ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53373

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 2, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.012, 0.018, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.008, 0.016, 0.023, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.016 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.012, 0.021, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.021 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.011, 0.022, 0.034, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.022 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.005, 0.018, 0.030, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.007, 0.021, 0.035, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.021 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.020, 0.036, 0.051, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.036 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.020, 0.044, 0.067, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.044 std_dev=0.024
O4 A 0, -0.003, 0.087, 0.176, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.087 std_dev=0.089
N9 B 0, 0.154, 0.396, 0.637, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.396 std_dev=0.242
C1' B 0, 0.195, 0.450, 0.706, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.450 std_dev=0.255
C8 B 0, 0.148, 0.415, 0.683, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.415 std_dev=0.268
C4 B 0, 0.182, 0.460, 0.738, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.460 std_dev=0.278
N7 B 0, 0.177, 0.466, 0.756, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.466 std_dev=0.290
C5 B 0, 0.199, 0.518, 0.837, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.518 std_dev=0.319
N3 B 0, 0.217, 0.542, 0.867, 1.005 max_d=1.005 avg_d=0.542 std_dev=0.325
C2' A 0, 0.025, 0.413, 0.801, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.413 std_dev=0.388
O4' A 0, -0.017, 0.387, 0.791, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.387 std_dev=0.404
C2 B 0, 0.258, 0.681, 1.104, 1.458 max_d=1.458 avg_d=0.681 std_dev=0.423
C6 B 0, 0.233, 0.666, 1.100, 1.473 max_d=1.473 avg_d=0.666 std_dev=0.433
N1 B 0, 0.257, 0.748, 1.239, 1.718 max_d=1.718 avg_d=0.748 std_dev=0.491
N6 B 0, 0.247, 0.765, 1.283, 1.774 max_d=1.774 avg_d=0.765 std_dev=0.518
C3' A 0, 0.201, 0.758, 1.315, 1.667 max_d=1.667 avg_d=0.758 std_dev=0.557
O4' B 0, 0.338, 0.900, 1.461, 1.713 max_d=1.713 avg_d=0.900 std_dev=0.562
C4' A 0, 0.094, 0.732, 1.371, 1.718 max_d=1.718 avg_d=0.732 std_dev=0.638
C2' B 0, 0.453, 1.127, 1.801, 1.863 max_d=1.863 avg_d=1.127 std_dev=0.674
O2' A 0, -0.102, 0.689, 1.479, 2.172 max_d=2.172 avg_d=0.689 std_dev=0.790
C3' B 0, 0.522, 1.313, 2.104, 2.376 max_d=2.376 avg_d=1.313 std_dev=0.791
C4' B 0, 0.408, 1.203, 1.997, 2.352 max_d=2.352 avg_d=1.203 std_dev=0.794
O5' A 0, 0.122, 0.925, 1.727, 2.340 max_d=2.340 avg_d=0.925 std_dev=0.802
O3' A 0, 0.366, 1.196, 2.026, 2.584 max_d=2.584 avg_d=1.196 std_dev=0.830
C5' A 0, 0.153, 1.066, 1.978, 2.314 max_d=2.314 avg_d=1.066 std_dev=0.913
O3' B 0, 0.615, 1.543, 2.471, 2.584 max_d=2.584 avg_d=1.543 std_dev=0.928
O2' B 0, 0.534, 1.556, 2.579, 3.047 max_d=3.047 avg_d=1.556 std_dev=1.023
P A 0, 0.064, 1.089, 2.113, 2.995 max_d=2.995 avg_d=1.089 std_dev=1.024
OP2 A 0, 0.200, 1.258, 2.316, 3.074 max_d=3.074 avg_d=1.258 std_dev=1.058
OP1 B 0, 1.049, 2.214, 3.379, 3.400 max_d=3.400 avg_d=2.214 std_dev=1.165
P B 0, 1.045, 2.263, 3.481, 3.683 max_d=3.683 avg_d=2.263 std_dev=1.218
OP2 B 0, 1.167, 2.406, 3.645, 3.773 max_d=3.773 avg_d=2.406 std_dev=1.239
C5' B 0, 0.594, 1.938, 3.282, 3.909 max_d=3.909 avg_d=1.938 std_dev=1.344
OP1 A 0, 0.191, 1.612, 3.034, 3.703 max_d=3.703 avg_d=1.612 std_dev=1.422
O5' B 0, 0.613, 2.244, 3.875, 4.449 max_d=4.449 avg_d=2.244 std_dev=1.631

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.35 0.02 0.01 0.16 0.27 0.19 0.11
C2 0.01 0.00 0.20 0.26 0.01 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.25 0.02 0.10 0.31 0.61 0.33 0.31
C2' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.05 0.01 0.12 0.15 0.17 0.03 0.15 0.33 0.00 0.03 0.08 0.03 0.44 0.49 0.43 0.43
C3' 0.02 0.26 0.00 0.00 0.39 0.00 0.38 0.01 0.32 0.22 0.34 0.20 0.02 0.01 0.43 0.02 0.29 0.39 0.16 0.25
C4 0.02 0.01 0.05 0.39 0.00 0.19 0.01 0.34 0.01 0.01 0.01 0.01 0.38 0.13 0.01 0.03 0.53 1.00 0.63 0.60
C4' 0.02 0.07 0.01 0.00 0.19 0.00 0.25 0.01 0.24 0.10 0.12 0.12 0.27 0.04 0.22 0.00 0.01 0.19 0.28 0.02
C5 0.02 0.01 0.12 0.38 0.01 0.25 0.00 0.40 0.01 0.01 0.01 0.01 0.44 0.18 0.01 0.09 0.57 1.00 0.59 0.62
C5' 0.04 0.15 0.15 0.01 0.34 0.01 0.40 0.00 0.33 0.16 0.24 0.11 0.11 0.18 0.39 0.02 0.01 0.28 0.35 0.02
C6 0.01 0.01 0.17 0.32 0.01 0.24 0.01 0.33 0.00 0.01 0.01 0.01 0.39 0.14 0.02 0.12 0.48 0.76 0.38 0.46
N1 0.01 0.01 0.03 0.22 0.01 0.10 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.14 0.02 0.01 0.31 0.54 0.26 0.28
N3 0.01 0.01 0.15 0.34 0.01 0.12 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.17 0.01 0.08 0.42 0.82 0.50 0.46
O2 0.03 0.00 0.33 0.20 0.01 0.12 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.43 0.02 0.18 0.23 0.49 0.25 0.21
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.38 0.27 0.44 0.11 0.39 0.22 0.25 0.07 0.00 0.05 0.39 0.20 0.24 0.35 0.44 0.29
O3' 0.35 0.25 0.03 0.01 0.13 0.04 0.18 0.18 0.14 0.14 0.17 0.43 0.05 0.00 0.19 0.21 0.29 0.50 0.39 0.36
O4 0.02 0.02 0.08 0.43 0.01 0.22 0.01 0.39 0.02 0.02 0.01 0.02 0.39 0.19 0.00 0.05 0.56 1.10 0.74 0.67
O4' 0.01 0.10 0.03 0.02 0.03 0.00 0.09 0.02 0.12 0.01 0.08 0.18 0.20 0.21 0.05 0.00 0.07 0.12 0.38 0.12
O5' 0.16 0.31 0.44 0.29 0.53 0.01 0.57 0.01 0.48 0.31 0.42 0.23 0.24 0.29 0.56 0.07 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.27 0.61 0.49 0.39 1.00 0.19 1.00 0.28 0.76 0.54 0.82 0.49 0.35 0.50 1.10 0.12 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.19 0.33 0.43 0.16 0.63 0.28 0.59 0.35 0.38 0.26 0.50 0.25 0.44 0.39 0.74 0.38 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.31 0.43 0.25 0.60 0.02 0.62 0.02 0.46 0.28 0.46 0.21 0.29 0.36 0.67 0.12 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.08 0.28 0.37 0.10 0.26 0.10 0.41 0.07 0.19 0.10 0.07 0.09 0.16 0.15 0.59 0.34 0.17 0.59 0.85 0.84 0.79
C2 0.16 0.06 0.29 0.35 0.08 0.27 0.08 0.42 0.07 0.19 0.09 0.05 0.14 0.16 0.14 0.56 0.31 0.19 0.58 0.83 0.82 0.76
C2' 0.34 0.47 0.44 0.40 0.40 0.36 0.41 0.51 0.46 0.33 0.49 0.43 0.48 0.36 0.36 0.66 0.38 0.29 0.59 0.78 0.80 0.68
C3' 0.34 0.27 0.39 0.43 0.29 0.46 0.28 0.66 0.25 0.34 0.26 0.29 0.22 0.31 0.32 0.60 0.41 0.39 0.56 0.69 0.72 0.59
C4 0.21 0.12 0.46 0.34 0.12 0.40 0.12 0.61 0.17 0.19 0.16 0.11 0.23 0.13 0.17 0.72 0.38 0.40 0.66 0.89 0.87 0.90
C4' 0.19 0.27 0.25 0.43 0.20 0.34 0.21 0.50 0.26 0.20 0.30 0.23 0.29 0.19 0.19 0.52 0.42 0.26 0.53 0.73 0.73 0.68
C5 0.21 0.11 0.47 0.36 0.10 0.42 0.09 0.63 0.14 0.18 0.15 0.09 0.22 0.11 0.16 0.76 0.41 0.41 0.68 0.92 0.89 0.93
C5' 0.18 0.26 0.26 0.42 0.17 0.41 0.16 0.61 0.24 0.17 0.29 0.20 0.29 0.14 0.16 0.56 0.42 0.32 0.49 0.66 0.65 0.63
C6 0.18 0.08 0.40 0.37 0.08 0.37 0.06 0.55 0.11 0.18 0.12 0.06 0.18 0.11 0.15 0.71 0.39 0.33 0.63 0.89 0.85 0.87
N1 0.16 0.06 0.33 0.36 0.08 0.30 0.07 0.46 0.07 0.18 0.10 0.05 0.13 0.14 0.14 0.62 0.35 0.24 0.59 0.85 0.83 0.81
N3 0.18 0.09 0.35 0.33 0.09 0.31 0.09 0.48 0.13 0.18 0.13 0.08 0.20 0.13 0.15 0.61 0.32 0.28 0.59 0.83 0.82 0.79
O2 0.15 0.06 0.23 0.35 0.11 0.22 0.12 0.37 0.07 0.20 0.07 0.07 0.08 0.20 0.15 0.46 0.30 0.12 0.60 0.81 0.83 0.73
O2' 0.20 0.35 0.25 0.36 0.21 0.22 0.25 0.33 0.37 0.26 0.42 0.25 0.46 0.25 0.20 0.48 0.30 0.19 0.68 0.96 0.94 0.88
O3' 0.40 0.66 0.32 0.50 0.51 0.35 0.51 0.45 0.61 0.37 0.68 0.58 0.65 0.41 0.43 0.39 0.46 0.37 0.49 0.68 0.72 0.59
O4 0.25 0.16 0.54 0.33 0.17 0.45 0.17 0.69 0.20 0.21 0.19 0.16 0.26 0.18 0.21 0.77 0.40 0.49 0.75 0.94 0.95 1.01
O4' 0.26 0.30 0.32 0.51 0.26 0.41 0.26 0.52 0.30 0.27 0.32 0.27 0.33 0.26 0.25 0.59 0.50 0.34 0.71 0.92 0.92 0.90
O5' 0.38 0.26 0.62 0.31 0.30 0.23 0.29 0.37 0.27 0.39 0.27 0.27 0.28 0.34 0.36 0.92 0.31 0.24 0.66 0.84 0.79 0.74
OP1 0.92 0.53 1.13 0.72 0.70 0.86 0.64 0.98 0.50 0.89 0.47 0.64 0.43 0.76 0.85 1.43 0.71 0.90 0.80 0.75 0.76 0.71
OP2 0.55 0.31 0.90 0.66 0.41 0.57 0.38 0.73 0.30 0.52 0.27 0.38 0.26 0.44 0.50 1.19 0.68 0.39 0.80 1.00 0.95 0.95
P 0.45 0.22 0.75 0.36 0.32 0.34 0.29 0.51 0.22 0.45 0.21 0.27 0.22 0.37 0.41 1.07 0.37 0.32 0.55 0.69 0.64 0.61

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.27 0.00 0.37 0.79 0.48 0.47
C2 0.04 0.00 0.44 0.37 0.01 0.13 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.35 0.58 0.32 0.63 0.83 0.74 0.64
C2' 0.00 0.44 0.00 0.00 0.24 0.03 0.13 0.18 0.23 0.19 0.36 0.43 0.18 0.10 0.03 0.00 0.08 0.02 0.36 1.13 0.69 0.68
C3' 0.02 0.37 0.00 0.00 0.27 0.00 0.29 0.01 0.34 0.26 0.37 0.33 0.36 0.28 0.17 0.02 0.01 0.02 0.27 0.98 0.39 0.50
C4 0.02 0.01 0.24 0.27 0.00 0.05 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.19 0.36 0.17 0.59 0.84 0.71 0.64
C4' 0.01 0.13 0.03 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.08 0.20 0.09 0.13 0.11 0.18 0.08 0.23 0.04 0.01 0.01 0.44 0.10 0.12
C5 0.01 0.01 0.13 0.29 0.00 0.09 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.25 0.29 0.08 0.63 0.88 0.81 0.72
C5' 0.07 0.24 0.18 0.01 0.16 0.00 0.20 0.00 0.22 0.27 0.23 0.22 0.25 0.28 0.13 0.08 0.19 0.03 0.01 0.27 0.24 0.02
C6 0.02 0.01 0.23 0.34 0.01 0.08 0.01 0.22 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.25 0.40 0.15 0.67 0.88 0.85 0.73
C8 0.01 0.01 0.19 0.26 0.01 0.20 0.01 0.27 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.38 0.14 0.18 0.57 0.90 0.75 0.72
N1 0.03 0.00 0.36 0.37 0.01 0.09 0.01 0.23 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.28 0.52 0.25 0.66 0.85 0.81 0.69
N3 0.04 0.00 0.43 0.33 0.00 0.13 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.33 0.54 0.31 0.59 0.81 0.68 0.60
N6 0.02 0.01 0.18 0.36 0.02 0.11 0.02 0.25 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.28 0.37 0.11 0.68 0.89 0.90 0.78
N7 0.01 0.01 0.10 0.28 0.00 0.18 0.00 0.28 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.36 0.17 0.09 0.63 0.91 0.84 0.77
N9 0.00 0.01 0.03 0.17 0.00 0.08 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.18 0.18 0.02 0.52 0.85 0.64 0.61
O2' 0.01 0.35 0.00 0.02 0.19 0.23 0.25 0.08 0.25 0.38 0.28 0.33 0.28 0.36 0.18 0.00 0.12 0.15 0.29 1.09 0.74 0.65
O3' 0.27 0.58 0.08 0.01 0.36 0.04 0.29 0.19 0.40 0.14 0.52 0.54 0.37 0.17 0.18 0.12 0.00 0.17 0.42 0.93 0.46 0.50
O4' 0.00 0.32 0.02 0.02 0.17 0.01 0.08 0.03 0.15 0.18 0.25 0.31 0.11 0.09 0.02 0.15 0.17 0.00 0.29 0.47 0.24 0.29
O5' 0.37 0.63 0.36 0.27 0.59 0.01 0.63 0.01 0.67 0.57 0.66 0.59 0.68 0.63 0.52 0.29 0.42 0.29 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.79 0.83 1.13 0.98 0.84 0.44 0.88 0.27 0.88 0.90 0.85 0.81 0.89 0.91 0.85 1.09 0.93 0.47 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.48 0.74 0.69 0.39 0.71 0.10 0.81 0.24 0.85 0.75 0.81 0.68 0.90 0.84 0.64 0.74 0.46 0.24 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.47 0.64 0.68 0.50 0.64 0.12 0.72 0.02 0.73 0.72 0.69 0.60 0.78 0.77 0.61 0.65 0.50 0.29 0.00 0.00 0.01 0.00