ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53372

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 2, 2, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.011, 0.018, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.017 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.011, 0.023, 0.034, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.010, 0.022, 0.034, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.022 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.007, 0.020, 0.034, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.008, 0.027, 0.047, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.027 std_dev=0.019
O2 A 0, 0.001, 0.034, 0.066, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.034 std_dev=0.033
O4 A 0, 0.087, 0.145, 0.202, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.145 std_dev=0.057
C2' A 0, 0.074, 0.205, 0.336, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.205 std_dev=0.131
C4 B 0, 0.212, 0.354, 0.496, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.354 std_dev=0.142
N3 B 0, 0.190, 0.363, 0.535, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.363 std_dev=0.173
O4' A 0, 0.069, 0.246, 0.423, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.246 std_dev=0.177
C5 B 0, 0.163, 0.347, 0.531, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.347 std_dev=0.184
N1 B 0, 0.183, 0.385, 0.588, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.385 std_dev=0.202
C2 B 0, 0.137, 0.343, 0.549, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.343 std_dev=0.206
C6 B 0, 0.170, 0.379, 0.588, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.379 std_dev=0.209
N9 B 0, 0.229, 0.465, 0.701, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.465 std_dev=0.236
N7 B 0, 0.185, 0.460, 0.735, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.460 std_dev=0.275
C8 B 0, 0.225, 0.512, 0.799, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.512 std_dev=0.287
N6 B 0, 0.151, 0.500, 0.849, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.500 std_dev=0.349
C1' B 0, 0.182, 0.557, 0.932, 1.287 max_d=1.287 avg_d=0.557 std_dev=0.375
O2' A 0, -0.054, 0.324, 0.703, 1.332 max_d=1.332 avg_d=0.324 std_dev=0.378
C4' A 0, 0.117, 0.505, 0.894, 1.384 max_d=1.384 avg_d=0.505 std_dev=0.389
C3' A 0, 0.196, 0.586, 0.977, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.586 std_dev=0.390
C5' A 0, 0.124, 0.702, 1.280, 2.164 max_d=2.164 avg_d=0.702 std_dev=0.578
O5' A 0, 0.154, 0.776, 1.399, 2.215 max_d=2.215 avg_d=0.776 std_dev=0.622
C2' B 0, 0.610, 1.260, 1.909, 2.279 max_d=2.279 avg_d=1.260 std_dev=0.649
O3' A 0, 0.383, 1.040, 1.697, 2.388 max_d=2.388 avg_d=1.040 std_dev=0.657
P A 0, 0.123, 0.830, 1.538, 2.585 max_d=2.585 avg_d=0.830 std_dev=0.707
C3' B 0, 0.994, 1.886, 2.779, 2.747 max_d=2.747 avg_d=1.886 std_dev=0.892
O4' B 0, 0.681, 1.592, 2.503, 2.982 max_d=2.982 avg_d=1.592 std_dev=0.911
OP2 A 0, 0.462, 1.467, 2.472, 3.170 max_d=3.170 avg_d=1.467 std_dev=1.005
O3' B 0, 1.096, 2.128, 3.161, 3.387 max_d=3.387 avg_d=2.128 std_dev=1.032
OP1 A 0, 0.271, 1.335, 2.398, 2.818 max_d=2.818 avg_d=1.335 std_dev=1.063
O2' B 0, 0.548, 1.645, 2.741, 3.580 max_d=3.580 avg_d=1.645 std_dev=1.097
C4' B 0, 0.980, 2.141, 3.301, 3.537 max_d=3.537 avg_d=2.141 std_dev=1.160
O5' B 0, 1.228, 2.643, 4.057, 4.395 max_d=4.395 avg_d=2.643 std_dev=1.415
C5' B 0, 1.448, 3.287, 5.127, 5.310 max_d=5.310 avg_d=3.287 std_dev=1.840
P B 0, 1.247, 3.113, 4.980, 5.224 max_d=5.224 avg_d=3.113 std_dev=1.866
OP2 B 0, 1.512, 3.404, 5.297, 5.425 max_d=5.425 avg_d=3.404 std_dev=1.892
OP1 B 0, 1.562, 3.510, 5.458, 5.520 max_d=5.520 avg_d=3.510 std_dev=1.948

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.08 0.02 0.02 0.04 0.06 0.02 0.20 0.04 0.00 0.26 0.32 0.12 0.27
C2 0.04 0.00 0.06 0.19 0.02 0.09 0.02 0.26 0.01 0.01 0.01 0.02 0.24 0.18 0.03 0.06 0.28 0.39 0.37 0.24
C2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.02 0.09 0.11 0.10 0.03 0.04 0.12 0.00 0.03 0.05 0.03 0.19 0.25 0.34 0.32
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.28 0.00 0.29 0.03 0.25 0.17 0.24 0.17 0.01 0.01 0.31 0.02 0.21 0.35 0.32 0.11
C4 0.04 0.02 0.05 0.28 0.00 0.17 0.01 0.41 0.01 0.02 0.01 0.03 0.30 0.16 0.01 0.03 0.34 0.51 0.69 0.28
C4' 0.01 0.09 0.02 0.00 0.17 0.00 0.19 0.01 0.16 0.10 0.13 0.08 0.22 0.02 0.19 0.00 0.02 0.22 0.30 0.05
C5 0.03 0.02 0.09 0.29 0.01 0.19 0.00 0.41 0.00 0.02 0.01 0.03 0.25 0.19 0.02 0.03 0.37 0.53 0.65 0.28
C5' 0.08 0.26 0.11 0.03 0.41 0.01 0.41 0.00 0.34 0.24 0.34 0.20 0.12 0.13 0.44 0.02 0.02 0.33 0.41 0.03
C6 0.02 0.01 0.10 0.25 0.01 0.16 0.00 0.34 0.00 0.01 0.02 0.02 0.19 0.14 0.02 0.04 0.37 0.49 0.39 0.28
N1 0.02 0.01 0.03 0.17 0.02 0.10 0.02 0.24 0.01 0.00 0.01 0.03 0.17 0.06 0.02 0.03 0.30 0.40 0.25 0.26
N3 0.04 0.01 0.04 0.24 0.01 0.13 0.01 0.34 0.02 0.01 0.00 0.03 0.30 0.15 0.02 0.05 0.30 0.45 0.56 0.25
O2 0.06 0.02 0.12 0.17 0.03 0.08 0.03 0.20 0.02 0.03 0.03 0.00 0.22 0.32 0.04 0.10 0.26 0.34 0.30 0.24
O2' 0.02 0.24 0.00 0.01 0.30 0.22 0.25 0.12 0.19 0.17 0.30 0.22 0.00 0.05 0.32 0.17 0.09 0.13 0.34 0.19
O3' 0.20 0.18 0.03 0.01 0.16 0.02 0.19 0.13 0.14 0.06 0.15 0.32 0.05 0.00 0.20 0.13 0.33 0.66 0.47 0.31
O4 0.04 0.03 0.05 0.31 0.01 0.19 0.02 0.44 0.02 0.02 0.02 0.04 0.32 0.20 0.00 0.03 0.34 0.53 0.83 0.30
O4' 0.00 0.06 0.03 0.02 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03 0.05 0.10 0.17 0.13 0.03 0.00 0.27 0.33 0.13 0.26
O5' 0.26 0.28 0.19 0.21 0.34 0.02 0.37 0.02 0.37 0.30 0.30 0.26 0.09 0.33 0.34 0.27 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.32 0.39 0.25 0.35 0.51 0.22 0.53 0.33 0.49 0.40 0.45 0.34 0.13 0.66 0.53 0.33 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.37 0.34 0.32 0.69 0.30 0.65 0.41 0.39 0.25 0.56 0.30 0.34 0.47 0.83 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.27 0.24 0.32 0.11 0.28 0.05 0.28 0.03 0.28 0.26 0.25 0.24 0.19 0.31 0.30 0.26 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.41 0.15 0.53 0.58 0.26 0.57 0.25 0.78 0.14 0.47 0.16 0.19 0.14 0.40 0.38 0.98 0.62 0.47 0.51 1.11 0.82 0.61
C2 0.41 0.15 0.52 0.54 0.26 0.54 0.23 0.71 0.14 0.46 0.17 0.20 0.21 0.40 0.38 0.95 0.56 0.48 0.46 1.02 0.80 0.55
C2' 0.35 0.20 0.49 0.43 0.23 0.39 0.25 0.55 0.21 0.44 0.24 0.18 0.24 0.39 0.34 0.90 0.46 0.35 0.35 1.09 0.82 0.50
C3' 0.41 0.23 0.53 0.55 0.30 0.49 0.29 0.63 0.22 0.46 0.23 0.25 0.21 0.41 0.39 0.93 0.53 0.44 0.44 0.88 1.09 0.55
C4 0.50 0.14 0.60 0.54 0.24 0.76 0.14 0.99 0.15 0.42 0.15 0.21 0.30 0.23 0.40 1.09 0.55 0.74 0.79 1.18 0.85 0.82
C4' 0.44 0.18 0.54 0.65 0.29 0.66 0.27 0.87 0.16 0.47 0.17 0.22 0.15 0.40 0.40 1.00 0.68 0.55 0.63 1.09 1.05 0.72
C5 0.50 0.14 0.60 0.59 0.25 0.81 0.16 1.08 0.15 0.42 0.16 0.21 0.28 0.25 0.39 1.12 0.62 0.76 0.89 1.29 0.97 0.95
C5' 0.57 0.27 0.59 0.83 0.39 0.88 0.36 1.11 0.25 0.57 0.24 0.34 0.21 0.48 0.51 1.00 0.86 0.77 0.93 1.28 1.31 1.04
C6 0.47 0.16 0.57 0.61 0.26 0.75 0.19 1.00 0.15 0.44 0.18 0.21 0.24 0.31 0.39 1.08 0.64 0.67 0.78 1.24 0.93 0.84
N1 0.43 0.16 0.54 0.58 0.26 0.63 0.23 0.84 0.14 0.46 0.17 0.20 0.20 0.37 0.39 1.01 0.61 0.55 0.58 1.13 0.83 0.66
N3 0.45 0.13 0.55 0.52 0.25 0.60 0.18 0.77 0.13 0.46 0.15 0.20 0.27 0.33 0.39 1.00 0.52 0.57 0.53 1.03 0.78 0.60
O2 0.37 0.17 0.48 0.52 0.27 0.42 0.28 0.55 0.17 0.46 0.18 0.19 0.18 0.44 0.37 0.85 0.54 0.35 0.32 0.93 0.81 0.47
O2' 0.55 0.21 0.62 0.52 0.38 0.59 0.38 0.72 0.22 0.62 0.18 0.29 0.19 0.55 0.53 0.96 0.59 0.61 0.62 1.40 0.62 0.72
O3' 0.45 0.42 0.55 0.42 0.41 0.39 0.41 0.49 0.40 0.50 0.43 0.40 0.42 0.47 0.45 0.96 0.43 0.43 0.35 0.90 1.04 0.50
O4 0.53 0.14 0.64 0.50 0.24 0.82 0.12 1.07 0.17 0.37 0.15 0.23 0.32 0.14 0.39 1.13 0.51 0.83 0.92 1.19 0.85 0.92
O4' 0.45 0.20 0.56 0.67 0.30 0.70 0.27 0.96 0.18 0.47 0.20 0.24 0.17 0.40 0.41 1.06 0.72 0.57 0.67 1.19 0.94 0.77
O5' 0.29 0.24 0.51 0.44 0.17 0.60 0.17 0.93 0.24 0.26 0.29 0.18 0.32 0.18 0.23 1.10 0.49 0.45 0.68 1.19 1.13 0.85
OP1 0.59 0.38 0.72 0.57 0.44 0.83 0.41 1.13 0.37 0.56 0.38 0.41 0.39 0.47 0.53 1.20 0.55 0.80 1.04 1.73 1.03 1.25
OP2 0.64 0.46 0.77 0.88 0.51 0.87 0.48 1.07 0.45 0.59 0.45 0.50 0.45 0.52 0.57 1.16 0.92 0.81 1.01 1.18 1.60 1.16
P 0.32 0.18 0.49 0.41 0.16 0.67 0.15 1.00 0.21 0.28 0.24 0.14 0.30 0.19 0.25 1.08 0.44 0.61 0.87 1.42 1.15 1.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.07 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.35 0.01 0.22 0.36 0.37 0.29
C2 0.03 0.00 0.48 0.46 0.01 0.19 0.01 0.32 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.42 0.62 0.34 0.44 0.53 0.73 0.51
C2' 0.01 0.48 0.00 0.01 0.26 0.03 0.14 0.16 0.24 0.22 0.38 0.48 0.18 0.11 0.04 0.01 0.05 0.04 0.44 0.60 0.67 0.57
C3' 0.03 0.46 0.01 0.00 0.34 0.01 0.37 0.03 0.42 0.32 0.46 0.42 0.43 0.35 0.22 0.02 0.01 0.03 0.25 0.63 0.34 0.37
C4 0.02 0.01 0.26 0.34 0.00 0.11 0.01 0.25 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.28 0.36 0.18 0.37 0.58 0.67 0.47
C4' 0.02 0.19 0.03 0.01 0.11 0.00 0.16 0.01 0.15 0.26 0.16 0.18 0.18 0.25 0.11 0.29 0.04 0.01 0.02 0.27 0.19 0.07
C5 0.02 0.01 0.14 0.37 0.01 0.16 0.00 0.34 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.38 0.27 0.08 0.42 0.75 0.84 0.57
C5' 0.07 0.32 0.16 0.03 0.25 0.01 0.34 0.00 0.36 0.38 0.34 0.28 0.41 0.42 0.21 0.15 0.20 0.03 0.01 0.24 0.33 0.01
C6 0.03 0.01 0.24 0.42 0.02 0.15 0.01 0.36 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.38 0.39 0.15 0.45 0.76 0.92 0.60
C8 0.01 0.01 0.22 0.32 0.01 0.26 0.01 0.38 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.52 0.12 0.20 0.41 0.81 0.69 0.55
N1 0.04 0.01 0.38 0.46 0.01 0.16 0.01 0.34 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.38 0.54 0.26 0.45 0.64 0.85 0.56
N3 0.03 0.00 0.48 0.42 0.01 0.18 0.01 0.28 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.40 0.58 0.33 0.40 0.48 0.63 0.46
N6 0.04 0.01 0.18 0.43 0.02 0.18 0.02 0.41 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.44 0.35 0.10 0.48 0.89 1.02 0.67
N7 0.02 0.01 0.11 0.35 0.01 0.25 0.01 0.42 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.51 0.12 0.12 0.46 0.91 0.89 0.64
N9 0.01 0.01 0.04 0.22 0.01 0.11 0.01 0.21 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.26 0.18 0.02 0.31 0.57 0.56 0.42
O2' 0.02 0.42 0.01 0.02 0.28 0.29 0.38 0.15 0.38 0.52 0.38 0.40 0.44 0.51 0.26 0.00 0.11 0.19 0.20 0.40 0.60 0.37
O3' 0.35 0.62 0.05 0.01 0.36 0.04 0.27 0.20 0.39 0.12 0.54 0.58 0.35 0.12 0.18 0.11 0.00 0.20 0.23 0.79 0.29 0.38
O4' 0.01 0.34 0.04 0.03 0.18 0.01 0.08 0.03 0.15 0.20 0.26 0.33 0.10 0.12 0.02 0.19 0.20 0.00 0.06 0.13 0.11 0.06
O5' 0.22 0.44 0.44 0.25 0.37 0.02 0.42 0.01 0.45 0.41 0.45 0.40 0.48 0.46 0.31 0.20 0.23 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.36 0.53 0.60 0.63 0.58 0.27 0.75 0.24 0.76 0.81 0.64 0.48 0.89 0.91 0.57 0.40 0.79 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.37 0.73 0.67 0.34 0.67 0.19 0.84 0.33 0.92 0.69 0.85 0.63 1.02 0.89 0.56 0.60 0.29 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.29 0.51 0.57 0.37 0.47 0.07 0.57 0.01 0.60 0.55 0.56 0.46 0.67 0.64 0.42 0.37 0.38 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00