ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53378

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 3, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.003, 0.012, 0.022, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.002, 0.011, 0.020, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.004, 0.016, 0.029, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.016 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.004, 0.018, 0.031, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.018 std_dev=0.018
O2 A 0, 0.001, 0.036, 0.072, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.036 std_dev=0.035
O4 A 0, 0.003, 0.062, 0.121, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.062 std_dev=0.059
C8 B 0, 0.227, 0.487, 0.746, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.487 std_dev=0.259
N7 B 0, 0.165, 0.429, 0.694, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.429 std_dev=0.264
C4 B 0, 0.172, 0.452, 0.731, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.452 std_dev=0.279
N9 B 0, 0.207, 0.489, 0.770, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.489 std_dev=0.282
C5 B 0, 0.125, 0.417, 0.708, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.417 std_dev=0.291
C6 B 0, 0.222, 0.537, 0.851, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.537 std_dev=0.314
N3 B 0, 0.216, 0.532, 0.848, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.532 std_dev=0.316
C2 B 0, 0.299, 0.617, 0.934, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.617 std_dev=0.317
N1 B 0, 0.319, 0.640, 0.962, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.640 std_dev=0.321
O4' A 0, 0.014, 0.350, 0.687, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.350 std_dev=0.337
C2' A 0, 0.032, 0.389, 0.747, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.389 std_dev=0.357
N6 B 0, 0.242, 0.605, 0.969, 1.233 max_d=1.233 avg_d=0.605 std_dev=0.363
C3' B 0, 0.435, 0.800, 1.165, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.800 std_dev=0.365
C1' B 0, 0.218, 0.584, 0.951, 1.270 max_d=1.270 avg_d=0.584 std_dev=0.367
O2' A 0, 0.045, 0.461, 0.877, 1.272 max_d=1.272 avg_d=0.461 std_dev=0.416
O4' B 0, 0.306, 0.730, 1.154, 1.316 max_d=1.316 avg_d=0.730 std_dev=0.424
C4' A 0, 0.061, 0.544, 1.026, 1.225 max_d=1.225 avg_d=0.544 std_dev=0.483
C4' B 0, 0.411, 0.961, 1.511, 1.851 max_d=1.851 avg_d=0.961 std_dev=0.550
C3' A 0, 0.067, 0.622, 1.176, 1.423 max_d=1.423 avg_d=0.622 std_dev=0.554
C2' B 0, 0.242, 0.827, 1.412, 1.953 max_d=1.953 avg_d=0.827 std_dev=0.585
O3' B 0, 0.370, 0.970, 1.571, 1.860 max_d=1.860 avg_d=0.970 std_dev=0.600
O5' B 0, 0.351, 0.985, 1.618, 1.861 max_d=1.861 avg_d=0.985 std_dev=0.634
O3' A 0, 0.130, 0.945, 1.760, 2.128 max_d=2.128 avg_d=0.945 std_dev=0.815
OP1 A 0, 0.068, 0.889, 1.710, 2.643 max_d=2.643 avg_d=0.889 std_dev=0.821
C5' A 0, 0.108, 0.932, 1.756, 2.039 max_d=2.039 avg_d=0.932 std_dev=0.824
O5' A 0, 0.078, 1.004, 1.929, 2.523 max_d=2.523 avg_d=1.004 std_dev=0.926
P A 0, 0.054, 0.985, 1.916, 2.812 max_d=2.812 avg_d=0.985 std_dev=0.931
O2' B 0, 0.593, 1.589, 2.585, 3.125 max_d=3.125 avg_d=1.589 std_dev=0.996
C5' B 0, 0.617, 1.653, 2.689, 3.312 max_d=3.312 avg_d=1.653 std_dev=1.036
OP2 A 0, -0.016, 1.114, 2.244, 3.323 max_d=3.323 avg_d=1.114 std_dev=1.130
P B 0, 0.467, 1.790, 3.114, 3.571 max_d=3.571 avg_d=1.790 std_dev=1.324
OP2 B 0, 0.713, 2.567, 4.421, 5.489 max_d=5.489 avg_d=2.567 std_dev=1.854
OP1 B 0, 0.981, 2.936, 4.891, 5.169 max_d=5.169 avg_d=2.936 std_dev=1.955

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.02 0.03 0.01 0.18 0.17 0.61 0.29
C2 0.03 0.00 0.10 0.15 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.17 0.02 0.04 0.41 0.22 0.44 0.24
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.03 0.01 0.08 0.02 0.10 0.02 0.07 0.20 0.01 0.02 0.04 0.01 0.30 0.30 0.36 0.16
C3' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.11 0.01 0.17 0.02 0.18 0.06 0.13 0.24 0.03 0.01 0.13 0.01 0.41 0.49 0.21 0.22
C4 0.02 0.01 0.03 0.11 0.00 0.06 0.01 0.10 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.14 0.01 0.03 0.57 0.20 0.24 0.21
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.06 0.00 0.10 0.01 0.11 0.03 0.05 0.10 0.05 0.02 0.07 0.01 0.02 0.16 0.51 0.16
C5 0.01 0.01 0.08 0.17 0.01 0.10 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.19 0.02 0.02 0.60 0.20 0.35 0.19
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.10 0.01 0.15 0.00 0.15 0.05 0.07 0.10 0.05 0.03 0.12 0.02 0.01 0.27 0.43 0.02
C6 0.01 0.01 0.10 0.18 0.02 0.11 0.01 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.19 0.02 0.02 0.53 0.19 0.50 0.16
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.06 0.03 0.01 0.38 0.19 0.51 0.21
N3 0.03 0.00 0.07 0.13 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.17 0.02 0.04 0.50 0.22 0.32 0.23
O2 0.05 0.00 0.20 0.24 0.02 0.10 0.02 0.10 0.01 0.02 0.02 0.00 0.11 0.29 0.03 0.06 0.37 0.24 0.48 0.29
O2' 0.02 0.06 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.05 0.04 0.02 0.04 0.11 0.00 0.04 0.03 0.04 0.07 0.19 0.47 0.24
O3' 0.02 0.17 0.02 0.01 0.14 0.02 0.19 0.03 0.19 0.06 0.17 0.29 0.04 0.00 0.17 0.02 0.36 0.68 0.12 0.30
O4 0.03 0.02 0.04 0.13 0.01 0.07 0.02 0.12 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.17 0.00 0.04 0.60 0.20 0.19 0.24
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.06 0.04 0.02 0.04 0.00 0.11 0.21 0.76 0.41
O5' 0.18 0.41 0.30 0.41 0.57 0.02 0.60 0.01 0.53 0.38 0.50 0.37 0.07 0.36 0.60 0.11 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.17 0.22 0.30 0.49 0.20 0.16 0.20 0.27 0.19 0.19 0.22 0.24 0.19 0.68 0.20 0.21 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.61 0.44 0.36 0.21 0.24 0.51 0.35 0.43 0.50 0.51 0.32 0.48 0.47 0.12 0.19 0.76 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.29 0.24 0.16 0.22 0.21 0.16 0.19 0.02 0.16 0.21 0.23 0.29 0.24 0.30 0.24 0.41 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.25 0.22 0.51 0.11 0.53 0.10 0.82 0.23 0.21 0.31 0.16 0.31 0.14 0.15 0.69 0.43 0.37 0.45 1.37 1.15 0.89
C2 0.18 0.25 0.18 0.50 0.11 0.50 0.12 0.78 0.27 0.21 0.31 0.15 0.39 0.13 0.14 0.61 0.39 0.36 0.41 1.24 1.20 0.85
C2' 0.24 0.34 0.22 0.45 0.22 0.43 0.23 0.67 0.32 0.27 0.39 0.26 0.39 0.24 0.22 0.62 0.35 0.34 0.36 1.42 1.26 0.93
C3' 0.26 0.41 0.24 0.38 0.27 0.44 0.28 0.68 0.40 0.27 0.47 0.32 0.47 0.24 0.25 0.66 0.30 0.39 0.35 1.48 1.16 0.90
C4 0.25 0.24 0.32 0.51 0.17 0.64 0.21 0.97 0.31 0.20 0.30 0.19 0.41 0.16 0.19 0.77 0.51 0.52 0.53 1.27 1.01 0.82
C4' 0.20 0.27 0.25 0.45 0.13 0.51 0.14 0.81 0.27 0.21 0.33 0.18 0.35 0.15 0.16 0.73 0.40 0.40 0.43 1.44 1.03 0.85
C5 0.26 0.24 0.35 0.52 0.17 0.68 0.20 1.04 0.30 0.19 0.31 0.18 0.41 0.15 0.19 0.83 0.56 0.55 0.60 1.36 0.94 0.85
C5' 0.23 0.28 0.32 0.43 0.15 0.54 0.17 0.84 0.29 0.21 0.35 0.19 0.38 0.15 0.18 0.80 0.44 0.45 0.44 1.45 0.88 0.79
C6 0.23 0.24 0.30 0.53 0.14 0.64 0.16 0.98 0.28 0.19 0.31 0.17 0.39 0.12 0.17 0.80 0.52 0.50 0.56 1.39 1.00 0.87
N1 0.20 0.25 0.24 0.52 0.12 0.56 0.13 0.87 0.26 0.20 0.31 0.16 0.37 0.12 0.15 0.70 0.45 0.42 0.48 1.34 1.12 0.88
N3 0.20 0.24 0.21 0.49 0.13 0.54 0.17 0.82 0.30 0.20 0.31 0.17 0.42 0.11 0.15 0.64 0.41 0.41 0.43 1.20 1.16 0.83
O2 0.16 0.25 0.14 0.48 0.09 0.43 0.09 0.67 0.23 0.23 0.31 0.15 0.33 0.19 0.14 0.50 0.34 0.29 0.37 1.17 1.27 0.84
O2' 0.22 0.29 0.22 0.52 0.19 0.44 0.20 0.66 0.25 0.28 0.33 0.22 0.28 0.26 0.22 0.56 0.42 0.31 0.39 1.40 1.31 0.96
O3' 0.33 0.54 0.29 0.36 0.39 0.41 0.39 0.61 0.51 0.32 0.59 0.45 0.56 0.32 0.33 0.66 0.28 0.41 0.32 1.51 1.21 0.92
O4 0.29 0.24 0.37 0.51 0.21 0.69 0.25 1.03 0.31 0.22 0.29 0.21 0.39 0.23 0.22 0.79 0.56 0.57 0.56 1.21 0.93 0.79
O4' 0.21 0.26 0.29 0.53 0.13 0.58 0.13 0.90 0.25 0.21 0.32 0.18 0.33 0.13 0.17 0.77 0.49 0.42 0.50 1.38 1.02 0.85
O5' 0.76 0.42 0.72 1.04 0.55 1.14 0.50 1.40 0.40 0.71 0.38 0.51 0.37 0.60 0.68 0.86 1.07 1.00 1.11 2.11 1.49 1.49
OP1 0.51 0.19 0.44 0.66 0.29 0.93 0.22 1.24 0.18 0.43 0.20 0.25 0.24 0.30 0.41 0.83 0.71 0.86 0.92 1.77 1.02 1.13
OP2 0.48 0.32 0.45 0.54 0.30 0.85 0.29 1.16 0.36 0.38 0.38 0.30 0.47 0.28 0.38 0.88 0.61 0.82 0.86 1.77 0.96 1.09
P 0.55 0.21 0.46 0.75 0.31 1.00 0.24 1.32 0.19 0.46 0.21 0.27 0.26 0.32 0.44 0.81 0.80 0.91 1.00 1.84 1.11 1.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.35 0.00 0.27 0.52 0.83 0.34
C2 0.03 0.00 0.38 0.28 0.01 0.27 0.02 0.36 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.41 0.54 0.40 0.55 0.48 1.26 0.61
C2' 0.00 0.38 0.00 0.01 0.20 0.03 0.11 0.18 0.19 0.20 0.31 0.37 0.15 0.11 0.03 0.00 0.08 0.03 0.58 0.96 0.86 0.66
C3' 0.02 0.28 0.01 0.00 0.23 0.01 0.29 0.02 0.31 0.31 0.30 0.24 0.34 0.33 0.19 0.02 0.01 0.01 0.35 0.82 0.42 0.40
C4 0.02 0.01 0.20 0.23 0.00 0.11 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.20 0.33 0.22 0.44 0.54 1.20 0.57
C4' 0.02 0.27 0.03 0.01 0.11 0.00 0.10 0.00 0.11 0.28 0.19 0.27 0.12 0.23 0.08 0.28 0.06 0.00 0.02 0.40 0.47 0.13
C5 0.01 0.02 0.11 0.29 0.01 0.10 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.27 0.23 0.10 0.44 0.69 1.31 0.69
C5' 0.07 0.36 0.18 0.02 0.19 0.00 0.24 0.00 0.24 0.44 0.30 0.33 0.28 0.40 0.18 0.09 0.20 0.01 0.01 0.24 0.37 0.02
C6 0.01 0.02 0.19 0.31 0.01 0.11 0.01 0.24 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.26 0.31 0.19 0.49 0.71 1.36 0.73
C8 0.01 0.01 0.20 0.31 0.01 0.28 0.01 0.44 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.49 0.18 0.21 0.32 0.74 1.15 0.63
N1 0.02 0.01 0.31 0.30 0.01 0.19 0.01 0.30 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.31 0.43 0.31 0.54 0.59 1.34 0.69
N3 0.03 0.01 0.37 0.24 0.01 0.27 0.02 0.33 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.40 0.53 0.40 0.51 0.45 1.17 0.53
N6 0.01 0.03 0.15 0.34 0.01 0.12 0.01 0.28 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.31 0.26 0.13 0.48 0.83 1.40 0.79
N7 0.01 0.02 0.11 0.33 0.02 0.23 0.00 0.40 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.45 0.17 0.11 0.37 0.83 1.28 0.73
N9 0.00 0.01 0.03 0.19 0.00 0.08 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.20 0.20 0.02 0.34 0.55 1.08 0.51
O2' 0.03 0.41 0.00 0.02 0.20 0.28 0.27 0.09 0.26 0.49 0.31 0.40 0.31 0.45 0.20 0.00 0.08 0.21 0.46 1.05 0.74 0.56
O3' 0.35 0.54 0.08 0.01 0.33 0.06 0.23 0.20 0.31 0.18 0.43 0.53 0.26 0.17 0.20 0.08 0.00 0.23 0.22 0.87 0.22 0.34
O4' 0.00 0.40 0.03 0.01 0.22 0.00 0.10 0.01 0.19 0.21 0.31 0.40 0.13 0.11 0.02 0.21 0.23 0.00 0.17 0.38 0.83 0.39
O5' 0.27 0.55 0.58 0.35 0.44 0.02 0.44 0.01 0.49 0.32 0.54 0.51 0.48 0.37 0.34 0.46 0.22 0.17 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.52 0.48 0.96 0.82 0.54 0.40 0.69 0.24 0.71 0.74 0.59 0.45 0.83 0.83 0.55 1.05 0.87 0.38 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.83 1.26 0.86 0.42 1.20 0.47 1.31 0.37 1.36 1.15 1.34 1.17 1.40 1.28 1.08 0.74 0.22 0.83 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.34 0.61 0.66 0.40 0.57 0.13 0.69 0.02 0.73 0.63 0.69 0.53 0.79 0.73 0.51 0.56 0.34 0.39 0.01 0.00 0.01 0.00