ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53366

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 4, 2, 3, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.007, 0.012, 0.018, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.012, 0.020, 0.027, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.020 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.017, 0.025, 0.033, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.025 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.009, 0.017, 0.025, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.017 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.006, 0.014, 0.023, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.012, 0.021, 0.030, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.021 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.010, 0.022, 0.034, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.022 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.025, 0.047, 0.070, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.047 std_dev=0.023
O4 A 0, 0.079, 0.116, 0.154, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.116 std_dev=0.038
C4 B 0, 0.175, 0.319, 0.463, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.319 std_dev=0.144
N9 B 0, 0.239, 0.384, 0.530, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.384 std_dev=0.146
C5 B 0, 0.240, 0.391, 0.541, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.391 std_dev=0.151
C1' B 0, 0.301, 0.509, 0.717, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.509 std_dev=0.208
C8 B 0, 0.256, 0.476, 0.696, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.476 std_dev=0.220
N7 B 0, 0.215, 0.452, 0.689, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.452 std_dev=0.237
C6 B 0, 0.270, 0.516, 0.762, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.516 std_dev=0.246
N3 B 0, 0.151, 0.405, 0.659, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.405 std_dev=0.254
N6 B 0, 0.388, 0.668, 0.949, 1.238 max_d=1.238 avg_d=0.668 std_dev=0.280
C2 B 0, 0.166, 0.529, 0.892, 1.303 max_d=1.303 avg_d=0.529 std_dev=0.363
N1 B 0, 0.203, 0.577, 0.951, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.577 std_dev=0.374
O4' A 0, -0.231, 0.368, 0.966, 2.549 max_d=2.549 avg_d=0.368 std_dev=0.598
O4' B 0, 0.438, 1.057, 1.675, 2.134 max_d=2.134 avg_d=1.057 std_dev=0.619
C2' A 0, -0.252, 0.392, 1.036, 2.761 max_d=2.761 avg_d=0.392 std_dev=0.644
C4' A 0, -0.234, 0.524, 1.282, 3.233 max_d=3.233 avg_d=0.524 std_dev=0.758
C2' B 0, 0.873, 1.720, 2.567, 2.936 max_d=2.936 avg_d=1.720 std_dev=0.847
O2' A 0, -0.396, 0.475, 1.345, 3.692 max_d=3.692 avg_d=0.475 std_dev=0.871
C3' A 0, -0.323, 0.619, 1.561, 4.044 max_d=4.044 avg_d=0.619 std_dev=0.942
O3' B 0, 0.781, 1.733, 2.685, 3.288 max_d=3.288 avg_d=1.733 std_dev=0.952
C3' B 0, 0.689, 1.688, 2.686, 3.100 max_d=3.100 avg_d=1.688 std_dev=0.999
C4' B 0, 0.551, 1.593, 2.635, 3.144 max_d=3.144 avg_d=1.593 std_dev=1.042
O2' B 0, 1.457, 2.577, 3.697, 4.378 max_d=4.378 avg_d=2.577 std_dev=1.120
O3' A 0, -0.364, 0.937, 2.238, 5.632 max_d=5.632 avg_d=0.937 std_dev=1.301
C5' A 0, -0.497, 0.901, 2.299, 6.001 max_d=6.001 avg_d=0.901 std_dev=1.398
C5' B 0, 1.054, 2.661, 4.268, 5.436 max_d=5.436 avg_d=2.661 std_dev=1.607
O5' B 0, 0.446, 2.211, 3.976, 6.517 max_d=6.517 avg_d=2.211 std_dev=1.765
O5' A 0, -0.620, 1.169, 2.958, 7.466 max_d=7.466 avg_d=1.169 std_dev=1.789
P A 0, -0.918, 1.571, 4.059, 10.431 max_d=10.431 avg_d=1.571 std_dev=2.489
P B 0, 0.175, 2.797, 5.419, 9.265 max_d=9.265 avg_d=2.797 std_dev=2.622
OP2 A 0, -0.839, 1.886, 4.611, 11.597 max_d=11.597 avg_d=1.886 std_dev=2.725
OP1 A 0, -0.736, 2.027, 4.791, 11.749 max_d=11.749 avg_d=2.027 std_dev=2.764
OP2 B 0, 0.347, 3.120, 5.894, 9.979 max_d=9.979 avg_d=3.120 std_dev=2.774
OP1 B 0, 0.288, 3.245, 6.201, 10.356 max_d=10.356 avg_d=3.245 std_dev=2.957

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.15 0.26 0.22 0.13
C2 0.02 0.00 0.12 0.20 0.01 0.19 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.19 0.01 0.20 0.46 0.65 0.35 0.45
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.02 0.06 0.01 0.08 0.03 0.10 0.19 0.01 0.02 0.07 0.01 0.24 0.31 0.13 0.21
C3' 0.02 0.20 0.00 0.00 0.16 0.01 0.29 0.02 0.31 0.10 0.16 0.42 0.02 0.01 0.17 0.02 0.33 0.40 0.15 0.29
C4 0.01 0.01 0.06 0.16 0.00 0.09 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.18 0.01 0.02 0.58 0.98 0.61 0.61
C4' 0.02 0.19 0.02 0.01 0.09 0.00 0.24 0.00 0.27 0.05 0.12 0.40 0.09 0.03 0.09 0.00 0.02 0.20 0.28 0.03
C5 0.01 0.01 0.06 0.29 0.01 0.24 0.00 0.44 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.26 0.01 0.14 0.82 1.17 1.01 0.91
C5' 0.01 0.24 0.01 0.02 0.18 0.00 0.44 0.00 0.45 0.09 0.14 0.56 0.08 0.07 0.19 0.02 0.01 0.31 0.36 0.02
C6 0.01 0.01 0.08 0.31 0.01 0.27 0.00 0.45 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.26 0.01 0.19 0.78 0.97 0.89 0.81
N1 0.01 0.01 0.03 0.10 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.08 0.01 0.01 0.36 0.55 0.31 0.33
N3 0.02 0.00 0.10 0.16 0.01 0.12 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.18 0.01 0.14 0.47 0.78 0.35 0.47
O2 0.03 0.00 0.19 0.42 0.01 0.40 0.01 0.56 0.01 0.01 0.01 0.00 0.16 0.37 0.02 0.35 0.78 0.87 0.82 0.83
O2' 0.03 0.07 0.01 0.02 0.11 0.09 0.16 0.08 0.16 0.06 0.07 0.16 0.00 0.06 0.11 0.10 0.03 0.15 0.15 0.04
O3' 0.02 0.19 0.02 0.01 0.18 0.03 0.26 0.07 0.26 0.08 0.18 0.37 0.06 0.00 0.20 0.02 0.27 0.46 0.21 0.29
O4 0.02 0.01 0.07 0.17 0.01 0.09 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.20 0.00 0.03 0.62 1.07 0.68 0.67
O4' 0.00 0.20 0.01 0.02 0.02 0.00 0.14 0.02 0.19 0.01 0.14 0.35 0.10 0.02 0.03 0.00 0.07 0.14 0.38 0.12
O5' 0.15 0.46 0.24 0.33 0.58 0.02 0.82 0.01 0.78 0.36 0.47 0.78 0.03 0.27 0.62 0.07 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.26 0.65 0.31 0.40 0.98 0.20 1.17 0.31 0.97 0.55 0.78 0.87 0.15 0.46 1.07 0.14 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.35 0.13 0.15 0.61 0.28 1.01 0.36 0.89 0.31 0.35 0.82 0.15 0.21 0.68 0.38 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.45 0.21 0.29 0.61 0.03 0.91 0.02 0.81 0.33 0.47 0.83 0.04 0.29 0.67 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.08 0.24 0.48 0.09 0.33 0.08 0.65 0.06 0.12 0.07 0.09 0.05 0.10 0.11 0.61 0.43 0.21 0.76 0.87 1.05 0.85
C2 0.12 0.07 0.25 0.45 0.08 0.32 0.07 0.62 0.06 0.12 0.06 0.08 0.09 0.09 0.11 0.60 0.39 0.21 0.73 0.81 0.98 0.79
C2' 0.24 0.24 0.33 0.43 0.24 0.38 0.24 0.71 0.24 0.24 0.24 0.24 0.23 0.24 0.24 0.62 0.37 0.28 0.86 0.95 1.11 0.92
C3' 0.43 0.58 0.51 0.49 0.49 0.51 0.48 0.79 0.55 0.39 0.59 0.54 0.56 0.41 0.44 0.77 0.47 0.44 0.98 1.03 1.21 1.00
C4 0.13 0.10 0.42 0.44 0.10 0.38 0.10 0.71 0.11 0.11 0.10 0.10 0.13 0.11 0.12 0.71 0.49 0.33 0.78 0.91 1.10 0.90
C4' 0.38 0.58 0.40 0.50 0.47 0.48 0.47 0.79 0.56 0.33 0.61 0.52 0.60 0.37 0.39 0.72 0.49 0.41 0.92 0.99 1.16 0.97
C5 0.13 0.09 0.42 0.46 0.10 0.39 0.09 0.74 0.09 0.11 0.08 0.09 0.10 0.10 0.11 0.73 0.53 0.33 0.79 0.97 1.16 0.95
C5' 0.57 1.01 0.56 0.57 0.76 0.59 0.76 0.87 0.95 0.49 1.06 0.88 1.01 0.56 0.60 0.88 0.62 0.56 0.99 1.05 1.20 1.03
C6 0.12 0.07 0.35 0.46 0.08 0.37 0.07 0.71 0.06 0.11 0.07 0.08 0.08 0.09 0.11 0.70 0.50 0.29 0.78 0.94 1.10 0.90
N1 0.12 0.07 0.28 0.46 0.08 0.34 0.07 0.66 0.06 0.11 0.06 0.08 0.07 0.09 0.11 0.64 0.44 0.24 0.75 0.87 1.04 0.84
N3 0.12 0.08 0.31 0.44 0.08 0.34 0.08 0.65 0.09 0.11 0.09 0.08 0.13 0.09 0.10 0.64 0.40 0.26 0.73 0.81 0.97 0.79
O2 0.14 0.07 0.22 0.46 0.10 0.28 0.09 0.56 0.06 0.13 0.06 0.09 0.08 0.11 0.13 0.55 0.37 0.16 0.72 0.78 0.97 0.77
O2' 0.18 0.34 0.24 0.43 0.24 0.31 0.25 0.67 0.33 0.17 0.37 0.28 0.37 0.20 0.19 0.54 0.34 0.19 0.81 0.96 1.12 0.93
O3' 0.46 0.60 0.56 0.52 0.51 0.54 0.49 0.81 0.54 0.42 0.60 0.56 0.54 0.42 0.46 0.79 0.50 0.47 1.04 1.10 1.32 1.08
O4 0.15 0.13 0.51 0.45 0.13 0.41 0.13 0.75 0.13 0.14 0.13 0.13 0.15 0.14 0.14 0.74 0.54 0.38 0.82 0.96 1.20 0.98
O4' 0.30 0.44 0.29 0.52 0.37 0.47 0.38 0.78 0.44 0.28 0.46 0.40 0.47 0.31 0.32 0.66 0.51 0.39 0.87 0.99 1.16 0.97
O5' 0.88 1.39 0.88 0.88 1.09 0.80 1.09 0.93 1.31 0.77 1.45 1.23 1.39 0.85 0.91 1.14 0.98 0.79 0.99 1.19 1.39 1.20
OP1 1.25 1.82 1.32 1.12 1.43 1.12 1.37 1.23 1.62 1.10 1.86 1.62 1.63 1.11 1.25 1.61 1.24 1.15 1.18 1.43 1.61 1.41
OP2 1.15 2.10 1.19 1.07 1.54 0.94 1.49 1.01 1.88 0.93 2.19 1.81 1.90 1.05 1.20 1.50 1.25 0.97 1.11 1.32 1.43 1.33
P 1.07 1.82 1.08 0.98 1.38 0.90 1.35 0.99 1.66 0.91 1.90 1.59 1.71 1.00 1.11 1.38 1.13 0.93 1.03 1.25 1.43 1.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.12 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.35 0.01 0.29 0.40 0.30 0.33
C2 0.03 0.00 0.44 0.29 0.01 0.15 0.01 0.29 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.45 0.51 0.27 0.59 0.67 0.79 0.67
C2' 0.00 0.44 0.00 0.01 0.24 0.02 0.13 0.23 0.22 0.19 0.35 0.43 0.17 0.10 0.04 0.01 0.05 0.02 0.52 0.72 0.56 0.57
C3' 0.02 0.29 0.01 0.00 0.24 0.01 0.31 0.03 0.32 0.34 0.31 0.26 0.36 0.36 0.21 0.02 0.01 0.04 0.40 0.61 0.40 0.40
C4 0.01 0.01 0.24 0.24 0.00 0.06 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.31 0.14 0.52 0.55 0.62 0.53
C4' 0.02 0.15 0.02 0.01 0.06 0.00 0.11 0.01 0.09 0.24 0.10 0.15 0.13 0.21 0.09 0.32 0.03 0.01 0.02 0.30 0.21 0.19
C5 0.01 0.01 0.13 0.31 0.01 0.11 0.00 0.32 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.30 0.21 0.06 0.58 0.59 0.72 0.58
C5' 0.12 0.29 0.23 0.03 0.24 0.01 0.32 0.00 0.32 0.43 0.30 0.27 0.37 0.43 0.25 0.11 0.26 0.03 0.01 0.25 0.34 0.03
C6 0.01 0.01 0.22 0.32 0.01 0.09 0.01 0.32 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.32 0.28 0.11 0.61 0.63 0.81 0.64
C8 0.02 0.01 0.19 0.34 0.01 0.24 0.01 0.43 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.40 0.21 0.18 0.55 0.57 0.61 0.52
N1 0.02 0.00 0.35 0.31 0.01 0.10 0.01 0.30 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.38 0.41 0.20 0.61 0.67 0.84 0.68
N3 0.03 0.00 0.43 0.26 0.01 0.15 0.01 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.43 0.51 0.27 0.53 0.61 0.68 0.61
N6 0.01 0.01 0.17 0.36 0.01 0.13 0.01 0.37 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.36 0.25 0.07 0.63 0.67 0.87 0.67
N7 0.01 0.01 0.10 0.36 0.01 0.21 0.01 0.43 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.40 0.21 0.10 0.60 0.62 0.73 0.59
N9 0.00 0.01 0.04 0.21 0.01 0.09 0.01 0.25 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.20 0.18 0.02 0.45 0.48 0.48 0.43
O2' 0.02 0.45 0.01 0.02 0.25 0.32 0.30 0.11 0.32 0.40 0.38 0.43 0.36 0.40 0.20 0.00 0.08 0.20 0.45 0.63 0.61 0.50
O3' 0.35 0.51 0.05 0.01 0.31 0.03 0.21 0.26 0.28 0.21 0.41 0.51 0.25 0.21 0.18 0.08 0.00 0.25 0.42 0.65 0.60 0.47
O4' 0.01 0.27 0.02 0.04 0.14 0.01 0.06 0.03 0.11 0.18 0.20 0.27 0.07 0.10 0.02 0.20 0.25 0.00 0.17 0.29 0.31 0.31
O5' 0.29 0.59 0.52 0.40 0.52 0.02 0.58 0.01 0.61 0.55 0.61 0.53 0.63 0.60 0.45 0.45 0.42 0.17 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.40 0.67 0.72 0.61 0.55 0.30 0.59 0.25 0.63 0.57 0.67 0.61 0.67 0.62 0.48 0.63 0.65 0.29 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.30 0.79 0.56 0.40 0.62 0.21 0.72 0.34 0.81 0.61 0.84 0.68 0.87 0.73 0.48 0.61 0.60 0.31 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.33 0.67 0.57 0.40 0.53 0.19 0.58 0.03 0.64 0.52 0.68 0.61 0.67 0.59 0.43 0.50 0.47 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00