ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53383

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.005, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.003, 0.007, 0.012, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.006
O2 A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.019 std_dev=0.014
O4' A 0, 0.008, 0.023, 0.038, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.023 std_dev=0.015
O4 A 0, 0.004, 0.028, 0.053, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.028 std_dev=0.024
C4' A 0, 0.012, 0.042, 0.071, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.042 std_dev=0.030
C3' A 0, 0.008, 0.043, 0.078, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.043 std_dev=0.035
C2' A 0, 0.005, 0.042, 0.078, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.042 std_dev=0.037
C5' A 0, 0.022, 0.073, 0.124, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.073 std_dev=0.051
O5' A 0, 0.024, 0.077, 0.129, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.077 std_dev=0.052
O3' A 0, 0.013, 0.070, 0.126, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.070 std_dev=0.057
P A 0, 0.028, 0.099, 0.169, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.099 std_dev=0.071
O2' A 0, 0.035, 0.114, 0.193, 0.223 max_d=0.223 avg_d=0.114 std_dev=0.079
OP2 A 0, 0.037, 0.134, 0.232, 0.264 max_d=0.264 avg_d=0.134 std_dev=0.098
OP1 A 0, 0.018, 0.118, 0.218, 0.252 max_d=0.252 avg_d=0.118 std_dev=0.100
N6 B 0, 0.060, 0.164, 0.267, 0.259 max_d=0.259 avg_d=0.164 std_dev=0.104
N1 B 0, 0.059, 0.168, 0.276, 0.275 max_d=0.275 avg_d=0.168 std_dev=0.109
C6 B 0, 0.054, 0.167, 0.280, 0.284 max_d=0.284 avg_d=0.167 std_dev=0.113
C2 B 0, 0.058, 0.188, 0.317, 0.316 max_d=0.316 avg_d=0.188 std_dev=0.129
C5 B 0, 0.060, 0.204, 0.348, 0.384 max_d=0.384 avg_d=0.204 std_dev=0.144
N3 B 0, 0.050, 0.203, 0.357, 0.369 max_d=0.369 avg_d=0.203 std_dev=0.154
C4 B 0, 0.061, 0.219, 0.376, 0.415 max_d=0.415 avg_d=0.219 std_dev=0.158
N7 B 0, 0.080, 0.256, 0.431, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.256 std_dev=0.176
N9 B 0, 0.081, 0.276, 0.470, 0.540 max_d=0.540 avg_d=0.276 std_dev=0.195
C2' B 0, 0.108, 0.310, 0.511, 0.557 max_d=0.557 avg_d=0.310 std_dev=0.202
C8 B 0, 0.093, 0.301, 0.509, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.301 std_dev=0.208
O2' B 0, 0.121, 0.330, 0.540, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.330 std_dev=0.209
C1' B 0, 0.086, 0.306, 0.526, 0.619 max_d=0.619 avg_d=0.306 std_dev=0.220
O4' B 0, 0.073, 0.317, 0.561, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.317 std_dev=0.244
O5' B 0, 0.129, 0.377, 0.624, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.377 std_dev=0.247
P B 0, 0.119, 0.374, 0.629, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.374 std_dev=0.255
C3' B 0, 0.122, 0.383, 0.643, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.383 std_dev=0.260
OP1 B 0, 0.143, 0.405, 0.667, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.405 std_dev=0.262
OP2 B 0, 0.143, 0.411, 0.679, 0.739 max_d=0.739 avg_d=0.411 std_dev=0.268
C4' B 0, 0.096, 0.367, 0.638, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.367 std_dev=0.271
C5' B 0, 0.097, 0.371, 0.645, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.371 std_dev=0.274
O3' B 0, 0.128, 0.431, 0.733, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.431 std_dev=0.303

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.04 0.03
C2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.05 0.06 0.05
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02
C4 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.06 0.06 0.09 0.07
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01
C5 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.06 0.06 0.08 0.07
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.05 0.05 0.05
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.05 0.04
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.06 0.08 0.06
O2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.05 0.05 0.06 0.05
O2' 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.06 0.04 0.04
O3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.05 0.03
O4 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.07 0.07 0.10 0.08
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.04 0.04
O5' 0.03 0.05 0.02 0.02 0.06 0.01 0.06 0.01 0.05 0.04 0.06 0.05 0.03 0.02 0.07 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.04 0.05 0.03 0.02 0.06 0.03 0.06 0.03 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.03 0.07 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.04 0.06 0.03 0.03 0.09 0.02 0.08 0.01 0.05 0.05 0.08 0.06 0.04 0.05 0.10 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.05 0.02 0.02 0.07 0.01 0.07 0.01 0.05 0.04 0.06 0.05 0.04 0.03 0.08 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.05 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.03 0.05 0.04 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.05 0.05 0.09 0.06 0.01
C2 0.02 0.07 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.06 0.02 0.07 0.05 0.06 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.04 0.09 0.06 0.02
C2' 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.06 0.02 0.04 0.03 0.03 0.02 0.04 0.04 0.01 0.04 0.06 0.06 0.09 0.04 0.00
C3' 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.06 0.03 0.07 0.02 0.05 0.03 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.04 0.07 0.06 0.09 0.06 0.01
C4 0.06 0.10 0.06 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.10 0.06 0.10 0.09 0.11 0.07 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.11 0.11 0.06
C4' 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.05 0.03 0.06 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.06 0.06 0.10 0.07 0.02
C5 0.06 0.09 0.06 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.09 0.06 0.09 0.08 0.09 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.13 0.12 0.07
C5' 0.05 0.04 0.03 0.05 0.04 0.07 0.04 0.08 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.02 0.04 0.08 0.07 0.09 0.11 0.05
C6 0.04 0.07 0.04 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.07 0.04 0.08 0.06 0.07 0.05 0.05 0.04 0.03 0.06 0.05 0.12 0.09 0.05
N1 0.03 0.06 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.03 0.06 0.05 0.06 0.03 0.03 0.03 0.01 0.05 0.04 0.10 0.07 0.02
N3 0.04 0.09 0.04 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.09 0.03 0.09 0.07 0.10 0.04 0.05 0.04 0.03 0.05 0.04 0.09 0.08 0.03
O2 0.03 0.06 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.06 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.03 0.04 0.06 0.08 0.06 0.04
O2' 0.05 0.04 0.04 0.05 0.05 0.06 0.05 0.07 0.04 0.05 0.04 0.05 0.03 0.05 0.05 0.02 0.05 0.07 0.07 0.09 0.04 0.01
O3' 0.05 0.02 0.04 0.05 0.03 0.07 0.03 0.08 0.01 0.05 0.02 0.02 0.01 0.05 0.05 0.02 0.05 0.08 0.07 0.09 0.06 0.01
O4 0.08 0.11 0.08 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.09 0.11 0.10 0.11 0.10 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.12 0.14 0.08
O4' 0.02 0.05 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.02 0.05 0.04 0.04 0.02 0.03 0.03 0.01 0.05 0.05 0.10 0.07 0.02
O5' 0.06 0.04 0.05 0.06 0.05 0.09 0.05 0.10 0.04 0.06 0.04 0.05 0.04 0.06 0.06 0.03 0.05 0.10 0.09 0.08 0.14 0.07
OP1 0.05 0.03 0.04 0.06 0.04 0.09 0.04 0.11 0.03 0.05 0.03 0.03 0.03 0.05 0.05 0.02 0.05 0.10 0.09 0.09 0.16 0.08
OP2 0.08 0.05 0.06 0.08 0.06 0.12 0.06 0.14 0.05 0.08 0.05 0.06 0.05 0.07 0.07 0.03 0.07 0.12 0.12 0.09 0.20 0.12
P 0.06 0.04 0.04 0.06 0.05 0.09 0.05 0.12 0.04 0.06 0.04 0.04 0.04 0.05 0.06 0.02 0.05 0.10 0.10 0.08 0.17 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.07 0.03
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.06 0.06 0.12 0.15 0.11
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.04 0.03
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.04 0.09 0.11 0.08
C4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.11 0.08 0.06
C5' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.06 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.12 0.10 0.08
C8 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.02 0.07 0.06 0.03
N1 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.04 0.05 0.13 0.14 0.10
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.06 0.06 0.10 0.14 0.10
N6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.14 0.08 0.08
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.10 0.05 0.04
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.06 0.07 0.04
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.04 0.06 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.06 0.05 0.04
O3' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01
O4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.06 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.07 0.02
O5' 0.03 0.06 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.05 0.06 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.03 0.12 0.04 0.04 0.09 0.02 0.11 0.03 0.12 0.07 0.13 0.10 0.14 0.10 0.06 0.06 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.15 0.04 0.05 0.11 0.06 0.08 0.05 0.10 0.06 0.14 0.14 0.08 0.05 0.07 0.05 0.05 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.11 0.03 0.02 0.08 0.01 0.06 0.01 0.08 0.03 0.10 0.10 0.08 0.04 0.04 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00