ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53388

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C6 A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.000, 0.019, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.000, 0.021, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.021
O4' A 0, 0.000, 0.031, 0.062, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.031 std_dev=0.031
N1 A 0, 0.000, 0.034, 0.067, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.034 std_dev=0.034
O2 A 0, 0.000, 0.037, 0.073, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.037 std_dev=0.037
C3' A 0, 0.000, 0.088, 0.175, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.088 std_dev=0.088
O4 A 0, 0.000, 0.089, 0.178, 0.178 max_d=0.178 avg_d=0.089 std_dev=0.089
C2' A 0, 0.000, 0.182, 0.364, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.182 std_dev=0.182
C5 B 0, 0.000, 0.199, 0.398, 0.398 max_d=0.398 avg_d=0.199 std_dev=0.199
C6 B 0, 0.000, 0.204, 0.409, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.204 std_dev=0.204
O3' A 0, 0.000, 0.205, 0.410, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.205 std_dev=0.205
C4' A 0, 0.000, 0.263, 0.527, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.263 std_dev=0.263
C4 B 0, 0.000, 0.269, 0.538, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.269 std_dev=0.269
N6 B 0, 0.000, 0.310, 0.621, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.310 std_dev=0.310
C2' B 0, 0.000, 0.329, 0.658, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.329 std_dev=0.329
N1 B 0, 0.000, 0.388, 0.777, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.388 std_dev=0.388
N3 B 0, 0.000, 0.389, 0.778, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.389 std_dev=0.389
O2' A 0, 0.000, 0.393, 0.787, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.393 std_dev=0.393
N7 B 0, 0.000, 0.427, 0.855, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.427 std_dev=0.427
N9 B 0, 0.000, 0.437, 0.874, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.437 std_dev=0.437
C2 B 0, 0.000, 0.452, 0.904, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.452 std_dev=0.452
C8 B 0, 0.000, 0.535, 1.070, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.535 std_dev=0.535
C5' A 0, 0.000, 0.577, 1.155, 1.155 max_d=1.155 avg_d=0.577 std_dev=0.577
C1' B 0, 0.000, 0.579, 1.158, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.579 std_dev=0.579
C3' B 0, 0.000, 0.747, 1.494, 1.494 max_d=1.494 avg_d=0.747 std_dev=0.747
O5' A 0, 0.000, 0.751, 1.502, 1.502 max_d=1.502 avg_d=0.751 std_dev=0.751
O3' B 0, 0.000, 0.819, 1.639, 1.639 max_d=1.639 avg_d=0.819 std_dev=0.819
OP2 A 0, 0.000, 0.877, 1.754, 1.754 max_d=1.754 avg_d=0.877 std_dev=0.877
P A 0, 0.000, 0.960, 1.919, 1.919 max_d=1.919 avg_d=0.960 std_dev=0.960
C4' B 0, 0.000, 1.081, 2.163, 2.163 max_d=2.163 avg_d=1.081 std_dev=1.081
O2' B 0, 0.000, 1.148, 2.297, 2.297 max_d=2.297 avg_d=1.148 std_dev=1.148
O4' B 0, 0.000, 1.157, 2.314, 2.314 max_d=2.314 avg_d=1.157 std_dev=1.157
OP1 A 0, 0.000, 1.184, 2.367, 2.367 max_d=2.367 avg_d=1.184 std_dev=1.184
OP2 B 0, 0.000, 1.216, 2.432, 2.432 max_d=2.432 avg_d=1.216 std_dev=1.216
C5' B 0, 0.000, 1.431, 2.863, 2.863 max_d=2.863 avg_d=1.431 std_dev=1.431
P B 0, 0.000, 1.495, 2.989, 2.989 max_d=2.989 avg_d=1.495 std_dev=1.495
O5' B 0, 0.000, 1.966, 3.933, 3.933 max_d=3.933 avg_d=1.966 std_dev=1.966
OP1 B 0, 0.000, 2.367, 4.734, 4.734 max_d=4.734 avg_d=2.367 std_dev=2.367

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.00 0.03 0.11 0.19 0.12
C2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.02 0.00 0.02 0.16 0.06 0.03 0.06
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.08 0.02 0.08 0.07 0.07 0.03 0.05 0.02 0.00 0.01 0.09 0.00 0.02 0.04 0.09 0.08
C3' 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.14 0.09
C4 0.01 0.00 0.08 0.01 0.00 0.11 0.00 0.32 0.00 0.01 0.00 0.00 0.12 0.02 0.00 0.02 0.33 0.28 0.27 0.29
C4' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.11 0.00 0.13 0.00 0.12 0.05 0.07 0.00 0.16 0.01 0.12 0.00 0.00 0.06 0.17 0.11
C5 0.01 0.00 0.08 0.01 0.00 0.13 0.00 0.34 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.03 0.00 0.02 0.37 0.31 0.30 0.34
C5' 0.06 0.19 0.07 0.00 0.32 0.00 0.34 0.00 0.29 0.18 0.25 0.13 0.09 0.12 0.34 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
C6 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.12 0.00 0.29 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.00 0.02 0.30 0.19 0.13 0.22
N1 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.02 0.01 0.01 0.17 0.05 0.01 0.05
N3 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.07 0.00 0.25 0.00 0.01 0.00 0.00 0.12 0.02 0.00 0.02 0.24 0.16 0.16 0.17
O2 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.02 0.00 0.02 0.09 0.02 0.03 0.02
O2' 0.02 0.09 0.00 0.01 0.12 0.16 0.09 0.09 0.06 0.05 0.12 0.09 0.00 0.03 0.13 0.08 0.19 0.27 0.24 0.29
O3' 0.07 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.12 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.03 0.07 0.09 0.09 0.18 0.14
O4 0.01 0.00 0.09 0.02 0.00 0.12 0.00 0.34 0.00 0.01 0.00 0.00 0.13 0.03 0.00 0.02 0.36 0.33 0.34 0.34
O4' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.08 0.07 0.02 0.00 0.00 0.16 0.31 0.19
O5' 0.03 0.16 0.02 0.00 0.33 0.00 0.37 0.00 0.30 0.17 0.24 0.09 0.19 0.09 0.36 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.11 0.06 0.04 0.03 0.28 0.06 0.31 0.01 0.19 0.05 0.16 0.02 0.27 0.09 0.33 0.16 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.19 0.03 0.09 0.14 0.27 0.17 0.30 0.00 0.13 0.01 0.16 0.03 0.24 0.18 0.34 0.31 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.12 0.06 0.08 0.09 0.29 0.11 0.34 0.00 0.22 0.05 0.17 0.02 0.29 0.14 0.34 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.32 0.05 0.07 0.26 0.17 0.29 0.12 0.09 0.00 0.28 0.02 0.13 0.10 0.19 0.26 0.04 0.17 0.40 0.46 0.39 0.19 0.03
C2 0.34 0.05 0.07 0.29 0.18 0.33 0.12 0.14 0.02 0.31 0.03 0.15 0.15 0.20 0.29 0.06 0.20 0.44 0.52 0.23 0.22 0.05
C2' 0.26 0.09 0.05 0.17 0.16 0.14 0.11 0.10 0.05 0.20 0.04 0.14 0.02 0.14 0.21 0.03 0.07 0.24 0.21 0.68 0.01 0.26
C3' 0.33 0.14 0.10 0.21 0.21 0.20 0.15 0.05 0.08 0.24 0.08 0.20 0.00 0.17 0.27 0.12 0.13 0.31 0.27 0.66 0.07 0.20
C4 0.39 0.08 0.01 0.29 0.18 0.42 0.07 0.24 0.05 0.27 0.03 0.17 0.19 0.10 0.30 0.09 0.27 0.59 0.71 0.00 0.34 0.22
C4' 0.28 0.08 0.00 0.16 0.16 0.18 0.10 0.05 0.03 0.20 0.03 0.14 0.04 0.13 0.22 0.04 0.10 0.31 0.30 0.62 0.05 0.20
C5 0.40 0.09 0.00 0.27 0.19 0.41 0.08 0.22 0.04 0.27 0.01 0.18 0.17 0.11 0.30 0.07 0.27 0.58 0.69 0.07 0.37 0.20
C5' 0.07 0.07 0.24 0.09 0.03 0.05 0.09 0.29 0.14 0.02 0.12 0.03 0.20 0.08 0.01 0.25 0.12 0.11 0.08 0.85 0.17 0.42
C6 0.38 0.08 0.03 0.27 0.19 0.37 0.10 0.17 0.02 0.28 0.01 0.17 0.15 0.15 0.29 0.05 0.24 0.52 0.61 0.20 0.31 0.12
N1 0.35 0.06 0.05 0.27 0.18 0.33 0.11 0.14 0.02 0.29 0.02 0.15 0.13 0.18 0.28 0.05 0.20 0.46 0.54 0.27 0.25 0.05
N3 0.37 0.06 0.04 0.30 0.18 0.37 0.09 0.19 0.05 0.31 0.03 0.16 0.18 0.16 0.30 0.08 0.23 0.51 0.60 0.10 0.26 0.13
O2 0.31 0.05 0.11 0.30 0.18 0.29 0.14 0.11 0.00 0.31 0.03 0.13 0.12 0.24 0.28 0.04 0.17 0.38 0.45 0.28 0.17 0.00
O2' 0.08 0.09 0.06 0.05 0.01 0.02 0.03 0.23 0.09 0.07 0.12 0.04 0.13 0.03 0.05 0.12 0.09 0.05 0.06 0.83 0.14 0.40
O3' 0.32 0.13 0.13 0.22 0.20 0.18 0.14 0.07 0.07 0.23 0.07 0.19 0.01 0.16 0.26 0.15 0.12 0.28 0.23 0.68 0.08 0.20
O4 0.39 0.07 0.03 0.28 0.16 0.46 0.03 0.30 0.07 0.23 0.04 0.16 0.20 0.04 0.28 0.13 0.29 0.64 0.80 0.15 0.38 0.31
O4' 0.33 0.04 0.04 0.26 0.17 0.31 0.11 0.12 0.01 0.28 0.03 0.13 0.11 0.18 0.27 0.06 0.19 0.43 0.52 0.36 0.24 0.01
O5' 0.09 0.06 0.26 0.07 0.01 0.01 0.05 0.24 0.10 0.01 0.10 0.01 0.16 0.04 0.04 0.30 0.10 0.15 0.15 0.78 0.16 0.38
OP1 0.09 0.02 0.30 0.08 0.02 0.01 0.02 0.20 0.06 0.04 0.06 0.01 0.10 0.00 0.06 0.37 0.07 0.20 0.20 0.72 0.18 0.36
OP2 0.09 0.05 0.31 0.09 0.00 0.01 0.05 0.20 0.09 0.02 0.09 0.00 0.15 0.04 0.04 0.37 0.08 0.20 0.22 0.65 0.14 0.32
P 0.11 0.01 0.27 0.05 0.03 0.04 0.01 0.18 0.05 0.06 0.05 0.03 0.10 0.01 0.07 0.35 0.06 0.22 0.23 0.67 0.14 0.32

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.20 0.00 0.11 0.26 0.11 0.18
C2 0.02 0.00 0.30 0.22 0.00 0.06 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.18 0.04 0.07 0.05 0.04 0.02 0.00
C2' 0.00 0.30 0.00 0.00 0.14 0.00 0.04 0.17 0.11 0.17 0.22 0.31 0.05 0.11 0.02 0.00 0.00 0.02 0.04 0.33 0.19 0.04
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.14 0.00 0.11 0.00 0.15 0.00 0.19 0.20 0.13 0.04 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01 0.45 0.13 0.12
C4 0.01 0.00 0.14 0.14 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.04 0.07 0.07 0.01 0.03
C4' 0.02 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.40 0.00 0.18
C5 0.01 0.00 0.04 0.11 0.00 0.00 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.09 0.02 0.06 0.26 0.09 0.16
C5' 0.06 0.04 0.17 0.00 0.09 0.00 0.14 0.00 0.13 0.19 0.09 0.03 0.16 0.19 0.12 0.01 0.16 0.00 0.01 0.31 0.22 0.02
C6 0.02 0.00 0.11 0.15 0.00 0.01 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06 0.04 0.05 0.30 0.10 0.18
C8 0.00 0.00 0.17 0.00 0.00 0.03 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.25 0.13 0.05 0.10 0.22 0.11 0.15
N1 0.02 0.00 0.22 0.19 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.04 0.06 0.04 0.20 0.05 0.10
N3 0.02 0.00 0.31 0.20 0.00 0.06 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.20 0.06 0.07 0.07 0.05 0.05 0.05
N6 0.02 0.00 0.05 0.13 0.00 0.00 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.07 0.03 0.04 0.43 0.16 0.26
N7 0.01 0.00 0.11 0.04 0.00 0.03 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.24 0.11 0.02 0.08 0.36 0.16 0.23
N9 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.00 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.14 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00
O2' 0.02 0.18 0.00 0.01 0.00 0.17 0.12 0.01 0.06 0.25 0.06 0.20 0.12 0.24 0.10 0.00 0.04 0.10 0.14 0.71 0.08 0.35
O3' 0.20 0.04 0.00 0.00 0.09 0.00 0.09 0.16 0.06 0.13 0.04 0.06 0.07 0.11 0.14 0.04 0.00 0.14 0.03 0.70 0.04 0.29
O4' 0.00 0.07 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.05 0.06 0.07 0.03 0.02 0.00 0.10 0.14 0.00 0.14 0.18 0.17 0.18
O5' 0.11 0.05 0.04 0.01 0.07 0.00 0.06 0.01 0.05 0.10 0.04 0.07 0.04 0.08 0.09 0.14 0.03 0.14 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.26 0.04 0.33 0.45 0.07 0.40 0.26 0.31 0.30 0.22 0.20 0.05 0.43 0.36 0.01 0.71 0.70 0.18 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.02 0.19 0.13 0.01 0.00 0.09 0.22 0.10 0.11 0.05 0.05 0.16 0.16 0.00 0.08 0.04 0.17 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.18 0.00 0.04 0.12 0.03 0.18 0.16 0.02 0.18 0.15 0.10 0.05 0.26 0.23 0.00 0.35 0.29 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00