Doublet Group distance statistics: 53365

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 2, 1, 3, 4, 2, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
N3	A	0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.004
C5	A	0, 0.007, 0.014, 0.020, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.006
C4	A	0, 0.007, 0.016, 0.024, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C2	A	0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C1'	A	0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C6	A	0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N1	A	0, 0.004, 0.014, 0.025, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.014 std_dev=0.010
O2	A	0, 0.012, 0.030, 0.049, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.030 std_dev=0.018
O4	A	0, 0.045, 0.103, 0.161, 0.227 max_d=0.227 avg_d=0.103 std_dev=0.058
C2'	A	0, 0.013, 0.124, 0.235, 0.321 max_d=0.321 avg_d=0.124 std_dev=0.111
O2'	A	0, 0.067, 0.193, 0.319, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.193 std_dev=0.126
O4'	A	0, -0.007, 0.121, 0.250, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.121 std_dev=0.128
C3'	A	0, 0.065, 0.243, 0.420, 0.629 max_d=0.629 avg_d=0.243 std_dev=0.177
C4'	A	0, 0.041, 0.221, 0.402, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.221 std_dev=0.181
C6	B	0, 0.138, 0.345, 0.551, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.345 std_dev=0.206
N6	B	0, 0.152, 0.373, 0.595, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.373 std_dev=0.222
C5	B	0, 0.118, 0.347, 0.576, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.347 std_dev=0.229
N1	B	0, 0.129, 0.367, 0.605, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.367 std_dev=0.238
C4	B	0, 0.135, 0.385, 0.635, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.385 std_dev=0.250
O3'	A	0, 0.139, 0.390, 0.640, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.390 std_dev=0.250
C2	B	0, 0.130, 0.414, 0.698, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.414 std_dev=0.284
N7	B	0, 0.076, 0.361, 0.645, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.361 std_dev=0.284
N9	B	0, 0.122, 0.407, 0.692, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.407 std_dev=0.285
N3	B	0, 0.141, 0.429, 0.718, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.429 std_dev=0.289
C5'	A	0, 0.065, 0.369, 0.673, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.369 std_dev=0.304
C8	B	0, 0.065, 0.377, 0.688, 1.305 max_d=1.305 avg_d=0.377 std_dev=0.311
C1'	B	0, 0.157, 0.490, 0.824, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.490 std_dev=0.333
O5'	A	0, 0.070, 0.448, 0.826, 1.428 max_d=1.428 avg_d=0.448 std_dev=0.378
C2'	B	0, 0.081, 0.590, 1.099, 2.061 max_d=2.061 avg_d=0.590 std_dev=0.509
O4'	B	0, 0.085, 0.621, 1.158, 2.231 max_d=2.231 avg_d=0.621 std_dev=0.536
P	A	0, 0.046, 0.600, 1.155, 2.161 max_d=2.161 avg_d=0.600 std_dev=0.555
O2'	B	0, 0.195, 0.787, 1.380, 2.249 max_d=2.249 avg_d=0.787 std_dev=0.593
OP2	A	0, 0.050, 0.660, 1.270, 2.354 max_d=2.354 avg_d=0.660 std_dev=0.610
OP1	A	0, 0.112, 0.727, 1.342, 2.425 max_d=2.425 avg_d=0.727 std_dev=0.615
C3'	B	0, 0.035, 0.764, 1.493, 2.822 max_d=2.822 avg_d=0.764 std_dev=0.729
C4'	B	0, 0.007, 0.772, 1.537, 3.089 max_d=3.089 avg_d=0.772 std_dev=0.765
C5'	B	0, -0.112, 0.842, 1.795, 3.904 max_d=3.904 avg_d=0.842 std_dev=0.953
O3'	B	0, 0.088, 1.072, 2.055, 3.692 max_d=3.692 avg_d=1.072 std_dev=0.984
O5'	B	0, 0.301, 1.733, 3.165, 4.644 max_d=4.644 avg_d=1.733 std_dev=1.432
P	B	0, 0.469, 2.326, 4.183, 5.064 max_d=5.064 avg_d=2.326 std_dev=1.857
OP1	B	0, 0.628, 2.993, 5.357, 5.816 max_d=5.816 avg_d=2.993 std_dev=2.364
OP2	B	0, 0.707, 3.402, 6.096, 6.667 max_d=6.667 avg_d=3.402 std_dev=2.694

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.01	0.00	0.07	0.06	0.13	0.08
C2	0.02	0.00	0.06	0.11	0.01	0.04	0.01	0.07	0.01	0.00	0.00	0.01	0.07	0.12	0.01	0.03	0.13	0.15	0.22	0.15
C2'	0.00	0.06	0.00	0.00	0.05	0.01	0.05	0.01	0.05	0.03	0.06	0.10	0.01	0.02	0.06	0.01	0.03	0.06	0.07	0.03
C3'	0.01	0.11	0.00	0.00	0.11	0.00	0.10	0.01	0.08	0.07	0.12	0.12	0.01	0.01	0.12	0.01	0.04	0.09	0.06	0.05
C4	0.01	0.01	0.05	0.11	0.00	0.06	0.00	0.12	0.00	0.01	0.00	0.01	0.06	0.14	0.00	0.02	0.18	0.23	0.29	0.22
C4'	0.01	0.04	0.01	0.00	0.06	0.00	0.07	0.01	0.06	0.03	0.05	0.03	0.05	0.02	0.07	0.00	0.01	0.06	0.03	0.01
C5	0.01	0.01	0.05	0.10	0.00	0.07	0.00	0.13	0.00	0.01	0.01	0.01	0.04	0.12	0.01	0.03	0.18	0.23	0.30	0.23
C5'	0.02	0.07	0.01	0.01	0.12	0.01	0.13	0.00	0.10	0.07	0.10	0.05	0.05	0.03	0.13	0.01	0.01	0.05	0.01	0.01
C6	0.01	0.01	0.05	0.08	0.00	0.06	0.00	0.10	0.00	0.00	0.01	0.01	0.04	0.10	0.01	0.03	0.16	0.18	0.25	0.19
N1	0.01	0.00	0.03	0.07	0.01	0.03	0.01	0.07	0.00	0.00	0.01	0.01	0.03	0.07	0.01	0.01	0.12	0.13	0.20	0.14
N3	0.02	0.00	0.06	0.12	0.00	0.05	0.01	0.10	0.01	0.01	0.00	0.00	0.08	0.15	0.01	0.02	0.16	0.20	0.26	0.19
O2	0.02	0.01	0.10	0.12	0.01	0.03	0.01	0.05	0.01	0.01	0.00	0.00	0.11	0.14	0.01	0.04	0.11	0.12	0.20	0.13
O2'	0.01	0.07	0.01	0.01	0.06	0.05	0.04	0.05	0.04	0.03	0.08	0.11	0.00	0.03	0.07	0.05	0.04	0.10	0.06	0.05
O3'	0.01	0.12	0.02	0.01	0.14	0.02	0.12	0.03	0.10	0.07	0.15	0.14	0.03	0.00	0.16	0.01	0.09	0.16	0.14	0.12
O4	0.01	0.01	0.06	0.12	0.00	0.07	0.01	0.13	0.01	0.01	0.01	0.01	0.07	0.16	0.00	0.02	0.19	0.25	0.31	0.24
O4'	0.00	0.03	0.01	0.01	0.02	0.00	0.03	0.01	0.03	0.01	0.02	0.04	0.05	0.01	0.02	0.00	0.07	0.05	0.12	0.08
O5'	0.07	0.13	0.03	0.04	0.18	0.01	0.18	0.01	0.16	0.12	0.16	0.11	0.04	0.09	0.19	0.07	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.06	0.15	0.06	0.09	0.23	0.06	0.23	0.05	0.18	0.13	0.20	0.12	0.10	0.16	0.25	0.05	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.13	0.22	0.07	0.06	0.29	0.03	0.30	0.01	0.25	0.20	0.26	0.20	0.06	0.14	0.31	0.12	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.08	0.15	0.03	0.05	0.22	0.01	0.23	0.01	0.19	0.14	0.19	0.13	0.05	0.12	0.24	0.08	0.00	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.10	0.10	0.18	0.36	0.07	0.31	0.06	0.53	0.08	0.10	0.10	0.09	0.11	0.09	0.09	0.63	0.27	0.12	0.43	1.53	0.68	0.56
C2	0.11	0.10	0.19	0.33	0.07	0.30	0.06	0.50	0.08	0.11	0.10	0.08	0.14	0.09	0.09	0.60	0.22	0.13	0.39	1.57	0.62	0.57
C2'	0.08	0.12	0.12	0.35	0.08	0.30	0.09	0.50	0.11	0.10	0.13	0.10	0.14	0.10	0.08	0.52	0.23	0.15	0.29	1.72	0.63	0.69
C3'	0.12	0.14	0.15	0.39	0.11	0.40	0.12	0.62	0.14	0.14	0.16	0.12	0.17	0.13	0.12	0.54	0.30	0.25	0.37	1.75	0.69	0.73
C4	0.13	0.12	0.34	0.30	0.10	0.34	0.10	0.57	0.14	0.12	0.14	0.11	0.18	0.09	0.12	0.71	0.29	0.17	0.60	1.44	0.90	0.52
C4'	0.09	0.08	0.21	0.37	0.05	0.36	0.06	0.61	0.07	0.10	0.09	0.07	0.12	0.09	0.08	0.67	0.31	0.17	0.49	1.57	0.77	0.62
C5	0.13	0.12	0.34	0.33	0.10	0.37	0.09	0.61	0.12	0.11	0.13	0.11	0.16	0.08	0.11	0.75	0.34	0.18	0.67	1.38	1.04	0.56
C5'	0.13	0.07	0.27	0.38	0.07	0.42	0.07	0.68	0.07	0.13	0.08	0.06	0.12	0.11	0.11	0.73	0.35	0.23	0.59	1.55	0.91	0.66
C6	0.12	0.11	0.28	0.35	0.08	0.36	0.07	0.60	0.10	0.09	0.11	0.09	0.14	0.07	0.09	0.72	0.34	0.16	0.60	1.43	0.91	0.54
N1	0.11	0.09	0.21	0.35	0.07	0.33	0.06	0.55	0.08	0.10	0.10	0.08	0.12	0.08	0.09	0.65	0.28	0.14	0.48	1.51	0.72	0.54
N3	0.12	0.11	0.25	0.31	0.08	0.30	0.08	0.51	0.12	0.12	0.13	0.09	0.17	0.08	0.10	0.63	0.23	0.14	0.44	1.55	0.65	0.53
O2	0.11	0.09	0.14	0.33	0.08	0.26	0.08	0.45	0.07	0.13	0.09	0.08	0.12	0.13	0.10	0.51	0.17	0.13	0.28	1.63	0.61	0.64
O2'	0.11	0.16	0.12	0.32	0.12	0.23	0.11	0.42	0.13	0.10	0.16	0.14	0.13	0.10	0.10	0.53	0.19	0.09	0.24	1.69	0.62	0.68
O3'	0.15	0.20	0.13	0.40	0.15	0.42	0.15	0.63	0.18	0.16	0.21	0.17	0.19	0.15	0.15	0.48	0.30	0.28	0.33	1.86	0.73	0.84
O4	0.15	0.13	0.42	0.27	0.12	0.34	0.13	0.57	0.16	0.15	0.15	0.12	0.20	0.13	0.14	0.73	0.29	0.18	0.66	1.38	1.04	0.53
O4'	0.13	0.13	0.24	0.36	0.10	0.33	0.08	0.58	0.09	0.10	0.12	0.12	0.12	0.09	0.11	0.73	0.31	0.12	0.55	1.44	0.83	0.54
O5'	0.19	0.10	0.35	0.36	0.13	0.45	0.13	0.71	0.11	0.19	0.10	0.12	0.14	0.17	0.17	0.78	0.34	0.29	0.60	1.58	0.95	0.68
OP1	0.25	0.12	0.44	0.34	0.17	0.48	0.16	0.74	0.13	0.25	0.12	0.14	0.15	0.21	0.22	0.85	0.33	0.34	0.61	1.60	0.99	0.72
OP2	0.33	0.19	0.55	0.35	0.25	0.50	0.23	0.76	0.19	0.33	0.17	0.23	0.19	0.28	0.30	0.92	0.34	0.38	0.65	1.56	1.12	0.73
P	0.24	0.11	0.45	0.33	0.17	0.46	0.16	0.73	0.12	0.24	0.10	0.14	0.14	0.20	0.22	0.87	0.33	0.32	0.66	1.54	1.09	0.71

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.03	0.02	0.01	0.02	0.03	0.02	0.01	0.00	0.01	0.25	0.00	0.28	0.84	0.33	0.32
C2	0.03	0.00	0.16	0.06	0.01	0.15	0.01	0.13	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.14	0.36	0.21	0.34	1.34	1.02	0.79
C2'	0.01	0.16	0.00	0.00	0.09	0.01	0.06	0.14	0.09	0.08	0.14	0.16	0.07	0.04	0.02	0.00	0.04	0.02	0.62	0.85	0.63	0.51
C3'	0.01	0.06	0.00	0.00	0.12	0.00	0.22	0.01	0.20	0.30	0.13	0.05	0.25	0.31	0.16	0.02	0.01	0.01	0.45	0.72	0.48	0.45
C4	0.01	0.01	0.09	0.12	0.00	0.04	0.00	0.08	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.00	0.13	0.20	0.11	0.23	1.29	0.70	0.62
C4'	0.01	0.15	0.01	0.00	0.04	0.00	0.08	0.00	0.05	0.24	0.08	0.15	0.09	0.20	0.08	0.18	0.02	0.00	0.01	0.36	0.22	0.08
C5	0.01	0.01	0.06	0.22	0.00	0.08	0.00	0.17	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.21	0.06	0.05	0.19	1.47	0.70	0.67
C5'	0.03	0.13	0.14	0.01	0.08	0.00	0.17	0.00	0.14	0.31	0.10	0.13	0.20	0.30	0.12	0.05	0.14	0.01	0.01	0.33	0.32	0.01
C6	0.02	0.01	0.09	0.20	0.01	0.05	0.01	0.14	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.18	0.11	0.09	0.19	1.54	0.87	0.77
C8	0.01	0.02	0.08	0.30	0.01	0.24	0.01	0.31	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.31	0.13	0.11	0.36	1.35	0.46	0.46
N1	0.02	0.01	0.14	0.13	0.01	0.08	0.01	0.10	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.13	0.25	0.16	0.28	1.48	1.02	0.82
N3	0.03	0.00	0.16	0.05	0.00	0.15	0.01	0.13	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.14	0.38	0.20	0.32	1.20	0.87	0.68
N6	0.02	0.01	0.07	0.25	0.02	0.09	0.01	0.20	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.02	0.22	0.05	0.06	0.16	1.63	0.86	0.79
N7	0.01	0.02	0.04	0.31	0.01	0.20	0.01	0.30	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.31	0.12	0.06	0.28	1.50	0.55	0.57
N9	0.00	0.01	0.02	0.16	0.00	0.08	0.00	0.12	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.16	0.10	0.01	0.26	1.17	0.46	0.46
O2'	0.01	0.14	0.00	0.02	0.13	0.18	0.21	0.05	0.18	0.31	0.13	0.14	0.22	0.31	0.16	0.00	0.07	0.14	0.62	0.77	0.79	0.54
O3'	0.25	0.36	0.04	0.01	0.20	0.02	0.06	0.14	0.11	0.13	0.25	0.38	0.05	0.12	0.10	0.07	0.00	0.17	0.38	0.67	0.36	0.41
O4'	0.00	0.21	0.02	0.01	0.11	0.00	0.05	0.01	0.09	0.11	0.16	0.20	0.06	0.06	0.01	0.14	0.17	0.00	0.21	0.82	0.59	0.48
O5'	0.28	0.34	0.62	0.45	0.23	0.01	0.19	0.01	0.19	0.36	0.28	0.32	0.16	0.28	0.26	0.62	0.38	0.21	0.00	0.02	0.02	0.00
OP1	0.84	1.34	0.85	0.72	1.29	0.36	1.47	0.33	1.54	1.35	1.48	1.20	1.63	1.50	1.17	0.77	0.67	0.82	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.33	1.02	0.63	0.48	0.70	0.22	0.70	0.32	0.87	0.46	1.02	0.87	0.86	0.55	0.46	0.79	0.36	0.59	0.02	0.01	0.00	0.00
P	0.32	0.79	0.51	0.45	0.62	0.08	0.67	0.01	0.77	0.46	0.82	0.68	0.79	0.57	0.46	0.54	0.41	0.48	0.00	0.01	0.00	0.00