ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53363

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 3, 2, 1, 5, 6, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.007, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.012 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.013, 0.028, 0.042, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.028 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.014, 0.028, 0.043, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.028 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.011, 0.027, 0.043, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.027 std_dev=0.016
C6 A 0, 0.011, 0.027, 0.043, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.027 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.028, 0.062, 0.096, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.062 std_dev=0.034
O4 A 0, 0.081, 0.194, 0.306, 0.355 max_d=0.355 avg_d=0.194 std_dev=0.113
C5 B 0, 0.080, 0.214, 0.348, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.214 std_dev=0.134
C4 B 0, 0.144, 0.308, 0.472, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.308 std_dev=0.164
N7 B 0, 0.055, 0.220, 0.384, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.220 std_dev=0.164
C8 B 0, 0.085, 0.271, 0.457, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.271 std_dev=0.186
N1 B 0, 0.118, 0.310, 0.502, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.310 std_dev=0.192
C2 B 0, 0.167, 0.362, 0.556, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.362 std_dev=0.195
C6 B 0, 0.050, 0.260, 0.470, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.260 std_dev=0.210
N3 B 0, 0.180, 0.404, 0.628, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.404 std_dev=0.224
N9 B 0, 0.136, 0.362, 0.588, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.362 std_dev=0.226
C1' B 0, 0.233, 0.561, 0.889, 1.214 max_d=1.214 avg_d=0.561 std_dev=0.328
N6 B 0, 0.072, 0.404, 0.736, 1.339 max_d=1.339 avg_d=0.404 std_dev=0.332
C2' B 0, 0.288, 0.713, 1.139, 1.410 max_d=1.410 avg_d=0.713 std_dev=0.426
OP2 B 0, 0.227, 0.759, 1.292, 2.077 max_d=2.077 avg_d=0.759 std_dev=0.533
O4' B 0, 0.218, 0.763, 1.308, 1.579 max_d=1.579 avg_d=0.763 std_dev=0.545
C3' B 0, 0.328, 0.926, 1.524, 1.896 max_d=1.896 avg_d=0.926 std_dev=0.598
P B 0, 0.183, 0.851, 1.519, 2.123 max_d=2.123 avg_d=0.851 std_dev=0.668
O5' B 0, 0.162, 0.878, 1.595, 2.304 max_d=2.304 avg_d=0.878 std_dev=0.717
C4' B 0, 0.197, 0.955, 1.714, 2.351 max_d=2.351 avg_d=0.955 std_dev=0.758
O3' B 0, 0.500, 1.311, 2.121, 2.557 max_d=2.557 avg_d=1.311 std_dev=0.811
O2' B 0, 0.206, 1.034, 1.862, 2.671 max_d=2.671 avg_d=1.034 std_dev=0.828
OP1 B 0, 0.297, 1.143, 1.989, 2.390 max_d=2.390 avg_d=1.143 std_dev=0.846
C2' A 0, 0.394, 1.272, 2.149, 2.128 max_d=2.128 avg_d=1.272 std_dev=0.878
O4' A 0, 0.384, 1.280, 2.176, 2.128 max_d=2.128 avg_d=1.280 std_dev=0.896
O3' A 0, 0.484, 1.543, 2.602, 2.570 max_d=2.570 avg_d=1.543 std_dev=1.059
C5' B 0, 0.138, 1.215, 2.291, 3.413 max_d=3.413 avg_d=1.215 std_dev=1.077
C3' A 0, 0.467, 1.563, 2.658, 2.634 max_d=2.634 avg_d=1.563 std_dev=1.096
C4' A 0, 0.555, 1.827, 3.100, 3.043 max_d=3.043 avg_d=1.827 std_dev=1.272
O2' A 0, 0.621, 1.987, 3.353, 3.320 max_d=3.320 avg_d=1.987 std_dev=1.366
C5' A 0, 0.883, 2.943, 5.003, 4.907 max_d=4.907 avg_d=2.943 std_dev=2.060
O5' A 0, 0.788, 2.946, 5.105, 5.217 max_d=5.217 avg_d=2.946 std_dev=2.159
P A 0, 0.845, 3.554, 6.263, 6.556 max_d=6.556 avg_d=3.554 std_dev=2.709
OP2 A 0, 0.796, 3.717, 6.638, 7.073 max_d=7.073 avg_d=3.717 std_dev=2.921
OP1 A 0, 1.135, 4.293, 7.452, 7.854 max_d=7.854 avg_d=4.293 std_dev=3.159

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.35 0.01 0.00 0.10 0.12 0.18 0.09
C2 0.01 0.00 0.30 0.28 0.00 0.10 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.00 0.17 0.17 0.01 0.27 0.11 0.18 0.42 0.26
C2' 0.00 0.30 0.00 0.00 0.05 0.02 0.18 0.24 0.26 0.03 0.23 0.51 0.00 0.02 0.05 0.02 0.42 0.44 0.52 0.39
C3' 0.02 0.28 0.00 0.00 0.41 0.01 0.40 0.01 0.34 0.24 0.37 0.23 0.02 0.01 0.44 0.03 0.20 0.19 0.24 0.12
C4 0.01 0.00 0.05 0.41 0.00 0.20 0.00 0.32 0.01 0.01 0.00 0.01 0.40 0.11 0.00 0.04 0.46 0.70 0.87 0.73
C4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.20 0.00 0.35 0.00 0.36 0.11 0.06 0.29 0.32 0.01 0.22 0.00 0.01 0.21 0.07 0.11
C5 0.01 0.01 0.18 0.40 0.00 0.35 0.00 0.51 0.00 0.00 0.01 0.01 0.63 0.17 0.01 0.24 0.58 0.87 0.90 0.88
C5' 0.09 0.17 0.24 0.01 0.32 0.00 0.51 0.00 0.47 0.15 0.16 0.37 0.12 0.23 0.36 0.01 0.01 0.07 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.26 0.34 0.01 0.36 0.00 0.47 0.00 0.00 0.00 0.01 0.62 0.14 0.01 0.31 0.47 0.68 0.63 0.69
N1 0.00 0.01 0.03 0.24 0.01 0.11 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.22 0.13 0.01 0.01 0.16 0.29 0.38 0.33
N3 0.01 0.00 0.23 0.37 0.00 0.06 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.15 0.09 0.01 0.17 0.26 0.39 0.64 0.46
O2 0.02 0.00 0.51 0.23 0.01 0.29 0.01 0.37 0.01 0.01 0.00 0.00 0.51 0.31 0.01 0.49 0.17 0.16 0.29 0.13
O2' 0.02 0.17 0.00 0.02 0.40 0.32 0.63 0.12 0.62 0.22 0.15 0.51 0.00 0.05 0.43 0.22 0.32 0.29 0.63 0.33
O3' 0.35 0.17 0.02 0.01 0.11 0.01 0.17 0.23 0.14 0.13 0.09 0.31 0.05 0.00 0.13 0.24 0.31 0.20 0.35 0.24
O4 0.01 0.01 0.05 0.44 0.00 0.22 0.01 0.36 0.01 0.01 0.01 0.01 0.43 0.13 0.00 0.04 0.54 0.83 1.03 0.85
O4' 0.00 0.27 0.02 0.03 0.04 0.00 0.24 0.01 0.31 0.01 0.17 0.49 0.22 0.24 0.04 0.00 0.13 0.25 0.28 0.26
O5' 0.10 0.11 0.42 0.20 0.46 0.01 0.58 0.01 0.47 0.16 0.26 0.17 0.32 0.31 0.54 0.13 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.12 0.18 0.44 0.19 0.70 0.21 0.87 0.07 0.68 0.29 0.39 0.16 0.29 0.20 0.83 0.25 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.18 0.42 0.52 0.24 0.87 0.07 0.90 0.03 0.63 0.38 0.64 0.29 0.63 0.35 1.03 0.28 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.26 0.39 0.12 0.73 0.11 0.88 0.01 0.69 0.33 0.46 0.13 0.33 0.24 0.85 0.26 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.12 0.14 0.33 0.07 0.25 0.06 0.55 0.09 0.08 0.12 0.09 0.10 0.07 0.06 0.39 0.28 0.12 0.45 0.57 0.57 0.60
C2 0.07 0.11 0.14 0.35 0.07 0.27 0.07 0.55 0.11 0.08 0.13 0.08 0.14 0.06 0.06 0.40 0.29 0.12 0.44 0.54 0.60 0.59
C2' 0.47 0.69 0.50 0.46 0.58 0.41 0.60 0.58 0.69 0.46 0.73 0.63 0.74 0.52 0.50 0.62 0.45 0.38 0.41 0.58 0.54 0.57
C3' 0.53 0.47 0.51 0.52 0.49 0.57 0.47 0.73 0.44 0.53 0.45 0.48 0.41 0.50 0.52 0.60 0.49 0.55 0.48 0.56 0.34 0.49
C4 0.09 0.12 0.26 0.26 0.09 0.25 0.11 0.51 0.13 0.08 0.13 0.10 0.15 0.09 0.08 0.43 0.26 0.16 0.45 0.58 0.53 0.60
C4' 0.15 0.37 0.16 0.38 0.23 0.28 0.25 0.54 0.37 0.15 0.42 0.28 0.43 0.17 0.16 0.30 0.33 0.18 0.39 0.53 0.46 0.49
C5 0.09 0.12 0.26 0.24 0.09 0.24 0.10 0.50 0.13 0.07 0.13 0.10 0.14 0.07 0.08 0.42 0.26 0.15 0.46 0.61 0.49 0.60
C5' 0.23 0.43 0.13 0.44 0.28 0.35 0.30 0.57 0.44 0.21 0.50 0.34 0.53 0.22 0.22 0.23 0.42 0.30 0.37 0.55 0.46 0.47
C6 0.08 0.12 0.22 0.27 0.08 0.25 0.08 0.52 0.12 0.07 0.13 0.10 0.13 0.06 0.07 0.41 0.26 0.13 0.46 0.60 0.51 0.60
N1 0.07 0.12 0.16 0.32 0.07 0.26 0.07 0.55 0.11 0.07 0.13 0.09 0.13 0.06 0.06 0.40 0.27 0.12 0.45 0.58 0.57 0.60
N3 0.08 0.11 0.19 0.32 0.08 0.27 0.10 0.54 0.13 0.08 0.13 0.09 0.16 0.07 0.07 0.42 0.27 0.14 0.44 0.54 0.59 0.58
O2 0.07 0.10 0.10 0.40 0.06 0.28 0.06 0.56 0.10 0.09 0.12 0.07 0.14 0.08 0.07 0.38 0.32 0.12 0.43 0.51 0.62 0.57
O2' 0.24 0.68 0.28 0.38 0.43 0.26 0.48 0.58 0.70 0.19 0.78 0.53 0.84 0.29 0.27 0.42 0.30 0.21 0.65 0.90 0.92 0.94
O3' 0.23 0.45 0.16 0.36 0.30 0.26 0.30 0.52 0.41 0.22 0.48 0.37 0.44 0.23 0.24 0.18 0.27 0.20 0.43 0.61 0.50 0.55
O4 0.10 0.12 0.31 0.24 0.11 0.25 0.12 0.48 0.14 0.09 0.14 0.11 0.16 0.12 0.09 0.44 0.28 0.21 0.46 0.58 0.50 0.59
O4' 0.29 0.56 0.33 0.47 0.42 0.32 0.45 0.55 0.56 0.27 0.60 0.48 0.62 0.34 0.32 0.46 0.43 0.24 0.49 0.59 0.58 0.60
O5' 0.52 0.36 0.37 0.45 0.38 0.57 0.32 0.71 0.30 0.45 0.34 0.38 0.32 0.35 0.45 0.51 0.40 0.62 0.45 0.58 0.39 0.47
OP1 0.67 0.35 0.49 0.58 0.42 0.80 0.34 0.93 0.30 0.58 0.35 0.39 0.36 0.42 0.56 0.63 0.54 0.86 0.67 0.66 0.49 0.58
OP2 1.14 0.74 1.02 0.90 0.89 1.16 0.76 1.20 0.59 0.99 0.61 0.88 0.42 0.82 1.02 1.18 0.82 1.27 0.94 0.85 0.66 0.81
P 0.78 0.41 0.62 0.65 0.54 0.86 0.44 0.95 0.33 0.68 0.34 0.51 0.28 0.53 0.67 0.75 0.60 0.93 0.68 0.60 0.43 0.53

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.09 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.28 0.00 0.25 0.31 0.33 0.25
C2 0.03 0.00 0.30 0.37 0.00 0.13 0.00 0.27 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.39 0.12 0.30 0.37 0.51 0.37
C2' 0.00 0.30 0.00 0.00 0.16 0.03 0.09 0.20 0.15 0.11 0.24 0.29 0.12 0.05 0.02 0.00 0.02 0.02 0.54 0.48 0.73 0.52
C3' 0.01 0.37 0.00 0.00 0.31 0.01 0.36 0.03 0.40 0.26 0.40 0.32 0.42 0.33 0.22 0.02 0.01 0.04 0.30 0.31 0.35 0.20
C4 0.02 0.00 0.16 0.31 0.00 0.13 0.00 0.27 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.24 0.07 0.32 0.37 0.48 0.38
C4' 0.02 0.13 0.03 0.01 0.13 0.00 0.17 0.01 0.18 0.17 0.16 0.10 0.21 0.19 0.11 0.30 0.01 0.00 0.02 0.30 0.17 0.16
C5 0.01 0.00 0.09 0.36 0.00 0.17 0.00 0.37 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.24 0.21 0.05 0.39 0.43 0.59 0.48
C5' 0.09 0.27 0.20 0.03 0.27 0.01 0.37 0.00 0.39 0.34 0.35 0.22 0.44 0.40 0.23 0.13 0.21 0.02 0.01 0.20 0.20 0.02
C6 0.01 0.00 0.15 0.40 0.00 0.18 0.00 0.39 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.23 0.28 0.07 0.40 0.45 0.63 0.50
C8 0.01 0.01 0.11 0.26 0.00 0.17 0.00 0.34 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.28 0.11 0.07 0.40 0.43 0.51 0.47
N1 0.02 0.00 0.24 0.40 0.01 0.16 0.00 0.35 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.35 0.10 0.35 0.41 0.59 0.44
N3 0.03 0.00 0.29 0.32 0.00 0.10 0.00 0.22 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.37 0.11 0.28 0.35 0.45 0.32
N6 0.01 0.01 0.12 0.42 0.00 0.21 0.01 0.44 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.28 0.29 0.06 0.44 0.50 0.70 0.57
N7 0.01 0.01 0.05 0.33 0.00 0.19 0.00 0.40 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.31 0.17 0.04 0.43 0.48 0.62 0.54
N9 0.00 0.01 0.02 0.22 0.00 0.11 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.17 0.13 0.01 0.32 0.35 0.42 0.35
O2' 0.02 0.13 0.00 0.02 0.16 0.30 0.24 0.13 0.23 0.28 0.17 0.11 0.28 0.31 0.17 0.00 0.06 0.20 0.35 0.43 0.72 0.44
O3' 0.28 0.39 0.02 0.01 0.24 0.01 0.21 0.21 0.28 0.11 0.35 0.37 0.29 0.17 0.13 0.06 0.00 0.18 0.30 0.48 0.35 0.29
O4' 0.00 0.12 0.02 0.04 0.07 0.00 0.05 0.02 0.07 0.07 0.10 0.11 0.06 0.04 0.01 0.20 0.18 0.00 0.12 0.31 0.23 0.23
O5' 0.25 0.30 0.54 0.30 0.32 0.02 0.39 0.01 0.40 0.40 0.35 0.28 0.44 0.43 0.32 0.35 0.30 0.12 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.31 0.37 0.48 0.31 0.37 0.30 0.43 0.20 0.45 0.43 0.41 0.35 0.50 0.48 0.35 0.43 0.48 0.31 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.33 0.51 0.73 0.35 0.48 0.17 0.59 0.20 0.63 0.51 0.59 0.45 0.70 0.62 0.42 0.72 0.35 0.23 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.25 0.37 0.52 0.20 0.38 0.16 0.48 0.02 0.50 0.47 0.44 0.32 0.57 0.54 0.35 0.44 0.29 0.23 0.00 0.00 0.01 0.00