ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53374

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 1, 3, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.019, 0.031, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.002, 0.015, 0.028, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.015 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.002, 0.027, 0.052, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.027 std_dev=0.025
C1' A 0, 0.001, 0.027, 0.054, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.027 std_dev=0.026
C5 A 0, -0.004, 0.023, 0.050, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.023 std_dev=0.027
O4 A 0, 0.038, 0.073, 0.107, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.073 std_dev=0.035
C4 A 0, 0.000, 0.036, 0.071, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.036 std_dev=0.035
C2 A 0, -0.003, 0.036, 0.075, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.036 std_dev=0.039
O2 A 0, -0.002, 0.050, 0.102, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.050 std_dev=0.052
C6 B 0, 0.178, 0.314, 0.449, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.314 std_dev=0.136
C4 B 0, 0.139, 0.323, 0.508, 0.629 max_d=0.629 avg_d=0.323 std_dev=0.184
N6 B 0, 0.232, 0.417, 0.601, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.417 std_dev=0.184
N1 B 0, 0.149, 0.334, 0.519, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.334 std_dev=0.185
N3 B 0, 0.213, 0.404, 0.596, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.404 std_dev=0.191
C5 B 0, 0.071, 0.267, 0.462, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.267 std_dev=0.195
C2 B 0, 0.190, 0.401, 0.613, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.401 std_dev=0.211
O4' A 0, 0.090, 0.314, 0.537, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.314 std_dev=0.224
C2' A 0, 0.115, 0.344, 0.572, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.344 std_dev=0.228
N9 B 0, 0.119, 0.362, 0.605, 0.897 max_d=0.897 avg_d=0.362 std_dev=0.243
O2' A 0, 0.153, 0.403, 0.652, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.403 std_dev=0.249
C1' B 0, 0.183, 0.473, 0.763, 1.003 max_d=1.003 avg_d=0.473 std_dev=0.290
O5' A 0, 0.313, 0.606, 0.900, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.606 std_dev=0.293
C4' A 0, 0.198, 0.535, 0.873, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.535 std_dev=0.337
N7 B 0, -0.011, 0.329, 0.669, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.329 std_dev=0.340
C8 B 0, 0.021, 0.366, 0.711, 1.199 max_d=1.199 avg_d=0.366 std_dev=0.345
C3' A 0, 0.209, 0.575, 0.940, 1.133 max_d=1.133 avg_d=0.575 std_dev=0.366
P A 0, 0.359, 0.824, 1.289, 1.459 max_d=1.459 avg_d=0.824 std_dev=0.465
O3' A 0, 0.385, 0.933, 1.481, 1.723 max_d=1.723 avg_d=0.933 std_dev=0.548
O4' B 0, 0.280, 0.836, 1.393, 1.697 max_d=1.697 avg_d=0.836 std_dev=0.556
OP2 A 0, 0.309, 0.871, 1.432, 1.806 max_d=1.806 avg_d=0.871 std_dev=0.562
C5' A 0, 0.264, 0.858, 1.452, 1.777 max_d=1.777 avg_d=0.858 std_dev=0.594
OP1 A 0, 0.376, 1.107, 1.837, 1.850 max_d=1.850 avg_d=1.107 std_dev=0.731
C2' B 0, 0.088, 0.931, 1.774, 2.417 max_d=2.417 avg_d=0.931 std_dev=0.843
C4' B 0, 0.088, 1.026, 1.965, 2.649 max_d=2.649 avg_d=1.026 std_dev=0.938
O3' B 0, 0.209, 1.149, 2.088, 2.829 max_d=2.829 avg_d=1.149 std_dev=0.940
C3' B 0, 0.089, 1.037, 1.985, 2.731 max_d=2.731 avg_d=1.037 std_dev=0.948
O2' B 0, 0.138, 1.325, 2.511, 3.537 max_d=3.537 avg_d=1.325 std_dev=1.186
C5' B 0, 0.187, 1.636, 3.085, 4.102 max_d=4.102 avg_d=1.636 std_dev=1.449
O5' B 0, 0.256, 1.782, 3.308, 4.287 max_d=4.287 avg_d=1.782 std_dev=1.526
P B 0, 0.271, 2.304, 4.337, 5.392 max_d=5.392 avg_d=2.304 std_dev=2.033
OP2 B 0, 0.271, 2.542, 4.812, 5.765 max_d=5.765 avg_d=2.542 std_dev=2.271
OP1 B 0, 0.187, 2.491, 4.795, 5.888 max_d=5.888 avg_d=2.491 std_dev=2.304

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.02 0.02 0.06 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.04 0.05 0.10 0.04 0.06 0.01 0.14 0.30 0.28 0.10
C2 0.04 0.00 0.09 0.12 0.07 0.07 0.06 0.14 0.05 0.03 0.02 0.01 0.10 0.10 0.05 0.04 0.30 0.43 0.33 0.23
C2' 0.02 0.09 0.00 0.01 0.07 0.02 0.07 0.03 0.09 0.04 0.07 0.17 0.01 0.06 0.06 0.03 0.18 0.45 0.22 0.15
C3' 0.02 0.12 0.01 0.00 0.14 0.01 0.16 0.05 0.18 0.09 0.12 0.17 0.04 0.01 0.14 0.01 0.27 0.53 0.27 0.24
C4 0.06 0.07 0.07 0.14 0.00 0.13 0.03 0.25 0.02 0.05 0.03 0.06 0.09 0.14 0.01 0.05 0.44 0.46 0.42 0.35
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.13 0.00 0.15 0.02 0.15 0.07 0.09 0.08 0.12 0.05 0.13 0.01 0.04 0.30 0.29 0.06
C5 0.03 0.06 0.07 0.16 0.03 0.15 0.00 0.27 0.02 0.02 0.03 0.06 0.09 0.19 0.05 0.03 0.45 0.42 0.40 0.33
C5' 0.03 0.14 0.03 0.05 0.25 0.02 0.27 0.00 0.24 0.14 0.19 0.11 0.10 0.10 0.27 0.02 0.02 0.24 0.33 0.04
C6 0.04 0.05 0.09 0.18 0.02 0.15 0.02 0.24 0.00 0.03 0.02 0.05 0.13 0.18 0.03 0.04 0.39 0.38 0.34 0.25
N1 0.02 0.03 0.04 0.09 0.05 0.07 0.02 0.14 0.03 0.00 0.02 0.04 0.08 0.07 0.04 0.02 0.28 0.37 0.30 0.18
N3 0.04 0.02 0.07 0.12 0.03 0.09 0.03 0.19 0.02 0.02 0.00 0.03 0.09 0.10 0.01 0.04 0.36 0.44 0.37 0.28
O2 0.05 0.01 0.17 0.17 0.06 0.08 0.06 0.11 0.05 0.04 0.03 0.00 0.17 0.20 0.04 0.05 0.25 0.41 0.30 0.19
O2' 0.10 0.10 0.01 0.04 0.09 0.12 0.09 0.10 0.13 0.08 0.09 0.17 0.00 0.11 0.09 0.17 0.07 0.46 0.26 0.16
O3' 0.04 0.10 0.06 0.01 0.14 0.05 0.19 0.10 0.18 0.07 0.10 0.20 0.11 0.00 0.15 0.03 0.27 0.62 0.37 0.31
O4 0.06 0.05 0.06 0.14 0.01 0.13 0.05 0.27 0.03 0.04 0.01 0.04 0.09 0.15 0.00 0.05 0.48 0.50 0.48 0.41
O4' 0.01 0.04 0.03 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.05 0.17 0.03 0.05 0.00 0.16 0.21 0.40 0.20
O5' 0.14 0.30 0.18 0.27 0.44 0.04 0.45 0.02 0.39 0.28 0.36 0.25 0.07 0.27 0.48 0.16 0.00 0.05 0.05 0.01
OP1 0.30 0.43 0.45 0.53 0.46 0.30 0.42 0.24 0.38 0.37 0.44 0.41 0.46 0.62 0.50 0.21 0.05 0.00 0.02 0.01
OP2 0.28 0.33 0.22 0.27 0.42 0.29 0.40 0.33 0.34 0.30 0.37 0.30 0.26 0.37 0.48 0.40 0.05 0.02 0.00 0.01
P 0.10 0.23 0.15 0.24 0.35 0.06 0.33 0.04 0.25 0.18 0.28 0.19 0.16 0.31 0.41 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.10 0.21 0.45 0.11 0.39 0.11 0.61 0.12 0.12 0.12 0.10 0.13 0.11 0.11 0.75 0.40 0.29 0.52 0.93 0.58 0.54
C2 0.11 0.12 0.23 0.39 0.13 0.32 0.13 0.54 0.13 0.13 0.13 0.11 0.12 0.12 0.12 0.72 0.32 0.25 0.44 0.94 0.70 0.57
C2' 0.18 0.24 0.26 0.38 0.21 0.28 0.21 0.44 0.25 0.19 0.26 0.21 0.25 0.19 0.19 0.67 0.35 0.25 0.36 1.08 0.62 0.58
C3' 0.18 0.22 0.39 0.30 0.19 0.26 0.19 0.43 0.23 0.19 0.25 0.20 0.24 0.18 0.18 0.82 0.28 0.29 0.41 1.19 0.61 0.64
C4 0.16 0.16 0.45 0.29 0.15 0.45 0.14 0.73 0.14 0.14 0.16 0.16 0.14 0.12 0.16 0.97 0.25 0.45 0.60 0.92 0.61 0.59
C4' 0.11 0.13 0.34 0.35 0.11 0.35 0.11 0.57 0.15 0.11 0.15 0.10 0.16 0.10 0.10 0.88 0.33 0.30 0.52 1.06 0.56 0.59
C5 0.17 0.15 0.46 0.35 0.15 0.54 0.14 0.84 0.13 0.15 0.15 0.16 0.14 0.13 0.16 1.03 0.32 0.52 0.73 0.91 0.69 0.67
C5' 0.16 0.08 0.50 0.29 0.10 0.36 0.10 0.61 0.12 0.15 0.11 0.08 0.14 0.12 0.13 1.06 0.30 0.33 0.59 1.16 0.66 0.70
C6 0.15 0.12 0.39 0.37 0.14 0.49 0.13 0.78 0.13 0.15 0.13 0.13 0.13 0.14 0.15 0.96 0.33 0.44 0.65 0.92 0.62 0.61
N1 0.13 0.11 0.28 0.41 0.12 0.41 0.13 0.65 0.13 0.13 0.12 0.11 0.12 0.12 0.13 0.82 0.35 0.33 0.54 0.93 0.59 0.56
N3 0.13 0.14 0.31 0.33 0.13 0.35 0.13 0.57 0.13 0.14 0.14 0.13 0.12 0.12 0.13 0.78 0.27 0.31 0.45 0.94 0.72 0.58
O2 0.09 0.10 0.14 0.40 0.11 0.23 0.11 0.43 0.12 0.13 0.11 0.08 0.10 0.11 0.11 0.57 0.33 0.13 0.35 0.96 0.83 0.61
O2' 0.21 0.30 0.19 0.48 0.26 0.30 0.26 0.45 0.31 0.20 0.32 0.27 0.30 0.20 0.22 0.55 0.43 0.22 0.36 1.02 0.63 0.55
O3' 0.22 0.32 0.37 0.30 0.24 0.23 0.24 0.36 0.31 0.22 0.35 0.28 0.32 0.21 0.21 0.75 0.28 0.29 0.39 1.29 0.67 0.70
O4 0.18 0.18 0.55 0.23 0.17 0.48 0.15 0.78 0.14 0.14 0.17 0.18 0.14 0.11 0.17 1.04 0.21 0.53 0.65 0.89 0.64 0.63
O4' 0.12 0.09 0.29 0.45 0.11 0.45 0.11 0.72 0.11 0.13 0.11 0.09 0.12 0.12 0.12 0.87 0.41 0.34 0.61 0.93 0.61 0.59
O5' 0.44 0.31 0.54 0.67 0.36 0.78 0.33 0.98 0.30 0.42 0.30 0.35 0.29 0.37 0.40 0.98 0.67 0.76 1.04 1.16 0.97 0.95
OP1 0.47 0.40 0.65 0.55 0.41 0.71 0.38 0.88 0.38 0.44 0.41 0.43 0.41 0.40 0.43 1.13 0.55 0.78 0.94 1.18 0.92 0.91
OP2 0.43 0.27 0.85 0.53 0.32 0.63 0.28 0.85 0.25 0.40 0.25 0.31 0.27 0.32 0.38 1.36 0.56 0.65 0.93 1.25 0.95 0.94
P 0.34 0.19 0.64 0.50 0.24 0.67 0.20 0.92 0.18 0.31 0.19 0.25 0.19 0.24 0.29 1.18 0.51 0.68 0.96 1.17 0.97 0.93

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.11 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.06 0.29 0.01 0.17 0.30 0.86 0.35
C2 0.03 0.00 0.52 0.39 0.04 0.25 0.04 0.39 0.05 0.04 0.02 0.01 0.04 0.05 0.03 0.44 0.36 0.47 0.33 0.55 1.17 0.64
C2' 0.02 0.52 0.00 0.02 0.34 0.06 0.20 0.17 0.29 0.19 0.43 0.51 0.22 0.10 0.10 0.01 0.08 0.03 0.54 0.78 0.97 0.69
C3' 0.02 0.39 0.02 0.00 0.38 0.01 0.42 0.02 0.46 0.32 0.45 0.34 0.48 0.39 0.27 0.04 0.01 0.04 0.41 0.59 0.44 0.40
C4 0.04 0.04 0.34 0.38 0.00 0.08 0.00 0.21 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.18 0.28 0.24 0.23 0.49 1.07 0.53
C4' 0.03 0.25 0.06 0.01 0.08 0.00 0.08 0.01 0.07 0.31 0.16 0.24 0.09 0.24 0.10 0.36 0.06 0.01 0.02 0.24 0.48 0.11
C5 0.02 0.04 0.20 0.42 0.00 0.08 0.00 0.27 0.01 0.06 0.04 0.07 0.02 0.01 0.02 0.17 0.29 0.12 0.20 0.61 1.07 0.56
C5' 0.11 0.39 0.17 0.02 0.21 0.01 0.27 0.00 0.27 0.43 0.32 0.37 0.28 0.41 0.20 0.18 0.22 0.03 0.01 0.38 0.37 0.06
C6 0.02 0.05 0.29 0.46 0.03 0.07 0.01 0.27 0.00 0.04 0.03 0.07 0.01 0.03 0.02 0.14 0.35 0.22 0.23 0.67 1.10 0.61
C8 0.04 0.04 0.19 0.32 0.01 0.31 0.06 0.43 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.49 0.17 0.27 0.28 0.52 0.88 0.43
N1 0.02 0.02 0.43 0.45 0.04 0.16 0.04 0.32 0.03 0.03 0.00 0.03 0.02 0.05 0.02 0.28 0.38 0.36 0.28 0.62 1.15 0.64
N3 0.03 0.01 0.51 0.34 0.01 0.24 0.07 0.37 0.07 0.01 0.03 0.00 0.06 0.07 0.02 0.45 0.32 0.47 0.32 0.49 1.12 0.59
N6 0.03 0.04 0.22 0.48 0.02 0.09 0.02 0.28 0.01 0.02 0.02 0.06 0.00 0.05 0.01 0.18 0.38 0.15 0.25 0.76 1.05 0.61
N7 0.03 0.05 0.10 0.39 0.03 0.24 0.01 0.41 0.03 0.04 0.05 0.07 0.05 0.00 0.01 0.42 0.25 0.13 0.24 0.66 0.95 0.52
N9 0.03 0.03 0.10 0.27 0.01 0.10 0.02 0.20 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.17 0.17 0.04 0.17 0.41 0.97 0.44
O2' 0.06 0.44 0.01 0.04 0.18 0.36 0.17 0.18 0.14 0.49 0.28 0.45 0.18 0.42 0.17 0.00 0.10 0.24 0.41 0.74 0.85 0.52
O3' 0.29 0.36 0.08 0.01 0.28 0.06 0.29 0.22 0.35 0.17 0.38 0.32 0.38 0.25 0.17 0.10 0.00 0.19 0.27 0.62 0.24 0.29
O4' 0.01 0.47 0.03 0.04 0.24 0.01 0.12 0.03 0.22 0.27 0.36 0.47 0.15 0.13 0.04 0.24 0.19 0.00 0.21 0.13 0.70 0.26
O5' 0.17 0.33 0.54 0.41 0.23 0.02 0.20 0.01 0.23 0.28 0.28 0.32 0.25 0.24 0.17 0.41 0.27 0.21 0.00 0.04 0.04 0.02
OP1 0.30 0.55 0.78 0.59 0.49 0.24 0.61 0.38 0.67 0.52 0.62 0.49 0.76 0.66 0.41 0.74 0.62 0.13 0.04 0.00 0.03 0.01
OP2 0.86 1.17 0.97 0.44 1.07 0.48 1.07 0.37 1.10 0.88 1.15 1.12 1.05 0.95 0.97 0.85 0.24 0.70 0.04 0.03 0.00 0.01
P 0.35 0.64 0.69 0.40 0.53 0.11 0.56 0.06 0.61 0.43 0.64 0.59 0.61 0.52 0.44 0.52 0.29 0.26 0.02 0.01 0.01 0.00