ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53389

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.017
O4 A 0, 0.000, 0.037, 0.073, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.037 std_dev=0.037
O4' A 0, 0.000, 0.090, 0.179, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.090 std_dev=0.090
C2' A 0, 0.000, 0.116, 0.232, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.116 std_dev=0.116
O2' A 0, 0.000, 0.125, 0.250, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.125 std_dev=0.125
C4' A 0, 0.000, 0.156, 0.311, 0.311 max_d=0.311 avg_d=0.156 std_dev=0.156
C3' A 0, 0.000, 0.169, 0.338, 0.338 max_d=0.338 avg_d=0.169 std_dev=0.169
N3 B 0, 0.000, 0.234, 0.468, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.234 std_dev=0.234
O3' A 0, 0.000, 0.247, 0.495, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.247 std_dev=0.247
C5' A 0, 0.000, 0.251, 0.502, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.251 std_dev=0.251
C4 B 0, 0.000, 0.272, 0.544, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.272 std_dev=0.272
O5' A 0, 0.000, 0.279, 0.559, 0.559 max_d=0.559 avg_d=0.279 std_dev=0.279
C6 B 0, 0.000, 0.285, 0.569, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.285 std_dev=0.285
OP2 A 0, 0.000, 0.357, 0.713, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.357 std_dev=0.357
P A 0, 0.000, 0.360, 0.720, 0.720 max_d=0.720 avg_d=0.360 std_dev=0.360
C5 B 0, 0.000, 0.361, 0.722, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.361 std_dev=0.361
N1 B 0, 0.000, 0.362, 0.723, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.362 std_dev=0.362
C2 B 0, 0.000, 0.405, 0.810, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.405 std_dev=0.405
N6 B 0, 0.000, 0.416, 0.833, 0.833 max_d=0.833 avg_d=0.416 std_dev=0.416
OP1 A 0, 0.000, 0.436, 0.872, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.436 std_dev=0.436
C1' B 0, 0.000, 0.452, 0.903, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.452 std_dev=0.452
N9 B 0, 0.000, 0.467, 0.934, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.467 std_dev=0.467
C2' B 0, 0.000, 0.471, 0.942, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.471 std_dev=0.471
O4' B 0, 0.000, 0.478, 0.955, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.478 std_dev=0.478
C3' B 0, 0.000, 0.486, 0.972, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.486 std_dev=0.486
O3' B 0, 0.000, 0.523, 1.047, 1.047 max_d=1.047 avg_d=0.523 std_dev=0.523
O2' B 0, 0.000, 0.530, 1.059, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.530 std_dev=0.530
C4' B 0, 0.000, 0.555, 1.110, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.555 std_dev=0.555
N7 B 0, 0.000, 0.635, 1.271, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.635 std_dev=0.635
C8 B 0, 0.000, 0.675, 1.350, 1.350 max_d=1.350 avg_d=0.675 std_dev=0.675
C5' B 0, 0.000, 0.679, 1.357, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.679 std_dev=0.679
O5' B 0, 0.000, 1.676, 3.352, 3.352 max_d=3.352 avg_d=1.676 std_dev=1.676
OP2 B 0, 0.000, 2.492, 4.984, 4.984 max_d=4.984 avg_d=2.492 std_dev=2.492
P B 0, 0.000, 2.554, 5.108, 5.108 max_d=5.108 avg_d=2.554 std_dev=2.554
OP1 B 0, 0.000, 3.323, 6.645, 6.645 max_d=6.645 avg_d=3.323 std_dev=3.323

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01
C4 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.05 0.01 0.03
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00
C5 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.05 0.01 0.03
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01
N3 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01
O2 0.01 0.00 0.06 0.06 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.07 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01
O2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01
O3' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01
O4 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.05 0.02 0.06 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.06 0.07 0.04 0.06
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
O5' 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.07 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02
OP2 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02
P 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.01 0.17 0.11 0.07 0.03 0.05 0.19 0.01 0.06 0.02 0.03 0.02 0.05 0.08 0.30 0.16 0.02 0.16 0.44 0.39 0.36
C2 0.13 0.03 0.20 0.13 0.08 0.01 0.06 0.16 0.01 0.11 0.05 0.02 0.07 0.09 0.10 0.32 0.17 0.03 0.21 0.51 0.46 0.43
C2' 0.10 0.09 0.16 0.09 0.04 0.04 0.05 0.18 0.02 0.09 0.09 0.03 0.01 0.09 0.08 0.28 0.13 0.01 0.24 0.64 0.54 0.52
C3' 0.09 0.09 0.16 0.09 0.04 0.05 0.04 0.20 0.03 0.09 0.10 0.03 0.04 0.09 0.08 0.29 0.13 0.00 0.19 0.60 0.56 0.48
C4 0.06 0.11 0.14 0.05 0.01 0.10 0.01 0.25 0.11 0.08 0.14 0.04 0.21 0.05 0.05 0.27 0.08 0.05 0.04 0.37 0.52 0.32
C4' 0.11 0.02 0.18 0.11 0.07 0.03 0.05 0.20 0.00 0.07 0.03 0.03 0.02 0.06 0.08 0.32 0.17 0.02 0.13 0.41 0.42 0.33
C5 0.06 0.09 0.13 0.04 0.01 0.11 0.01 0.26 0.09 0.06 0.12 0.03 0.18 0.03 0.05 0.26 0.08 0.05 0.01 0.30 0.48 0.25
C5' 0.12 0.01 0.19 0.12 0.07 0.04 0.05 0.20 0.00 0.07 0.03 0.04 0.05 0.05 0.09 0.33 0.17 0.01 0.07 0.33 0.41 0.26
C6 0.08 0.05 0.15 0.07 0.04 0.08 0.02 0.24 0.05 0.06 0.07 0.00 0.12 0.04 0.06 0.28 0.11 0.02 0.04 0.33 0.45 0.27
N1 0.11 0.02 0.17 0.10 0.07 0.04 0.05 0.20 0.01 0.08 0.04 0.02 0.06 0.06 0.09 0.31 0.15 0.01 0.14 0.43 0.44 0.36
N3 0.11 0.08 0.19 0.11 0.05 0.04 0.03 0.18 0.07 0.11 0.11 0.01 0.18 0.09 0.09 0.31 0.14 0.00 0.18 0.49 0.51 0.42
O2 0.15 0.00 0.22 0.16 0.10 0.03 0.09 0.12 0.04 0.12 0.01 0.04 0.03 0.11 0.12 0.34 0.20 0.06 0.30 0.58 0.44 0.49
O2' 0.11 0.05 0.16 0.11 0.06 0.01 0.06 0.16 0.02 0.09 0.05 0.01 0.05 0.09 0.08 0.28 0.15 0.03 0.29 0.66 0.48 0.53
O3' 0.08 0.13 0.15 0.08 0.02 0.06 0.03 0.20 0.04 0.10 0.13 0.06 0.03 0.09 0.07 0.27 0.11 0.01 0.23 0.69 0.62 0.55
O4 0.03 0.14 0.12 0.02 0.03 0.14 0.05 0.27 0.15 0.07 0.17 0.07 0.25 0.03 0.03 0.24 0.04 0.09 0.01 0.34 0.58 0.30
O4' 0.12 0.03 0.18 0.12 0.08 0.02 0.05 0.19 0.02 0.06 0.01 0.06 0.02 0.04 0.08 0.33 0.18 0.03 0.10 0.31 0.33 0.25
O5' 0.11 0.04 0.18 0.10 0.06 0.06 0.04 0.22 0.03 0.08 0.07 0.02 0.08 0.06 0.09 0.33 0.15 0.00 0.04 0.33 0.49 0.27
OP1 0.12 0.03 0.20 0.11 0.07 0.06 0.05 0.22 0.02 0.10 0.05 0.03 0.07 0.08 0.10 0.35 0.16 0.00 0.00 0.29 0.51 0.24
OP2 0.07 0.07 0.16 0.06 0.03 0.11 0.00 0.26 0.08 0.07 0.11 0.01 0.15 0.04 0.06 0.30 0.10 0.05 0.09 0.20 0.50 0.16
P 0.10 0.03 0.18 0.10 0.06 0.07 0.03 0.23 0.04 0.07 0.07 0.02 0.10 0.05 0.08 0.33 0.14 0.01 0.04 0.22 0.46 0.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.17 0.01 0.01 0.07 0.01 0.04 0.02 0.09 0.03 0.15 0.16 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.23 0.10 0.23 0.09
C2 0.17 0.00 0.25 0.21 0.03 0.07 0.02 0.07 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.40 0.26 0.04 0.41 0.55 0.16 0.47
C2' 0.01 0.25 0.00 0.01 0.12 0.00 0.08 0.02 0.13 0.06 0.22 0.24 0.08 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.07 0.38 0.66 0.35
C3' 0.01 0.21 0.01 0.00 0.08 0.01 0.03 0.01 0.08 0.06 0.17 0.20 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.22 0.56 0.75 0.51
C4 0.07 0.03 0.12 0.08 0.00 0.01 0.00 0.11 0.03 0.01 0.06 0.01 0.02 0.00 0.02 0.20 0.09 0.02 0.34 0.43 0.12 0.38
C4' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.04 0.07 0.03 0.08 0.09 0.09 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.09 0.26 0.10
C5 0.04 0.02 0.08 0.03 0.00 0.05 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.16 0.05 0.02 0.29 0.48 0.23 0.42
C5' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.11 0.01 0.17 0.00 0.18 0.13 0.12 0.02 0.25 0.19 0.07 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.06 0.02
C6 0.09 0.02 0.13 0.08 0.03 0.04 0.01 0.18 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.25 0.12 0.01 0.31 0.54 0.27 0.46
C8 0.03 0.02 0.06 0.06 0.01 0.07 0.01 0.13 0.02 0.00 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.06 0.01 0.23 0.31 0.16 0.29
N1 0.15 0.00 0.22 0.17 0.06 0.03 0.01 0.12 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.08 0.37 0.22 0.03 0.38 0.59 0.25 0.50
N3 0.16 0.01 0.24 0.20 0.01 0.08 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.06 0.35 0.23 0.04 0.42 0.48 0.10 0.42
N6 0.05 0.01 0.08 0.02 0.02 0.09 0.01 0.25 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.20 0.07 0.03 0.24 0.52 0.29 0.43
N7 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.09 0.00 0.19 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.22 0.41 0.27 0.36
N9 0.00 0.07 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.07 0.04 0.01 0.08 0.06 0.02 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.31 0.32 0.04 0.30
O2' 0.02 0.40 0.00 0.01 0.20 0.01 0.16 0.01 0.25 0.04 0.37 0.35 0.20 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.11 0.55 0.84 0.47
O3' 0.00 0.26 0.01 0.01 0.09 0.01 0.05 0.03 0.12 0.06 0.22 0.23 0.07 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.17 0.58 0.78 0.48
O4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.36 0.31 0.00 0.28
O5' 0.23 0.41 0.07 0.22 0.34 0.03 0.29 0.01 0.31 0.23 0.38 0.42 0.24 0.22 0.31 0.11 0.17 0.36 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.10 0.55 0.38 0.56 0.43 0.09 0.48 0.06 0.54 0.31 0.59 0.48 0.52 0.41 0.32 0.55 0.58 0.31 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.23 0.16 0.66 0.75 0.12 0.26 0.23 0.06 0.27 0.16 0.25 0.10 0.29 0.27 0.04 0.84 0.78 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.47 0.35 0.51 0.38 0.10 0.42 0.02 0.46 0.29 0.50 0.42 0.43 0.36 0.30 0.47 0.48 0.28 0.01 0.00 0.01 0.00