ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53375

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 1, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.003, 0.016, 0.029, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.004, 0.022, 0.039, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.022 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.004, 0.023, 0.041, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.023 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.006, 0.025, 0.044, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.006, 0.027, 0.047, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.027 std_dev=0.020
O2 A 0, 0.019, 0.064, 0.108, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.064 std_dev=0.045
O4 A 0, -0.005, 0.097, 0.198, 0.307 max_d=0.307 avg_d=0.097 std_dev=0.101
C6 B 0, 0.167, 0.370, 0.573, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.370 std_dev=0.203
C5 B 0, 0.143, 0.369, 0.596, 0.714 max_d=0.714 avg_d=0.369 std_dev=0.226
N6 B 0, 0.134, 0.370, 0.607, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.370 std_dev=0.237
C4 B 0, 0.221, 0.465, 0.708, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.465 std_dev=0.243
N7 B 0, 0.222, 0.468, 0.714, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.468 std_dev=0.246
C2 B 0, 0.208, 0.480, 0.753, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.480 std_dev=0.272
N1 B 0, 0.177, 0.455, 0.732, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.455 std_dev=0.278
N3 B 0, 0.196, 0.475, 0.754, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.475 std_dev=0.279
N9 B 0, 0.314, 0.616, 0.917, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.616 std_dev=0.301
C8 B 0, 0.301, 0.618, 0.935, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.618 std_dev=0.317
C1' B 0, 0.373, 0.786, 1.200, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.786 std_dev=0.414
O4' A 0, -0.119, 0.357, 0.833, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.357 std_dev=0.476
C2' A 0, -0.110, 0.393, 0.896, 1.371 max_d=1.371 avg_d=0.393 std_dev=0.503
O4' B 0, 0.244, 0.876, 1.507, 2.164 max_d=2.164 avg_d=0.876 std_dev=0.632
C2' B 0, 0.326, 0.988, 1.649, 2.210 max_d=2.210 avg_d=0.988 std_dev=0.662
C3' A 0, -0.194, 0.582, 1.358, 2.011 max_d=2.011 avg_d=0.582 std_dev=0.776
C4' A 0, -0.249, 0.553, 1.355, 2.093 max_d=2.093 avg_d=0.553 std_dev=0.802
O2' A 0, -0.190, 0.699, 1.589, 2.210 max_d=2.210 avg_d=0.699 std_dev=0.889
O5' A 0, -0.118, 0.774, 1.666, 2.556 max_d=2.556 avg_d=0.774 std_dev=0.892
C4' B 0, 0.033, 0.995, 1.958, 3.144 max_d=3.144 avg_d=0.995 std_dev=0.962
OP2 A 0, 0.080, 1.050, 2.019, 3.014 max_d=3.014 avg_d=1.050 std_dev=0.970
P A 0, 0.001, 0.994, 1.986, 3.055 max_d=3.055 avg_d=0.994 std_dev=0.992
C5' A 0, -0.251, 0.803, 1.857, 2.928 max_d=2.928 avg_d=0.803 std_dev=1.054
C3' B 0, 0.012, 1.070, 2.129, 3.473 max_d=3.473 avg_d=1.070 std_dev=1.058
O3' A 0, -0.272, 0.862, 1.996, 2.733 max_d=2.733 avg_d=0.862 std_dev=1.134
OP1 A 0, -0.030, 1.223, 2.476, 3.771 max_d=3.771 avg_d=1.223 std_dev=1.253
O2' B 0, 0.210, 1.484, 2.759, 3.678 max_d=3.678 avg_d=1.484 std_dev=1.275
C5' B 0, -0.319, 1.230, 2.779, 4.766 max_d=4.766 avg_d=1.230 std_dev=1.549
O3' B 0, -0.173, 1.397, 2.968, 4.826 max_d=4.826 avg_d=1.397 std_dev=1.571
O5' B 0, -0.590, 1.867, 4.324, 7.120 max_d=7.120 avg_d=1.867 std_dev=2.457
P B 0, -0.988, 2.258, 5.504, 9.316 max_d=9.316 avg_d=2.258 std_dev=3.246
OP2 B 0, -1.286, 2.335, 5.957, 10.638 max_d=10.638 avg_d=2.335 std_dev=3.622
OP1 B 0, -1.047, 2.844, 6.736, 10.592 max_d=10.592 avg_d=2.844 std_dev=3.891

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.32 0.01 0.01 0.12 0.20 0.08 0.06
C2 0.02 0.00 0.18 0.19 0.02 0.03 0.02 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.25 0.02 0.13 0.12 0.11 0.29 0.20
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.04 0.01 0.08 0.18 0.13 0.02 0.14 0.29 0.00 0.02 0.05 0.02 0.41 0.62 0.52 0.48
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.38 0.01 0.43 0.02 0.38 0.23 0.28 0.11 0.03 0.01 0.40 0.02 0.04 0.29 0.06 0.08
C4 0.01 0.02 0.04 0.38 0.00 0.18 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.02 0.39 0.12 0.00 0.03 0.34 0.44 0.63 0.51
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.18 0.00 0.29 0.01 0.29 0.10 0.06 0.17 0.32 0.01 0.19 0.00 0.02 0.10 0.06 0.03
C5 0.02 0.02 0.08 0.43 0.00 0.29 0.00 0.32 0.00 0.01 0.01 0.02 0.48 0.24 0.01 0.14 0.42 0.50 0.63 0.56
C5' 0.05 0.06 0.18 0.02 0.21 0.01 0.32 0.00 0.29 0.09 0.08 0.18 0.12 0.23 0.24 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.38 0.01 0.29 0.00 0.29 0.00 0.01 0.01 0.02 0.44 0.19 0.01 0.17 0.33 0.32 0.40 0.40
N1 0.00 0.01 0.02 0.23 0.01 0.10 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.22 0.11 0.01 0.01 0.13 0.11 0.22 0.19
N3 0.01 0.01 0.14 0.28 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.14 0.01 0.08 0.21 0.25 0.47 0.35
O2 0.04 0.01 0.29 0.11 0.02 0.17 0.02 0.18 0.02 0.02 0.01 0.00 0.17 0.47 0.02 0.24 0.12 0.12 0.18 0.08
O2' 0.02 0.10 0.00 0.03 0.39 0.32 0.48 0.12 0.44 0.22 0.22 0.17 0.00 0.03 0.43 0.22 0.28 0.54 0.60 0.40
O3' 0.32 0.25 0.02 0.01 0.12 0.01 0.24 0.23 0.19 0.11 0.14 0.47 0.03 0.00 0.15 0.21 0.26 0.12 0.25 0.21
O4 0.01 0.02 0.05 0.40 0.00 0.19 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.02 0.43 0.15 0.00 0.04 0.39 0.54 0.75 0.60
O4' 0.01 0.13 0.02 0.02 0.03 0.00 0.14 0.01 0.17 0.01 0.08 0.24 0.22 0.21 0.04 0.00 0.06 0.06 0.16 0.14
O5' 0.12 0.12 0.41 0.04 0.34 0.02 0.42 0.01 0.33 0.13 0.21 0.12 0.28 0.26 0.39 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.20 0.11 0.62 0.29 0.44 0.10 0.50 0.05 0.32 0.11 0.25 0.12 0.54 0.12 0.54 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.29 0.52 0.06 0.63 0.06 0.63 0.02 0.40 0.22 0.47 0.18 0.60 0.25 0.75 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.20 0.48 0.08 0.51 0.03 0.56 0.02 0.40 0.19 0.35 0.08 0.40 0.21 0.60 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.07 0.18 0.56 0.09 0.40 0.10 0.68 0.09 0.13 0.08 0.08 0.10 0.13 0.11 0.66 0.64 0.12 0.38 0.48 0.51 0.44
C2 0.12 0.07 0.18 0.55 0.09 0.37 0.10 0.62 0.08 0.12 0.07 0.08 0.08 0.12 0.11 0.63 0.65 0.09 0.29 0.30 0.47 0.29
C2' 0.36 0.48 0.39 0.45 0.40 0.30 0.40 0.57 0.45 0.33 0.50 0.45 0.46 0.34 0.37 0.83 0.55 0.28 0.32 0.52 0.76 0.50
C3' 0.35 0.25 0.44 0.42 0.31 0.29 0.32 0.46 0.29 0.38 0.25 0.28 0.29 0.37 0.35 0.83 0.50 0.31 0.23 0.36 0.81 0.37
C4 0.18 0.12 0.29 0.69 0.13 0.39 0.13 0.55 0.11 0.16 0.11 0.13 0.12 0.16 0.15 0.58 0.95 0.09 0.15 0.27 0.58 0.14
C4' 0.14 0.20 0.18 0.56 0.14 0.38 0.13 0.57 0.16 0.14 0.21 0.17 0.16 0.14 0.13 0.60 0.66 0.15 0.23 0.26 0.58 0.25
C5 0.18 0.11 0.29 0.71 0.13 0.40 0.13 0.57 0.11 0.16 0.11 0.12 0.11 0.16 0.15 0.59 0.99 0.09 0.13 0.26 0.58 0.12
C5' 0.17 0.22 0.23 0.55 0.15 0.33 0.15 0.47 0.18 0.18 0.23 0.18 0.18 0.17 0.15 0.63 0.70 0.15 0.15 0.19 0.69 0.17
C6 0.15 0.09 0.24 0.66 0.11 0.41 0.11 0.62 0.10 0.15 0.09 0.10 0.10 0.14 0.13 0.60 0.89 0.08 0.19 0.09 0.54 0.15
N1 0.13 0.08 0.20 0.59 0.10 0.39 0.10 0.64 0.09 0.13 0.08 0.09 0.09 0.13 0.12 0.63 0.73 0.09 0.28 0.26 0.50 0.28
N3 0.15 0.10 0.21 0.61 0.11 0.37 0.11 0.58 0.10 0.14 0.09 0.10 0.10 0.14 0.13 0.59 0.76 0.08 0.20 0.10 0.51 0.14
O2 0.09 0.05 0.17 0.47 0.08 0.34 0.09 0.61 0.07 0.11 0.05 0.07 0.08 0.11 0.09 0.67 0.47 0.09 0.38 0.51 0.43 0.42
O2' 0.16 0.34 0.15 0.80 0.17 0.69 0.17 1.11 0.26 0.20 0.38 0.24 0.28 0.18 0.16 0.51 0.87 0.31 0.94 1.31 1.18 1.21
O3' 0.37 0.49 0.34 0.82 0.39 0.67 0.36 0.90 0.40 0.31 0.47 0.45 0.36 0.30 0.36 0.38 0.88 0.44 0.69 0.90 1.01 0.85
O4 0.21 0.15 0.34 0.74 0.16 0.39 0.15 0.50 0.14 0.18 0.14 0.16 0.14 0.17 0.18 0.58 1.06 0.11 0.20 0.52 0.65 0.32
O4' 0.15 0.28 0.09 0.65 0.20 0.48 0.19 0.69 0.24 0.13 0.29 0.23 0.25 0.15 0.16 0.52 0.75 0.21 0.35 0.31 0.40 0.30
O5' 0.34 0.18 0.45 0.49 0.25 0.26 0.25 0.33 0.20 0.35 0.18 0.22 0.19 0.32 0.31 0.84 0.67 0.30 0.27 0.45 0.87 0.37
OP1 0.43 0.18 0.57 0.39 0.28 0.24 0.28 0.22 0.20 0.44 0.17 0.23 0.19 0.39 0.38 0.99 0.57 0.39 0.46 0.70 1.00 0.58
OP2 0.72 0.40 0.84 0.38 0.56 0.41 0.54 0.27 0.43 0.70 0.36 0.50 0.39 0.65 0.66 1.27 0.47 0.71 0.85 1.20 1.28 0.99
P 0.51 0.21 0.63 0.32 0.36 0.23 0.35 0.13 0.26 0.51 0.19 0.30 0.23 0.46 0.45 1.07 0.50 0.48 0.58 0.85 1.07 0.70

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.06 0.02 0.03 0.01 0.02 0.17 0.01 0.16 0.14 0.47 0.17
C2 0.06 0.00 0.17 0.20 0.02 0.23 0.02 0.45 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.53 0.20 0.24 0.51 0.87 0.52 0.61
C2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.08 0.02 0.04 0.14 0.07 0.13 0.12 0.16 0.05 0.08 0.01 0.00 0.03 0.01 0.61 0.63 0.85 0.67
C3' 0.03 0.20 0.01 0.00 0.28 0.00 0.42 0.02 0.40 0.56 0.30 0.15 0.46 0.56 0.33 0.03 0.01 0.02 0.53 0.60 0.42 0.47
C4 0.02 0.02 0.08 0.28 0.00 0.20 0.00 0.34 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.38 0.08 0.13 0.25 0.37 0.44 0.24
C4' 0.01 0.23 0.02 0.00 0.20 0.00 0.26 0.01 0.27 0.28 0.26 0.20 0.30 0.30 0.17 0.31 0.02 0.01 0.02 0.18 0.15 0.03
C5 0.01 0.02 0.04 0.42 0.00 0.26 0.00 0.42 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.42 0.32 0.07 0.23 0.27 0.47 0.18
C5' 0.02 0.45 0.14 0.02 0.34 0.01 0.42 0.00 0.48 0.35 0.50 0.37 0.52 0.42 0.22 0.14 0.15 0.02 0.01 0.32 0.29 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.40 0.00 0.27 0.01 0.48 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.48 0.26 0.11 0.35 0.51 0.49 0.38
C8 0.04 0.04 0.13 0.56 0.02 0.28 0.02 0.35 0.03 0.00 0.04 0.02 0.06 0.00 0.01 0.34 0.57 0.12 0.30 0.38 0.56 0.32
N1 0.04 0.00 0.12 0.30 0.02 0.26 0.02 0.50 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.53 0.11 0.19 0.48 0.79 0.53 0.58
N3 0.06 0.00 0.16 0.15 0.00 0.20 0.01 0.37 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.47 0.23 0.24 0.41 0.69 0.45 0.47
N6 0.02 0.01 0.05 0.46 0.01 0.30 0.02 0.52 0.00 0.06 0.02 0.02 0.00 0.06 0.03 0.50 0.40 0.09 0.32 0.43 0.51 0.34
N7 0.03 0.02 0.08 0.56 0.01 0.30 0.01 0.42 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.39 0.59 0.07 0.22 0.22 0.51 0.16
N9 0.01 0.03 0.01 0.33 0.01 0.17 0.01 0.22 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.23 0.18 0.01 0.14 0.13 0.47 0.08
O2' 0.02 0.53 0.00 0.03 0.38 0.31 0.42 0.14 0.48 0.34 0.53 0.47 0.50 0.39 0.23 0.00 0.09 0.26 0.30 0.30 0.66 0.41
O3' 0.17 0.20 0.03 0.01 0.08 0.02 0.32 0.15 0.26 0.57 0.11 0.23 0.40 0.59 0.18 0.09 0.00 0.12 0.33 0.46 0.08 0.24
O4' 0.01 0.24 0.01 0.02 0.13 0.01 0.07 0.02 0.11 0.12 0.19 0.24 0.09 0.07 0.01 0.26 0.12 0.00 0.17 0.25 0.29 0.12
O5' 0.16 0.51 0.61 0.53 0.25 0.02 0.23 0.01 0.35 0.30 0.48 0.41 0.32 0.22 0.14 0.30 0.33 0.17 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.14 0.87 0.63 0.60 0.37 0.18 0.27 0.32 0.51 0.38 0.79 0.69 0.43 0.22 0.13 0.30 0.46 0.25 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.47 0.52 0.85 0.42 0.44 0.15 0.47 0.29 0.49 0.56 0.53 0.45 0.51 0.51 0.47 0.66 0.08 0.29 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.17 0.61 0.67 0.47 0.24 0.03 0.18 0.01 0.38 0.32 0.58 0.47 0.34 0.16 0.08 0.41 0.24 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00