ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53376

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.004, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.004 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.003, 0.006, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.005, 0.009, 0.014, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.007, 0.013, 0.018, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.013 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.018, 0.031, 0.045, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.031 std_dev=0.013
O4 A 0, 0.013, 0.047, 0.081, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.047 std_dev=0.034
O4' A 0, 0.015, 0.091, 0.167, 0.225 max_d=0.225 avg_d=0.091 std_dev=0.076
C2' A 0, 0.021, 0.098, 0.174, 0.231 max_d=0.231 avg_d=0.098 std_dev=0.077
O2' A 0, 0.024, 0.108, 0.192, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.108 std_dev=0.084
C4' A 0, 0.037, 0.145, 0.253, 0.334 max_d=0.334 avg_d=0.145 std_dev=0.108
N7 B 0, 0.085, 0.198, 0.311, 0.379 max_d=0.379 avg_d=0.198 std_dev=0.113
C3' A 0, 0.036, 0.158, 0.279, 0.368 max_d=0.368 avg_d=0.158 std_dev=0.122
N6 B 0, 0.103, 0.240, 0.378, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.240 std_dev=0.138
C8 B 0, 0.077, 0.217, 0.356, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.217 std_dev=0.140
O3' A 0, 0.044, 0.220, 0.395, 0.530 max_d=0.530 avg_d=0.220 std_dev=0.176
C5' A 0, 0.056, 0.243, 0.430, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.243 std_dev=0.187
C5 B 0, 0.076, 0.272, 0.467, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.272 std_dev=0.196
O5' B 0, 0.082, 0.280, 0.477, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.280 std_dev=0.198
O5' A 0, 0.081, 0.282, 0.484, 0.607 max_d=0.607 avg_d=0.282 std_dev=0.201
P B 0, 0.103, 0.306, 0.508, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.306 std_dev=0.203
C5' B 0, 0.088, 0.295, 0.503, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.295 std_dev=0.208
C6 B 0, 0.093, 0.307, 0.521, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.307 std_dev=0.214
N9 B 0, 0.076, 0.303, 0.531, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.303 std_dev=0.227
OP1 B 0, 0.132, 0.373, 0.613, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.373 std_dev=0.240
C4' B 0, 0.081, 0.342, 0.604, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.342 std_dev=0.262
O4' B 0, 0.094, 0.356, 0.617, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.356 std_dev=0.262
C1' B 0, 0.081, 0.351, 0.621, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.351 std_dev=0.270
C4 B 0, 0.079, 0.358, 0.638, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.358 std_dev=0.279
C2' B 0, 0.070, 0.355, 0.640, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.355 std_dev=0.285
P A 0, 0.096, 0.389, 0.683, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.389 std_dev=0.293
C3' B 0, 0.070, 0.376, 0.682, 0.931 max_d=0.931 avg_d=0.376 std_dev=0.306
OP2 A 0, 0.087, 0.399, 0.711, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.399 std_dev=0.312
OP2 B 0, 0.159, 0.472, 0.785, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.472 std_dev=0.313
N1 B 0, 0.118, 0.438, 0.758, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.438 std_dev=0.320
O2' B 0, 0.057, 0.393, 0.729, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.393 std_dev=0.336
OP1 A 0, 0.105, 0.443, 0.781, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.443 std_dev=0.338
O3' B 0, 0.055, 0.432, 0.808, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.432 std_dev=0.377
N3 B 0, 0.109, 0.489, 0.870, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.489 std_dev=0.381
C2 B 0, 0.127, 0.522, 0.916, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.522 std_dev=0.395

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.01 0.04 0.05 0.04 0.04
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.07 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.03 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02
C4 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.05 0.04 0.05
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.01 0.05 0.06 0.04 0.05
C5' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.03
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.03 0.03
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.01 0.04 0.05 0.04 0.04
O2 0.02 0.00 0.07 0.06 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.08 0.01 0.02 0.04 0.06 0.05 0.04
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.06 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.04 0.08 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.06 0.02 0.03
O4 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.05 0.06 0.05 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.04
O5' 0.02 0.04 0.01 0.02 0.05 0.01 0.05 0.00 0.04 0.03 0.04 0.04 0.02 0.03 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.05 0.04 0.04 0.05 0.03 0.06 0.03 0.05 0.04 0.05 0.06 0.04 0.06 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.04 0.05 0.02 0.02 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.04 0.01 0.02 0.05 0.01 0.05 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.01 0.03 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.07 0.04 0.05 0.03 0.05 0.03 0.08 0.04 0.05 0.07 0.05 0.04 0.05 0.03 0.04 0.05 0.04 0.08 0.03 0.06 0.03
C2 0.03 0.06 0.04 0.04 0.03 0.05 0.03 0.08 0.04 0.05 0.07 0.04 0.04 0.05 0.03 0.07 0.05 0.03 0.08 0.03 0.09 0.05
C2' 0.03 0.08 0.04 0.05 0.04 0.06 0.04 0.09 0.04 0.05 0.08 0.06 0.04 0.05 0.04 0.03 0.04 0.04 0.09 0.04 0.07 0.04
C3' 0.03 0.08 0.04 0.05 0.04 0.06 0.03 0.09 0.05 0.05 0.08 0.06 0.04 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.09 0.04 0.06 0.04
C4 0.03 0.08 0.03 0.03 0.05 0.03 0.05 0.05 0.08 0.03 0.09 0.06 0.10 0.03 0.03 0.04 0.02 0.04 0.06 0.06 0.04 0.04
C4' 0.03 0.07 0.05 0.05 0.03 0.05 0.03 0.08 0.04 0.05 0.07 0.05 0.03 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.08 0.03 0.05 0.03
C5 0.04 0.08 0.04 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.07 0.04 0.09 0.06 0.08 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.08 0.05 0.05
C5' 0.04 0.07 0.05 0.06 0.04 0.06 0.03 0.08 0.04 0.05 0.07 0.05 0.04 0.05 0.04 0.06 0.06 0.04 0.08 0.03 0.05 0.03
C6 0.03 0.08 0.04 0.05 0.04 0.04 0.03 0.06 0.06 0.04 0.08 0.06 0.06 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.06 0.06 0.04 0.04
N1 0.02 0.07 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.07 0.04 0.04 0.07 0.05 0.04 0.04 0.02 0.04 0.04 0.03 0.07 0.03 0.05 0.03
N3 0.02 0.07 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.07 0.07 0.04 0.09 0.05 0.08 0.04 0.02 0.06 0.03 0.02 0.08 0.03 0.08 0.04
O2 0.06 0.06 0.07 0.07 0.05 0.06 0.05 0.09 0.04 0.08 0.06 0.05 0.04 0.08 0.06 0.10 0.08 0.05 0.10 0.04 0.13 0.07
O2' 0.04 0.08 0.04 0.05 0.05 0.06 0.04 0.09 0.05 0.05 0.08 0.07 0.04 0.05 0.04 0.03 0.04 0.05 0.09 0.04 0.07 0.04
O3' 0.04 0.08 0.04 0.05 0.04 0.06 0.04 0.09 0.05 0.05 0.08 0.06 0.05 0.04 0.04 0.03 0.05 0.05 0.10 0.04 0.07 0.05
O4 0.05 0.09 0.04 0.04 0.07 0.04 0.08 0.04 0.10 0.05 0.11 0.08 0.12 0.06 0.05 0.05 0.03 0.05 0.06 0.08 0.06 0.05
O4' 0.04 0.07 0.05 0.05 0.03 0.05 0.03 0.07 0.04 0.05 0.07 0.05 0.04 0.05 0.04 0.06 0.05 0.04 0.07 0.03 0.05 0.02
O5' 0.04 0.08 0.05 0.06 0.05 0.06 0.04 0.09 0.06 0.04 0.09 0.06 0.06 0.03 0.04 0.04 0.06 0.04 0.10 0.04 0.06 0.05
OP1 0.04 0.09 0.04 0.06 0.05 0.06 0.05 0.09 0.06 0.03 0.09 0.07 0.06 0.03 0.04 0.03 0.05 0.05 0.09 0.07 0.05 0.05
OP2 0.03 0.10 0.03 0.04 0.05 0.05 0.06 0.07 0.08 0.02 0.10 0.07 0.09 0.03 0.03 0.02 0.04 0.04 0.08 0.08 0.05 0.05
P 0.03 0.09 0.03 0.05 0.05 0.05 0.05 0.08 0.07 0.02 0.09 0.07 0.07 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.08 0.07 0.05 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.12 0.04
C2 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.03 0.03 0.03 0.10 0.04
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.14 0.06
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.14 0.06
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.04 0.03 0.10 0.04
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.11 0.04
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.06 0.05 0.09 0.05
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.06 0.05 0.04 0.08 0.07 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.02 0.06 0.06 0.09 0.06
C8 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.06 0.05 0.10 0.06
N1 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.02 0.05 0.05 0.09 0.05
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.03 0.03 0.03 0.11 0.04
N6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.02 0.02 0.08 0.08 0.09 0.07
N7 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.07 0.07 0.09 0.06
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.11 0.04
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.06 0.05 0.05 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.08 0.14 0.06
O3' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.07 0.14 0.05
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.02
O5' 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.01 0.06 0.00 0.06 0.06 0.05 0.03 0.08 0.07 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.03 0.03 0.06 0.07 0.03 0.03 0.05 0.02 0.06 0.05 0.05 0.03 0.08 0.07 0.03 0.08 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.12 0.10 0.14 0.14 0.10 0.11 0.09 0.06 0.09 0.10 0.09 0.11 0.09 0.09 0.11 0.14 0.14 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.04 0.06 0.06 0.04 0.04 0.05 0.00 0.06 0.06 0.05 0.04 0.07 0.06 0.04 0.06 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00