ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53380

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.009, 0.019, 0.029, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.007, 0.019, 0.032, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.010, 0.023, 0.037, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.023 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.011, 0.025, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.025 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.010, 0.027, 0.044, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.027 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.026, 0.052, 0.078, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.052 std_dev=0.026
O4 A 0, 0.023, 0.051, 0.079, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.051 std_dev=0.028
C2 B 0, 0.138, 0.362, 0.587, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.362 std_dev=0.225
N1 B 0, 0.131, 0.363, 0.594, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.363 std_dev=0.231
N3 B 0, 0.119, 0.352, 0.585, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.352 std_dev=0.233
C6 B 0, 0.173, 0.407, 0.641, 0.655 max_d=0.655 avg_d=0.407 std_dev=0.234
C4 B 0, 0.106, 0.349, 0.592, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.349 std_dev=0.243
C5 B 0, 0.153, 0.402, 0.652, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.402 std_dev=0.250
N9 B 0, 0.114, 0.366, 0.618, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.366 std_dev=0.252
N6 B 0, 0.223, 0.503, 0.783, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.503 std_dev=0.280
C1' B 0, 0.087, 0.370, 0.652, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.370 std_dev=0.282
C8 B 0, 0.129, 0.426, 0.723, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.426 std_dev=0.297
N7 B 0, 0.142, 0.457, 0.771, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.457 std_dev=0.315
O2' A 0, 0.084, 0.402, 0.720, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.402 std_dev=0.318
C2' A 0, 0.065, 0.391, 0.716, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.391 std_dev=0.326
O4' A 0, 0.071, 0.399, 0.727, 0.835 max_d=0.835 avg_d=0.399 std_dev=0.328
O5' A 0, 0.361, 0.807, 1.252, 1.347 max_d=1.347 avg_d=0.807 std_dev=0.445
C4' A 0, 0.121, 0.607, 1.093, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.607 std_dev=0.486
O4' B 0, 0.286, 0.782, 1.278, 1.372 max_d=1.372 avg_d=0.782 std_dev=0.496
C3' A 0, 0.113, 0.644, 1.175, 1.351 max_d=1.351 avg_d=0.644 std_dev=0.531
C2' B 0, 0.299, 0.880, 1.460, 1.619 max_d=1.619 avg_d=0.880 std_dev=0.580
P A 0, 0.433, 1.114, 1.795, 1.957 max_d=1.957 avg_d=1.114 std_dev=0.681
O3' A 0, 0.199, 0.943, 1.687, 1.921 max_d=1.921 avg_d=0.943 std_dev=0.744
O2' B 0, 0.485, 1.248, 2.011, 2.081 max_d=2.081 avg_d=1.248 std_dev=0.763
C4' B 0, 0.301, 1.065, 1.830, 2.079 max_d=2.079 avg_d=1.065 std_dev=0.765
OP1 A 0, 0.754, 1.533, 2.313, 2.133 max_d=2.133 avg_d=1.533 std_dev=0.779
C3' B 0, 0.220, 1.031, 1.842, 2.239 max_d=2.239 avg_d=1.031 std_dev=0.811
C5' A 0, 0.185, 1.012, 1.839, 2.119 max_d=2.119 avg_d=1.012 std_dev=0.827
O3' B 0, 0.373, 1.240, 2.106, 2.612 max_d=2.612 avg_d=1.240 std_dev=0.867
OP2 A 0, 0.493, 1.486, 2.479, 3.014 max_d=3.014 avg_d=1.486 std_dev=0.993
C5' B 0, 0.381, 1.733, 3.084, 3.585 max_d=3.585 avg_d=1.733 std_dev=1.351
O5' B 0, 1.076, 2.475, 3.874, 4.310 max_d=4.310 avg_d=2.475 std_dev=1.399
P B 0, 1.256, 3.127, 4.998, 4.955 max_d=4.955 avg_d=3.127 std_dev=1.871
OP2 B 0, 1.312, 3.396, 5.479, 5.593 max_d=5.593 avg_d=3.396 std_dev=2.084
OP1 B 0, 1.390, 3.640, 5.889, 5.556 max_d=5.556 avg_d=3.640 std_dev=2.249

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.18 0.23 0.26 0.13
C2 0.01 0.00 0.12 0.11 0.01 0.03 0.03 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.09 0.13 0.01 0.04 0.36 0.27 0.18 0.23
C2' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.08 0.01 0.09 0.18 0.00 0.02 0.05 0.01 0.25 0.29 0.15 0.17
C3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.08 0.03 0.11 0.15 0.01 0.01 0.07 0.01 0.34 0.36 0.17 0.24
C4 0.03 0.01 0.04 0.06 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.07 0.00 0.04 0.49 0.31 0.23 0.35
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.07 0.00 0.07 0.01 0.06 0.03 0.05 0.02 0.02 0.01 0.07 0.00 0.01 0.18 0.34 0.07
C5 0.02 0.03 0.06 0.05 0.00 0.07 0.00 0.14 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.06 0.00 0.08 0.51 0.31 0.21 0.36
C5' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.13 0.01 0.14 0.00 0.12 0.07 0.10 0.04 0.03 0.03 0.13 0.01 0.01 0.17 0.38 0.02
C6 0.02 0.02 0.08 0.08 0.01 0.06 0.00 0.12 0.00 0.01 0.02 0.03 0.06 0.09 0.01 0.10 0.46 0.29 0.16 0.29
N1 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.36 0.27 0.18 0.21
N3 0.02 0.00 0.09 0.11 0.01 0.05 0.02 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.13 0.01 0.02 0.43 0.29 0.20 0.29
O2 0.02 0.01 0.18 0.15 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.15 0.20 0.01 0.09 0.30 0.26 0.19 0.19
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.06 0.02 0.07 0.15 0.00 0.03 0.05 0.03 0.04 0.21 0.24 0.08
O3' 0.01 0.13 0.02 0.01 0.07 0.01 0.06 0.03 0.09 0.04 0.13 0.20 0.03 0.00 0.08 0.01 0.28 0.39 0.21 0.23
O4 0.03 0.01 0.05 0.07 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.08 0.00 0.04 0.52 0.33 0.29 0.40
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.08 0.01 0.10 0.02 0.02 0.09 0.03 0.01 0.04 0.00 0.09 0.24 0.41 0.17
O5' 0.18 0.36 0.25 0.34 0.49 0.01 0.51 0.01 0.46 0.36 0.43 0.30 0.04 0.28 0.52 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.23 0.27 0.29 0.36 0.31 0.18 0.31 0.17 0.29 0.27 0.29 0.26 0.21 0.39 0.33 0.24 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.26 0.18 0.15 0.17 0.23 0.34 0.21 0.38 0.16 0.18 0.20 0.19 0.24 0.21 0.29 0.41 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.23 0.17 0.24 0.35 0.07 0.36 0.02 0.29 0.21 0.29 0.19 0.08 0.23 0.40 0.17 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.15 0.21 0.39 0.20 0.36 0.21 0.48 0.18 0.26 0.17 0.17 0.22 0.26 0.23 0.59 0.26 0.34 0.95 0.92 1.36 1.02
C2 0.21 0.10 0.22 0.38 0.16 0.37 0.17 0.49 0.14 0.26 0.12 0.13 0.23 0.25 0.21 0.59 0.24 0.35 0.94 0.87 1.31 1.00
C2' 0.30 0.30 0.19 0.45 0.32 0.40 0.31 0.42 0.30 0.31 0.30 0.31 0.29 0.31 0.31 0.35 0.31 0.41 0.79 0.71 1.01 0.77
C3' 0.33 0.35 0.22 0.43 0.35 0.46 0.34 0.53 0.32 0.33 0.33 0.36 0.31 0.33 0.34 0.45 0.30 0.49 0.89 0.86 1.11 0.92
C4 0.11 0.07 0.42 0.26 0.05 0.39 0.07 0.65 0.14 0.11 0.12 0.04 0.26 0.06 0.09 0.81 0.19 0.39 1.08 1.17 1.48 1.28
C4' 0.23 0.18 0.25 0.37 0.22 0.42 0.23 0.58 0.21 0.27 0.18 0.20 0.23 0.27 0.24 0.65 0.24 0.42 1.03 1.08 1.46 1.17
C5 0.11 0.06 0.44 0.25 0.07 0.39 0.07 0.67 0.12 0.11 0.11 0.06 0.23 0.07 0.10 0.83 0.19 0.39 1.09 1.25 1.54 1.33
C5' 0.26 0.17 0.36 0.36 0.23 0.47 0.23 0.70 0.19 0.29 0.17 0.21 0.22 0.27 0.26 0.80 0.26 0.48 1.15 1.31 1.64 1.37
C6 0.15 0.08 0.35 0.29 0.12 0.38 0.10 0.61 0.11 0.17 0.11 0.10 0.20 0.14 0.15 0.76 0.20 0.37 1.04 1.15 1.48 1.23
N1 0.19 0.11 0.25 0.36 0.16 0.37 0.16 0.53 0.14 0.24 0.12 0.13 0.20 0.22 0.20 0.65 0.23 0.36 0.99 0.99 1.40 1.10
N3 0.16 0.07 0.28 0.33 0.10 0.38 0.09 0.55 0.13 0.21 0.12 0.07 0.25 0.16 0.16 0.67 0.20 0.36 1.00 0.96 1.35 1.09
O2 0.25 0.13 0.21 0.44 0.21 0.36 0.24 0.40 0.18 0.31 0.14 0.16 0.26 0.33 0.26 0.49 0.27 0.33 0.86 0.71 1.20 0.84
O2' 0.27 0.28 0.19 0.47 0.28 0.35 0.28 0.33 0.28 0.28 0.28 0.28 0.29 0.28 0.28 0.27 0.32 0.33 0.70 0.61 0.94 0.64
O3' 0.40 0.47 0.23 0.47 0.43 0.49 0.41 0.51 0.42 0.37 0.45 0.46 0.39 0.37 0.40 0.34 0.34 0.53 0.81 0.77 0.94 0.79
O4 0.08 0.08 0.51 0.23 0.03 0.42 0.10 0.73 0.16 0.04 0.14 0.03 0.27 0.09 0.05 0.87 0.21 0.44 1.15 1.28 1.54 1.39
O4' 0.20 0.16 0.29 0.34 0.18 0.37 0.19 0.58 0.18 0.24 0.17 0.16 0.23 0.24 0.20 0.76 0.22 0.35 1.08 1.16 1.62 1.26
O5' 0.38 0.35 0.68 0.26 0.35 0.22 0.35 0.44 0.36 0.36 0.36 0.34 0.39 0.35 0.36 1.14 0.30 0.27 0.77 0.97 1.23 1.01
OP1 0.25 0.29 0.58 0.15 0.25 0.30 0.27 0.63 0.32 0.23 0.33 0.25 0.39 0.26 0.24 1.09 0.17 0.32 1.02 1.35 1.56 1.35
OP2 0.28 0.16 0.74 0.30 0.21 0.29 0.19 0.64 0.15 0.26 0.14 0.20 0.14 0.22 0.25 1.20 0.37 0.32 0.95 1.30 1.47 1.31
P 0.28 0.27 0.61 0.15 0.25 0.32 0.26 0.66 0.29 0.25 0.29 0.25 0.35 0.25 0.26 1.13 0.18 0.34 1.02 1.35 1.57 1.36

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.02 0.01 0.03 0.27 0.01 0.11 0.12 0.11 0.13
C2 0.05 0.00 0.49 0.31 0.01 0.24 0.01 0.39 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.44 0.39 0.36 0.29 0.75 0.33 0.49
C2' 0.00 0.49 0.00 0.01 0.27 0.02 0.16 0.17 0.26 0.19 0.40 0.49 0.20 0.07 0.04 0.00 0.03 0.02 0.15 0.14 0.20 0.11
C3' 0.02 0.31 0.01 0.00 0.26 0.01 0.28 0.01 0.32 0.17 0.33 0.27 0.33 0.23 0.17 0.02 0.01 0.04 0.34 0.44 0.21 0.24
C4 0.02 0.01 0.27 0.26 0.00 0.10 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.29 0.20 0.14 0.45 0.21 0.25
C4' 0.04 0.24 0.02 0.01 0.10 0.00 0.06 0.00 0.09 0.18 0.18 0.23 0.09 0.14 0.05 0.26 0.04 0.01 0.01 0.13 0.13 0.04
C5 0.01 0.01 0.16 0.28 0.00 0.06 0.00 0.14 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.13 0.26 0.11 0.25 0.53 0.38 0.34
C5' 0.05 0.39 0.17 0.01 0.15 0.00 0.14 0.00 0.17 0.35 0.29 0.36 0.19 0.29 0.12 0.12 0.20 0.01 0.01 0.33 0.27 0.02
C6 0.01 0.02 0.26 0.32 0.01 0.09 0.01 0.17 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.12 0.32 0.19 0.21 0.65 0.36 0.36
C8 0.02 0.01 0.19 0.17 0.00 0.18 0.02 0.35 0.02 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.42 0.10 0.17 0.54 0.53 0.63 0.58
N1 0.03 0.01 0.40 0.33 0.01 0.18 0.01 0.29 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.28 0.37 0.30 0.22 0.75 0.31 0.43
N3 0.05 0.01 0.49 0.27 0.01 0.23 0.01 0.36 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.43 0.37 0.34 0.26 0.62 0.28 0.42
N6 0.02 0.03 0.20 0.33 0.01 0.09 0.02 0.19 0.00 0.06 0.03 0.02 0.00 0.06 0.04 0.13 0.33 0.15 0.30 0.72 0.50 0.44
N7 0.02 0.01 0.07 0.23 0.01 0.14 0.00 0.29 0.02 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.00 0.36 0.17 0.07 0.48 0.58 0.64 0.56
N9 0.01 0.01 0.04 0.17 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.15 0.18 0.01 0.24 0.30 0.27 0.26
O2' 0.03 0.44 0.00 0.02 0.13 0.26 0.13 0.12 0.12 0.42 0.28 0.43 0.13 0.36 0.15 0.00 0.06 0.15 0.28 0.30 0.17 0.11
O3' 0.27 0.39 0.03 0.01 0.29 0.04 0.26 0.20 0.32 0.10 0.37 0.37 0.33 0.17 0.18 0.06 0.00 0.17 0.41 0.66 0.38 0.40
O4' 0.01 0.36 0.02 0.04 0.20 0.01 0.11 0.01 0.19 0.17 0.30 0.34 0.15 0.07 0.01 0.15 0.17 0.00 0.06 0.17 0.08 0.14
O5' 0.11 0.29 0.15 0.34 0.14 0.01 0.25 0.01 0.21 0.54 0.22 0.26 0.30 0.48 0.24 0.28 0.41 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.12 0.75 0.14 0.44 0.45 0.13 0.53 0.33 0.65 0.53 0.75 0.62 0.72 0.58 0.30 0.30 0.66 0.17 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.33 0.20 0.21 0.21 0.13 0.38 0.27 0.36 0.63 0.31 0.28 0.50 0.64 0.27 0.17 0.38 0.08 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.49 0.11 0.24 0.25 0.04 0.34 0.02 0.36 0.58 0.43 0.42 0.44 0.56 0.26 0.11 0.40 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00