ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53371

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 2, 0, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.007, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.006
O2 A 0, 0.009, 0.024, 0.040, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.024 std_dev=0.015
O4 A 0, 0.012, 0.033, 0.054, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.033 std_dev=0.021
C2' A 0, 0.028, 0.064, 0.100, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.064 std_dev=0.036
O4' A 0, 0.023, 0.061, 0.099, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.061 std_dev=0.038
O2' A 0, 0.047, 0.105, 0.162, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.105 std_dev=0.058
C3' A 0, 0.089, 0.152, 0.215, 0.207 max_d=0.207 avg_d=0.152 std_dev=0.063
C4' A 0, 0.093, 0.165, 0.237, 0.229 max_d=0.229 avg_d=0.165 std_dev=0.072
O3' A 0, 0.132, 0.217, 0.302, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.217 std_dev=0.085
N6 B 0, 0.114, 0.233, 0.351, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.233 std_dev=0.119
N7 B 0, 0.108, 0.237, 0.366, 0.455 max_d=0.455 avg_d=0.237 std_dev=0.129
C5' A 0, 0.166, 0.295, 0.424, 0.444 max_d=0.444 avg_d=0.295 std_dev=0.129
O5' A 0, 0.161, 0.317, 0.472, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.317 std_dev=0.155
OP1 A 0, 0.201, 0.359, 0.517, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.359 std_dev=0.158
P A 0, 0.200, 0.359, 0.518, 0.583 max_d=0.583 avg_d=0.359 std_dev=0.159
C8 B 0, 0.103, 0.275, 0.448, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.275 std_dev=0.172
OP2 A 0, 0.263, 0.456, 0.648, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.456 std_dev=0.192
C6 B 0, 0.077, 0.277, 0.476, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.277 std_dev=0.200
C5 B 0, 0.078, 0.282, 0.487, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.282 std_dev=0.204
O5' B 0, 0.146, 0.370, 0.594, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.370 std_dev=0.224
N9 B 0, 0.178, 0.421, 0.663, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.421 std_dev=0.242
P B 0, 0.260, 0.513, 0.765, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.513 std_dev=0.252
N1 B 0, 0.167, 0.426, 0.684, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.426 std_dev=0.259
C4 B 0, 0.187, 0.446, 0.705, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.446 std_dev=0.259
O4' B 0, 0.268, 0.537, 0.806, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.537 std_dev=0.269
C5' B 0, 0.253, 0.534, 0.815, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.534 std_dev=0.281
C1' B 0, 0.276, 0.562, 0.847, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.562 std_dev=0.286
OP1 B 0, 0.351, 0.646, 0.940, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.646 std_dev=0.294
C4' B 0, 0.301, 0.597, 0.893, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.597 std_dev=0.296
C2 B 0, 0.282, 0.591, 0.900, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.591 std_dev=0.309
OP2 B 0, 0.303, 0.613, 0.923, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.613 std_dev=0.310
N3 B 0, 0.299, 0.617, 0.934, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.617 std_dev=0.317
C3' B 0, 0.312, 0.633, 0.955, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.633 std_dev=0.322
C2' B 0, 0.332, 0.668, 1.004, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.668 std_dev=0.336
O3' B 0, 0.379, 0.728, 1.078, 1.160 max_d=1.160 avg_d=0.728 std_dev=0.349
O2' B 0, 0.421, 0.803, 1.186, 1.321 max_d=1.321 avg_d=0.803 std_dev=0.383

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.09 0.05
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.06 0.10 0.06
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.08 0.07 0.04
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.08 0.03 0.02
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.06 0.07 0.10 0.07
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.01 0.06 0.04 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.00 0.02 0.07 0.07 0.10 0.07
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.04 0.05 0.03 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.02 0.07 0.07 0.10 0.07
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.06 0.10 0.06
N3 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.05 0.06 0.10 0.06
O2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.02 0.04 0.06 0.10 0.05
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.03 0.05 0.00 0.02 0.04 0.03 0.04 0.09 0.11 0.07
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.11 0.02 0.04
O4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.00 0.02 0.07 0.07 0.11 0.07
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.09 0.05
O5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.07 0.04 0.05 0.04 0.04 0.01 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.06 0.08 0.08 0.07 0.06 0.07 0.03 0.07 0.06 0.06 0.06 0.09 0.11 0.07 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.10 0.07 0.03 0.10 0.04 0.10 0.01 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.02 0.11 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.06 0.04 0.02 0.07 0.03 0.07 0.01 0.07 0.06 0.06 0.05 0.07 0.04 0.07 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.04 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.06 0.05 0.04 0.05 0.02 0.05 0.07 0.10 0.14 0.11
C2 0.06 0.07 0.04 0.01 0.06 0.02 0.06 0.06 0.06 0.05 0.07 0.07 0.06 0.05 0.06 0.06 0.02 0.05 0.08 0.12 0.16 0.12
C2' 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.06 0.06 0.03 0.05 0.03 0.08 0.04 0.02 0.04 0.04 0.02 0.09 0.11 0.16 0.12
C3' 0.04 0.05 0.04 0.03 0.04 0.02 0.05 0.06 0.07 0.04 0.06 0.04 0.10 0.06 0.04 0.05 0.04 0.03 0.08 0.10 0.14 0.11
C4 0.08 0.07 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05 0.08 0.06 0.04 0.06 0.08 0.07 0.06 0.06 0.08 0.05 0.08 0.10 0.11 0.13 0.11
C4' 0.05 0.04 0.04 0.02 0.04 0.02 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.07 0.05 0.04 0.05 0.03 0.04 0.07 0.10 0.12 0.09
C5 0.07 0.06 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.08 0.06 0.04 0.06 0.07 0.09 0.06 0.06 0.08 0.05 0.07 0.09 0.11 0.12 0.10
C5' 0.06 0.05 0.05 0.04 0.05 0.03 0.06 0.04 0.06 0.06 0.05 0.05 0.08 0.06 0.06 0.06 0.04 0.06 0.06 0.09 0.10 0.08
C6 0.06 0.05 0.04 0.03 0.05 0.05 0.05 0.07 0.06 0.04 0.05 0.05 0.09 0.05 0.05 0.06 0.03 0.06 0.08 0.10 0.12 0.10
N1 0.05 0.05 0.03 0.01 0.05 0.03 0.04 0.06 0.05 0.04 0.05 0.05 0.07 0.05 0.05 0.05 0.02 0.05 0.08 0.10 0.13 0.10
N3 0.07 0.08 0.05 0.03 0.07 0.04 0.06 0.06 0.06 0.05 0.07 0.08 0.06 0.05 0.07 0.07 0.03 0.06 0.09 0.11 0.15 0.12
O2 0.07 0.09 0.05 0.03 0.08 0.03 0.08 0.06 0.09 0.06 0.09 0.09 0.09 0.07 0.07 0.07 0.03 0.06 0.09 0.14 0.19 0.15
O2' 0.04 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.08 0.06 0.04 0.06 0.05 0.07 0.05 0.04 0.05 0.06 0.04 0.11 0.12 0.18 0.14
O3' 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.07 0.07 0.04 0.06 0.04 0.10 0.06 0.04 0.05 0.05 0.03 0.09 0.11 0.15 0.11
O4 0.09 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.05 0.10 0.05 0.05 0.05 0.08 0.07 0.07 0.07 0.10 0.08 0.09 0.11 0.12 0.13 0.11
O4' 0.06 0.04 0.04 0.02 0.05 0.02 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.06 0.05 0.05 0.05 0.02 0.06 0.06 0.10 0.12 0.09
O5' 0.10 0.06 0.08 0.06 0.08 0.07 0.07 0.04 0.06 0.09 0.06 0.07 0.07 0.08 0.09 0.09 0.05 0.10 0.04 0.07 0.07 0.05
OP1 0.06 0.08 0.06 0.05 0.06 0.05 0.07 0.04 0.09 0.07 0.09 0.06 0.10 0.07 0.06 0.06 0.05 0.07 0.04 0.07 0.06 0.05
OP2 0.19 0.13 0.17 0.16 0.16 0.18 0.16 0.16 0.13 0.19 0.12 0.15 0.12 0.18 0.19 0.18 0.15 0.21 0.15 0.16 0.14 0.15
P 0.11 0.06 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.07 0.07 0.11 0.06 0.08 0.07 0.10 0.10 0.10 0.07 0.12 0.06 0.08 0.06 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.10 0.03
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.05 0.06 0.16 0.08
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.15 0.06
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.15 0.08
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.05 0.13 0.07
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.02
C5 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.08 0.08 0.15 0.10
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.03 0.02 0.07 0.07 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.08 0.09 0.17 0.11
C8 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.08 0.07 0.11 0.08
N1 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.07 0.08 0.17 0.10
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.04 0.04 0.14 0.07
N6 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.01 0.10 0.12 0.18 0.14
N7 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.09 0.10 0.14 0.11
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.05 0.11 0.05
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.14 0.05
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.04 0.05 0.04 0.06 0.05 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.07 0.16 0.09
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.06 0.03
O5' 0.02 0.05 0.03 0.03 0.05 0.01 0.08 0.00 0.08 0.08 0.07 0.04 0.10 0.09 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.06 0.03 0.05 0.05 0.02 0.08 0.02 0.09 0.07 0.08 0.04 0.12 0.10 0.05 0.03 0.07 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.16 0.15 0.15 0.13 0.07 0.15 0.03 0.17 0.11 0.17 0.14 0.18 0.14 0.11 0.14 0.16 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.08 0.06 0.08 0.07 0.02 0.10 0.01 0.11 0.08 0.10 0.07 0.14 0.11 0.05 0.05 0.09 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00