ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53390

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
O3' A 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
C2' A 0, 0.000, 0.031, 0.061, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.031 std_dev=0.031
O4 A 0, 0.000, 0.031, 0.062, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.031 std_dev=0.031
O2' A 0, 0.000, 0.036, 0.072, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.036
O2 A 0, 0.000, 0.047, 0.094, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.047 std_dev=0.047
C3' A 0, 0.000, 0.055, 0.110, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.055 std_dev=0.055
C4' A 0, 0.000, 0.061, 0.122, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.061 std_dev=0.061
O4' A 0, 0.000, 0.063, 0.125, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.063 std_dev=0.063
C5' A 0, 0.000, 0.098, 0.196, 0.196 max_d=0.196 avg_d=0.098 std_dev=0.098
N9 B 0, 0.000, 0.210, 0.421, 0.421 max_d=0.421 avg_d=0.210 std_dev=0.210
O4' B 0, 0.000, 0.228, 0.456, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.228 std_dev=0.228
N3 B 0, 0.000, 0.239, 0.478, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.239 std_dev=0.239
C4' B 0, 0.000, 0.268, 0.535, 0.535 max_d=0.535 avg_d=0.268 std_dev=0.268
C5' B 0, 0.000, 0.274, 0.549, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.274 std_dev=0.274
C4 B 0, 0.000, 0.277, 0.554, 0.554 max_d=0.554 avg_d=0.277 std_dev=0.277
C1' B 0, 0.000, 0.292, 0.583, 0.583 max_d=0.583 avg_d=0.292 std_dev=0.292
C2 B 0, 0.000, 0.299, 0.598, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.299 std_dev=0.299
C8 B 0, 0.000, 0.415, 0.831, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.415 std_dev=0.415
O5' A 0, 0.000, 0.475, 0.949, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.475 std_dev=0.475
C3' B 0, 0.000, 0.502, 1.005, 1.005 max_d=1.005 avg_d=0.502 std_dev=0.502
P A 0, 0.000, 0.516, 1.031, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.516 std_dev=0.516
N1 B 0, 0.000, 0.535, 1.069, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.535 std_dev=0.535
C5 B 0, 0.000, 0.547, 1.094, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.547 std_dev=0.547
O5' B 0, 0.000, 0.588, 1.177, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.588 std_dev=0.588
C2' B 0, 0.000, 0.616, 1.232, 1.232 max_d=1.232 avg_d=0.616 std_dev=0.616
N7 B 0, 0.000, 0.662, 1.325, 1.325 max_d=1.325 avg_d=0.662 std_dev=0.662
C6 B 0, 0.000, 0.699, 1.397, 1.397 max_d=1.397 avg_d=0.699 std_dev=0.699
O3' B 0, 0.000, 0.702, 1.404, 1.404 max_d=1.404 avg_d=0.702 std_dev=0.702
OP2 A 0, 0.000, 0.757, 1.513, 1.513 max_d=1.513 avg_d=0.757 std_dev=0.757
P B 0, 0.000, 0.908, 1.815, 1.815 max_d=1.815 avg_d=0.908 std_dev=0.908
O2' B 0, 0.000, 0.930, 1.861, 1.861 max_d=1.861 avg_d=0.930 std_dev=0.930
N6 B 0, 0.000, 0.999, 1.998, 1.998 max_d=1.998 avg_d=0.999 std_dev=0.999
OP1 B 0, 0.000, 1.126, 2.252, 2.252 max_d=2.252 avg_d=1.126 std_dev=1.126
OP2 B 0, 0.000, 1.275, 2.550, 2.550 max_d=2.550 avg_d=1.275 std_dev=1.275
OP1 A 0, 0.000, 1.537, 3.074, 3.074 max_d=3.074 avg_d=1.537 std_dev=1.537

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.13 0.10 0.49 0.01
C2 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.19 0.18 0.47 0.03
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.10 0.42 0.10
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.14 0.34 0.15
C4 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.04 0.29 0.14 0.43 0.07
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.05 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.21 0.36 0.03
C5 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.30 0.04 0.48 0.13
C5' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.03 0.04 0.00 0.00 0.37 0.25 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.28 0.12 0.53 0.11
N1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.20 0.01 0.52 0.02
N3 0.02 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.24 0.23 0.44 0.00
O2 0.03 0.00 0.05 0.05 0.02 0.05 0.02 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.04 0.03 0.04 0.14 0.26 0.43 0.07
O2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.41 0.10
O3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.17 0.21 0.26 0.21
O4 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.05 0.30 0.18 0.38 0.08
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.01 0.02 0.05 0.00 0.16 0.30 0.45 0.08
O5' 0.13 0.19 0.03 0.05 0.29 0.01 0.30 0.00 0.28 0.20 0.24 0.14 0.02 0.17 0.30 0.16 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.10 0.18 0.10 0.14 0.14 0.21 0.04 0.37 0.12 0.01 0.23 0.26 0.03 0.21 0.18 0.30 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.49 0.47 0.42 0.34 0.43 0.36 0.48 0.25 0.53 0.52 0.44 0.43 0.41 0.26 0.38 0.45 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.03 0.10 0.15 0.07 0.03 0.13 0.01 0.11 0.02 0.00 0.07 0.10 0.21 0.08 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.09 0.19 0.10 0.00 0.02 0.07 0.05 0.05 0.13 0.04 0.08 0.15 0.17 0.03 0.24 0.16 0.17 0.16 0.52 0.46 0.35
C2 0.00 0.13 0.18 0.10 0.04 0.01 0.02 0.07 0.01 0.10 0.09 0.10 0.07 0.14 0.01 0.21 0.15 0.15 0.20 0.49 0.49 0.37
C2' 0.05 0.08 0.13 0.06 0.01 0.05 0.04 0.05 0.00 0.11 0.06 0.05 0.04 0.12 0.05 0.15 0.11 0.18 0.20 0.52 0.54 0.39
C3' 0.07 0.09 0.13 0.08 0.01 0.05 0.00 0.06 0.05 0.08 0.09 0.05 0.05 0.06 0.04 0.13 0.13 0.20 0.22 0.58 0.59 0.43
C4 0.05 0.16 0.28 0.17 0.08 0.03 0.01 0.07 0.03 0.08 0.11 0.15 0.06 0.12 0.05 0.31 0.23 0.14 0.15 0.49 0.38 0.32
C4' 0.04 0.08 0.18 0.11 0.00 0.03 0.03 0.06 0.00 0.10 0.06 0.06 0.04 0.10 0.03 0.20 0.18 0.20 0.19 0.59 0.52 0.40
C5 0.07 0.14 0.31 0.20 0.07 0.05 0.02 0.08 0.01 0.08 0.08 0.14 0.11 0.13 0.05 0.36 0.27 0.14 0.13 0.53 0.34 0.31
C5' 0.04 0.09 0.20 0.14 0.02 0.01 0.00 0.07 0.04 0.07 0.08 0.07 0.01 0.06 0.02 0.21 0.21 0.20 0.20 0.64 0.55 0.43
C6 0.04 0.12 0.28 0.17 0.05 0.03 0.04 0.07 0.03 0.10 0.06 0.12 0.14 0.16 0.02 0.33 0.24 0.15 0.15 0.54 0.38 0.33
N1 0.00 0.11 0.21 0.12 0.02 0.01 0.05 0.06 0.03 0.12 0.06 0.10 0.13 0.16 0.01 0.25 0.18 0.16 0.17 0.52 0.45 0.35
N3 0.01 0.15 0.20 0.11 0.06 0.00 0.00 0.06 0.05 0.10 0.12 0.13 0.03 0.13 0.01 0.23 0.16 0.15 0.18 0.47 0.45 0.34
O2 0.01 0.14 0.15 0.08 0.04 0.01 0.00 0.08 0.05 0.08 0.12 0.10 0.00 0.09 0.00 0.17 0.11 0.12 0.23 0.49 0.54 0.40
O2' 0.06 0.05 0.10 0.04 0.04 0.06 0.09 0.04 0.06 0.14 0.01 0.03 0.13 0.17 0.07 0.14 0.08 0.18 0.18 0.49 0.51 0.37
O3' 0.06 0.09 0.12 0.08 0.02 0.04 0.03 0.08 0.09 0.05 0.11 0.05 0.11 0.02 0.03 0.11 0.12 0.17 0.26 0.60 0.65 0.47
O4 0.09 0.18 0.31 0.20 0.12 0.05 0.05 0.08 0.07 0.04 0.14 0.18 0.01 0.06 0.09 0.33 0.25 0.13 0.14 0.46 0.32 0.28
O4' 0.02 0.09 0.21 0.12 0.00 0.02 0.06 0.05 0.04 0.12 0.04 0.07 0.12 0.15 0.03 0.25 0.19 0.19 0.15 0.55 0.44 0.35
O5' 0.25 0.02 0.04 0.10 0.12 0.24 0.10 0.15 0.02 0.23 0.02 0.08 0.01 0.17 0.20 0.05 0.05 0.41 0.02 0.39 0.34 0.21
OP1 0.44 0.59 0.58 0.53 0.53 0.47 0.55 0.59 0.59 0.47 0.60 0.55 0.59 0.52 0.48 0.56 0.55 0.33 0.69 1.04 0.98 0.89
OP2 0.32 0.54 0.59 0.52 0.47 0.30 0.50 0.34 0.56 0.38 0.57 0.49 0.57 0.46 0.39 0.56 0.58 0.11 0.47 0.89 0.78 0.66
P 0.02 0.23 0.23 0.16 0.14 0.03 0.17 0.11 0.24 0.05 0.26 0.18 0.26 0.12 0.07 0.21 0.21 0.14 0.23 0.63 0.55 0.44

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.11 0.18 0.12
C2 0.02 0.00 0.12 0.09 0.02 0.01 0.03 0.10 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.12 0.13 0.10 0.23 0.21 0.43 0.29
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.08 0.04 0.06 0.01 0.08 0.04 0.11 0.12 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.11 0.16 0.11
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.07 0.00 0.06 0.01 0.08 0.02 0.09 0.09 0.09 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.08 0.05 0.05
C4 0.00 0.02 0.08 0.07 0.00 0.00 0.01 0.11 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.08 0.06 0.24 0.25 0.41 0.29
C4' 0.03 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.06 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.10 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02
C5 0.00 0.03 0.06 0.06 0.01 0.02 0.00 0.16 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.08 0.04 0.30 0.35 0.51 0.39
C5' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.11 0.00 0.16 0.00 0.16 0.18 0.13 0.07 0.17 0.20 0.09 0.12 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01
C6 0.00 0.02 0.08 0.08 0.00 0.02 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.11 0.06 0.31 0.35 0.55 0.41
C8 0.01 0.04 0.04 0.02 0.02 0.06 0.01 0.18 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.31 0.38 0.47 0.39
N1 0.01 0.01 0.11 0.09 0.01 0.01 0.02 0.13 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.10 0.13 0.09 0.28 0.29 0.50 0.36
N3 0.01 0.01 0.12 0.09 0.01 0.02 0.02 0.07 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.11 0.12 0.08 0.19 0.17 0.36 0.24
N6 0.02 0.03 0.08 0.09 0.01 0.02 0.01 0.17 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02 0.07 0.12 0.04 0.32 0.39 0.59 0.44
N7 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.20 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.34 0.44 0.57 0.46
N9 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.21 0.24 0.34 0.26
O2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.07 0.10 0.05 0.12 0.08 0.03 0.10 0.11 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.06 0.02
O3' 0.00 0.13 0.01 0.00 0.08 0.02 0.08 0.07 0.11 0.01 0.13 0.12 0.12 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.11 0.07 0.09 0.08
O4' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.06 0.00 0.04 0.02 0.06 0.00 0.09 0.08 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.06 0.04
O5' 0.10 0.23 0.07 0.00 0.24 0.01 0.30 0.00 0.31 0.31 0.28 0.19 0.32 0.34 0.21 0.03 0.11 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.11 0.21 0.11 0.08 0.25 0.02 0.35 0.02 0.35 0.38 0.29 0.17 0.39 0.44 0.24 0.04 0.07 0.04 0.01 0.00 0.03 0.02
OP2 0.18 0.43 0.16 0.05 0.41 0.03 0.51 0.01 0.55 0.47 0.50 0.36 0.59 0.57 0.34 0.06 0.09 0.06 0.02 0.03 0.00 0.01
P 0.12 0.29 0.11 0.05 0.29 0.02 0.39 0.01 0.41 0.39 0.36 0.24 0.44 0.46 0.26 0.02 0.08 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00