ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53367

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 6, 2, 3, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.005, 0.011, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.002, 0.007, 0.013, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.006, 0.011, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.012 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.009 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.014, 0.027, 0.039, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.027 std_dev=0.012
O4 A 0, 0.021, 0.051, 0.080, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.051 std_dev=0.030
C5 B 0, 0.135, 0.272, 0.408, 0.540 max_d=0.540 avg_d=0.272 std_dev=0.137
C4 B 0, 0.170, 0.337, 0.503, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.337 std_dev=0.166
C6 B 0, 0.163, 0.335, 0.507, 0.655 max_d=0.655 avg_d=0.335 std_dev=0.172
N1 B 0, 0.185, 0.401, 0.617, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.401 std_dev=0.216
N3 B 0, 0.217, 0.445, 0.673, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.445 std_dev=0.228
C2 B 0, 0.210, 0.441, 0.673, 0.927 max_d=0.927 avg_d=0.441 std_dev=0.231
N6 B 0, 0.250, 0.497, 0.744, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.497 std_dev=0.247
N9 B 0, 0.188, 0.435, 0.683, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.435 std_dev=0.247
N7 B 0, 0.100, 0.348, 0.596, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.348 std_dev=0.248
C8 B 0, 0.145, 0.417, 0.690, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.417 std_dev=0.273
C1' B 0, 0.341, 0.682, 1.024, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.682 std_dev=0.341
O4' A 0, 0.423, 0.788, 1.153, 1.570 max_d=1.570 avg_d=0.788 std_dev=0.365
C2' A 0, 0.421, 0.823, 1.224, 1.700 max_d=1.700 avg_d=0.823 std_dev=0.402
C3' A 0, 0.729, 1.255, 1.780, 2.091 max_d=2.091 avg_d=1.255 std_dev=0.525
C4' A 0, 0.634, 1.180, 1.726, 2.279 max_d=2.279 avg_d=1.180 std_dev=0.546
C2' B 0, 0.740, 1.365, 1.990, 2.281 max_d=2.281 avg_d=1.365 std_dev=0.625
O2' A 0, 0.304, 0.974, 1.643, 2.749 max_d=2.749 avg_d=0.974 std_dev=0.670
O3' A 0, 1.033, 1.704, 2.375, 2.780 max_d=2.780 avg_d=1.704 std_dev=0.671
C5' A 0, 1.163, 1.958, 2.753, 3.415 max_d=3.415 avg_d=1.958 std_dev=0.795
O4' B 0, 0.771, 1.596, 2.420, 2.775 max_d=2.775 avg_d=1.596 std_dev=0.825
C3' B 0, 0.872, 1.803, 2.735, 3.233 max_d=3.233 avg_d=1.803 std_dev=0.932
O5' A 0, 1.440, 2.373, 3.306, 4.037 max_d=4.037 avg_d=2.373 std_dev=0.933
O2' B 0, 1.128, 2.096, 3.063, 3.300 max_d=3.300 avg_d=2.096 std_dev=0.967
O3' B 0, 1.058, 2.082, 3.106, 4.357 max_d=4.357 avg_d=2.082 std_dev=1.024
P A 0, 1.590, 2.648, 3.706, 4.587 max_d=4.587 avg_d=2.648 std_dev=1.058
OP2 A 0, 1.935, 3.041, 4.146, 4.805 max_d=4.805 avg_d=3.041 std_dev=1.106
OP1 A 0, 1.237, 2.436, 3.635, 4.999 max_d=4.999 avg_d=2.436 std_dev=1.199
C4' B 0, 0.887, 2.086, 3.285, 3.832 max_d=3.832 avg_d=2.086 std_dev=1.199
O5' B 0, 0.843, 2.966, 5.089, 5.827 max_d=5.827 avg_d=2.966 std_dev=2.123
C5' B 0, 1.327, 3.486, 5.644, 6.077 max_d=6.077 avg_d=3.486 std_dev=2.158
P B 0, 1.113, 3.751, 6.389, 8.248 max_d=8.248 avg_d=3.751 std_dev=2.638
OP2 B 0, 1.596, 4.296, 6.996, 9.366 max_d=9.366 avg_d=4.296 std_dev=2.700
OP1 B 0, 1.336, 4.231, 7.127, 9.530 max_d=9.530 avg_d=4.231 std_dev=2.895

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.23 0.01 0.00 0.17 0.17 0.31 0.20
C2 0.02 0.00 0.13 0.18 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.17 0.01 0.05 0.20 0.20 0.35 0.23
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.05 0.01 0.11 0.16 0.13 0.03 0.10 0.23 0.00 0.03 0.05 0.01 0.39 0.43 0.47 0.40
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.29 0.01 0.31 0.02 0.27 0.18 0.25 0.15 0.02 0.01 0.31 0.02 0.24 0.30 0.14 0.20
C4 0.01 0.01 0.05 0.29 0.00 0.12 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.30 0.16 0.01 0.04 0.31 0.34 0.44 0.33
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.12 0.00 0.17 0.00 0.16 0.08 0.07 0.06 0.24 0.02 0.13 0.00 0.01 0.11 0.19 0.04
C5 0.02 0.01 0.11 0.31 0.01 0.17 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.34 0.22 0.01 0.10 0.34 0.36 0.44 0.35
C5' 0.06 0.05 0.16 0.02 0.12 0.00 0.17 0.00 0.14 0.05 0.07 0.08 0.08 0.18 0.14 0.01 0.01 0.16 0.25 0.01
C6 0.01 0.01 0.13 0.27 0.01 0.16 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.30 0.17 0.01 0.12 0.29 0.29 0.37 0.29
N1 0.01 0.01 0.03 0.18 0.01 0.08 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.16 0.08 0.01 0.03 0.21 0.20 0.34 0.22
N3 0.01 0.00 0.10 0.25 0.00 0.07 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.20 0.12 0.01 0.03 0.25 0.27 0.40 0.27
O2 0.03 0.00 0.23 0.15 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.31 0.02 0.11 0.17 0.17 0.34 0.21
O2' 0.03 0.12 0.00 0.02 0.30 0.24 0.34 0.08 0.30 0.16 0.20 0.11 0.00 0.06 0.32 0.17 0.25 0.30 0.50 0.30
O3' 0.23 0.17 0.03 0.01 0.16 0.02 0.22 0.18 0.17 0.08 0.12 0.31 0.06 0.00 0.19 0.15 0.30 0.47 0.32 0.34
O4 0.01 0.01 0.05 0.31 0.01 0.13 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.32 0.19 0.00 0.04 0.34 0.39 0.47 0.36
O4' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.04 0.00 0.10 0.01 0.12 0.03 0.03 0.11 0.17 0.15 0.04 0.00 0.09 0.09 0.28 0.16
O5' 0.17 0.20 0.39 0.24 0.31 0.01 0.34 0.01 0.29 0.21 0.25 0.17 0.25 0.30 0.34 0.09 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.17 0.20 0.43 0.30 0.34 0.11 0.36 0.16 0.29 0.20 0.27 0.17 0.30 0.47 0.39 0.09 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.31 0.35 0.47 0.14 0.44 0.19 0.44 0.25 0.37 0.34 0.40 0.34 0.50 0.32 0.47 0.28 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.20 0.23 0.40 0.20 0.33 0.04 0.35 0.01 0.29 0.22 0.27 0.21 0.30 0.34 0.36 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.21 0.30 0.58 0.16 0.44 0.16 0.64 0.20 0.16 0.22 0.18 0.22 0.15 0.16 0.73 0.55 0.31 0.67 0.90 1.13 0.92
C2 0.16 0.18 0.29 0.55 0.15 0.44 0.15 0.65 0.17 0.16 0.19 0.16 0.19 0.14 0.15 0.74 0.49 0.33 0.66 0.84 1.08 0.88
C2' 0.26 0.42 0.28 0.58 0.32 0.43 0.32 0.55 0.40 0.23 0.44 0.36 0.45 0.25 0.26 0.57 0.55 0.38 0.57 0.82 1.05 0.82
C3' 0.33 0.33 0.34 0.67 0.31 0.57 0.30 0.70 0.31 0.31 0.33 0.32 0.32 0.30 0.32 0.60 0.65 0.51 0.68 0.84 1.02 0.84
C4 0.15 0.15 0.48 0.47 0.13 0.56 0.14 0.88 0.16 0.13 0.16 0.14 0.19 0.12 0.13 0.99 0.49 0.51 0.89 1.12 1.32 1.17
C4' 0.18 0.23 0.32 0.59 0.18 0.51 0.19 0.74 0.22 0.18 0.24 0.20 0.24 0.18 0.18 0.78 0.58 0.39 0.74 0.99 1.17 0.98
C5 0.15 0.16 0.50 0.49 0.13 0.57 0.14 0.90 0.17 0.13 0.17 0.14 0.20 0.12 0.13 1.02 0.54 0.51 0.91 1.21 1.38 1.23
C5' 0.18 0.21 0.37 0.58 0.16 0.57 0.17 0.87 0.20 0.18 0.22 0.18 0.23 0.16 0.17 0.89 0.58 0.46 0.86 1.16 1.32 1.15
C6 0.15 0.17 0.42 0.52 0.14 0.53 0.14 0.82 0.17 0.14 0.19 0.15 0.20 0.13 0.14 0.93 0.54 0.44 0.82 1.10 1.29 1.11
N1 0.16 0.18 0.34 0.55 0.15 0.47 0.15 0.71 0.18 0.15 0.20 0.16 0.20 0.14 0.15 0.81 0.53 0.36 0.71 0.95 1.17 0.96
N3 0.16 0.16 0.36 0.51 0.14 0.49 0.14 0.73 0.16 0.15 0.17 0.15 0.19 0.13 0.15 0.84 0.46 0.41 0.73 0.90 1.13 0.94
O2 0.16 0.19 0.24 0.57 0.16 0.38 0.15 0.54 0.18 0.17 0.20 0.17 0.19 0.16 0.16 0.59 0.49 0.25 0.57 0.74 1.00 0.79
O2' 0.25 0.29 0.40 0.52 0.19 0.35 0.19 0.54 0.29 0.26 0.35 0.22 0.37 0.21 0.22 0.67 0.50 0.28 0.70 1.08 1.32 1.08
O3' 0.31 0.42 0.40 0.59 0.34 0.45 0.35 0.57 0.41 0.29 0.44 0.38 0.45 0.31 0.31 0.69 0.60 0.40 0.60 0.83 1.04 0.83
O4 0.15 0.14 0.58 0.44 0.13 0.61 0.13 0.98 0.15 0.12 0.15 0.13 0.18 0.13 0.13 1.08 0.50 0.59 1.01 1.24 1.43 1.32
O4' 0.17 0.22 0.35 0.58 0.18 0.49 0.18 0.77 0.21 0.16 0.24 0.20 0.22 0.16 0.16 0.87 0.57 0.34 0.78 1.06 1.27 1.06
O5' 0.33 0.26 0.58 0.60 0.28 0.59 0.27 0.86 0.25 0.32 0.26 0.28 0.25 0.29 0.31 1.06 0.66 0.51 0.84 1.14 1.29 1.12
OP1 0.31 0.24 0.54 0.61 0.25 0.68 0.23 1.01 0.23 0.29 0.24 0.25 0.23 0.25 0.28 1.05 0.68 0.60 1.00 1.39 1.47 1.33
OP2 0.39 0.34 0.62 0.65 0.35 0.78 0.34 1.13 0.33 0.37 0.34 0.35 0.34 0.35 0.37 1.10 0.74 0.72 1.13 1.54 1.61 1.50
P 0.30 0.23 0.54 0.61 0.24 0.70 0.23 1.04 0.22 0.27 0.23 0.24 0.23 0.24 0.27 1.07 0.67 0.61 1.05 1.43 1.54 1.39

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.07 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.03 0.35 0.01 0.24 0.24 0.45 0.27
C2 0.03 0.00 0.53 0.36 0.01 0.22 0.01 0.39 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.44 0.47 0.41 0.56 0.86 0.80 0.86
C2' 0.00 0.53 0.00 0.01 0.30 0.03 0.18 0.19 0.29 0.21 0.44 0.51 0.24 0.10 0.05 0.00 0.07 0.03 0.47 0.54 0.75 0.54
C3' 0.02 0.36 0.01 0.00 0.32 0.01 0.40 0.04 0.44 0.33 0.42 0.29 0.48 0.40 0.25 0.03 0.01 0.04 0.26 0.36 0.36 0.28
C4 0.02 0.01 0.30 0.32 0.00 0.09 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.17 0.33 0.21 0.42 0.54 0.65 0.60
C4' 0.02 0.22 0.03 0.01 0.09 0.00 0.13 0.01 0.11 0.30 0.14 0.22 0.15 0.26 0.11 0.32 0.04 0.01 0.04 0.15 0.15 0.06
C5 0.01 0.01 0.18 0.40 0.00 0.13 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.24 0.31 0.10 0.45 0.59 0.77 0.66
C5' 0.07 0.39 0.19 0.04 0.21 0.01 0.25 0.00 0.26 0.44 0.32 0.36 0.30 0.41 0.18 0.17 0.23 0.02 0.01 0.11 0.18 0.02
C6 0.02 0.00 0.29 0.44 0.01 0.11 0.01 0.26 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.21 0.38 0.18 0.50 0.71 0.84 0.77
C8 0.01 0.01 0.21 0.33 0.00 0.30 0.01 0.44 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.53 0.21 0.25 0.48 0.54 0.76 0.59
N1 0.03 0.00 0.44 0.42 0.01 0.14 0.01 0.32 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.30 0.44 0.32 0.54 0.83 0.85 0.85
N3 0.03 0.00 0.51 0.29 0.00 0.22 0.00 0.36 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.44 0.45 0.41 0.51 0.72 0.69 0.74
N6 0.03 0.01 0.24 0.48 0.01 0.15 0.02 0.30 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.26 0.40 0.12 0.52 0.74 0.92 0.80
N7 0.01 0.01 0.10 0.40 0.00 0.26 0.00 0.41 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.48 0.27 0.14 0.50 0.61 0.84 0.67
N9 0.00 0.01 0.05 0.25 0.01 0.11 0.01 0.18 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.21 0.22 0.02 0.32 0.36 0.57 0.42
O2' 0.03 0.44 0.00 0.03 0.17 0.32 0.24 0.17 0.21 0.53 0.30 0.44 0.26 0.48 0.21 0.00 0.09 0.20 0.28 0.37 0.71 0.37
O3' 0.35 0.47 0.07 0.01 0.33 0.04 0.31 0.23 0.38 0.21 0.44 0.45 0.40 0.27 0.22 0.09 0.00 0.22 0.36 0.66 0.60 0.51
O4' 0.01 0.41 0.03 0.04 0.21 0.01 0.10 0.02 0.18 0.25 0.32 0.41 0.12 0.14 0.02 0.20 0.22 0.00 0.16 0.19 0.26 0.18
O5' 0.24 0.56 0.47 0.26 0.42 0.04 0.45 0.01 0.50 0.48 0.54 0.51 0.52 0.50 0.32 0.28 0.36 0.16 0.00 0.03 0.02 0.00
OP1 0.24 0.86 0.54 0.36 0.54 0.15 0.59 0.11 0.71 0.54 0.83 0.72 0.74 0.61 0.36 0.37 0.66 0.19 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.45 0.80 0.75 0.36 0.65 0.15 0.77 0.18 0.84 0.76 0.85 0.69 0.92 0.84 0.57 0.71 0.60 0.26 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.27 0.86 0.54 0.28 0.60 0.06 0.66 0.02 0.77 0.59 0.85 0.74 0.80 0.67 0.42 0.37 0.51 0.18 0.00 0.01 0.01 0.00