ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53364

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 3, 1, 3, 1, 4, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.008, 0.015, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.008 std_dev=0.007
N3 A 0, -0.002, 0.010, 0.021, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.010 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.003, 0.018, 0.032, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.018 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.001, 0.017, 0.034, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.017 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.002, 0.022, 0.043, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.022 std_dev=0.021
N1 A 0, -0.003, 0.018, 0.039, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.018 std_dev=0.021
O2 A 0, 0.013, 0.045, 0.077, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.045 std_dev=0.032
O4 A 0, 0.026, 0.084, 0.141, 0.230 max_d=0.230 avg_d=0.084 std_dev=0.057
C8 B 0, 0.359, 0.521, 0.683, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.521 std_dev=0.162
N9 B 0, 0.343, 0.529, 0.714, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.529 std_dev=0.186
N7 B 0, 0.265, 0.470, 0.675, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.470 std_dev=0.205
C5 B 0, 0.270, 0.477, 0.684, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.477 std_dev=0.207
C4 B 0, 0.283, 0.524, 0.764, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.524 std_dev=0.240
C1' B 0, 0.371, 0.612, 0.854, 1.001 max_d=1.001 avg_d=0.612 std_dev=0.242
C6 B 0, 0.263, 0.535, 0.808, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.535 std_dev=0.272
N6 B 0, 0.269, 0.551, 0.834, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.551 std_dev=0.283
O4' A 0, -0.026, 0.281, 0.588, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.281 std_dev=0.307
N3 B 0, 0.318, 0.645, 0.971, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.645 std_dev=0.326
N1 B 0, 0.345, 0.678, 1.010, 1.302 max_d=1.302 avg_d=0.678 std_dev=0.332
C2' A 0, -0.044, 0.301, 0.646, 1.383 max_d=1.383 avg_d=0.301 std_dev=0.345
C2 B 0, 0.359, 0.719, 1.079, 1.407 max_d=1.407 avg_d=0.719 std_dev=0.360
C2' B 0, 0.408, 0.837, 1.266, 1.964 max_d=1.964 avg_d=0.837 std_dev=0.429
C3' A 0, 0.009, 0.462, 0.916, 1.732 max_d=1.732 avg_d=0.462 std_dev=0.453
O4' B 0, 0.281, 0.759, 1.237, 2.362 max_d=2.362 avg_d=0.759 std_dev=0.478
C4' A 0, -0.034, 0.444, 0.922, 1.910 max_d=1.910 avg_d=0.444 std_dev=0.478
O2' B 0, 0.317, 0.908, 1.498, 2.634 max_d=2.634 avg_d=0.908 std_dev=0.590
O2' A 0, -0.165, 0.474, 1.112, 2.385 max_d=2.385 avg_d=0.474 std_dev=0.639
O3' A 0, 0.009, 0.662, 1.314, 2.463 max_d=2.463 avg_d=0.662 std_dev=0.653
C5' A 0, 0.050, 0.709, 1.368, 2.816 max_d=2.816 avg_d=0.709 std_dev=0.659
C3' B 0, 0.362, 1.043, 1.723, 3.052 max_d=3.052 avg_d=1.043 std_dev=0.681
O3' B 0, 0.506, 1.229, 1.953, 3.047 max_d=3.047 avg_d=1.229 std_dev=0.723
C4' B 0, 0.242, 1.001, 1.760, 3.466 max_d=3.466 avg_d=1.001 std_dev=0.759
O5' A 0, 0.083, 0.872, 1.661, 3.284 max_d=3.284 avg_d=0.872 std_dev=0.789
OP2 B 0, 0.257, 1.203, 2.149, 4.201 max_d=4.201 avg_d=1.203 std_dev=0.946
P A 0, 0.087, 1.063, 2.038, 3.386 max_d=3.386 avg_d=1.063 std_dev=0.975
O5' B 0, 0.147, 1.157, 2.167, 4.166 max_d=4.166 avg_d=1.157 std_dev=1.010
OP1 A 0, 0.099, 1.145, 2.191, 3.784 max_d=3.784 avg_d=1.145 std_dev=1.046
P B 0, 0.108, 1.168, 2.228, 4.704 max_d=4.704 avg_d=1.168 std_dev=1.060
OP2 A 0, 0.048, 1.239, 2.430, 4.503 max_d=4.503 avg_d=1.239 std_dev=1.191
C5' B 0, 0.018, 1.315, 2.612, 5.308 max_d=5.308 avg_d=1.315 std_dev=1.297
OP1 B 0, 0.179, 1.602, 3.026, 6.184 max_d=6.184 avg_d=1.602 std_dev=1.424

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.03 0.05 0.01 0.21 0.03 0.00 0.15 0.16 0.29 0.16
C2 0.03 0.00 0.13 0.21 0.02 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.12 0.02 0.08 0.17 0.17 0.33 0.23
C2' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.08 0.02 0.17 0.14 0.19 0.04 0.09 0.27 0.00 0.02 0.09 0.02 0.29 0.38 0.52 0.34
C3' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.25 0.00 0.22 0.02 0.18 0.15 0.24 0.20 0.02 0.01 0.27 0.02 0.19 0.24 0.27 0.16
C4 0.03 0.02 0.08 0.25 0.00 0.11 0.00 0.14 0.00 0.02 0.00 0.02 0.32 0.14 0.00 0.02 0.20 0.32 0.42 0.35
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.11 0.00 0.12 0.01 0.11 0.06 0.08 0.06 0.22 0.02 0.12 0.00 0.02 0.11 0.07 0.04
C5 0.02 0.01 0.17 0.22 0.00 0.12 0.00 0.15 0.00 0.02 0.01 0.01 0.36 0.16 0.01 0.07 0.17 0.31 0.37 0.33
C5' 0.05 0.08 0.14 0.02 0.14 0.01 0.15 0.00 0.12 0.07 0.11 0.08 0.08 0.15 0.15 0.01 0.01 0.09 0.03 0.02
C6 0.02 0.01 0.19 0.18 0.00 0.11 0.00 0.12 0.00 0.01 0.02 0.01 0.31 0.14 0.01 0.09 0.15 0.21 0.32 0.23
N1 0.01 0.01 0.04 0.15 0.02 0.06 0.02 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.17 0.09 0.02 0.01 0.14 0.15 0.29 0.19
N3 0.03 0.01 0.09 0.24 0.00 0.08 0.01 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01 0.22 0.11 0.02 0.05 0.20 0.25 0.40 0.31
O2 0.05 0.01 0.27 0.20 0.02 0.06 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.00 0.11 0.19 0.03 0.14 0.17 0.13 0.31 0.19
O2' 0.01 0.14 0.00 0.02 0.32 0.22 0.36 0.08 0.31 0.17 0.22 0.11 0.00 0.05 0.34 0.15 0.18 0.31 0.54 0.28
O3' 0.21 0.12 0.02 0.01 0.14 0.02 0.16 0.15 0.14 0.09 0.11 0.19 0.05 0.00 0.17 0.14 0.32 0.32 0.36 0.27
O4 0.03 0.02 0.09 0.27 0.00 0.12 0.01 0.15 0.01 0.02 0.02 0.03 0.34 0.17 0.00 0.02 0.21 0.37 0.46 0.39
O4' 0.00 0.08 0.02 0.02 0.02 0.00 0.07 0.01 0.09 0.01 0.05 0.14 0.15 0.14 0.02 0.00 0.14 0.19 0.20 0.18
O5' 0.15 0.17 0.29 0.19 0.20 0.02 0.17 0.01 0.15 0.14 0.20 0.17 0.18 0.32 0.21 0.14 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.16 0.17 0.38 0.24 0.32 0.11 0.31 0.09 0.21 0.15 0.25 0.13 0.31 0.32 0.37 0.19 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.29 0.33 0.52 0.27 0.42 0.07 0.37 0.03 0.32 0.29 0.40 0.31 0.54 0.36 0.46 0.20 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.16 0.23 0.34 0.16 0.35 0.04 0.33 0.02 0.23 0.19 0.31 0.19 0.28 0.27 0.39 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.25 0.18 0.38 0.18 0.46 0.19 0.70 0.26 0.23 0.29 0.19 0.33 0.20 0.20 0.38 0.34 0.38 0.52 0.30 0.37 0.23
C2 0.22 0.20 0.17 0.39 0.16 0.46 0.17 0.70 0.23 0.24 0.24 0.16 0.30 0.20 0.20 0.36 0.35 0.38 0.51 0.32 0.38 0.23
C2' 0.27 0.34 0.22 0.39 0.28 0.39 0.29 0.55 0.35 0.27 0.37 0.29 0.40 0.27 0.27 0.30 0.36 0.34 0.48 0.36 0.51 0.35
C3' 0.44 0.36 0.33 0.53 0.38 0.55 0.36 0.66 0.35 0.42 0.36 0.37 0.36 0.38 0.41 0.31 0.47 0.53 0.56 0.25 0.39 0.28
C4 0.25 0.16 0.20 0.34 0.15 0.54 0.16 0.77 0.22 0.21 0.21 0.14 0.31 0.16 0.20 0.40 0.32 0.51 0.61 0.31 0.32 0.22
C4' 0.30 0.22 0.18 0.40 0.21 0.51 0.20 0.70 0.24 0.28 0.25 0.20 0.30 0.23 0.26 0.33 0.36 0.47 0.57 0.22 0.30 0.20
C5 0.26 0.16 0.21 0.32 0.14 0.55 0.16 0.77 0.22 0.20 0.21 0.14 0.32 0.16 0.19 0.40 0.32 0.52 0.64 0.28 0.29 0.22
C5' 0.37 0.22 0.21 0.40 0.24 0.57 0.21 0.74 0.22 0.31 0.23 0.23 0.28 0.24 0.30 0.36 0.37 0.55 0.63 0.22 0.28 0.24
C6 0.25 0.17 0.19 0.34 0.15 0.52 0.16 0.75 0.23 0.22 0.23 0.14 0.32 0.17 0.20 0.39 0.33 0.48 0.61 0.28 0.31 0.22
N1 0.23 0.20 0.18 0.37 0.16 0.48 0.17 0.72 0.24 0.23 0.25 0.16 0.32 0.19 0.20 0.38 0.34 0.42 0.54 0.29 0.35 0.22
N3 0.23 0.18 0.17 0.38 0.16 0.49 0.16 0.72 0.22 0.23 0.22 0.15 0.30 0.18 0.20 0.37 0.33 0.43 0.53 0.33 0.37 0.22
O2 0.21 0.21 0.17 0.43 0.17 0.43 0.17 0.67 0.21 0.24 0.25 0.18 0.27 0.22 0.20 0.34 0.37 0.32 0.47 0.34 0.41 0.25
O2' 0.36 0.39 0.36 0.33 0.32 0.38 0.31 0.56 0.37 0.32 0.41 0.35 0.40 0.29 0.33 0.54 0.35 0.39 0.66 0.71 0.83 0.72
O3' 0.30 0.27 0.23 0.38 0.24 0.38 0.24 0.51 0.28 0.28 0.31 0.25 0.34 0.25 0.27 0.31 0.32 0.36 0.49 0.26 0.42 0.29
O4 0.27 0.17 0.22 0.32 0.16 0.57 0.18 0.80 0.23 0.19 0.21 0.16 0.30 0.18 0.20 0.42 0.31 0.56 0.66 0.34 0.29 0.24
O4' 0.24 0.25 0.19 0.37 0.18 0.50 0.20 0.76 0.27 0.23 0.30 0.19 0.35 0.20 0.20 0.42 0.33 0.43 0.57 0.28 0.29 0.20
O5' 0.50 0.33 0.30 0.45 0.37 0.63 0.32 0.75 0.29 0.41 0.30 0.37 0.29 0.34 0.43 0.42 0.42 0.66 0.70 0.28 0.27 0.28
OP1 0.63 0.34 0.44 0.57 0.42 0.83 0.34 0.98 0.27 0.49 0.28 0.42 0.27 0.37 0.52 0.57 0.57 0.85 0.98 0.57 0.56 0.64
OP2 0.80 0.63 0.63 0.64 0.65 0.89 0.56 0.95 0.51 0.64 0.55 0.69 0.45 0.54 0.71 0.77 0.63 0.96 0.95 0.56 0.51 0.63
P 0.67 0.43 0.48 0.59 0.50 0.85 0.41 0.98 0.35 0.54 0.37 0.50 0.32 0.43 0.58 0.61 0.59 0.87 0.97 0.54 0.49 0.60

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.05 0.02 0.02 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.17 0.01 0.26 0.38 0.31 0.19
C2 0.04 0.00 0.35 0.36 0.01 0.12 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.31 0.22 0.41 0.39 0.55 0.38
C2' 0.00 0.35 0.00 0.00 0.17 0.03 0.07 0.10 0.14 0.20 0.26 0.35 0.09 0.12 0.02 0.00 0.02 0.01 0.38 0.42 0.57 0.29
C3' 0.02 0.36 0.00 0.00 0.27 0.01 0.28 0.02 0.33 0.15 0.37 0.32 0.33 0.21 0.16 0.02 0.01 0.03 0.25 0.35 0.35 0.12
C4 0.02 0.01 0.17 0.27 0.00 0.09 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.19 0.11 0.38 0.35 0.52 0.33
C4' 0.02 0.12 0.03 0.01 0.09 0.00 0.14 0.01 0.13 0.20 0.11 0.11 0.16 0.20 0.10 0.19 0.04 0.01 0.02 0.45 0.15 0.23
C5 0.02 0.01 0.07 0.28 0.00 0.14 0.00 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.17 0.20 0.04 0.39 0.36 0.62 0.39
C5' 0.05 0.21 0.10 0.02 0.20 0.01 0.29 0.00 0.30 0.34 0.25 0.18 0.36 0.38 0.19 0.13 0.14 0.02 0.01 0.28 0.17 0.03
C6 0.02 0.01 0.14 0.33 0.01 0.13 0.01 0.30 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.26 0.09 0.41 0.38 0.65 0.43
C8 0.02 0.01 0.20 0.15 0.01 0.20 0.01 0.34 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.36 0.12 0.16 0.37 0.30 0.55 0.29
N1 0.04 0.00 0.26 0.37 0.01 0.11 0.01 0.25 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.31 0.16 0.42 0.40 0.62 0.43
N3 0.04 0.01 0.35 0.32 0.01 0.11 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.25 0.26 0.22 0.39 0.38 0.49 0.32
N6 0.01 0.01 0.09 0.33 0.01 0.16 0.01 0.36 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.19 0.27 0.06 0.41 0.39 0.71 0.47
N7 0.02 0.01 0.12 0.21 0.01 0.20 0.00 0.38 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.33 0.16 0.10 0.39 0.33 0.64 0.38
N9 0.01 0.01 0.02 0.16 0.00 0.10 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.11 0.02 0.34 0.33 0.46 0.26
O2' 0.02 0.25 0.00 0.02 0.09 0.19 0.17 0.13 0.14 0.36 0.16 0.25 0.19 0.33 0.14 0.00 0.06 0.15 0.20 0.63 0.43 0.32
O3' 0.17 0.31 0.02 0.01 0.19 0.04 0.20 0.14 0.26 0.12 0.31 0.26 0.27 0.16 0.11 0.06 0.00 0.12 0.28 0.57 0.18 0.26
O4' 0.01 0.22 0.01 0.03 0.11 0.01 0.04 0.02 0.09 0.16 0.16 0.22 0.06 0.10 0.02 0.15 0.12 0.00 0.22 0.38 0.16 0.20
O5' 0.26 0.41 0.38 0.25 0.38 0.02 0.39 0.01 0.41 0.37 0.42 0.39 0.41 0.39 0.34 0.20 0.28 0.22 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.38 0.39 0.42 0.35 0.35 0.45 0.36 0.28 0.38 0.30 0.40 0.38 0.39 0.33 0.33 0.63 0.57 0.38 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.31 0.55 0.57 0.35 0.52 0.15 0.62 0.17 0.65 0.55 0.62 0.49 0.71 0.64 0.46 0.43 0.18 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.38 0.29 0.12 0.33 0.23 0.39 0.03 0.43 0.29 0.43 0.32 0.47 0.38 0.26 0.32 0.26 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00