Doublet Group distance statistics: 53379

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.010 std_dev=0.005
N3	A	0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.013 std_dev=0.006
N1	A	0, 0.014, 0.025, 0.036, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.025 std_dev=0.011
C2	A	0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C1'	A	0, 0.015, 0.028, 0.041, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.028 std_dev=0.013
C6	A	0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.013
C4	A	0, 0.017, 0.032, 0.047, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.032 std_dev=0.015
O2	A	0, 0.006, 0.028, 0.051, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.028 std_dev=0.022
O4	A	0, 0.008, 0.077, 0.146, 0.223 max_d=0.223 avg_d=0.077 std_dev=0.069
O4'	A	0, 0.063, 0.165, 0.268, 0.319 max_d=0.319 avg_d=0.165 std_dev=0.102
O2'	A	0, 0.089, 0.206, 0.323, 0.377 max_d=0.377 avg_d=0.206 std_dev=0.117
C2'	A	0, 0.080, 0.198, 0.317, 0.383 max_d=0.383 avg_d=0.198 std_dev=0.119
C4'	A	0, 0.107, 0.267, 0.427, 0.505 max_d=0.505 avg_d=0.267 std_dev=0.160
C3'	A	0, 0.116, 0.292, 0.467, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.292 std_dev=0.176
N6	B	0, 0.183, 0.365, 0.547, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.365 std_dev=0.182
C6	B	0, 0.198, 0.382, 0.566, 0.541 max_d=0.541 avg_d=0.382 std_dev=0.184
O5'	A	0, 0.130, 0.326, 0.523, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.326 std_dev=0.197
C5	B	0, 0.212, 0.436, 0.660, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.436 std_dev=0.224
N3	B	0, 0.229, 0.458, 0.687, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.458 std_dev=0.229
C4	B	0, 0.192, 0.433, 0.673, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.433 std_dev=0.241
C5'	A	0, 0.171, 0.424, 0.677, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.424 std_dev=0.253
N9	B	0, 0.243, 0.509, 0.775, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.509 std_dev=0.266
N7	B	0, 0.321, 0.589, 0.858, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.589 std_dev=0.268
O3'	B	0, 0.291, 0.563, 0.835, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.563 std_dev=0.272
N1	B	0, 0.133, 0.408, 0.683, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.408 std_dev=0.275
C1'	B	0, 0.274, 0.554, 0.834, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.554 std_dev=0.280
O3'	A	0, 0.161, 0.445, 0.729, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.445 std_dev=0.284
C2	B	0, 0.166, 0.456, 0.747, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.456 std_dev=0.290
C8	B	0, 0.356, 0.654, 0.951, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.654 std_dev=0.297
C3'	B	0, 0.175, 0.484, 0.793, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.484 std_dev=0.309
P	A	0, 0.242, 0.552, 0.863, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.552 std_dev=0.311
C2'	B	0, 0.204, 0.544, 0.884, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.544 std_dev=0.340
OP2	A	0, 0.300, 0.643, 0.985, 1.071 max_d=1.071 avg_d=0.643 std_dev=0.343
OP1	A	0, 0.261, 0.638, 1.016, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.638 std_dev=0.377
O4'	B	0, 0.471, 0.925, 1.379, 1.382 max_d=1.382 avg_d=0.925 std_dev=0.454
C4'	B	0, 0.589, 1.112, 1.635, 1.637 max_d=1.637 avg_d=1.112 std_dev=0.523
O5'	B	0, 0.555, 1.152, 1.749, 2.041 max_d=2.041 avg_d=1.152 std_dev=0.597
O2'	B	0, 0.648, 1.254, 1.860, 1.772 max_d=1.772 avg_d=1.254 std_dev=0.606
P	B	0, 0.143, 0.805, 1.467, 2.170 max_d=2.170 avg_d=0.805 std_dev=0.662
OP1	B	0, 0.317, 1.006, 1.694, 2.310 max_d=2.310 avg_d=1.006 std_dev=0.688
OP2	B	0, 0.805, 1.514, 2.224, 2.277 max_d=2.277 avg_d=1.514 std_dev=0.709
C5'	B	0, 0.969, 1.799, 2.629, 2.417 max_d=2.417 avg_d=1.799 std_dev=0.830

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.02	0.08	0.04
C2	0.01	0.00	0.04	0.05	0.00	0.01	0.00	0.03	0.01	0.01	0.00	0.00	0.03	0.08	0.01	0.02	0.04	0.05	0.12	0.07
C2'	0.00	0.04	0.00	0.00	0.02	0.01	0.03	0.01	0.03	0.01	0.03	0.07	0.00	0.02	0.03	0.01	0.04	0.04	0.10	0.05
C3'	0.01	0.05	0.00	0.00	0.03	0.00	0.02	0.01	0.03	0.03	0.05	0.07	0.01	0.00	0.03	0.01	0.04	0.05	0.06	0.04
C4	0.01	0.00	0.02	0.03	0.00	0.02	0.00	0.05	0.00	0.01	0.00	0.00	0.04	0.05	0.00	0.01	0.06	0.10	0.16	0.11
C4'	0.00	0.01	0.01	0.00	0.02	0.00	0.03	0.00	0.03	0.01	0.02	0.02	0.04	0.02	0.02	0.00	0.01	0.03	0.03	0.01
C5	0.01	0.00	0.03	0.02	0.00	0.03	0.00	0.06	0.00	0.00	0.00	0.01	0.03	0.02	0.00	0.01	0.07	0.11	0.16	0.12
C5'	0.01	0.03	0.01	0.01	0.05	0.00	0.06	0.00	0.06	0.03	0.04	0.02	0.04	0.03	0.06	0.01	0.00	0.03	0.01	0.01
C6	0.01	0.01	0.03	0.03	0.00	0.03	0.00	0.06	0.00	0.00	0.00	0.01	0.03	0.03	0.01	0.01	0.06	0.08	0.13	0.09
N1	0.00	0.01	0.01	0.03	0.01	0.01	0.00	0.03	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.04	0.01	0.01	0.04	0.04	0.11	0.06
N3	0.01	0.00	0.03	0.05	0.00	0.02	0.00	0.04	0.00	0.01	0.00	0.00	0.04	0.07	0.01	0.02	0.05	0.07	0.14	0.09
O2	0.01	0.00	0.07	0.07	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.00	0.04	0.11	0.00	0.03	0.03	0.03	0.11	0.06
O2'	0.02	0.03	0.00	0.01	0.04	0.04	0.03	0.04	0.03	0.02	0.04	0.04	0.00	0.04	0.05	0.02	0.01	0.05	0.06	0.01
O3'	0.01	0.08	0.02	0.00	0.05	0.02	0.02	0.03	0.03	0.04	0.07	0.11	0.04	0.00	0.04	0.01	0.04	0.08	0.05	0.04
O4	0.01	0.01	0.03	0.03	0.00	0.02	0.00	0.06	0.01	0.01	0.01	0.00	0.05	0.04	0.00	0.01	0.07	0.12	0.18	0.12
O4'	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.03	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.03	0.04	0.03
O5'	0.02	0.04	0.04	0.04	0.06	0.01	0.07	0.00	0.06	0.04	0.05	0.03	0.01	0.04	0.07	0.02	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.02	0.05	0.04	0.05	0.10	0.03	0.11	0.03	0.08	0.04	0.07	0.03	0.05	0.08	0.12	0.03	0.01	0.00	0.00	0.00
OP2	0.08	0.12	0.10	0.06	0.16	0.03	0.16	0.01	0.13	0.11	0.14	0.11	0.06	0.05	0.18	0.04	0.01	0.00	0.00	0.00
P	0.04	0.07	0.05	0.04	0.11	0.01	0.12	0.01	0.09	0.06	0.09	0.06	0.01	0.04	0.12	0.03	0.00	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.07	0.05	0.11	0.27	0.05	0.46	0.06	0.85	0.06	0.08	0.05	0.04	0.08	0.08	0.06	0.24	0.06	0.27	0.68	0.45	0.30	0.53
C2	0.08	0.08	0.07	0.23	0.08	0.43	0.09	0.77	0.09	0.09	0.08	0.07	0.10	0.10	0.08	0.27	0.06	0.28	0.63	0.43	0.25	0.49
C2'	0.11	0.14	0.13	0.26	0.13	0.41	0.13	0.73	0.15	0.11	0.15	0.13	0.17	0.12	0.11	0.16	0.09	0.25	0.62	0.46	0.28	0.50
C3'	0.13	0.16	0.11	0.26	0.15	0.47	0.16	0.81	0.18	0.13	0.18	0.15	0.20	0.15	0.13	0.23	0.09	0.31	0.69	0.50	0.34	0.57
C4	0.13	0.13	0.08	0.20	0.14	0.56	0.14	0.90	0.14	0.14	0.14	0.13	0.15	0.15	0.13	0.47	0.09	0.45	0.77	0.49	0.32	0.59
C4'	0.07	0.07	0.07	0.25	0.06	0.49	0.08	0.89	0.09	0.09	0.08	0.06	0.12	0.10	0.07	0.31	0.04	0.30	0.73	0.47	0.35	0.57
C5	0.12	0.11	0.07	0.22	0.12	0.60	0.13	0.98	0.12	0.14	0.11	0.11	0.13	0.14	0.12	0.50	0.08	0.46	0.82	0.52	0.40	0.63
C5'	0.04	0.05	0.04	0.22	0.04	0.51	0.06	0.93	0.08	0.07	0.07	0.04	0.11	0.08	0.04	0.43	0.03	0.32	0.74	0.45	0.37	0.57
C6	0.10	0.07	0.03	0.24	0.09	0.57	0.10	0.96	0.09	0.11	0.08	0.08	0.11	0.12	0.10	0.43	0.07	0.40	0.79	0.50	0.37	0.60
N1	0.08	0.06	0.06	0.24	0.07	0.49	0.08	0.87	0.08	0.09	0.07	0.06	0.09	0.10	0.08	0.32	0.06	0.32	0.71	0.46	0.31	0.54
N3	0.11	0.12	0.04	0.20	0.12	0.47	0.13	0.78	0.13	0.12	0.12	0.11	0.13	0.13	0.11	0.35	0.07	0.35	0.66	0.44	0.25	0.50
O2	0.07	0.06	0.13	0.22	0.06	0.34	0.07	0.65	0.07	0.08	0.07	0.06	0.08	0.08	0.07	0.16	0.07	0.18	0.53	0.39	0.23	0.42
O2'	0.08	0.11	0.15	0.24	0.08	0.33	0.09	0.65	0.10	0.07	0.11	0.09	0.11	0.08	0.07	0.11	0.07	0.15	0.54	0.40	0.25	0.44
O3'	0.17	0.23	0.15	0.28	0.20	0.47	0.21	0.78	0.23	0.17	0.24	0.21	0.25	0.18	0.17	0.16	0.13	0.32	0.69	0.53	0.36	0.59
O4	0.18	0.18	0.12	0.19	0.18	0.60	0.18	0.89	0.17	0.18	0.17	0.18	0.16	0.18	0.18	0.50	0.13	0.52	0.79	0.52	0.33	0.61
O4'	0.04	0.05	0.07	0.26	0.02	0.51	0.04	0.94	0.04	0.07	0.05	0.03	0.07	0.07	0.04	0.34	0.03	0.29	0.74	0.46	0.35	0.56
O5'	0.05	0.05	0.08	0.19	0.05	0.52	0.07	0.92	0.08	0.07	0.07	0.04	0.11	0.08	0.05	0.50	0.03	0.35	0.75	0.46	0.39	0.58
OP1	0.04	0.06	0.14	0.14	0.04	0.51	0.06	0.90	0.09	0.05	0.08	0.03	0.12	0.07	0.04	0.59	0.06	0.35	0.72	0.41	0.37	0.54
OP2	0.08	0.05	0.24	0.10	0.04	0.50	0.03	0.88	0.04	0.05	0.05	0.05	0.07	0.03	0.06	0.71	0.12	0.34	0.70	0.38	0.35	0.51
P	0.04	0.04	0.15	0.14	0.01	0.52	0.03	0.93	0.06	0.04	0.05	0.02	0.09	0.04	0.02	0.62	0.07	0.35	0.73	0.41	0.37	0.54

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.05	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.04	0.00	0.06	0.22	0.32	0.05
C2	0.01	0.00	0.25	0.05	0.00	0.17	0.00	0.09	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.46	0.08	0.25	0.02	0.27	0.26	0.16
C2'	0.00	0.25	0.00	0.00	0.15	0.00	0.11	0.03	0.17	0.08	0.22	0.23	0.15	0.03	0.03	0.00	0.01	0.02	0.38	0.36	0.79	0.45
C3'	0.01	0.05	0.00	0.00	0.05	0.00	0.07	0.01	0.08	0.06	0.07	0.04	0.10	0.08	0.03	0.02	0.00	0.01	0.32	0.28	0.51	0.33
C4	0.01	0.00	0.15	0.05	0.00	0.05	0.00	0.09	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.20	0.06	0.12	0.09	0.28	0.26	0.18
C4'	0.00	0.17	0.00	0.00	0.05	0.00	0.05	0.00	0.03	0.22	0.10	0.17	0.06	0.18	0.06	0.02	0.00	0.00	0.01	0.35	0.05	0.16
C5	0.00	0.00	0.11	0.07	0.00	0.05	0.00	0.21	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.10	0.05	0.05	0.21	0.32	0.23	0.26
C5'	0.05	0.09	0.03	0.01	0.09	0.00	0.21	0.00	0.17	0.39	0.07	0.09	0.24	0.37	0.17	0.02	0.01	0.01	0.01	0.07	0.11	0.01
C6	0.01	0.00	0.17	0.08	0.00	0.03	0.00	0.17	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.20	0.05	0.10	0.19	0.32	0.23	0.26
C8	0.01	0.00	0.08	0.06	0.00	0.22	0.00	0.39	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.26	0.03	0.16	0.30	0.32	0.23	0.27
N1	0.01	0.00	0.22	0.07	0.00	0.10	0.00	0.07	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.36	0.07	0.19	0.10	0.30	0.24	0.21
N3	0.01	0.00	0.23	0.04	0.00	0.17	0.01	0.09	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.43	0.08	0.24	0.02	0.25	0.28	0.13
N6	0.01	0.00	0.15	0.10	0.00	0.06	0.01	0.24	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.15	0.04	0.07	0.26	0.35	0.23	0.31
N7	0.01	0.00	0.03	0.08	0.00	0.18	0.00	0.37	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.17	0.03	0.09	0.33	0.35	0.22	0.31
N9	0.00	0.00	0.03	0.03	0.00	0.06	0.00	0.17	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.05	0.04	0.01	0.11	0.27	0.27	0.16
O2'	0.01	0.46	0.00	0.02	0.20	0.02	0.10	0.02	0.20	0.26	0.36	0.43	0.15	0.17	0.05	0.00	0.04	0.01	0.43	0.51	1.02	0.58
O3'	0.04	0.08	0.01	0.00	0.06	0.00	0.05	0.01	0.05	0.03	0.07	0.08	0.04	0.03	0.04	0.04	0.00	0.03	0.21	0.20	0.36	0.15
O4'	0.00	0.25	0.02	0.01	0.12	0.00	0.05	0.01	0.10	0.16	0.19	0.24	0.07	0.09	0.01	0.01	0.03	0.00	0.13	0.54	0.08	0.34
O5'	0.06	0.02	0.38	0.32	0.09	0.01	0.21	0.01	0.19	0.30	0.10	0.02	0.26	0.33	0.11	0.43	0.21	0.13	0.00	0.02	0.02	0.00
OP1	0.22	0.27	0.36	0.28	0.28	0.35	0.32	0.07	0.32	0.32	0.30	0.25	0.35	0.35	0.27	0.51	0.20	0.54	0.02	0.00	0.01	0.00
OP2	0.32	0.26	0.79	0.51	0.26	0.05	0.23	0.11	0.23	0.23	0.24	0.28	0.23	0.22	0.27	1.02	0.36	0.08	0.02	0.01	0.00	0.00
P	0.05	0.16	0.45	0.33	0.18	0.16	0.26	0.01	0.26	0.27	0.21	0.13	0.31	0.31	0.16	0.58	0.15	0.34	0.00	0.00	0.00	0.00