ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53370

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 0, 3, 3, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N1 A 0, -0.001, 0.011, 0.023, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.011 std_dev=0.012
N3 A 0, -0.003, 0.009, 0.021, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.009 std_dev=0.012
C6 A 0, -0.002, 0.012, 0.027, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.012 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C4 A 0, -0.003, 0.015, 0.033, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.015 std_dev=0.018
C1' A 0, -0.002, 0.017, 0.037, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.017 std_dev=0.020
O2 A 0, -0.006, 0.034, 0.073, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.034 std_dev=0.039
O4 A 0, -0.006, 0.069, 0.145, 0.236 max_d=0.236 avg_d=0.069 std_dev=0.076
O4' A 0, 0.019, 0.106, 0.193, 0.294 max_d=0.294 avg_d=0.106 std_dev=0.087
C4' A 0, 0.025, 0.150, 0.275, 0.419 max_d=0.419 avg_d=0.150 std_dev=0.125
C2' A 0, 0.019, 0.149, 0.278, 0.386 max_d=0.386 avg_d=0.149 std_dev=0.129
N7 B 0, 0.121, 0.256, 0.390, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.256 std_dev=0.135
C5 B 0, 0.112, 0.263, 0.414, 0.571 max_d=0.571 avg_d=0.263 std_dev=0.151
C3' A 0, 0.023, 0.182, 0.341, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.182 std_dev=0.159
C8 B 0, 0.149, 0.317, 0.484, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.317 std_dev=0.167
N6 B 0, 0.143, 0.317, 0.492, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.317 std_dev=0.174
C6 B 0, 0.114, 0.292, 0.470, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.292 std_dev=0.178
C4 B 0, 0.130, 0.313, 0.497, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.313 std_dev=0.184
O2' A 0, 0.034, 0.223, 0.413, 0.610 max_d=0.610 avg_d=0.223 std_dev=0.189
N9 B 0, 0.144, 0.344, 0.544, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.344 std_dev=0.200
C5' A 0, 0.045, 0.267, 0.488, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.267 std_dev=0.222
N3 B 0, 0.122, 0.352, 0.582, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.352 std_dev=0.230
O3' A 0, 0.031, 0.261, 0.492, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.261 std_dev=0.230
N1 B 0, 0.111, 0.343, 0.576, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.343 std_dev=0.233
O5' A 0, 0.045, 0.282, 0.520, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.282 std_dev=0.237
C2 B 0, 0.103, 0.356, 0.609, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.356 std_dev=0.253
O2' B 0, 0.200, 0.458, 0.717, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.458 std_dev=0.259
C2' B 0, 0.206, 0.468, 0.730, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.468 std_dev=0.262
P A 0, 0.066, 0.333, 0.600, 0.973 max_d=0.973 avg_d=0.333 std_dev=0.267
C1' B 0, 0.147, 0.416, 0.685, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.416 std_dev=0.269
OP1 A 0, 0.096, 0.370, 0.643, 1.028 max_d=1.028 avg_d=0.370 std_dev=0.273
O5' B 0, 0.222, 0.518, 0.813, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.518 std_dev=0.296
OP2 A 0, 0.106, 0.403, 0.700, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.403 std_dev=0.297
C4' B 0, 0.213, 0.518, 0.822, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.518 std_dev=0.305
C3' B 0, 0.232, 0.537, 0.842, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.537 std_dev=0.305
O4' B 0, 0.148, 0.453, 0.759, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.453 std_dev=0.305
P B 0, 0.231, 0.552, 0.873, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.552 std_dev=0.321
OP2 B 0, 0.251, 0.582, 0.913, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.582 std_dev=0.331
O3' B 0, 0.264, 0.615, 0.966, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.615 std_dev=0.351
OP1 B 0, 0.238, 0.611, 0.985, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.611 std_dev=0.373
C5' B 0, 0.189, 0.583, 0.976, 1.448 max_d=1.448 avg_d=0.583 std_dev=0.393

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.05 0.07 0.03
C2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.04 0.01 0.03 0.08 0.07 0.12 0.07
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.06 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.05 0.07 0.00 0.02 0.08 0.01 0.04 0.03 0.08 0.04
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.03 0.07 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.03 0.06 0.04
C4 0.03 0.01 0.06 0.04 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.04 0.00 0.03 0.12 0.09 0.18 0.10
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.05 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01
C5 0.02 0.01 0.06 0.06 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.07 0.01 0.02 0.13 0.09 0.19 0.11
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.08 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.06 0.05 0.04 0.03 0.09 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.06 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.07 0.02 0.02 0.12 0.07 0.14 0.08
N1 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.08 0.06 0.11 0.06
N3 0.03 0.01 0.05 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.02 0.00 0.01 0.07 0.03 0.01 0.03 0.10 0.08 0.15 0.08
O2 0.04 0.01 0.07 0.07 0.02 0.04 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.09 0.08 0.01 0.05 0.08 0.07 0.11 0.07
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.07 0.05 0.05 0.04 0.04 0.03 0.07 0.09 0.00 0.06 0.08 0.04 0.02 0.03 0.06 0.03
O3' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.04 0.01 0.07 0.03 0.07 0.02 0.03 0.08 0.06 0.00 0.06 0.02 0.08 0.06 0.10 0.07
O4 0.03 0.01 0.08 0.05 0.00 0.05 0.01 0.09 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.06 0.00 0.03 0.14 0.11 0.22 0.12
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.02 0.03 0.00 0.05 0.07 0.06 0.04
O5' 0.05 0.08 0.04 0.04 0.12 0.01 0.13 0.01 0.12 0.08 0.10 0.08 0.02 0.08 0.14 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.05 0.07 0.03 0.03 0.09 0.03 0.09 0.03 0.07 0.06 0.08 0.07 0.03 0.06 0.11 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.07 0.12 0.08 0.06 0.18 0.03 0.19 0.02 0.14 0.11 0.15 0.11 0.06 0.10 0.22 0.06 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.03 0.07 0.04 0.04 0.10 0.01 0.11 0.02 0.08 0.06 0.08 0.07 0.03 0.07 0.12 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.16 0.09 0.19 0.10 0.17 0.11 0.33 0.17 0.08 0.18 0.12 0.21 0.08 0.08 0.08 0.24 0.08 0.09 0.08 0.14 0.11
C2 0.09 0.12 0.08 0.18 0.08 0.17 0.09 0.33 0.13 0.09 0.14 0.09 0.18 0.07 0.08 0.07 0.23 0.11 0.11 0.10 0.17 0.13
C2' 0.09 0.18 0.11 0.21 0.12 0.20 0.12 0.37 0.19 0.07 0.20 0.14 0.23 0.08 0.09 0.09 0.24 0.08 0.05 0.09 0.11 0.10
C3' 0.06 0.16 0.08 0.17 0.09 0.17 0.11 0.34 0.18 0.05 0.19 0.11 0.23 0.06 0.06 0.06 0.21 0.07 0.09 0.06 0.07 0.07
C4 0.10 0.11 0.06 0.13 0.09 0.13 0.10 0.31 0.14 0.08 0.13 0.09 0.17 0.10 0.09 0.07 0.19 0.11 0.10 0.07 0.15 0.10
C4' 0.06 0.15 0.08 0.18 0.09 0.17 0.11 0.33 0.17 0.06 0.19 0.11 0.22 0.07 0.06 0.06 0.23 0.07 0.08 0.07 0.10 0.08
C5 0.10 0.10 0.07 0.13 0.08 0.12 0.10 0.30 0.13 0.07 0.13 0.09 0.18 0.09 0.08 0.07 0.19 0.10 0.09 0.06 0.12 0.08
C5' 0.07 0.15 0.10 0.20 0.09 0.19 0.11 0.35 0.17 0.07 0.18 0.10 0.23 0.08 0.07 0.08 0.25 0.08 0.09 0.09 0.10 0.09
C6 0.08 0.11 0.06 0.14 0.07 0.13 0.09 0.31 0.14 0.06 0.14 0.08 0.18 0.07 0.07 0.06 0.20 0.09 0.09 0.06 0.12 0.08
N1 0.07 0.13 0.08 0.17 0.08 0.16 0.10 0.33 0.15 0.07 0.15 0.10 0.19 0.06 0.07 0.07 0.22 0.08 0.09 0.08 0.14 0.10
N3 0.09 0.10 0.06 0.16 0.07 0.16 0.09 0.33 0.13 0.08 0.13 0.08 0.17 0.06 0.08 0.06 0.21 0.11 0.12 0.10 0.17 0.13
O2 0.11 0.13 0.11 0.20 0.10 0.19 0.10 0.34 0.13 0.13 0.15 0.11 0.17 0.11 0.11 0.10 0.24 0.13 0.14 0.12 0.18 0.15
O2' 0.12 0.24 0.15 0.23 0.17 0.22 0.16 0.37 0.22 0.09 0.26 0.20 0.25 0.10 0.13 0.13 0.27 0.10 0.05 0.10 0.12 0.12
O3' 0.06 0.18 0.08 0.18 0.10 0.18 0.12 0.35 0.19 0.05 0.21 0.13 0.24 0.07 0.06 0.06 0.21 0.07 0.09 0.06 0.07 0.06
O4 0.12 0.13 0.08 0.12 0.12 0.12 0.14 0.30 0.16 0.11 0.15 0.12 0.18 0.14 0.11 0.09 0.18 0.12 0.11 0.08 0.16 0.11
O4' 0.07 0.15 0.09 0.18 0.09 0.16 0.11 0.32 0.17 0.07 0.18 0.11 0.22 0.08 0.07 0.07 0.24 0.08 0.09 0.08 0.13 0.10
O5' 0.08 0.15 0.12 0.22 0.10 0.22 0.14 0.39 0.19 0.09 0.19 0.11 0.24 0.12 0.08 0.09 0.27 0.09 0.08 0.12 0.12 0.12
OP1 0.08 0.12 0.10 0.19 0.08 0.19 0.11 0.34 0.17 0.07 0.17 0.08 0.23 0.10 0.06 0.08 0.24 0.09 0.12 0.10 0.09 0.09
OP2 0.16 0.11 0.19 0.29 0.11 0.29 0.13 0.45 0.15 0.16 0.14 0.10 0.20 0.15 0.14 0.17 0.33 0.20 0.21 0.22 0.19 0.21
P 0.08 0.11 0.10 0.20 0.07 0.19 0.10 0.36 0.16 0.07 0.15 0.07 0.21 0.09 0.06 0.08 0.25 0.10 0.12 0.10 0.10 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.16 0.11 0.09 0.09
C2 0.02 0.00 0.07 0.09 0.01 0.07 0.01 0.18 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.14 0.09 0.03 0.06 0.11 0.05 0.06
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.06 0.06 0.05 0.05 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.10 0.04 0.05
C3' 0.02 0.09 0.01 0.00 0.09 0.00 0.13 0.02 0.13 0.15 0.11 0.08 0.14 0.16 0.09 0.02 0.01 0.01 0.09 0.10 0.09 0.08
C4 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.08 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.09 0.02 0.07 0.09 0.05 0.05
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.08 0.00 0.13 0.00 0.12 0.17 0.09 0.05 0.14 0.18 0.09 0.04 0.01 0.00 0.01 0.10 0.05 0.05
C5 0.01 0.01 0.04 0.13 0.00 0.13 0.00 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.14 0.03 0.04 0.08 0.10 0.08
C5' 0.04 0.18 0.02 0.02 0.19 0.00 0.27 0.00 0.28 0.30 0.23 0.14 0.31 0.34 0.18 0.04 0.04 0.01 0.01 0.19 0.06 0.03
C6 0.01 0.01 0.05 0.13 0.01 0.12 0.01 0.28 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.14 0.03 0.04 0.08 0.11 0.08
C8 0.02 0.02 0.05 0.15 0.01 0.17 0.00 0.30 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.16 0.04 0.05 0.09 0.12 0.11
N1 0.02 0.00 0.06 0.11 0.01 0.09 0.01 0.23 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.11 0.03 0.04 0.09 0.07 0.05
N3 0.02 0.00 0.06 0.08 0.01 0.05 0.01 0.14 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.13 0.08 0.03 0.08 0.12 0.06 0.07
N6 0.01 0.01 0.05 0.14 0.01 0.14 0.01 0.31 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.08 0.15 0.03 0.06 0.08 0.15 0.11
N7 0.02 0.02 0.05 0.16 0.01 0.18 0.00 0.34 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.18 0.04 0.06 0.11 0.16 0.14
N9 0.00 0.02 0.03 0.09 0.01 0.09 0.01 0.18 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.09 0.02 0.09 0.08 0.05 0.05
O2' 0.01 0.14 0.00 0.02 0.08 0.04 0.06 0.04 0.09 0.04 0.12 0.13 0.08 0.02 0.02 0.00 0.03 0.07 0.04 0.13 0.06 0.07
O3' 0.02 0.09 0.01 0.01 0.09 0.01 0.14 0.04 0.14 0.16 0.11 0.08 0.15 0.18 0.09 0.03 0.00 0.02 0.23 0.12 0.17 0.15
O4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.07 0.02 0.00 0.23 0.10 0.10 0.10
O5' 0.16 0.06 0.02 0.09 0.07 0.01 0.04 0.01 0.04 0.05 0.04 0.08 0.06 0.06 0.09 0.04 0.23 0.23 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.11 0.11 0.10 0.10 0.09 0.10 0.08 0.19 0.08 0.09 0.09 0.12 0.08 0.11 0.08 0.13 0.12 0.10 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.09 0.05 0.04 0.09 0.05 0.05 0.10 0.06 0.11 0.12 0.07 0.06 0.15 0.16 0.05 0.06 0.17 0.10 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.09 0.06 0.05 0.08 0.05 0.05 0.08 0.03 0.08 0.11 0.05 0.07 0.11 0.14 0.05 0.07 0.15 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00