ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53368

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 3, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.006, 0.015, 0.023, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.007, 0.021, 0.035, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.021 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.010, 0.024, 0.039, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.024 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.016, 0.031, 0.046, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.031 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.003, 0.019, 0.034, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.019 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.002, 0.018, 0.034, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.018 std_dev=0.016
O2 A 0, -0.002, 0.039, 0.080, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.039 std_dev=0.041
O4 A 0, 0.009, 0.056, 0.103, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.056 std_dev=0.047
O4' A 0, 0.238, 0.455, 0.673, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.455 std_dev=0.217
C6 B 0, 0.444, 0.687, 0.931, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.687 std_dev=0.243
N6 B 0, 0.395, 0.644, 0.893, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.644 std_dev=0.249
N1 B 0, 0.495, 0.747, 0.999, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.747 std_dev=0.252
C5 B 0, 0.488, 0.761, 1.034, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.761 std_dev=0.273
C2' A 0, 0.223, 0.496, 0.769, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.496 std_dev=0.273
C2 B 0, 0.577, 0.861, 1.146, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.861 std_dev=0.284
C4 B 0, 0.579, 0.873, 1.168, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.873 std_dev=0.295
N7 B 0, 0.526, 0.823, 1.120, 1.074 max_d=1.074 avg_d=0.823 std_dev=0.297
N3 B 0, 0.623, 0.929, 1.235, 1.235 max_d=1.235 avg_d=0.929 std_dev=0.306
C8 B 0, 0.617, 0.946, 1.276, 1.314 max_d=1.314 avg_d=0.946 std_dev=0.330
N9 B 0, 0.636, 0.972, 1.308, 1.298 max_d=1.298 avg_d=0.972 std_dev=0.336
C1' B 0, 0.701, 1.090, 1.479, 1.506 max_d=1.506 avg_d=1.090 std_dev=0.389
C4' A 0, 0.363, 0.764, 1.166, 1.512 max_d=1.512 avg_d=0.764 std_dev=0.402
C2' B 0, 0.600, 1.061, 1.522, 1.698 max_d=1.698 avg_d=1.061 std_dev=0.461
C3' A 0, 0.452, 0.953, 1.454, 1.567 max_d=1.567 avg_d=0.953 std_dev=0.501
O2' A 0, 0.252, 0.875, 1.498, 1.721 max_d=1.721 avg_d=0.875 std_dev=0.623
C5' A 0, 0.448, 1.085, 1.722, 2.309 max_d=2.309 avg_d=1.085 std_dev=0.637
C3' B 0, 0.595, 1.310, 2.025, 3.036 max_d=3.036 avg_d=1.310 std_dev=0.715
O4' B 0, 0.575, 1.296, 2.016, 2.726 max_d=2.726 avg_d=1.296 std_dev=0.720
O2' B 0, 0.666, 1.420, 2.174, 2.918 max_d=2.918 avg_d=1.420 std_dev=0.754
O5' A 0, 0.554, 1.369, 2.184, 2.394 max_d=2.394 avg_d=1.369 std_dev=0.815
C4' B 0, 0.445, 1.313, 2.182, 2.985 max_d=2.985 avg_d=1.313 std_dev=0.868
O3' A 0, 0.640, 1.619, 2.598, 2.872 max_d=2.872 avg_d=1.619 std_dev=0.979
P A 0, 0.681, 1.735, 2.788, 3.325 max_d=3.325 avg_d=1.735 std_dev=1.053
OP2 A 0, 0.864, 1.934, 3.003, 3.496 max_d=3.496 avg_d=1.934 std_dev=1.069
O3' B 0, 0.650, 1.739, 2.827, 4.524 max_d=4.524 avg_d=1.739 std_dev=1.089
C5' B 0, 0.433, 1.547, 2.662, 4.597 max_d=4.597 avg_d=1.547 std_dev=1.115
OP1 A 0, 0.784, 2.018, 3.251, 3.975 max_d=3.975 avg_d=2.018 std_dev=1.234
O5' B 0, 1.193, 2.801, 4.410, 5.850 max_d=5.850 avg_d=2.801 std_dev=1.609
OP1 B 0, 1.403, 3.161, 4.919, 6.660 max_d=6.660 avg_d=3.161 std_dev=1.758
P B 0, 1.359, 3.160, 4.960, 6.195 max_d=6.195 avg_d=3.160 std_dev=1.801
OP2 B 0, 1.299, 3.351, 5.403, 6.115 max_d=6.115 avg_d=3.351 std_dev=2.052

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.08 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.34 0.02 0.00 0.27 0.26 0.53 0.24
C2 0.01 0.00 0.18 0.23 0.01 0.04 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.22 0.01 0.11 0.40 0.23 0.46 0.28
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.08 0.02 0.17 0.20 0.20 0.04 0.13 0.33 0.00 0.05 0.08 0.02 0.50 0.58 0.61 0.48
C3' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.39 0.01 0.41 0.02 0.36 0.23 0.32 0.17 0.03 0.00 0.42 0.02 0.24 0.32 0.32 0.16
C4 0.01 0.01 0.08 0.39 0.00 0.18 0.01 0.32 0.01 0.01 0.01 0.01 0.39 0.23 0.00 0.04 0.61 0.43 0.58 0.52
C4' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.18 0.00 0.25 0.01 0.24 0.10 0.09 0.11 0.30 0.04 0.19 0.01 0.01 0.17 0.43 0.11
C5 0.02 0.01 0.17 0.41 0.01 0.25 0.00 0.40 0.00 0.01 0.01 0.01 0.44 0.31 0.01 0.11 0.65 0.46 0.58 0.55
C5' 0.08 0.13 0.20 0.02 0.32 0.01 0.40 0.00 0.35 0.18 0.21 0.11 0.15 0.21 0.35 0.03 0.01 0.21 0.27 0.03
C6 0.02 0.01 0.20 0.36 0.01 0.24 0.00 0.35 0.00 0.01 0.01 0.01 0.39 0.25 0.01 0.14 0.57 0.35 0.51 0.43
N1 0.00 0.01 0.04 0.23 0.01 0.10 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.17 0.01 0.01 0.41 0.24 0.47 0.28
N3 0.01 0.00 0.13 0.32 0.01 0.09 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.01 0.27 0.17 0.01 0.08 0.50 0.32 0.50 0.39
O2 0.03 0.01 0.33 0.17 0.01 0.11 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.21 0.38 0.02 0.19 0.32 0.20 0.44 0.20
O2' 0.02 0.17 0.00 0.03 0.39 0.30 0.44 0.15 0.39 0.22 0.27 0.21 0.00 0.07 0.42 0.21 0.34 0.48 0.67 0.40
O3' 0.34 0.22 0.05 0.00 0.23 0.04 0.31 0.21 0.25 0.17 0.17 0.38 0.07 0.00 0.27 0.23 0.35 0.42 0.44 0.36
O4 0.02 0.01 0.08 0.42 0.00 0.19 0.01 0.35 0.01 0.01 0.01 0.02 0.42 0.27 0.00 0.05 0.64 0.50 0.65 0.59
O4' 0.00 0.11 0.02 0.02 0.04 0.01 0.11 0.03 0.14 0.01 0.08 0.19 0.21 0.23 0.05 0.00 0.16 0.23 0.65 0.29
O5' 0.27 0.40 0.50 0.24 0.61 0.01 0.65 0.01 0.57 0.41 0.50 0.32 0.34 0.35 0.64 0.16 0.00 0.03 0.04 0.01
OP1 0.26 0.23 0.58 0.32 0.43 0.17 0.46 0.21 0.35 0.24 0.32 0.20 0.48 0.42 0.50 0.23 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.53 0.46 0.61 0.32 0.58 0.43 0.58 0.27 0.51 0.47 0.50 0.44 0.67 0.44 0.65 0.65 0.04 0.01 0.00 0.01
P 0.24 0.28 0.48 0.16 0.52 0.11 0.55 0.03 0.43 0.28 0.39 0.20 0.40 0.36 0.59 0.29 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.24 0.39 0.47 0.21 0.38 0.22 0.55 0.25 0.19 0.26 0.22 0.27 0.20 0.19 0.70 0.49 0.29 0.53 1.00 0.56 0.59
C2 0.17 0.23 0.37 0.45 0.20 0.36 0.21 0.51 0.23 0.19 0.24 0.21 0.26 0.20 0.19 0.66 0.45 0.28 0.52 1.02 0.54 0.58
C2' 0.15 0.35 0.32 0.41 0.24 0.31 0.26 0.47 0.35 0.14 0.38 0.28 0.40 0.19 0.17 0.59 0.42 0.21 0.42 1.02 0.56 0.54
C3' 0.24 0.25 0.38 0.47 0.22 0.37 0.21 0.51 0.24 0.22 0.26 0.24 0.25 0.21 0.22 0.64 0.50 0.29 0.24 1.08 0.67 0.46
C4 0.17 0.19 0.49 0.50 0.18 0.44 0.18 0.62 0.19 0.18 0.19 0.18 0.21 0.18 0.18 0.72 0.55 0.35 0.57 1.04 0.60 0.66
C4' 0.14 0.31 0.41 0.49 0.22 0.37 0.24 0.54 0.32 0.15 0.35 0.26 0.37 0.19 0.17 0.72 0.55 0.25 0.38 0.96 0.45 0.43
C5 0.18 0.19 0.51 0.53 0.18 0.47 0.19 0.67 0.20 0.19 0.20 0.18 0.23 0.18 0.18 0.76 0.61 0.37 0.59 1.00 0.65 0.68
C5' 0.24 0.29 0.52 0.52 0.22 0.44 0.24 0.64 0.30 0.23 0.33 0.24 0.36 0.22 0.22 0.84 0.60 0.34 0.44 0.91 0.41 0.40
C6 0.17 0.21 0.48 0.52 0.19 0.44 0.20 0.63 0.22 0.19 0.23 0.20 0.25 0.19 0.18 0.75 0.59 0.34 0.56 0.99 0.62 0.64
N1 0.17 0.23 0.41 0.48 0.20 0.39 0.21 0.56 0.24 0.19 0.24 0.21 0.27 0.20 0.19 0.71 0.51 0.30 0.54 1.01 0.57 0.60
N3 0.17 0.20 0.40 0.46 0.19 0.38 0.19 0.53 0.21 0.19 0.21 0.19 0.22 0.19 0.18 0.66 0.47 0.30 0.53 1.04 0.54 0.60
O2 0.18 0.25 0.31 0.42 0.22 0.31 0.22 0.45 0.25 0.19 0.26 0.23 0.28 0.20 0.20 0.61 0.39 0.24 0.51 1.01 0.51 0.55
O2' 0.46 0.34 0.49 0.62 0.37 0.65 0.34 0.79 0.33 0.45 0.35 0.35 0.36 0.39 0.42 0.63 0.58 0.61 0.85 1.14 0.73 0.88
O3' 0.25 0.49 0.37 0.49 0.37 0.35 0.40 0.46 0.50 0.26 0.54 0.42 0.56 0.32 0.29 0.57 0.53 0.27 0.32 1.08 0.67 0.51
O4 0.18 0.17 0.53 0.51 0.17 0.47 0.17 0.66 0.17 0.18 0.17 0.18 0.18 0.16 0.18 0.72 0.56 0.39 0.60 1.06 0.62 0.70
O4' 0.24 0.39 0.49 0.54 0.32 0.43 0.34 0.61 0.40 0.26 0.41 0.35 0.43 0.30 0.27 0.81 0.59 0.33 0.57 0.97 0.59 0.61
O5' 0.54 0.37 0.68 0.68 0.43 0.69 0.39 0.83 0.34 0.50 0.34 0.41 0.32 0.44 0.49 0.92 0.73 0.64 0.59 0.96 0.50 0.50
OP1 0.44 0.25 0.68 0.54 0.29 0.58 0.25 0.79 0.22 0.37 0.23 0.28 0.23 0.30 0.36 0.96 0.60 0.54 0.51 0.88 0.62 0.48
OP2 0.66 0.50 0.87 0.64 0.54 0.71 0.51 0.91 0.49 0.59 0.49 0.53 0.51 0.54 0.59 1.13 0.67 0.70 0.63 0.91 0.71 0.57
P 0.52 0.31 0.75 0.58 0.37 0.64 0.33 0.84 0.28 0.46 0.28 0.35 0.29 0.38 0.44 1.04 0.63 0.61 0.57 0.89 0.58 0.51

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.33 0.01 0.31 0.73 0.52 0.42
C2 0.05 0.00 0.35 0.30 0.01 0.13 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.38 0.42 0.22 0.37 0.90 0.61 0.49
C2' 0.01 0.35 0.00 0.01 0.17 0.02 0.06 0.18 0.13 0.21 0.25 0.36 0.08 0.14 0.03 0.00 0.08 0.02 0.55 0.92 0.95 0.71
C3' 0.02 0.30 0.01 0.00 0.23 0.01 0.27 0.02 0.28 0.33 0.29 0.28 0.31 0.33 0.19 0.02 0.01 0.02 0.33 0.59 0.69 0.45
C4 0.03 0.01 0.17 0.23 0.00 0.07 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.25 0.26 0.11 0.36 0.91 0.56 0.49
C4' 0.01 0.13 0.02 0.01 0.07 0.00 0.11 0.01 0.10 0.20 0.10 0.13 0.13 0.18 0.08 0.27 0.05 0.01 0.02 0.28 0.36 0.16
C5 0.01 0.01 0.06 0.27 0.01 0.11 0.00 0.21 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.31 0.20 0.05 0.38 1.00 0.55 0.52
C5' 0.06 0.20 0.18 0.02 0.15 0.01 0.21 0.00 0.22 0.24 0.21 0.18 0.26 0.26 0.12 0.12 0.20 0.02 0.01 0.30 0.33 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.28 0.01 0.10 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.32 0.22 0.09 0.39 1.00 0.58 0.52
C8 0.02 0.01 0.21 0.33 0.00 0.20 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.40 0.27 0.15 0.39 1.00 0.49 0.52
N1 0.04 0.00 0.25 0.29 0.01 0.10 0.00 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.33 0.32 0.17 0.38 0.96 0.60 0.51
N3 0.05 0.00 0.36 0.28 0.00 0.13 0.01 0.18 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.37 0.43 0.22 0.36 0.85 0.60 0.48
N6 0.03 0.01 0.08 0.31 0.02 0.13 0.02 0.26 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.36 0.20 0.07 0.41 1.04 0.59 0.54
N7 0.01 0.01 0.14 0.33 0.01 0.18 0.00 0.26 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.41 0.25 0.09 0.39 1.04 0.52 0.53
N9 0.01 0.01 0.03 0.19 0.01 0.08 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.21 0.21 0.01 0.35 0.89 0.52 0.48
O2' 0.02 0.38 0.00 0.02 0.25 0.27 0.31 0.12 0.32 0.40 0.33 0.37 0.36 0.41 0.21 0.00 0.11 0.18 0.45 0.90 1.01 0.66
O3' 0.33 0.42 0.08 0.01 0.26 0.05 0.20 0.20 0.22 0.27 0.32 0.43 0.20 0.25 0.21 0.11 0.00 0.23 0.46 0.58 0.70 0.50
O4' 0.01 0.22 0.02 0.02 0.11 0.01 0.05 0.02 0.09 0.15 0.17 0.22 0.07 0.09 0.01 0.18 0.23 0.00 0.27 0.51 0.51 0.37
O5' 0.31 0.37 0.55 0.33 0.36 0.02 0.38 0.01 0.39 0.39 0.38 0.36 0.41 0.39 0.35 0.45 0.46 0.27 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.73 0.90 0.92 0.59 0.91 0.28 1.00 0.30 1.00 1.00 0.96 0.85 1.04 1.04 0.89 0.90 0.58 0.51 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.52 0.61 0.95 0.69 0.56 0.36 0.55 0.33 0.58 0.49 0.60 0.60 0.59 0.52 0.52 1.01 0.70 0.51 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.42 0.49 0.71 0.45 0.49 0.16 0.52 0.02 0.52 0.52 0.51 0.48 0.54 0.53 0.48 0.66 0.50 0.37 0.01 0.00 0.01 0.00