Doublet Group distance statistics: 53385

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N3	A	0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N1	A	0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C6	A	0, 0.003, 0.017, 0.032, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.014
C4	A	0, 0.003, 0.017, 0.032, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.017 std_dev=0.015
C1'	A	0, 0.004, 0.019, 0.035, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.015
C2	A	0, 0.003, 0.019, 0.035, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.016
O2	A	0, 0.010, 0.057, 0.103, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.057 std_dev=0.046
O4	A	0, 0.011, 0.078, 0.145, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.078 std_dev=0.067
C4	B	0, 0.040, 0.143, 0.247, 0.241 max_d=0.241 avg_d=0.143 std_dev=0.104
N9	B	0, 0.034, 0.172, 0.310, 0.339 max_d=0.339 avg_d=0.172 std_dev=0.138
N3	B	0, 0.066, 0.250, 0.434, 0.437 max_d=0.437 avg_d=0.250 std_dev=0.184
C2'	A	0, 0.021, 0.209, 0.397, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.209 std_dev=0.188
O4'	A	0, 0.008, 0.205, 0.403, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.205 std_dev=0.198
O2'	A	0, 0.033, 0.249, 0.465, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.249 std_dev=0.216
C5	B	0, -0.012, 0.217, 0.447, 0.535 max_d=0.535 avg_d=0.217 std_dev=0.230
C8	B	0, -0.022, 0.211, 0.444, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.211 std_dev=0.233
C4'	A	0, 0.035, 0.316, 0.597, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.316 std_dev=0.281
C2	B	0, 0.066, 0.350, 0.634, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.350 std_dev=0.284
C1'	B	0, 0.032, 0.340, 0.648, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.340 std_dev=0.308
C3'	A	0, 0.034, 0.344, 0.653, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.344 std_dev=0.309
N7	B	0, -0.080, 0.234, 0.547, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.234 std_dev=0.313
C6	B	0, 0.002, 0.352, 0.702, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.352 std_dev=0.350
N1	B	0, 0.041, 0.402, 0.763, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.402 std_dev=0.361
OP2	B	0, 0.126, 0.520, 0.914, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.520 std_dev=0.394
O3'	A	0, 0.069, 0.479, 0.889, 1.001 max_d=1.001 avg_d=0.479 std_dev=0.410
C2'	B	0, -0.029, 0.389, 0.807, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.389 std_dev=0.418
O4'	B	0, 0.039, 0.504, 0.969, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.504 std_dev=0.465
N6	B	0, -0.006, 0.488, 0.981, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.488 std_dev=0.494
C5'	A	0, -0.024, 0.503, 1.029, 1.230 max_d=1.230 avg_d=0.503 std_dev=0.527
C4'	B	0, -0.011, 0.617, 1.245, 1.478 max_d=1.478 avg_d=0.617 std_dev=0.628
O5'	A	0, -0.152, 0.486, 1.125, 1.388 max_d=1.388 avg_d=0.486 std_dev=0.638
O5'	B	0, 0.041, 0.680, 1.320, 1.537 max_d=1.537 avg_d=0.680 std_dev=0.640
P	A	0, -0.180, 0.524, 1.228, 1.520 max_d=1.520 avg_d=0.524 std_dev=0.704
P	B	0, 0.058, 0.768, 1.479, 1.713 max_d=1.713 avg_d=0.768 std_dev=0.710
OP2	A	0, -0.147, 0.578, 1.304, 1.601 max_d=1.601 avg_d=0.578 std_dev=0.725
OP1	A	0, -0.186, 0.541, 1.268, 1.569 max_d=1.569 avg_d=0.541 std_dev=0.727
C3'	B	0, -0.102, 0.694, 1.489, 1.808 max_d=1.808 avg_d=0.694 std_dev=0.796
C5'	B	0, -0.063, 0.813, 1.689, 2.029 max_d=2.029 avg_d=0.813 std_dev=0.876
O2'	B	0, -0.230, 0.820, 1.870, 2.302 max_d=2.302 avg_d=0.820 std_dev=1.050
OP1	B	0, -0.030, 1.153, 2.336, 2.779 max_d=2.779 avg_d=1.153 std_dev=1.183
O3'	B	0, -0.209, 1.038, 2.285, 2.792 max_d=2.792 avg_d=1.038 std_dev=1.247

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.02	0.04	0.00	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.11	0.09
C2	0.02	0.00	0.03	0.04	0.00	0.02	0.01	0.04	0.01	0.01	0.00	0.00	0.02	0.04	0.00	0.02	0.07	0.08	0.20	0.15
C2'	0.00	0.03	0.00	0.00	0.06	0.00	0.08	0.01	0.08	0.03	0.04	0.08	0.00	0.01	0.07	0.00	0.04	0.05	0.07	0.06
C3'	0.01	0.04	0.00	0.00	0.08	0.00	0.13	0.02	0.13	0.04	0.04	0.09	0.01	0.00	0.09	0.01	0.05	0.09	0.03	0.03
C4	0.01	0.00	0.06	0.08	0.00	0.02	0.00	0.03	0.00	0.01	0.00	0.00	0.05	0.11	0.00	0.00	0.04	0.11	0.21	0.17
C4'	0.00	0.02	0.00	0.00	0.02	0.00	0.03	0.00	0.04	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.03	0.00	0.01	0.05	0.03	0.03
C5	0.00	0.01	0.08	0.13	0.00	0.03	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.05	0.16	0.00	0.02	0.02	0.07	0.15	0.13
C5'	0.01	0.04	0.01	0.02	0.03	0.00	0.00	0.00	0.02	0.01	0.04	0.04	0.02	0.02	0.04	0.00	0.01	0.04	0.01	0.01
C6	0.00	0.01	0.08	0.13	0.00	0.04	0.00	0.02	0.00	0.00	0.00	0.01	0.05	0.15	0.00	0.02	0.04	0.03	0.11	0.10
N1	0.00	0.01	0.03	0.04	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.02	0.02	0.05	0.01	0.00	0.02	0.04	0.15	0.12
N3	0.02	0.00	0.04	0.04	0.00	0.02	0.00	0.04	0.00	0.01	0.00	0.00	0.03	0.06	0.00	0.01	0.08	0.11	0.23	0.18
O2	0.04	0.00	0.08	0.09	0.00	0.02	0.01	0.04	0.01	0.02	0.00	0.00	0.04	0.10	0.00	0.05	0.09	0.08	0.21	0.15
O2'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.05	0.02	0.05	0.02	0.05	0.02	0.03	0.04	0.00	0.01	0.06	0.00	0.03	0.08	0.06	0.04
O3'	0.01	0.04	0.01	0.00	0.11	0.01	0.16	0.02	0.15	0.05	0.06	0.10	0.01	0.00	0.13	0.00	0.05	0.15	0.06	0.05
O4	0.01	0.00	0.07	0.09	0.00	0.03	0.00	0.04	0.00	0.01	0.00	0.00	0.06	0.13	0.00	0.01	0.05	0.14	0.23	0.18
O4'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.00	0.00	0.02	0.00	0.02	0.00	0.01	0.05	0.00	0.00	0.01	0.00	0.02	0.02	0.07	0.07
O5'	0.02	0.07	0.04	0.05	0.04	0.01	0.02	0.01	0.04	0.02	0.08	0.09	0.03	0.05	0.05	0.02	0.00	0.00	0.01	0.00
OP1	0.01	0.08	0.05	0.09	0.11	0.05	0.07	0.04	0.03	0.04	0.11	0.08	0.08	0.15	0.14	0.02	0.00	0.00	0.01	0.00
OP2	0.11	0.20	0.07	0.03	0.21	0.03	0.15	0.01	0.11	0.15	0.23	0.21	0.06	0.06	0.23	0.07	0.01	0.01	0.00	0.01
P	0.09	0.15	0.06	0.03	0.17	0.03	0.13	0.01	0.10	0.12	0.18	0.15	0.04	0.05	0.18	0.07	0.00	0.00	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.06	0.22	0.08	0.44	0.07	0.19	0.11	0.06	0.24	0.10	0.28	0.13	0.31	0.02	0.03	0.44	0.51	0.15	0.49	0.20	0.07	0.31
C2	0.10	0.20	0.03	0.48	0.06	0.24	0.12	0.11	0.26	0.12	0.27	0.11	0.35	0.00	0.06	0.34	0.50	0.19	0.50	0.30	0.08	0.36
C2'	0.16	0.10	0.04	0.50	0.04	0.28	0.02	0.16	0.10	0.20	0.15	0.02	0.17	0.14	0.14	0.35	0.50	0.25	0.49	0.27	0.05	0.35
C3'	0.18	0.06	0.05	0.52	0.07	0.30	0.04	0.19	0.06	0.19	0.10	0.02	0.12	0.13	0.15	0.32	0.54	0.27	0.49	0.22	0.04	0.33
C4	0.12	0.19	0.08	0.62	0.10	0.33	0.21	0.25	0.30	0.02	0.28	0.11	0.39	0.18	0.03	0.09	0.72	0.20	0.42	0.17	0.09	0.27
C4'	0.10	0.16	0.07	0.46	0.02	0.23	0.05	0.11	0.16	0.13	0.20	0.07	0.22	0.06	0.07	0.41	0.55	0.20	0.46	0.10	0.09	0.25
C5	0.11	0.20	0.06	0.61	0.10	0.30	0.19	0.21	0.29	0.03	0.28	0.11	0.39	0.15	0.03	0.13	0.76	0.19	0.37	0.03	0.10	0.20
C5'	0.12	0.12	0.06	0.49	0.01	0.26	0.03	0.15	0.13	0.14	0.17	0.04	0.19	0.06	0.09	0.36	0.62	0.24	0.39	0.02	0.14	0.16
C6	0.09	0.20	0.03	0.56	0.09	0.26	0.16	0.15	0.27	0.05	0.28	0.11	0.37	0.09	0.03	0.24	0.69	0.18	0.41	0.06	0.09	0.22
N1	0.08	0.21	0.04	0.50	0.07	0.23	0.13	0.10	0.26	0.09	0.27	0.12	0.35	0.03	0.04	0.34	0.57	0.17	0.47	0.19	0.07	0.30
N3	0.12	0.20	0.04	0.55	0.08	0.29	0.18	0.18	0.29	0.07	0.27	0.11	0.38	0.11	0.04	0.21	0.57	0.21	0.49	0.31	0.09	0.36
O2	0.09	0.19	0.05	0.42	0.04	0.21	0.07	0.07	0.22	0.17	0.25	0.10	0.30	0.11	0.08	0.43	0.37	0.19	0.53	0.39	0.09	0.40
O2'	0.13	0.13	0.03	0.46	0.03	0.25	0.03	0.11	0.10	0.20	0.17	0.04	0.16	0.15	0.13	0.42	0.44	0.22	0.50	0.30	0.06	0.36
O3'	0.20	0.01	0.07	0.52	0.10	0.32	0.09	0.21	0.01	0.22	0.05	0.06	0.05	0.17	0.18	0.31	0.51	0.30	0.51	0.28	0.03	0.37
O4	0.14	0.18	0.14	0.69	0.11	0.39	0.23	0.37	0.30	0.06	0.27	0.10	0.39	0.24	0.02	0.06	0.78	0.22	0.37	0.17	0.11	0.26
O4'	0.02	0.24	0.13	0.41	0.10	0.16	0.13	0.03	0.25	0.06	0.29	0.16	0.31	0.02	0.00	0.48	0.53	0.12	0.47	0.10	0.08	0.25
O5'	0.17	0.06	0.04	0.53	0.05	0.31	0.02	0.21	0.09	0.15	0.11	0.03	0.16	0.07	0.13	0.26	0.68	0.28	0.37	0.05	0.15	0.13
OP1	0.24	0.06	0.08	0.64	0.08	0.41	0.03	0.35	0.10	0.18	0.12	0.05	0.18	0.08	0.17	0.15	0.83	0.36	0.19	0.30	0.33	0.09
OP2	0.34	0.12	0.20	0.74	0.19	0.51	0.13	0.45	0.08	0.26	0.09	0.19	0.12	0.16	0.27	0.05	0.95	0.45	0.10	0.36	0.36	0.15
P	0.26	0.05	0.10	0.66	0.12	0.42	0.07	0.34	0.07	0.21	0.08	0.10	0.13	0.12	0.20	0.11	0.86	0.37	0.18	0.29	0.31	0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.08	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.28	0.00	0.37	0.86	0.16	0.49
C2	0.01	0.00	0.08	0.05	0.00	0.01	0.00	0.09	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.39	0.43	0.04	0.57	0.96	0.30	0.67
C2'	0.00	0.08	0.00	0.00	0.07	0.01	0.10	0.23	0.11	0.06	0.10	0.05	0.13	0.09	0.05	0.00	0.02	0.02	0.14	0.53	0.04	0.24
C3'	0.01	0.05	0.00	0.00	0.05	0.00	0.12	0.01	0.08	0.23	0.03	0.05	0.12	0.21	0.11	0.01	0.00	0.01	0.32	0.32	0.31	0.11
C4	0.00	0.00	0.07	0.05	0.00	0.01	0.00	0.11	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.32	0.26	0.02	0.62	0.95	0.31	0.69
C4'	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.23	0.02	0.00	0.02	0.69	0.04	0.20
C5	0.00	0.00	0.10	0.12	0.00	0.02	0.00	0.12	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.38	0.14	0.03	0.75	0.95	0.37	0.77
C5'	0.08	0.09	0.23	0.01	0.11	0.01	0.12	0.00	0.12	0.14	0.11	0.09	0.13	0.14	0.11	0.01	0.23	0.02	0.01	0.40	0.21	0.02
C6	0.00	0.00	0.11	0.08	0.00	0.02	0.00	0.12	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.45	0.20	0.04	0.75	0.96	0.39	0.78
C8	0.00	0.00	0.06	0.23	0.00	0.02	0.00	0.14	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.22	0.06	0.01	0.78	0.92	0.37	0.76
N1	0.01	0.00	0.10	0.03	0.00	0.01	0.00	0.11	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.45	0.33	0.04	0.67	0.97	0.35	0.74
N3	0.01	0.00	0.05	0.05	0.00	0.01	0.00	0.09	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.31	0.43	0.03	0.52	0.94	0.26	0.63
N6	0.00	0.00	0.13	0.12	0.01	0.02	0.01	0.13	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.48	0.13	0.05	0.80	0.94	0.42	0.81
N7	0.00	0.00	0.09	0.21	0.00	0.02	0.00	0.14	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.32	0.03	0.01	0.83	0.93	0.41	0.81
N9	0.00	0.00	0.05	0.11	0.00	0.01	0.00	0.11	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.20	0.15	0.00	0.61	0.92	0.28	0.66
O2'	0.01	0.39	0.00	0.01	0.32	0.23	0.38	0.01	0.45	0.22	0.45	0.31	0.48	0.32	0.20	0.00	0.02	0.15	0.20	0.15	0.22	0.11
O3'	0.28	0.43	0.02	0.00	0.26	0.02	0.14	0.23	0.20	0.06	0.33	0.43	0.13	0.03	0.15	0.02	0.00	0.21	0.78	0.14	0.63	0.49
O4'	0.00	0.04	0.02	0.01	0.02	0.00	0.03	0.02	0.04	0.01	0.04	0.03	0.05	0.01	0.00	0.15	0.21	0.00	0.43	1.00	0.19	0.57
O5'	0.37	0.57	0.14	0.32	0.62	0.02	0.75	0.01	0.75	0.78	0.67	0.52	0.80	0.83	0.61	0.20	0.78	0.43	0.00	0.02	0.00	0.00
OP1	0.86	0.96	0.53	0.32	0.95	0.69	0.95	0.40	0.96	0.92	0.97	0.94	0.94	0.93	0.92	0.15	0.14	1.00	0.02	0.00	0.00	0.00
OP2	0.16	0.30	0.04	0.31	0.31	0.04	0.37	0.21	0.39	0.37	0.35	0.26	0.42	0.41	0.28	0.22	0.63	0.19	0.00	0.00	0.00	0.00
P	0.49	0.67	0.24	0.11	0.69	0.20	0.77	0.02	0.78	0.76	0.74	0.63	0.81	0.81	0.66	0.11	0.49	0.57	0.00	0.00	0.00	0.00