ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53382

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.001, 0.010, 0.018, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C2 A 0, -0.002, 0.013, 0.027, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.013 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.008, 0.023, 0.039, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.023 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.009, 0.025, 0.041, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.025 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.002, 0.018, 0.034, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.018 std_dev=0.016
C5 A 0, -0.001, 0.017, 0.034, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.017 std_dev=0.018
O4 A 0, 0.014, 0.035, 0.056, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.035 std_dev=0.021
C1' A 0, -0.002, 0.020, 0.042, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.020 std_dev=0.022
N9 B 0, 0.139, 0.329, 0.519, 0.447 max_d=0.447 avg_d=0.329 std_dev=0.190
C1' B 0, 0.131, 0.333, 0.534, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.333 std_dev=0.201
C4 B 0, 0.145, 0.365, 0.585, 0.540 max_d=0.540 avg_d=0.365 std_dev=0.220
C5 B 0, 0.148, 0.377, 0.605, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.377 std_dev=0.228
C8 B 0, 0.121, 0.370, 0.619, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.370 std_dev=0.249
N7 B 0, 0.106, 0.389, 0.672, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.389 std_dev=0.283
N3 B 0, 0.213, 0.515, 0.818, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.515 std_dev=0.302
C6 B 0, 0.161, 0.471, 0.782, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.471 std_dev=0.311
N6 B 0, 0.195, 0.551, 0.907, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.551 std_dev=0.356
C2 B 0, 0.251, 0.615, 0.979, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.615 std_dev=0.364
N1 B 0, 0.209, 0.581, 0.953, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.581 std_dev=0.372
O4' A 0, 0.079, 0.469, 0.858, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.469 std_dev=0.389
C2' A 0, 0.019, 0.450, 0.881, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.450 std_dev=0.431
C4' A 0, 0.196, 0.861, 1.525, 1.824 max_d=1.824 avg_d=0.861 std_dev=0.665
O2' A 0, -0.013, 0.667, 1.348, 1.784 max_d=1.784 avg_d=0.667 std_dev=0.680
O4' B 0, 0.181, 0.868, 1.555, 1.906 max_d=1.906 avg_d=0.868 std_dev=0.687
C3' A 0, 0.166, 0.862, 1.558, 1.859 max_d=1.859 avg_d=0.862 std_dev=0.696
O5' A 0, 0.431, 1.128, 1.826, 1.894 max_d=1.894 avg_d=1.128 std_dev=0.697
C2' B 0, 0.258, 1.095, 1.931, 2.334 max_d=2.334 avg_d=1.095 std_dev=0.837
P A 0, 0.317, 1.220, 2.122, 2.479 max_d=2.479 avg_d=1.220 std_dev=0.903
C4' B 0, 0.396, 1.299, 2.203, 2.543 max_d=2.543 avg_d=1.299 std_dev=0.903
O3' B 0, 0.639, 1.553, 2.468, 2.255 max_d=2.255 avg_d=1.553 std_dev=0.914
C3' B 0, 0.469, 1.397, 2.325, 2.598 max_d=2.598 avg_d=1.397 std_dev=0.928
C5' A 0, 0.459, 1.426, 2.394, 2.590 max_d=2.590 avg_d=1.426 std_dev=0.967
O3' A 0, 0.120, 1.135, 2.150, 2.648 max_d=2.648 avg_d=1.135 std_dev=1.015
OP1 A 0, 0.428, 1.468, 2.507, 2.852 max_d=2.852 avg_d=1.468 std_dev=1.040
OP2 A 0, 0.237, 1.309, 2.381, 2.949 max_d=2.949 avg_d=1.309 std_dev=1.072
O2' B 0, 0.284, 1.524, 2.764, 3.425 max_d=3.425 avg_d=1.524 std_dev=1.240
O5' B 0, -0.057, 1.268, 2.594, 3.469 max_d=3.469 avg_d=1.268 std_dev=1.325
P B 0, 0.872, 2.402, 3.932, 4.249 max_d=4.249 avg_d=2.402 std_dev=1.530
C5' B 0, 0.542, 2.097, 3.652, 4.388 max_d=4.388 avg_d=2.097 std_dev=1.555
OP1 B 0, 1.291, 3.195, 5.099, 4.999 max_d=4.999 avg_d=3.195 std_dev=1.904
OP2 B 0, 1.227, 3.136, 5.046, 5.138 max_d=5.138 avg_d=3.136 std_dev=1.909

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.17 0.03 0.00 0.18 0.17 0.19 0.14
C2 0.02 0.00 0.11 0.23 0.01 0.06 0.03 0.10 0.02 0.01 0.00 0.00 0.22 0.07 0.01 0.06 0.20 0.14 0.08 0.13
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.06 0.02 0.14 0.14 0.17 0.03 0.07 0.23 0.01 0.03 0.06 0.01 0.38 0.41 0.43 0.38
C3' 0.02 0.23 0.00 0.00 0.35 0.00 0.36 0.03 0.32 0.21 0.30 0.19 0.03 0.00 0.38 0.03 0.15 0.26 0.15 0.11
C4 0.04 0.01 0.06 0.35 0.00 0.15 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.01 0.36 0.30 0.01 0.04 0.26 0.18 0.16 0.19
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.15 0.00 0.18 0.01 0.16 0.08 0.10 0.03 0.30 0.04 0.16 0.00 0.03 0.10 0.22 0.04
C5 0.02 0.03 0.14 0.36 0.01 0.18 0.00 0.21 0.00 0.00 0.02 0.03 0.36 0.37 0.01 0.05 0.27 0.19 0.18 0.19
C5' 0.06 0.10 0.14 0.03 0.19 0.01 0.21 0.00 0.17 0.10 0.15 0.08 0.15 0.13 0.21 0.01 0.01 0.11 0.31 0.04
C6 0.02 0.02 0.17 0.32 0.01 0.16 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.02 0.30 0.30 0.02 0.07 0.24 0.16 0.16 0.16
N1 0.01 0.01 0.03 0.21 0.02 0.08 0.00 0.10 0.00 0.00 0.02 0.01 0.21 0.08 0.03 0.01 0.20 0.14 0.13 0.13
N3 0.03 0.00 0.07 0.30 0.01 0.10 0.02 0.15 0.01 0.02 0.00 0.01 0.30 0.16 0.01 0.05 0.22 0.15 0.11 0.16
O2 0.01 0.00 0.23 0.19 0.01 0.03 0.03 0.08 0.02 0.01 0.01 0.00 0.15 0.18 0.02 0.09 0.18 0.15 0.08 0.12
O2' 0.01 0.22 0.01 0.03 0.36 0.30 0.36 0.15 0.30 0.21 0.30 0.15 0.00 0.04 0.37 0.20 0.19 0.22 0.42 0.22
O3' 0.17 0.07 0.03 0.00 0.30 0.04 0.37 0.13 0.30 0.08 0.16 0.18 0.04 0.00 0.35 0.12 0.16 0.35 0.35 0.24
O4 0.03 0.01 0.06 0.38 0.01 0.16 0.01 0.21 0.02 0.03 0.01 0.02 0.37 0.35 0.00 0.05 0.28 0.21 0.20 0.22
O4' 0.00 0.06 0.01 0.03 0.04 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.05 0.09 0.20 0.12 0.05 0.00 0.05 0.07 0.17 0.07
O5' 0.18 0.20 0.38 0.15 0.26 0.03 0.27 0.01 0.24 0.20 0.22 0.18 0.19 0.16 0.28 0.05 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.17 0.14 0.41 0.26 0.18 0.10 0.19 0.11 0.16 0.14 0.15 0.15 0.22 0.35 0.21 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.19 0.08 0.43 0.15 0.16 0.22 0.18 0.31 0.16 0.13 0.11 0.08 0.42 0.35 0.20 0.17 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.14 0.13 0.38 0.11 0.19 0.04 0.19 0.04 0.16 0.13 0.16 0.12 0.22 0.24 0.22 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.24 0.29 0.48 0.12 0.43 0.13 0.72 0.22 0.14 0.27 0.16 0.27 0.12 0.11 0.74 0.55 0.25 0.23 0.46 0.80 0.48
C2 0.11 0.23 0.25 0.47 0.13 0.42 0.15 0.68 0.24 0.15 0.27 0.16 0.30 0.14 0.12 0.67 0.51 0.25 0.25 0.43 0.78 0.46
C2' 0.22 0.26 0.36 0.50 0.21 0.40 0.23 0.62 0.25 0.27 0.28 0.22 0.26 0.27 0.23 0.69 0.56 0.24 0.29 0.53 0.88 0.53
C3' 0.46 0.28 0.62 0.69 0.33 0.62 0.33 0.85 0.28 0.50 0.30 0.28 0.28 0.44 0.43 0.90 0.78 0.46 0.32 0.36 0.67 0.34
C4 0.15 0.21 0.41 0.49 0.15 0.52 0.18 0.81 0.23 0.19 0.24 0.16 0.27 0.17 0.15 0.81 0.57 0.38 0.25 0.47 0.82 0.52
C4' 0.19 0.26 0.38 0.47 0.15 0.48 0.16 0.78 0.25 0.21 0.31 0.18 0.31 0.17 0.17 0.84 0.57 0.32 0.13 0.39 0.69 0.37
C5 0.16 0.22 0.46 0.51 0.15 0.56 0.18 0.88 0.24 0.19 0.25 0.16 0.29 0.17 0.16 0.88 0.63 0.41 0.24 0.52 0.84 0.56
C5' 0.24 0.30 0.43 0.44 0.22 0.53 0.23 0.84 0.31 0.24 0.35 0.24 0.37 0.22 0.22 0.91 0.56 0.41 0.22 0.43 0.65 0.39
C6 0.14 0.22 0.41 0.51 0.14 0.53 0.16 0.84 0.24 0.18 0.26 0.16 0.29 0.16 0.14 0.84 0.62 0.36 0.22 0.51 0.83 0.53
N1 0.12 0.23 0.32 0.48 0.12 0.46 0.14 0.75 0.23 0.16 0.27 0.16 0.29 0.14 0.12 0.77 0.56 0.29 0.23 0.46 0.80 0.48
N3 0.12 0.22 0.30 0.47 0.14 0.43 0.16 0.69 0.24 0.16 0.26 0.16 0.29 0.16 0.13 0.70 0.51 0.28 0.26 0.43 0.78 0.46
O2 0.10 0.25 0.16 0.46 0.13 0.36 0.13 0.61 0.23 0.13 0.28 0.18 0.29 0.13 0.11 0.57 0.46 0.19 0.28 0.41 0.76 0.44
O2' 0.27 0.51 0.11 0.39 0.35 0.41 0.30 0.54 0.38 0.15 0.49 0.45 0.34 0.16 0.26 0.50 0.34 0.41 0.58 0.81 1.12 0.83
O3' 0.35 0.39 0.50 0.57 0.23 0.54 0.22 0.79 0.32 0.40 0.44 0.27 0.37 0.31 0.31 0.75 0.65 0.40 0.43 0.54 0.81 0.51
O4 0.16 0.19 0.47 0.48 0.16 0.54 0.18 0.83 0.22 0.20 0.22 0.16 0.24 0.17 0.16 0.84 0.56 0.43 0.27 0.47 0.82 0.54
O4' 0.05 0.28 0.29 0.43 0.14 0.47 0.17 0.80 0.28 0.08 0.33 0.19 0.36 0.10 0.07 0.83 0.52 0.30 0.28 0.53 0.84 0.54
O5' 0.31 0.24 0.66 0.58 0.21 0.59 0.20 0.90 0.25 0.31 0.29 0.20 0.31 0.24 0.27 1.11 0.73 0.40 0.31 0.69 0.97 0.68
OP1 0.27 0.21 0.73 0.53 0.15 0.53 0.16 0.84 0.23 0.25 0.27 0.14 0.31 0.18 0.22 1.22 0.67 0.39 0.20 0.66 0.85 0.61
OP2 0.25 0.15 0.81 0.51 0.04 0.49 0.06 0.83 0.20 0.19 0.23 0.02 0.31 0.08 0.17 1.31 0.66 0.36 0.18 0.67 0.86 0.62
P 0.25 0.16 0.73 0.50 0.10 0.51 0.10 0.86 0.19 0.21 0.23 0.10 0.28 0.12 0.19 1.25 0.65 0.35 0.24 0.70 0.91 0.66

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.05 0.23 0.01 0.36 0.45 0.38 0.33
C2 0.04 0.00 0.40 0.36 0.01 0.13 0.02 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.26 0.29 0.24 0.39 0.45 0.58 0.42
C2' 0.01 0.40 0.00 0.01 0.21 0.02 0.10 0.10 0.19 0.19 0.32 0.39 0.13 0.09 0.02 0.00 0.04 0.02 0.41 0.51 0.48 0.38
C3' 0.03 0.36 0.01 0.00 0.32 0.01 0.37 0.01 0.40 0.28 0.40 0.31 0.41 0.35 0.24 0.03 0.01 0.02 0.16 0.34 0.14 0.09
C4 0.02 0.01 0.21 0.32 0.00 0.08 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.23 0.12 0.39 0.43 0.58 0.41
C4' 0.02 0.13 0.02 0.01 0.08 0.00 0.14 0.00 0.12 0.27 0.11 0.13 0.15 0.25 0.12 0.27 0.03 0.01 0.01 0.34 0.12 0.14
C5 0.01 0.02 0.10 0.37 0.00 0.14 0.00 0.28 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.27 0.04 0.41 0.45 0.70 0.46
C5' 0.03 0.19 0.10 0.01 0.18 0.00 0.28 0.00 0.26 0.42 0.21 0.18 0.31 0.42 0.20 0.18 0.16 0.01 0.00 0.31 0.27 0.01
C6 0.02 0.01 0.19 0.40 0.01 0.12 0.00 0.26 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.19 0.31 0.09 0.41 0.46 0.73 0.49
C8 0.02 0.01 0.19 0.28 0.01 0.27 0.01 0.42 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.45 0.21 0.19 0.42 0.45 0.67 0.46
N1 0.03 0.00 0.32 0.40 0.01 0.11 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.15 0.31 0.18 0.39 0.44 0.66 0.46
N3 0.04 0.00 0.39 0.31 0.00 0.13 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.26 0.27 0.24 0.38 0.45 0.51 0.39
N6 0.01 0.01 0.13 0.41 0.01 0.15 0.01 0.31 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.27 0.33 0.06 0.43 0.50 0.82 0.54
N7 0.01 0.02 0.09 0.35 0.01 0.25 0.01 0.42 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.43 0.27 0.12 0.43 0.49 0.76 0.51
N9 0.00 0.01 0.02 0.24 0.00 0.12 0.01 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.20 0.16 0.02 0.39 0.42 0.53 0.38
O2' 0.05 0.26 0.00 0.03 0.10 0.27 0.24 0.18 0.19 0.45 0.15 0.26 0.27 0.43 0.20 0.00 0.03 0.23 0.21 0.51 0.30 0.28
O3' 0.23 0.29 0.04 0.01 0.23 0.03 0.27 0.16 0.31 0.21 0.31 0.27 0.33 0.27 0.16 0.03 0.00 0.12 0.40 0.42 0.45 0.36
O4' 0.01 0.24 0.02 0.02 0.12 0.01 0.04 0.01 0.09 0.19 0.18 0.24 0.06 0.12 0.02 0.23 0.12 0.00 0.33 0.41 0.32 0.31
O5' 0.36 0.39 0.41 0.16 0.39 0.01 0.41 0.00 0.41 0.42 0.39 0.38 0.43 0.43 0.39 0.21 0.40 0.33 0.00 0.01 0.03 0.00
OP1 0.45 0.45 0.51 0.34 0.43 0.34 0.45 0.31 0.46 0.45 0.44 0.45 0.50 0.49 0.42 0.51 0.42 0.41 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.38 0.58 0.48 0.14 0.58 0.12 0.70 0.27 0.73 0.67 0.66 0.51 0.82 0.76 0.53 0.30 0.45 0.32 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.33 0.42 0.38 0.09 0.41 0.14 0.46 0.01 0.49 0.46 0.46 0.39 0.54 0.51 0.38 0.28 0.36 0.31 0.00 0.00 0.00 0.00