ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53386

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C5 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
O4 A 0, 0.000, 0.056, 0.112, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.056 std_dev=0.056
C4 B 0, 0.000, 0.392, 0.785, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.392 std_dev=0.392
C1' B 0, 0.000, 0.399, 0.797, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.399 std_dev=0.399
C6 B 0, 0.000, 0.406, 0.812, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.406 std_dev=0.406
C5 B 0, 0.000, 0.413, 0.827, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.413 std_dev=0.413
N9 B 0, 0.000, 0.414, 0.829, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.414 std_dev=0.414
N6 B 0, 0.000, 0.426, 0.852, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.426 std_dev=0.426
N3 B 0, 0.000, 0.442, 0.885, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.442 std_dev=0.442
OP1 B 0, 0.000, 0.454, 0.909, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.454 std_dev=0.454
N1 B 0, 0.000, 0.459, 0.919, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.459 std_dev=0.459
C2 B 0, 0.000, 0.500, 1.000, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.500 std_dev=0.500
C8 B 0, 0.000, 0.510, 1.021, 1.021 max_d=1.021 avg_d=0.510 std_dev=0.510
N7 B 0, 0.000, 0.512, 1.024, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.512 std_dev=0.512
O3' A 0, 0.000, 0.557, 1.114, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.557 std_dev=0.557
C2' B 0, 0.000, 0.581, 1.161, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.581 std_dev=0.581
P B 0, 0.000, 0.626, 1.253, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.626 std_dev=0.626
O2' B 0, 0.000, 0.630, 1.260, 1.260 max_d=1.260 avg_d=0.630 std_dev=0.630
O4' B 0, 0.000, 0.649, 1.298, 1.298 max_d=1.298 avg_d=0.649 std_dev=0.649
C4' B 0, 0.000, 0.758, 1.515, 1.515 max_d=1.515 avg_d=0.758 std_dev=0.758
C3' B 0, 0.000, 0.802, 1.605, 1.605 max_d=1.605 avg_d=0.802 std_dev=0.802
OP2 B 0, 0.000, 0.891, 1.781, 1.781 max_d=1.781 avg_d=0.891 std_dev=0.891
C3' A 0, 0.000, 0.960, 1.919, 1.919 max_d=1.919 avg_d=0.960 std_dev=0.960
O3' B 0, 0.000, 0.982, 1.964, 1.964 max_d=1.964 avg_d=0.982 std_dev=0.982
O5' B 0, 0.000, 0.994, 1.989, 1.989 max_d=1.989 avg_d=0.994 std_dev=0.994
O4' A 0, 0.000, 1.168, 2.337, 2.337 max_d=2.337 avg_d=1.168 std_dev=1.168
C2' A 0, 0.000, 1.183, 2.367, 2.367 max_d=2.367 avg_d=1.183 std_dev=1.183
C5' B 0, 0.000, 1.265, 2.530, 2.530 max_d=2.530 avg_d=1.265 std_dev=1.265
C4' A 0, 0.000, 1.345, 2.691, 2.691 max_d=2.691 avg_d=1.345 std_dev=1.345
O2' A 0, 0.000, 2.026, 4.052, 4.052 max_d=4.052 avg_d=2.026 std_dev=2.026
O5' A 0, 0.000, 2.531, 5.063, 5.063 max_d=5.063 avg_d=2.531 std_dev=2.531
C5' A 0, 0.000, 2.595, 5.189, 5.189 max_d=5.189 avg_d=2.595 std_dev=2.595
OP1 A 0, 0.000, 2.652, 5.304, 5.304 max_d=5.304 avg_d=2.652 std_dev=2.652
P A 0, 0.000, 2.848, 5.697, 5.697 max_d=5.697 avg_d=2.848 std_dev=2.848
OP2 A 0, 0.000, 3.147, 6.293, 6.293 max_d=6.293 avg_d=3.147 std_dev=3.147

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.43 0.15 0.15
C2 0.00 0.00 0.26 0.09 0.01 0.16 0.01 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.48 0.07 0.01 0.28 0.12 0.24 0.29 0.01
C2' 0.00 0.26 0.00 0.00 0.02 0.01 0.17 0.03 0.24 0.02 0.20 0.45 0.00 0.00 0.04 0.00 0.35 0.04 0.59 0.27
C3' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.08 0.16 0.01 0.00 0.02 0.00 0.32 0.01 0.40 0.20
C4 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.00 0.12 0.43 0.13 0.22
C4' 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00 0.14 0.01 0.17 0.00 0.11 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.38 0.07 0.18
C5 0.00 0.01 0.17 0.05 0.00 0.14 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.01 0.33 0.10 0.00 0.21 0.27 0.61 0.02 0.41
C5' 0.02 0.20 0.03 0.01 0.01 0.01 0.18 0.00 0.21 0.01 0.15 0.36 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.08 0.01
C6 0.00 0.00 0.24 0.07 0.00 0.17 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.01 0.42 0.11 0.00 0.28 0.25 0.64 0.01 0.42
N1 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.43 0.16 0.18
N3 0.00 0.00 0.20 0.08 0.00 0.11 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01 0.36 0.04 0.01 0.19 0.04 0.28 0.26 0.04
O2 0.00 0.00 0.45 0.16 0.01 0.30 0.01 0.36 0.01 0.01 0.01 0.00 0.90 0.16 0.01 0.50 0.26 0.08 0.39 0.17
O2' 0.00 0.48 0.00 0.01 0.03 0.01 0.33 0.03 0.42 0.01 0.36 0.90 0.00 0.01 0.04 0.00 0.40 0.10 0.75 0.35
O3' 0.02 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.10 0.01 0.11 0.02 0.04 0.16 0.01 0.00 0.02 0.03 0.24 0.21 0.25 0.04
O4 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.14 0.42 0.11 0.22
O4' 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00 0.00 0.21 0.00 0.28 0.00 0.19 0.50 0.00 0.03 0.01 0.00 0.16 0.65 0.20 0.41
O5' 0.05 0.12 0.35 0.32 0.12 0.02 0.27 0.00 0.25 0.02 0.04 0.26 0.40 0.24 0.14 0.16 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.43 0.24 0.04 0.01 0.43 0.38 0.61 0.03 0.64 0.43 0.28 0.08 0.10 0.21 0.42 0.65 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.15 0.29 0.59 0.40 0.13 0.07 0.02 0.08 0.01 0.16 0.26 0.39 0.75 0.25 0.11 0.20 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.15 0.01 0.27 0.20 0.22 0.18 0.41 0.01 0.42 0.18 0.04 0.17 0.35 0.04 0.22 0.41 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.26 0.19 0.35 0.42 0.26 0.31 0.28 0.28 0.24 0.32 0.19 0.21 0.25 0.34 0.29 0.29 0.46 0.29 0.64 0.06 0.08 0.18
C2 0.25 0.18 0.36 0.41 0.24 0.27 0.25 0.19 0.20 0.29 0.16 0.21 0.18 0.31 0.26 0.31 0.45 0.24 0.60 0.07 0.02 0.11
C2' 0.21 0.54 0.15 0.03 0.34 0.01 0.31 0.07 0.44 0.09 0.55 0.45 0.42 0.13 0.21 0.24 0.06 0.07 0.47 0.07 0.06 0.11
C3' 0.05 0.25 0.02 0.17 0.10 0.09 0.05 0.14 0.12 0.08 0.23 0.20 0.06 0.09 0.03 0.07 0.20 0.04 0.51 0.10 0.08 0.12
C4 0.20 0.11 0.38 0.50 0.17 0.29 0.16 0.27 0.11 0.25 0.09 0.15 0.08 0.22 0.22 0.29 0.56 0.20 0.63 0.08 0.09 0.17
C4' 0.25 0.32 0.40 0.49 0.33 0.30 0.42 0.26 0.45 0.37 0.39 0.29 0.56 0.44 0.31 0.30 0.55 0.23 0.60 0.15 0.13 0.12
C5 0.20 0.11 0.37 0.52 0.18 0.33 0.19 0.34 0.13 0.28 0.10 0.14 0.12 0.26 0.22 0.26 0.58 0.23 0.65 0.06 0.22 0.24
C5' 0.07 0.17 0.30 0.44 0.20 0.18 0.32 0.18 0.38 0.27 0.28 0.13 0.53 0.38 0.17 0.14 0.53 0.05 0.52 0.22 0.18 0.07
C6 0.22 0.13 0.36 0.49 0.20 0.33 0.22 0.33 0.17 0.30 0.12 0.16 0.17 0.30 0.25 0.27 0.54 0.25 0.65 0.06 0.19 0.23
N1 0.24 0.16 0.36 0.44 0.23 0.30 0.25 0.27 0.20 0.31 0.16 0.19 0.20 0.32 0.27 0.28 0.48 0.26 0.63 0.06 0.08 0.17
N3 0.23 0.15 0.38 0.44 0.21 0.26 0.20 0.18 0.14 0.27 0.12 0.18 0.10 0.27 0.24 0.31 0.49 0.21 0.59 0.08 0.04 0.10
O2 0.26 0.21 0.34 0.35 0.26 0.24 0.27 0.13 0.23 0.27 0.20 0.23 0.22 0.29 0.27 0.32 0.38 0.23 0.57 0.07 0.10 0.07
O2' 0.38 0.96 0.41 0.22 0.65 0.13 0.68 0.00 0.91 0.30 1.04 0.79 0.99 0.42 0.44 0.47 0.21 0.15 0.42 0.00 0.01 0.13
O3' 0.19 0.00 0.20 0.28 0.13 0.27 0.14 0.26 0.06 0.24 0.01 0.06 0.06 0.22 0.19 0.16 0.29 0.28 0.63 0.00 0.07 0.20
O4 0.19 0.10 0.40 0.54 0.15 0.29 0.12 0.27 0.07 0.20 0.07 0.13 0.03 0.15 0.19 0.30 0.61 0.17 0.63 0.08 0.09 0.16
O4' 0.43 0.58 0.59 0.64 0.55 0.43 0.63 0.34 0.68 0.52 0.64 0.54 0.78 0.61 0.50 0.51 0.70 0.37 0.67 0.13 0.13 0.15
O5' 0.10 0.01 0.14 0.30 0.04 0.02 0.17 0.05 0.22 0.12 0.13 0.04 0.38 0.24 0.01 0.04 0.40 0.12 0.36 0.38 0.11 0.05
OP1 0.21 0.05 0.04 0.17 0.08 0.14 0.02 0.16 0.09 0.06 0.04 0.11 0.21 0.03 0.12 0.09 0.29 0.27 0.17 0.60 0.10 0.25
OP2 0.06 0.14 0.35 0.57 0.19 0.23 0.32 0.30 0.35 0.31 0.24 0.10 0.49 0.41 0.18 0.14 0.69 0.05 0.57 0.15 0.49 0.23
P 0.11 0.04 0.17 0.33 0.04 0.00 0.16 0.01 0.22 0.09 0.15 0.01 0.36 0.20 0.00 0.00 0.45 0.16 0.31 0.45 0.11 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.10 0.01 0.43 0.22
C2 0.04 0.00 0.07 0.12 0.00 0.02 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.14 0.04 0.21 0.04 0.41 0.18
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.05 0.08 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.22 0.27 0.18 0.00
C3' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.07 0.00 0.04 0.00 0.07 0.05 0.10 0.11 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.32 0.47 0.03 0.19
C4 0.02 0.00 0.03 0.07 0.00 0.03 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.22 0.06 0.42 0.19
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.03 0.04 0.01 0.05 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.19 0.34 0.11
C5 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01 0.27 0.11 0.42 0.18
C5' 0.02 0.10 0.00 0.00 0.10 0.00 0.13 0.00 0.14 0.11 0.13 0.07 0.16 0.14 0.08 0.02 0.02 0.00 0.00 0.31 0.34 0.00
C6 0.03 0.00 0.02 0.07 0.01 0.05 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.07 0.02 0.27 0.12 0.41 0.17
C8 0.00 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.02 0.27 0.12 0.44 0.19
N1 0.03 0.00 0.05 0.10 0.01 0.04 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.12 0.03 0.25 0.08 0.41 0.18
N3 0.04 0.00 0.08 0.11 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.05 0.19 0.02 0.41 0.18
N6 0.03 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.01 0.29 0.15 0.39 0.16
N7 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.05 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01 0.29 0.15 0.42 0.17
N9 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.21 0.06 0.43 0.20
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.03 0.01 0.05 0.04 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.21 0.24 0.10
O3' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.06 0.01 0.04 0.02 0.07 0.06 0.12 0.12 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.29 0.67 0.13 0.31
O4' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.08 0.51 0.30
O5' 0.10 0.21 0.22 0.32 0.22 0.00 0.27 0.00 0.27 0.27 0.25 0.19 0.29 0.29 0.21 0.06 0.29 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.01 0.04 0.27 0.47 0.06 0.19 0.11 0.31 0.12 0.12 0.08 0.02 0.15 0.15 0.06 0.21 0.67 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.43 0.41 0.18 0.03 0.42 0.34 0.42 0.34 0.41 0.44 0.41 0.41 0.39 0.42 0.43 0.24 0.13 0.51 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.22 0.18 0.00 0.19 0.19 0.11 0.18 0.00 0.17 0.19 0.18 0.18 0.16 0.17 0.20 0.10 0.31 0.30 0.00 0.00 0.00 0.00