ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53387

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
O4 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C2' A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
O2 A 0, 0.000, 0.021, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.021
O4' A 0, 0.000, 0.031, 0.063, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.031 std_dev=0.031
C4 B 0, 0.000, 0.134, 0.267, 0.267 max_d=0.267 avg_d=0.134 std_dev=0.134
C4' A 0, 0.000, 0.148, 0.296, 0.296 max_d=0.296 avg_d=0.148 std_dev=0.148
C5' A 0, 0.000, 0.176, 0.352, 0.352 max_d=0.352 avg_d=0.176 std_dev=0.176
C3' A 0, 0.000, 0.185, 0.369, 0.369 max_d=0.369 avg_d=0.185 std_dev=0.185
C5 B 0, 0.000, 0.186, 0.372, 0.372 max_d=0.372 avg_d=0.186 std_dev=0.186
O2' A 0, 0.000, 0.216, 0.431, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.216 std_dev=0.216
N9 B 0, 0.000, 0.287, 0.575, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.287 std_dev=0.287
O3' A 0, 0.000, 0.300, 0.600, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.300 std_dev=0.300
C6 B 0, 0.000, 0.311, 0.623, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.311 std_dev=0.311
N3 B 0, 0.000, 0.323, 0.647, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.323 std_dev=0.323
N1 B 0, 0.000, 0.351, 0.703, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.351 std_dev=0.351
C2 B 0, 0.000, 0.361, 0.723, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.361 std_dev=0.361
C8 B 0, 0.000, 0.384, 0.767, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.384 std_dev=0.384
N7 B 0, 0.000, 0.387, 0.774, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.387 std_dev=0.387
O5' A 0, 0.000, 0.426, 0.851, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.426 std_dev=0.426
C1' B 0, 0.000, 0.500, 0.999, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.500 std_dev=0.500
N6 B 0, 0.000, 0.536, 1.073, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.536 std_dev=0.536
O4' B 0, 0.000, 0.631, 1.263, 1.263 max_d=1.263 avg_d=0.631 std_dev=0.631
P A 0, 0.000, 0.739, 1.477, 1.477 max_d=1.477 avg_d=0.739 std_dev=0.739
OP1 A 0, 0.000, 0.803, 1.606, 1.606 max_d=1.606 avg_d=0.803 std_dev=0.803
OP2 A 0, 0.000, 1.011, 2.021, 2.021 max_d=2.021 avg_d=1.011 std_dev=1.011
O5' B 0, 0.000, 1.081, 2.162, 2.162 max_d=2.162 avg_d=1.081 std_dev=1.081
C2' B 0, 0.000, 1.147, 2.294, 2.294 max_d=2.294 avg_d=1.147 std_dev=1.147
P B 0, 0.000, 1.193, 2.386, 2.386 max_d=2.386 avg_d=1.193 std_dev=1.193
C4' B 0, 0.000, 1.221, 2.441, 2.441 max_d=2.441 avg_d=1.221 std_dev=1.221
OP2 B 0, 0.000, 1.293, 2.586, 2.586 max_d=2.586 avg_d=1.293 std_dev=1.293
O2' B 0, 0.000, 1.388, 2.775, 2.775 max_d=2.775 avg_d=1.388 std_dev=1.388
C3' B 0, 0.000, 1.444, 2.888, 2.888 max_d=2.888 avg_d=1.444 std_dev=1.444
OP1 B 0, 0.000, 1.563, 3.126, 3.126 max_d=3.126 avg_d=1.563 std_dev=1.563
C5' B 0, 0.000, 1.751, 3.501, 3.501 max_d=3.501 avg_d=1.751 std_dev=1.751
O3' B 0, 0.000, 1.956, 3.913, 3.913 max_d=3.913 avg_d=1.956 std_dev=1.956

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03
C2 0.02 0.00 0.02 0.06 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.06 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.04
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.12 0.16 0.10
C3' 0.02 0.06 0.00 0.00 0.10 0.00 0.11 0.02 0.10 0.06 0.09 0.03 0.00 0.00 0.11 0.00 0.14 0.18 0.19 0.15
C4 0.01 0.00 0.01 0.10 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.13 0.00 0.00 0.09 0.06 0.04 0.04
C4' 0.00 0.02 0.02 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.06 0.03 0.04 0.01 0.07 0.00 0.06 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.01 0.11 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.13 0.00 0.01 0.10 0.07 0.03 0.03
C5' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.01 0.08 0.00 0.06 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01
C6 0.00 0.00 0.00 0.10 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.00 0.01 0.08 0.04 0.01 0.03
N1 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03
N3 0.01 0.00 0.02 0.09 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.10 0.00 0.01 0.06 0.04 0.03 0.04
O2 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04
O2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.05 0.07 0.02 0.06 0.00 0.04 0.08 0.13 0.00 0.00 0.06 0.06 0.02 0.02 0.07 0.00
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.13 0.00 0.13 0.01 0.11 0.06 0.10 0.02 0.00 0.00 0.14 0.00 0.17 0.26 0.25 0.21
O4 0.01 0.00 0.01 0.11 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.14 0.00 0.00 0.10 0.07 0.05 0.04
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.00 0.00 0.06 0.07 0.08 0.09
O5' 0.01 0.04 0.10 0.14 0.09 0.02 0.10 0.00 0.08 0.04 0.06 0.02 0.02 0.17 0.10 0.06 0.00 0.02 0.00 0.01
OP1 0.01 0.02 0.12 0.18 0.06 0.02 0.07 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.02 0.26 0.07 0.07 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.02 0.16 0.19 0.04 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.07 0.25 0.05 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.04 0.10 0.15 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.00 0.21 0.04 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.25 0.15 0.37 0.56 0.05 0.56 0.00 0.81 0.18 0.27 0.23 0.03 0.29 0.16 0.19 0.29 0.60 0.34 0.16 0.28 0.22 0.18
C2 0.24 0.14 0.36 0.52 0.04 0.51 0.04 0.72 0.21 0.25 0.23 0.02 0.35 0.11 0.18 0.30 0.55 0.31 0.07 0.15 0.10 0.07
C2' 0.21 0.18 0.28 0.49 0.04 0.54 0.03 0.82 0.14 0.28 0.23 0.06 0.21 0.21 0.18 0.18 0.50 0.36 0.15 0.26 0.27 0.19
C3' 0.11 0.26 0.21 0.45 0.06 0.49 0.07 0.81 0.22 0.17 0.30 0.16 0.27 0.09 0.07 0.09 0.49 0.27 0.12 0.25 0.26 0.16
C4 0.28 0.10 0.49 0.73 0.03 0.69 0.08 0.95 0.21 0.19 0.19 0.01 0.32 0.01 0.18 0.40 0.80 0.38 0.23 0.29 0.22 0.20
C4' 0.19 0.20 0.34 0.57 0.01 0.57 0.04 0.86 0.19 0.21 0.26 0.09 0.27 0.11 0.14 0.23 0.63 0.32 0.20 0.35 0.29 0.23
C5 0.28 0.11 0.50 0.76 0.03 0.73 0.06 1.02 0.20 0.20 0.20 0.00 0.31 0.03 0.18 0.40 0.86 0.40 0.33 0.42 0.35 0.32
C5' 0.19 0.20 0.37 0.63 0.01 0.61 0.05 0.92 0.20 0.19 0.26 0.09 0.28 0.08 0.13 0.26 0.72 0.32 0.26 0.43 0.35 0.29
C6 0.27 0.14 0.46 0.70 0.03 0.67 0.05 0.96 0.21 0.23 0.23 0.02 0.32 0.07 0.18 0.36 0.78 0.38 0.28 0.39 0.33 0.28
N1 0.25 0.15 0.39 0.59 0.03 0.58 0.04 0.83 0.21 0.24 0.24 0.03 0.33 0.11 0.18 0.31 0.64 0.34 0.17 0.27 0.21 0.17
N3 0.26 0.11 0.42 0.59 0.04 0.56 0.07 0.77 0.22 0.23 0.21 0.00 0.34 0.05 0.19 0.35 0.63 0.33 0.09 0.15 0.09 0.07
O2 0.21 0.15 0.29 0.39 0.04 0.40 0.02 0.58 0.20 0.25 0.24 0.03 0.36 0.15 0.17 0.24 0.39 0.26 0.03 0.04 0.01 0.02
O2' 0.30 0.06 0.34 0.51 0.15 0.57 0.16 0.82 0.01 0.38 0.10 0.05 0.04 0.32 0.28 0.25 0.51 0.42 0.17 0.27 0.27 0.20
O3' 0.05 0.29 0.13 0.39 0.09 0.44 0.07 0.78 0.20 0.14 0.31 0.20 0.22 0.09 0.03 0.01 0.41 0.24 0.08 0.21 0.25 0.13
O4 0.30 0.07 0.53 0.79 0.03 0.74 0.10 1.01 0.19 0.13 0.16 0.03 0.30 0.08 0.16 0.45 0.87 0.40 0.27 0.29 0.21 0.21
O4' 0.26 0.15 0.42 0.63 0.04 0.61 0.01 0.87 0.18 0.25 0.24 0.03 0.30 0.13 0.19 0.34 0.70 0.35 0.23 0.37 0.28 0.25
O5' 0.21 0.14 0.39 0.64 0.01 0.63 0.04 0.94 0.17 0.18 0.21 0.04 0.25 0.06 0.13 0.29 0.74 0.34 0.26 0.42 0.35 0.29
OP1 0.25 0.09 0.44 0.71 0.05 0.70 0.00 1.01 0.12 0.19 0.15 0.01 0.19 0.09 0.17 0.34 0.82 0.38 0.35 0.53 0.44 0.39
OP2 0.29 0.03 0.48 0.74 0.08 0.74 0.00 1.04 0.10 0.19 0.11 0.05 0.19 0.06 0.19 0.40 0.86 0.41 0.38 0.54 0.46 0.42
P 0.27 0.10 0.46 0.72 0.04 0.71 0.03 1.02 0.15 0.19 0.18 0.00 0.25 0.06 0.17 0.38 0.84 0.39 0.37 0.55 0.45 0.41

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.28 0.35 0.17 0.29
C2 0.02 0.00 0.27 0.29 0.00 0.10 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.23 0.37 0.05 0.38 0.40 0.25 0.34
C2' 0.00 0.27 0.00 0.00 0.15 0.02 0.10 0.00 0.15 0.07 0.23 0.27 0.12 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.10 0.07 0.03
C3' 0.00 0.29 0.00 0.00 0.15 0.00 0.10 0.01 0.16 0.10 0.25 0.26 0.12 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.17 0.01 0.25 0.14
C4 0.01 0.00 0.15 0.15 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.18 0.04 0.39 0.40 0.26 0.36
C4' 0.01 0.10 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.07 0.10 0.01 0.07 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.21 0.16 0.01
C5 0.00 0.00 0.10 0.10 0.00 0.01 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.13 0.04 0.43 0.42 0.31 0.40
C5' 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.10 0.00 0.09 0.18 0.03 0.03 0.13 0.17 0.08 0.06 0.02 0.01 0.00 0.34 0.29 0.00
C6 0.01 0.00 0.15 0.16 0.00 0.01 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.13 0.22 0.05 0.43 0.42 0.31 0.39
C8 0.00 0.00 0.07 0.10 0.00 0.09 0.00 0.18 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.10 0.01 0.43 0.42 0.33 0.42
N1 0.02 0.00 0.23 0.25 0.01 0.07 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.20 0.33 0.05 0.41 0.41 0.28 0.37
N3 0.02 0.00 0.27 0.26 0.00 0.10 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.21 0.32 0.04 0.35 0.39 0.23 0.33
N6 0.00 0.00 0.12 0.12 0.00 0.01 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.18 0.05 0.44 0.42 0.33 0.40
N7 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.17 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.45 0.42 0.36 0.43
N9 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.38 0.40 0.26 0.36
O2' 0.02 0.23 0.00 0.00 0.12 0.07 0.09 0.06 0.13 0.02 0.20 0.21 0.11 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.06 0.07 0.08 0.00
O3' 0.01 0.37 0.00 0.00 0.18 0.01 0.13 0.02 0.22 0.10 0.33 0.32 0.18 0.02 0.03 0.03 0.00 0.01 0.47 0.30 0.46 0.41
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.04 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.40 0.46 0.20 0.36
O5' 0.28 0.38 0.00 0.17 0.39 0.01 0.43 0.00 0.43 0.43 0.41 0.35 0.44 0.45 0.38 0.06 0.47 0.40 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.35 0.40 0.10 0.01 0.40 0.21 0.42 0.34 0.42 0.42 0.41 0.39 0.42 0.42 0.40 0.07 0.30 0.46 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.17 0.25 0.07 0.25 0.26 0.16 0.31 0.29 0.31 0.33 0.28 0.23 0.33 0.36 0.26 0.08 0.46 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.29 0.34 0.03 0.14 0.36 0.01 0.40 0.00 0.39 0.42 0.37 0.33 0.40 0.43 0.36 0.00 0.41 0.36 0.00 0.00 0.00 0.00