ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53369

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 3, 4, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.010, 0.018, 0.026, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.018 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.007, 0.015, 0.024, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.008, 0.016, 0.025, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.012, 0.021, 0.031, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.007, 0.019, 0.030, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.019 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.019, 0.040, 0.062, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.040 std_dev=0.022
O4 A 0, 0.034, 0.099, 0.164, 0.239 max_d=0.239 avg_d=0.099 std_dev=0.065
C4 B 0, 0.146, 0.296, 0.445, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.296 std_dev=0.150
N9 B 0, 0.222, 0.389, 0.557, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.389 std_dev=0.168
C6 B 0, 0.221, 0.392, 0.563, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.392 std_dev=0.171
C5 B 0, 0.155, 0.329, 0.503, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.329 std_dev=0.174
C1' B 0, 0.272, 0.498, 0.723, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.498 std_dev=0.226
O4' A 0, 0.098, 0.333, 0.568, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.333 std_dev=0.235
N1 B 0, 0.223, 0.465, 0.708, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.465 std_dev=0.242
C2' A 0, 0.088, 0.353, 0.618, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.353 std_dev=0.265
N7 B 0, 0.235, 0.503, 0.771, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.503 std_dev=0.268
N3 B 0, 0.142, 0.412, 0.681, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.412 std_dev=0.270
C8 B 0, 0.225, 0.501, 0.778, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.501 std_dev=0.277
N6 B 0, 0.227, 0.519, 0.812, 1.146 max_d=1.146 avg_d=0.519 std_dev=0.292
C2 B 0, 0.178, 0.493, 0.809, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.493 std_dev=0.315
C4' A 0, 0.160, 0.506, 0.852, 1.384 max_d=1.384 avg_d=0.506 std_dev=0.346
O2' A 0, 0.036, 0.475, 0.913, 1.405 max_d=1.405 avg_d=0.475 std_dev=0.439
C3' A 0, 0.145, 0.609, 1.073, 1.561 max_d=1.561 avg_d=0.609 std_dev=0.464
O4' B 0, 0.368, 0.931, 1.495, 2.005 max_d=2.005 avg_d=0.931 std_dev=0.564
C5' A 0, 0.218, 0.815, 1.411, 2.439 max_d=2.439 avg_d=0.815 std_dev=0.596
C2' B 0, 0.572, 1.286, 2.000, 2.353 max_d=2.353 avg_d=1.286 std_dev=0.714
O5' A 0, 0.069, 0.851, 1.633, 3.111 max_d=3.111 avg_d=0.851 std_dev=0.782
O3' A 0, 0.179, 0.962, 1.745, 2.752 max_d=2.752 avg_d=0.962 std_dev=0.783
OP1 A 0, 0.406, 1.242, 2.078, 3.051 max_d=3.051 avg_d=1.242 std_dev=0.836
P A 0, 0.225, 1.114, 2.003, 3.600 max_d=3.600 avg_d=1.114 std_dev=0.889
C4' B 0, 0.539, 1.461, 2.383, 2.718 max_d=2.718 avg_d=1.461 std_dev=0.922
C3' B 0, 0.556, 1.489, 2.421, 2.763 max_d=2.763 avg_d=1.489 std_dev=0.932
O2' B 0, 0.858, 1.860, 2.862, 3.145 max_d=3.145 avg_d=1.860 std_dev=1.002
O3' B 0, 0.559, 1.601, 2.644, 3.168 max_d=3.168 avg_d=1.601 std_dev=1.042
OP2 A 0, 0.235, 1.323, 2.410, 4.409 max_d=4.409 avg_d=1.323 std_dev=1.087
O5' B 0, 0.796, 1.984, 3.173, 3.961 max_d=3.961 avg_d=1.984 std_dev=1.189
OP2 B 0, 2.223, 3.506, 4.789, 5.147 max_d=5.147 avg_d=3.506 std_dev=1.283
P B 0, 1.129, 2.593, 4.056, 5.169 max_d=5.169 avg_d=2.593 std_dev=1.463
C5' B 0, 0.877, 2.376, 3.875, 4.464 max_d=4.464 avg_d=2.376 std_dev=1.499
OP1 B 0, 1.903, 4.054, 6.204, 7.754 max_d=7.754 avg_d=4.054 std_dev=2.150

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.20 0.02 0.00 0.13 0.17 0.21 0.14
C2 0.02 0.00 0.11 0.16 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.15 0.15 0.01 0.06 0.13 0.25 0.25 0.20
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.05 0.01 0.13 0.13 0.15 0.03 0.06 0.23 0.00 0.02 0.06 0.01 0.27 0.41 0.39 0.31
C3' 0.02 0.16 0.00 0.00 0.23 0.00 0.27 0.02 0.25 0.14 0.19 0.20 0.02 0.01 0.25 0.02 0.07 0.28 0.19 0.12
C4 0.02 0.00 0.05 0.23 0.00 0.09 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.16 0.00 0.02 0.21 0.34 0.36 0.25
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.09 0.00 0.12 0.01 0.11 0.05 0.06 0.07 0.19 0.03 0.09 0.00 0.02 0.12 0.08 0.04
C5 0.01 0.01 0.13 0.27 0.01 0.12 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.24 0.01 0.04 0.28 0.33 0.42 0.25
C5' 0.05 0.07 0.13 0.02 0.12 0.01 0.15 0.00 0.14 0.08 0.09 0.08 0.07 0.15 0.13 0.01 0.01 0.08 0.03 0.02
C6 0.01 0.01 0.15 0.25 0.01 0.11 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.22 0.01 0.05 0.28 0.26 0.35 0.21
N1 0.01 0.00 0.03 0.14 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.00 0.01 0.13 0.10 0.01 0.02 0.16 0.21 0.24 0.16
N3 0.02 0.00 0.06 0.19 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01 0.19 0.11 0.01 0.04 0.16 0.30 0.30 0.23
O2 0.04 0.00 0.23 0.20 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.16 0.30 0.01 0.09 0.13 0.24 0.25 0.20
O2' 0.02 0.15 0.00 0.02 0.22 0.19 0.23 0.07 0.19 0.13 0.19 0.16 0.00 0.05 0.23 0.13 0.19 0.36 0.44 0.27
O3' 0.20 0.15 0.02 0.01 0.16 0.03 0.24 0.15 0.22 0.10 0.11 0.30 0.05 0.00 0.19 0.14 0.21 0.42 0.36 0.28
O4 0.02 0.01 0.06 0.25 0.00 0.09 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.19 0.00 0.03 0.23 0.38 0.39 0.27
O4' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.04 0.09 0.13 0.14 0.03 0.00 0.10 0.08 0.24 0.17
O5' 0.13 0.13 0.27 0.07 0.21 0.02 0.28 0.01 0.28 0.16 0.16 0.13 0.19 0.21 0.23 0.10 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.17 0.25 0.41 0.28 0.34 0.12 0.33 0.08 0.26 0.21 0.30 0.24 0.36 0.42 0.38 0.08 0.02 0.00 0.02 0.00
OP2 0.21 0.25 0.39 0.19 0.36 0.08 0.42 0.03 0.35 0.24 0.30 0.25 0.44 0.36 0.39 0.24 0.02 0.02 0.00 0.00
P 0.14 0.20 0.31 0.12 0.25 0.04 0.25 0.02 0.21 0.16 0.23 0.20 0.27 0.28 0.27 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.15 0.31 0.53 0.10 0.49 0.10 0.74 0.14 0.25 0.19 0.09 0.21 0.19 0.19 0.82 0.50 0.34 0.70 0.86 1.03 0.55
C2 0.24 0.14 0.32 0.51 0.12 0.47 0.11 0.70 0.16 0.26 0.19 0.10 0.25 0.20 0.21 0.77 0.44 0.34 0.67 0.88 1.07 0.57
C2' 0.27 0.27 0.30 0.52 0.23 0.45 0.23 0.62 0.27 0.28 0.30 0.23 0.32 0.25 0.25 0.71 0.45 0.34 0.67 0.96 1.07 0.61
C3' 0.32 0.24 0.32 0.58 0.25 0.54 0.23 0.72 0.22 0.31 0.24 0.24 0.24 0.26 0.29 0.71 0.53 0.43 0.70 1.02 1.14 0.66
C4 0.29 0.16 0.48 0.44 0.16 0.57 0.15 0.85 0.20 0.25 0.20 0.15 0.29 0.15 0.24 0.88 0.47 0.48 0.80 0.96 1.03 0.63
C4' 0.25 0.13 0.34 0.53 0.14 0.54 0.12 0.80 0.12 0.26 0.16 0.11 0.16 0.20 0.21 0.85 0.53 0.40 0.76 0.91 1.06 0.60
C5 0.29 0.15 0.50 0.45 0.16 0.60 0.14 0.89 0.19 0.25 0.20 0.15 0.28 0.15 0.23 0.92 0.52 0.50 0.85 0.98 1.05 0.67
C5' 0.28 0.14 0.38 0.56 0.15 0.63 0.13 0.91 0.14 0.27 0.17 0.13 0.18 0.19 0.23 0.88 0.61 0.49 0.88 0.95 1.12 0.70
C6 0.28 0.14 0.44 0.49 0.14 0.58 0.12 0.85 0.17 0.26 0.19 0.12 0.25 0.17 0.23 0.90 0.52 0.45 0.81 0.93 1.03 0.62
N1 0.25 0.14 0.36 0.51 0.12 0.52 0.11 0.77 0.15 0.26 0.18 0.10 0.23 0.19 0.21 0.84 0.49 0.38 0.73 0.89 1.03 0.57
N3 0.26 0.15 0.38 0.47 0.15 0.50 0.13 0.73 0.19 0.26 0.19 0.13 0.28 0.17 0.22 0.80 0.42 0.38 0.69 0.90 1.06 0.59
O2 0.21 0.13 0.24 0.52 0.11 0.41 0.11 0.61 0.12 0.27 0.17 0.08 0.21 0.23 0.20 0.69 0.41 0.28 0.63 0.86 1.12 0.59
O2' 0.35 0.23 0.39 0.49 0.25 0.47 0.24 0.64 0.22 0.37 0.25 0.23 0.24 0.32 0.32 0.80 0.44 0.43 0.77 0.98 1.05 0.69
O3' 0.37 0.35 0.39 0.54 0.33 0.51 0.32 0.67 0.33 0.35 0.36 0.33 0.34 0.32 0.35 0.75 0.47 0.44 0.74 1.06 1.13 0.70
O4 0.31 0.17 0.55 0.39 0.18 0.60 0.16 0.89 0.21 0.22 0.19 0.18 0.29 0.16 0.24 0.89 0.44 0.53 0.84 1.00 1.03 0.67
O4' 0.24 0.21 0.38 0.53 0.15 0.54 0.15 0.84 0.19 0.26 0.24 0.16 0.24 0.21 0.21 0.92 0.54 0.38 0.79 0.88 1.06 0.61
O5' 0.29 0.15 0.38 0.59 0.16 0.67 0.14 0.95 0.15 0.25 0.17 0.15 0.21 0.18 0.23 0.82 0.67 0.54 0.91 1.05 1.20 0.79
OP1 0.42 0.24 0.42 0.73 0.28 0.87 0.25 1.15 0.25 0.36 0.25 0.26 0.28 0.29 0.35 0.80 0.85 0.73 1.10 1.19 1.37 1.00
OP2 0.42 0.27 0.48 0.72 0.30 0.85 0.26 1.12 0.25 0.34 0.25 0.30 0.27 0.28 0.35 0.84 0.89 0.72 1.09 1.32 1.44 1.07
P 0.40 0.20 0.42 0.66 0.25 0.81 0.21 1.10 0.18 0.33 0.19 0.24 0.21 0.25 0.33 0.84 0.79 0.70 1.08 1.16 1.34 0.96

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.33 0.00 0.35 0.58 0.97 0.52
C2 0.03 0.00 0.41 0.35 0.01 0.15 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.29 0.33 0.33 0.53 0.83 1.32 0.79
C2' 0.00 0.41 0.00 0.00 0.22 0.02 0.11 0.22 0.20 0.19 0.32 0.40 0.14 0.10 0.02 0.00 0.02 0.02 0.53 0.78 0.97 0.67
C3' 0.02 0.35 0.00 0.00 0.33 0.01 0.43 0.04 0.45 0.38 0.42 0.29 0.50 0.45 0.27 0.02 0.01 0.02 0.37 0.62 0.57 0.42
C4 0.01 0.01 0.22 0.33 0.00 0.09 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.20 0.20 0.17 0.45 0.76 1.25 0.70
C4' 0.01 0.15 0.02 0.01 0.09 0.00 0.17 0.01 0.15 0.33 0.12 0.16 0.20 0.30 0.13 0.30 0.04 0.00 0.02 0.37 0.43 0.14
C5 0.01 0.01 0.11 0.43 0.00 0.17 0.00 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.33 0.21 0.08 0.42 0.83 1.28 0.72
C5' 0.07 0.21 0.22 0.04 0.16 0.01 0.28 0.00 0.27 0.43 0.22 0.20 0.34 0.44 0.18 0.09 0.23 0.02 0.01 0.37 0.29 0.02
C6 0.02 0.01 0.20 0.45 0.01 0.15 0.01 0.27 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.30 0.25 0.15 0.45 0.89 1.33 0.78
C8 0.01 0.01 0.19 0.38 0.00 0.33 0.01 0.43 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.47 0.22 0.20 0.38 0.78 1.13 0.61
N1 0.02 0.00 0.32 0.42 0.01 0.12 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.27 0.26 0.50 0.88 1.34 0.80
N3 0.03 0.00 0.40 0.29 0.00 0.16 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.28 0.34 0.33 0.51 0.77 1.26 0.74
N6 0.02 0.01 0.14 0.50 0.01 0.20 0.01 0.34 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.38 0.29 0.11 0.44 0.95 1.33 0.79
N7 0.01 0.01 0.10 0.45 0.00 0.30 0.00 0.44 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.47 0.27 0.11 0.39 0.86 1.21 0.68
N9 0.00 0.01 0.02 0.27 0.00 0.13 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.24 0.13 0.02 0.39 0.69 1.15 0.62
O2' 0.02 0.29 0.00 0.02 0.20 0.30 0.33 0.09 0.30 0.47 0.26 0.28 0.38 0.47 0.24 0.00 0.06 0.23 0.43 0.75 0.86 0.52
O3' 0.33 0.33 0.02 0.01 0.20 0.04 0.21 0.23 0.25 0.22 0.27 0.34 0.29 0.27 0.13 0.06 0.00 0.23 0.51 0.77 0.50 0.48
O4' 0.00 0.33 0.02 0.02 0.17 0.00 0.08 0.02 0.15 0.20 0.26 0.33 0.11 0.11 0.02 0.23 0.23 0.00 0.30 0.48 0.92 0.49
O5' 0.35 0.53 0.53 0.37 0.45 0.02 0.42 0.01 0.45 0.38 0.50 0.51 0.44 0.39 0.39 0.43 0.51 0.30 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.58 0.83 0.78 0.62 0.76 0.37 0.83 0.37 0.89 0.78 0.88 0.77 0.95 0.86 0.69 0.75 0.77 0.48 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.97 1.32 0.97 0.57 1.25 0.43 1.28 0.29 1.33 1.13 1.34 1.26 1.33 1.21 1.15 0.86 0.50 0.92 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.52 0.79 0.67 0.42 0.70 0.14 0.72 0.02 0.78 0.61 0.80 0.74 0.79 0.68 0.62 0.52 0.48 0.49 0.01 0.01 0.01 0.00