ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53377

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 0, 2, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.005, 0.019, 0.032, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.003, 0.017, 0.032, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.017 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.003, 0.018, 0.033, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.018 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.007, 0.022, 0.037, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.022 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.005, 0.021, 0.036, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.021 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.017 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.010, 0.042, 0.074, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.042 std_dev=0.032
O4 A 0, 0.011, 0.048, 0.085, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.048 std_dev=0.037
N7 B 0, 0.143, 0.278, 0.413, 0.428 max_d=0.428 avg_d=0.278 std_dev=0.135
C5 B 0, 0.115, 0.257, 0.399, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.257 std_dev=0.142
C8 B 0, 0.164, 0.316, 0.468, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.316 std_dev=0.152
N1 B 0, 0.117, 0.305, 0.493, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.305 std_dev=0.188
C6 B 0, 0.095, 0.301, 0.507, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.301 std_dev=0.206
C4 B 0, 0.147, 0.381, 0.614, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.381 std_dev=0.234
N9 B 0, 0.195, 0.442, 0.689, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.442 std_dev=0.247
C2 B 0, 0.167, 0.425, 0.682, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.425 std_dev=0.257
O4' A 0, 0.124, 0.421, 0.719, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.421 std_dev=0.298
C2' A 0, 0.093, 0.417, 0.741, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.417 std_dev=0.324
N3 B 0, 0.188, 0.520, 0.851, 1.021 max_d=1.021 avg_d=0.520 std_dev=0.331
C1' B 0, 0.260, 0.639, 1.018, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.639 std_dev=0.379
N6 B 0, 0.117, 0.499, 0.880, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.499 std_dev=0.381
O4' B 0, 0.412, 0.891, 1.371, 1.510 max_d=1.510 avg_d=0.891 std_dev=0.479
C4' A 0, 0.198, 0.678, 1.159, 1.719 max_d=1.719 avg_d=0.678 std_dev=0.481
C3' A 0, 0.231, 0.747, 1.263, 1.851 max_d=1.851 avg_d=0.747 std_dev=0.516
C5' A 0, 0.421, 0.986, 1.551, 2.036 max_d=2.036 avg_d=0.986 std_dev=0.565
O2' A 0, -0.064, 0.530, 1.125, 1.860 max_d=1.860 avg_d=0.530 std_dev=0.594
C3' B 0, 0.713, 1.461, 2.208, 2.625 max_d=2.625 avg_d=1.461 std_dev=0.747
C4' B 0, 0.516, 1.270, 2.024, 2.528 max_d=2.528 avg_d=1.270 std_dev=0.754
C2' B 0, 0.673, 1.446, 2.219, 2.138 max_d=2.138 avg_d=1.446 std_dev=0.773
O3' A 0, 0.401, 1.216, 2.032, 2.953 max_d=2.953 avg_d=1.216 std_dev=0.816
O5' A 0, 0.247, 1.153, 2.060, 3.101 max_d=3.101 avg_d=1.153 std_dev=0.906
O3' B 0, 0.822, 1.909, 2.996, 3.220 max_d=3.220 avg_d=1.909 std_dev=1.087
C5' B 0, 0.861, 1.979, 3.097, 3.624 max_d=3.624 avg_d=1.979 std_dev=1.118
OP1 A 0, 0.297, 1.459, 2.621, 4.049 max_d=4.049 avg_d=1.459 std_dev=1.162
P A 0, 0.112, 1.340, 2.567, 4.189 max_d=4.189 avg_d=1.340 std_dev=1.227
O2' B 0, 1.189, 2.442, 3.696, 3.714 max_d=3.714 avg_d=2.442 std_dev=1.253
O5' B 0, 1.024, 2.360, 3.696, 4.291 max_d=4.291 avg_d=2.360 std_dev=1.336
OP1 B 0, 0.870, 2.458, 4.045, 5.242 max_d=5.242 avg_d=2.458 std_dev=1.588
P B 0, 1.024, 2.672, 4.319, 5.705 max_d=5.705 avg_d=2.672 std_dev=1.647
OP2 A 0, -0.395, 1.751, 3.897, 6.927 max_d=6.927 avg_d=1.751 std_dev=2.146
OP2 B 0, 1.132, 3.285, 5.438, 7.630 max_d=7.630 avg_d=3.285 std_dev=2.153

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.24 0.02 0.01 0.38 0.42 0.45 0.21
C2 0.02 0.00 0.13 0.20 0.02 0.06 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.15 0.03 0.04 0.53 0.15 0.92 0.46
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.04 0.01 0.12 0.18 0.14 0.02 0.08 0.26 0.01 0.02 0.04 0.01 0.47 0.43 0.59 0.43
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.28 0.00 0.30 0.01 0.27 0.17 0.24 0.23 0.02 0.00 0.29 0.02 0.19 0.12 0.26 0.15
C4 0.02 0.02 0.04 0.28 0.00 0.12 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.04 0.29 0.15 0.01 0.03 0.80 0.22 1.50 0.82
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.12 0.00 0.15 0.01 0.15 0.07 0.08 0.07 0.24 0.04 0.13 0.00 0.02 0.34 0.07 0.13
C5 0.02 0.02 0.12 0.30 0.01 0.15 0.00 0.15 0.00 0.02 0.01 0.04 0.29 0.23 0.01 0.07 0.89 0.27 1.56 0.89
C5' 0.07 0.05 0.18 0.01 0.10 0.01 0.15 0.00 0.16 0.06 0.06 0.08 0.08 0.17 0.11 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.02 0.01 0.14 0.27 0.01 0.15 0.00 0.16 0.00 0.00 0.02 0.02 0.24 0.21 0.01 0.08 0.82 0.14 1.26 0.73
N1 0.01 0.01 0.02 0.17 0.02 0.07 0.02 0.06 0.00 0.00 0.01 0.02 0.17 0.10 0.02 0.02 0.59 0.17 0.89 0.46
N3 0.02 0.01 0.08 0.24 0.01 0.08 0.01 0.06 0.02 0.01 0.00 0.03 0.25 0.10 0.01 0.03 0.65 0.08 1.22 0.63
O2 0.04 0.01 0.26 0.23 0.04 0.07 0.04 0.08 0.02 0.02 0.03 0.00 0.16 0.29 0.04 0.08 0.39 0.26 0.70 0.31
O2' 0.01 0.19 0.01 0.02 0.29 0.24 0.29 0.08 0.24 0.17 0.25 0.16 0.00 0.06 0.32 0.16 0.28 0.55 0.53 0.36
O3' 0.24 0.15 0.02 0.00 0.15 0.04 0.23 0.17 0.21 0.10 0.10 0.29 0.06 0.00 0.18 0.18 0.21 0.33 0.29 0.27
O4 0.02 0.03 0.04 0.29 0.01 0.13 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.04 0.32 0.18 0.00 0.04 0.82 0.30 1.65 0.90
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.00 0.07 0.01 0.08 0.02 0.03 0.08 0.16 0.18 0.04 0.00 0.25 0.49 0.21 0.03
O5' 0.38 0.53 0.47 0.19 0.80 0.02 0.89 0.01 0.82 0.59 0.65 0.39 0.28 0.21 0.82 0.25 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.42 0.15 0.43 0.12 0.22 0.34 0.27 0.04 0.14 0.17 0.08 0.26 0.55 0.33 0.30 0.49 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.45 0.92 0.59 0.26 1.50 0.07 1.56 0.01 1.26 0.89 1.22 0.70 0.53 0.29 1.65 0.21 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.46 0.43 0.15 0.82 0.13 0.89 0.01 0.73 0.46 0.63 0.31 0.36 0.27 0.90 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.19 0.17 0.16 0.13 0.24 0.12 0.45 0.16 0.09 0.20 0.16 0.17 0.08 0.10 0.47 0.22 0.24 0.73 0.86 1.19 0.83
C2 0.08 0.15 0.15 0.14 0.10 0.23 0.11 0.41 0.15 0.08 0.17 0.12 0.18 0.08 0.08 0.41 0.16 0.24 0.69 0.78 1.11 0.76
C2' 0.13 0.34 0.22 0.22 0.23 0.25 0.24 0.41 0.33 0.11 0.37 0.28 0.38 0.15 0.15 0.42 0.19 0.24 0.71 0.81 1.11 0.78
C3' 0.19 0.25 0.31 0.30 0.20 0.29 0.20 0.44 0.22 0.17 0.25 0.23 0.23 0.17 0.19 0.50 0.28 0.26 0.58 0.84 1.06 0.70
C4 0.07 0.11 0.27 0.15 0.08 0.35 0.11 0.53 0.14 0.06 0.14 0.08 0.17 0.09 0.06 0.57 0.14 0.37 0.76 0.92 1.29 0.92
C4' 0.06 0.12 0.20 0.17 0.07 0.27 0.06 0.50 0.10 0.04 0.12 0.09 0.11 0.04 0.05 0.52 0.22 0.24 0.67 0.88 1.11 0.78
C5 0.06 0.12 0.29 0.15 0.08 0.37 0.10 0.59 0.14 0.05 0.14 0.09 0.17 0.07 0.06 0.63 0.18 0.38 0.79 0.99 1.36 0.98
C5' 0.11 0.09 0.25 0.20 0.07 0.36 0.06 0.61 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.07 0.09 0.60 0.25 0.33 0.70 0.94 1.12 0.83
C6 0.07 0.14 0.24 0.15 0.09 0.33 0.10 0.56 0.14 0.05 0.16 0.11 0.16 0.06 0.06 0.59 0.19 0.34 0.78 0.95 1.31 0.94
N1 0.08 0.16 0.19 0.15 0.10 0.27 0.10 0.48 0.15 0.07 0.17 0.13 0.17 0.07 0.08 0.49 0.19 0.27 0.73 0.87 1.21 0.85
N3 0.07 0.13 0.19 0.14 0.09 0.27 0.11 0.43 0.15 0.08 0.15 0.10 0.18 0.09 0.07 0.44 0.14 0.29 0.70 0.80 1.14 0.79
O2 0.08 0.16 0.10 0.15 0.10 0.17 0.10 0.33 0.15 0.09 0.18 0.13 0.18 0.08 0.08 0.31 0.15 0.17 0.64 0.69 1.00 0.66
O2' 0.26 0.24 0.12 0.26 0.21 0.44 0.20 0.57 0.22 0.29 0.27 0.21 0.26 0.25 0.25 0.22 0.22 0.46 0.95 0.92 1.22 0.97
O3' 0.21 0.33 0.12 0.26 0.26 0.39 0.25 0.54 0.30 0.19 0.34 0.30 0.32 0.21 0.21 0.22 0.19 0.39 0.67 0.84 1.02 0.72
O4 0.07 0.10 0.33 0.15 0.07 0.38 0.11 0.56 0.14 0.07 0.13 0.07 0.17 0.11 0.06 0.62 0.13 0.42 0.77 0.94 1.33 0.96
O4' 0.17 0.21 0.22 0.20 0.18 0.33 0.16 0.57 0.18 0.14 0.20 0.20 0.17 0.14 0.16 0.55 0.27 0.31 0.75 0.92 1.20 0.87
O5' 0.73 0.50 0.86 0.81 0.61 0.75 0.59 0.82 0.49 0.72 0.46 0.57 0.44 0.66 0.69 1.08 0.86 0.71 1.12 1.57 1.85 1.51
OP1 0.16 0.13 0.33 0.30 0.03 0.43 0.06 0.62 0.16 0.12 0.19 0.05 0.23 0.05 0.10 0.66 0.33 0.42 0.91 1.37 1.73 1.33
OP2 1.46 0.93 1.61 1.64 1.18 1.58 1.09 1.64 0.88 1.40 0.81 1.10 0.73 1.24 1.36 1.75 1.65 1.49 2.02 2.60 2.94 2.56
P 0.79 0.46 0.91 0.90 0.61 0.88 0.56 0.97 0.43 0.75 0.39 0.56 0.35 0.65 0.72 1.14 0.95 0.83 1.31 1.82 2.15 1.78

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.11 0.00 0.32 0.26 0.55 0.20
C2 0.01 0.00 0.33 0.16 0.01 0.17 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.58 0.13 0.29 0.36 0.26 0.54 0.22
C2' 0.01 0.33 0.00 0.01 0.18 0.02 0.11 0.09 0.18 0.15 0.27 0.31 0.14 0.08 0.03 0.01 0.02 0.01 0.54 0.60 0.98 0.59
C3' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.11 0.00 0.14 0.02 0.15 0.14 0.16 0.14 0.17 0.15 0.08 0.01 0.01 0.02 0.41 0.35 0.64 0.36
C4 0.01 0.01 0.18 0.11 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.28 0.08 0.16 0.39 0.30 0.63 0.26
C4' 0.01 0.17 0.02 0.00 0.08 0.00 0.05 0.00 0.08 0.12 0.14 0.16 0.07 0.08 0.03 0.11 0.02 0.01 0.02 0.31 0.25 0.16
C5 0.01 0.01 0.11 0.14 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.16 0.08 0.08 0.45 0.40 0.77 0.37
C5' 0.07 0.19 0.09 0.02 0.12 0.00 0.12 0.00 0.13 0.20 0.17 0.18 0.15 0.17 0.11 0.08 0.07 0.02 0.01 0.27 0.33 0.02
C6 0.02 0.00 0.18 0.15 0.01 0.08 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.28 0.10 0.15 0.43 0.37 0.73 0.33
C8 0.01 0.01 0.15 0.14 0.01 0.12 0.01 0.20 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.26 0.09 0.15 0.51 0.53 0.93 0.53
N1 0.02 0.00 0.27 0.16 0.01 0.14 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.46 0.11 0.24 0.39 0.30 0.62 0.25
N3 0.01 0.00 0.31 0.14 0.00 0.16 0.01 0.18 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.56 0.13 0.28 0.34 0.25 0.51 0.21
N6 0.03 0.01 0.14 0.17 0.02 0.07 0.02 0.15 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.22 0.12 0.11 0.46 0.45 0.82 0.40
N7 0.01 0.00 0.08 0.15 0.01 0.08 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.17 0.10 0.07 0.51 0.53 0.94 0.52
N9 0.00 0.00 0.03 0.08 0.00 0.03 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.05 0.01 0.40 0.35 0.70 0.32
O2' 0.01 0.58 0.01 0.01 0.28 0.11 0.16 0.08 0.28 0.26 0.46 0.56 0.22 0.17 0.06 0.00 0.02 0.07 0.56 0.73 1.13 0.68
O3' 0.11 0.13 0.02 0.01 0.08 0.02 0.08 0.07 0.10 0.09 0.11 0.13 0.12 0.10 0.05 0.02 0.00 0.09 0.28 0.19 0.43 0.14
O4' 0.00 0.29 0.01 0.02 0.16 0.01 0.08 0.02 0.15 0.15 0.24 0.28 0.11 0.07 0.01 0.07 0.09 0.00 0.28 0.35 0.25 0.28
O5' 0.32 0.36 0.54 0.41 0.39 0.02 0.45 0.01 0.43 0.51 0.39 0.34 0.46 0.51 0.40 0.56 0.28 0.28 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.26 0.26 0.60 0.35 0.30 0.31 0.40 0.27 0.37 0.53 0.30 0.25 0.45 0.53 0.35 0.73 0.19 0.35 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.55 0.54 0.98 0.64 0.63 0.25 0.77 0.33 0.73 0.93 0.62 0.51 0.82 0.94 0.70 1.13 0.43 0.25 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.20 0.22 0.59 0.36 0.26 0.16 0.37 0.02 0.33 0.53 0.25 0.21 0.40 0.52 0.32 0.68 0.14 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00