0.31 0.22 0.17 0.28 0.35 0.54 0.40
C4' 0.10 0.12 0.23 0.17 0.10 0.17 0.11 0.29 0.12 0.11 0.13 0.11 0.14 0.11 0.10 0.34 0.20 0.11 0.34 0.48 0.66 0.49
C5 0.10 0.11 0.26 0.19 0.09 0.19 0.09 0.29 0.12 0.09 0.12 0.10 0.15 0.09 0.10 0.32 0.23 0.17 0.29 0.41 0.56 0.44
C5' 0.18 0.18 0.33 0.23 0.18 0.27 0.18 0.38 0.17 0.19 0.17 0.17 0.18 0.19 0.18 0.40 0.25 0.19 0.41 0.60 0.70 0.55
C6 0.10 0.09 0.24 0.19 0.08 0.19 0.08 0.28 0.10 0.09 0.11 0.08 0.13 0.08 0.09 0.33 0.23 0.16 0.29 0.40 0.57 0.43
N1 0.08 0.09 0.20 0.21 0.07 0.18 0.07 0.26 0.10 0.09 0.11 0.08 0.13 0.07 0.08 0.33 0.24 0.14 0.28 0.34 0.57 0.41
N3 0.08 0.10 0.20 0.21 0.07 0.18 0.08 0.26 0.11 0.09 0.11 0.08 0.15 0.07 0.08 0.32 0.22 0.15 0.26 0.29 0.53 0.36
O2 0.10 0.08 0.14 0.26 0.08 0.19 0.08 0.25 0.08 0.11 0.10 0.08 0.11 0.10 0.10 0.33 0.26 0.14 0.26 0.26 0.55 0.35
O2' 0.12 0.13 0.14 0.27 0.11 0.17 0.10 0.26 0.10 0.11 0.12 0.12 0.10 0.10 0.11 0.28 0.27 0.13 0.33 0.39 0.66 0.46
O3' 0.17 0.22 0.26 0.16 0.19 0.24 0.20 0.37 0.23 0.18 0.23 0.20 0.26 0.20 0.18 0.34 0.20 0.20 0.52 0.67 0.88 0.67
O4 0.13 0.14 0.27 0.19 0.13 0.19 0.13 0.30 0.14 0.12 0.14 0.13 0.16 0.12 0.13 0.28 0.23 0.19 0.29 0.36 0.52 0.40
O4' 0.08 0.09 0.20 0.21 0.06 0.18 0.07 0.27 0.09 0.08 0.11 0.07 0.12 0.06 0.07 0.34 0.25 0.14 0.27 0.38 0.61 0.43
O5' 0.71 0.59 0.59 0.64 0.63 0.67 0.58 0.63 0.52 0.65 0.53 0.63 0.45 0.59 0.67 0.62 0.64 0.75 0.59 0.36 0.42 0.38
OP1 0.80 0.58 0.66 0.74 0.66 0.80 0.59 0.76 0.50 0.72 0.50 0.66 0.41 0.62 0.74 0.71 0.76 0.88 0.75 0.59 0.65 0.63
OP2 1.13 0.94 1.09 1.13 1.00 1.19 0.92 1.23 0.84 1.03 0.85 1.01 0.73 0.94 1.06 1.12 1.14 1.20 1.17 1.25 1.25 1.23
P 0.87 0.69 0.74 0.81 0.76 0.87 0.68 0.83 0.61 0.78 0.62 0.76 0.52 0.70 0.81 0.78 0.81 0.94 0.80 0.68 0.74 0.72

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02 0.17 0.01 0.13 0.34 0.17 0.20
C2 0.03 0.00 0.24 0.30 0.01 0.08 0.01 0.11 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.10 0.21 0.11 0.23 0.34 0.49 0.32
C2' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.13 0.01 0.06 0.13 0.11 0.13 0.19 0.25 0.09 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01 0.12 0.39 0.17 0.19
C3' 0.01 0.30 0.00 0.00 0.24 0.01 0.27 0.02 0.31 0.17 0.32 0.26 0.32 0.23 0.16 0.02 0.01 0.01 0.10 0.36 0.22 0.13
C4 0.01 0.01 0.13 0.24 0.00 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.14 0.06 0.21 0.29 0.40 0.25
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.10 0.10 0.09 0.07 0.12 0.11 0.06 0.19 0.02 0.00 0.02 0.35 0.11 0.17
C5 0.02 0.01 0.06 0.27 0.01 0.09 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.17 0.19 0.03 0.22 0.23 0.46 0.26
C5' 0.06 0.11 0.13 0.02 0.10 0.01 0.12 0.00 0.13 0.13 0.13 0.09 0.15 0.14 0.09 0.07 0.15 0.02 0.01 0.23 0.25 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.31 0.01 0.10 0.01 0.13 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.16 0.24 0.05 0.23 0.25 0.53 0.30
C8 0.02 0.02 0.13 0.17 0.01 0.10 0.01 0.13 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.22 0.12 0.08 0.18 0.19 0.34 0.18
N1 0.02 0.00 0.19 0.32 0.02 0.09 0.01 0.13 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.24 0.08 0.24 0.29 0.54 0.32
N3 0.03 0.01 0.25 0.26 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.10 0.17 0.11 0.21 0.35 0.43 0.30
N6 0.04 0.02 0.09 0.32 0.02 0.12 0.03 0.15 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.05 0.04 0.19 0.27 0.05 0.23 0.22 0.56 0.31
N7 0.02 0.01 0.08 0.23 0.01 0.11 0.00 0.14 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.23 0.18 0.05 0.21 0.19 0.44 0.24
N9 0.00 0.02 0.02 0.16 0.01 0.06 0.02 0.09 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.12 0.07 0.01 0.18 0.27 0.29 0.19
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.10 0.19 0.17 0.07 0.16 0.22 0.11 0.10 0.19 0.23 0.12 0.00 0.05 0.15 0.14 0.59 0.22 0.35
O3' 0.17 0.21 0.02 0.01 0.14 0.02 0.19 0.15 0.24 0.12 0.24 0.17 0.27 0.18 0.07 0.05 0.00 0.14 0.24 0.49 0.28 0.19
O4' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.06 0.00 0.03 0.02 0.05 0.08 0.08 0.11 0.05 0.05 0.01 0.15 0.14 0.00 0.16 0.32 0.15 0.21
O5' 0.13 0.23 0.12 0.10 0.21 0.02 0.22 0.01 0.23 0.18 0.24 0.21 0.23 0.21 0.18 0.14 0.24 0.16 0.00 0.02 0.03 0.00
OP1 0.34 0.34 0.39 0.36 0.29 0.35 0.23 0.23 0.25 0.19 0.29 0.35 0.22 0.19 0.27 0.59 0.49 0.32 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.49 0.17 0.22 0.40 0.11 0.46 0.25 0.53 0.34 0.54 0.43 0.56 0.44 0.29 0.22 0.28 0.15 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.32 0.19 0.13 0.25 0.17 0.26 0.02 0.30 0.18 0.32 0.30 0.31 0.24 0.19 0.35 0.19 0.21 0.00 0.01 0.01 0.00