ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53396

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 2, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.010, 0.016, 0.022, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.016 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.008, 0.014, 0.021, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.007, 0.014, 0.020, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.010, 0.020, 0.031, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.020 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.013, 0.024, 0.035, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.001, 0.012, 0.023, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.012 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.004, 0.015, 0.027, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.015 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.005, 0.025, 0.046, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.025 std_dev=0.021
O4 A 0, 0.020, 0.049, 0.077, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.049 std_dev=0.029
C8 B 0, 0.087, 0.264, 0.441, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.264 std_dev=0.177
C2' A 0, 0.078, 0.255, 0.433, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.255 std_dev=0.178
O2' A 0, 0.135, 0.322, 0.510, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.322 std_dev=0.187
O4' A 0, -0.023, 0.188, 0.399, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.188 std_dev=0.211
N7 B 0, 0.117, 0.338, 0.559, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.338 std_dev=0.221
C3' A 0, 0.085, 0.382, 0.678, 1.125 max_d=1.125 avg_d=0.382 std_dev=0.296
C4' A 0, -0.029, 0.280, 0.588, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.280 std_dev=0.308
N9 B 0, 0.029, 0.378, 0.726, 1.246 max_d=1.246 avg_d=0.378 std_dev=0.349
O3' A 0, 0.087, 0.478, 0.870, 1.484 max_d=1.484 avg_d=0.478 std_dev=0.391
C1' B 0, -0.032, 0.370, 0.772, 1.459 max_d=1.459 avg_d=0.370 std_dev=0.402
C5 B 0, 0.105, 0.510, 0.916, 1.406 max_d=1.406 avg_d=0.510 std_dev=0.406
C4 B 0, 0.045, 0.541, 1.037, 1.739 max_d=1.739 avg_d=0.541 std_dev=0.496
C5' A 0, -0.010, 0.505, 1.021, 1.867 max_d=1.867 avg_d=0.505 std_dev=0.516
O6 B 0, 0.172, 0.698, 1.223, 1.848 max_d=1.848 avg_d=0.698 std_dev=0.526
C6 B 0, 0.138, 0.678, 1.219, 1.881 max_d=1.881 avg_d=0.678 std_dev=0.540
O5' A 0, 0.035, 0.648, 1.261, 2.210 max_d=2.210 avg_d=0.648 std_dev=0.613
OP1 A 0, 0.243, 0.915, 1.586, 2.199 max_d=2.199 avg_d=0.915 std_dev=0.672
N3 B 0, 0.007, 0.715, 1.422, 2.487 max_d=2.487 avg_d=0.715 std_dev=0.708
O4' B 0, -0.234, 0.501, 1.236, 2.673 max_d=2.673 avg_d=0.501 std_dev=0.735
N1 B 0, 0.115, 0.854, 1.594, 2.591 max_d=2.591 avg_d=0.854 std_dev=0.739
P A 0, 0.147, 0.904, 1.661, 2.630 max_d=2.630 avg_d=0.904 std_dev=0.757
C2 B 0, 0.054, 0.870, 1.687, 2.872 max_d=2.872 avg_d=0.870 std_dev=0.817
OP2 A 0, 0.168, 1.106, 2.045, 3.334 max_d=3.334 avg_d=1.106 std_dev=0.938
N2 B 0, 0.039, 1.070, 2.102, 3.645 max_d=3.645 avg_d=1.070 std_dev=1.031
C4' B 0, -0.454, 0.693, 1.840, 4.108 max_d=4.108 avg_d=0.693 std_dev=1.147
C2' B 0, -0.487, 0.668, 1.824, 4.095 max_d=4.095 avg_d=0.668 std_dev=1.156
C3' B 0, -0.614, 0.762, 2.138, 4.862 max_d=4.862 avg_d=0.762 std_dev=1.376
O3' B 0, -0.581, 0.942, 2.466, 5.456 max_d=5.456 avg_d=0.942 std_dev=1.524
O2' B 0, -0.688, 0.837, 2.362, 5.384 max_d=5.384 avg_d=0.837 std_dev=1.525
C5' B 0, -0.846, 1.104, 3.055, 6.916 max_d=6.916 avg_d=1.104 std_dev=1.951
O5' B 0, -0.857, 1.366, 3.589, 7.965 max_d=7.965 avg_d=1.366 std_dev=2.223
P B 0, -1.363, 1.732, 4.826, 10.951 max_d=10.951 avg_d=1.732 std_dev=3.094
OP2 B 0, -1.405, 1.851, 5.106, 11.526 max_d=11.526 avg_d=1.851 std_dev=3.256
OP1 B 0, -1.474, 1.961, 5.395, 12.185 max_d=12.185 avg_d=1.961 std_dev=3.435

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.12 0.05 0.04
C2 0.02 0.00 0.13 0.15 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.15 0.02 0.02 0.08 0.06 0.06 0.07
C2' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.06 0.01 0.04 0.01 0.06 0.03 0.12 0.21 0.00 0.01 0.07 0.01 0.03 0.14 0.06 0.04
C3' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.09 0.01 0.05 0.01 0.07 0.05 0.15 0.21 0.02 0.01 0.10 0.01 0.05 0.12 0.10 0.03
C4 0.01 0.01 0.06 0.09 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.10 0.00 0.01 0.07 0.16 0.09 0.07
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.06 0.08 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.00 0.01 0.08 0.24 0.18 0.11
C5' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.06 0.01 0.05 0.00 0.04 0.03 0.07 0.09 0.04 0.02 0.06 0.01 0.01 0.08 0.03 0.02
C6 0.00 0.01 0.06 0.07 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.06 0.01 0.02 0.08 0.23 0.17 0.11
N1 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.04 0.12 0.05 0.04
N3 0.02 0.01 0.12 0.15 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.16 0.01 0.02 0.08 0.09 0.07 0.08
O2 0.02 0.00 0.21 0.21 0.02 0.08 0.02 0.09 0.02 0.01 0.01 0.00 0.12 0.22 0.02 0.03 0.10 0.05 0.11 0.10
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.01 0.06 0.12 0.00 0.02 0.04 0.03 0.04 0.09 0.06 0.03
O3' 0.02 0.15 0.01 0.01 0.10 0.01 0.05 0.02 0.06 0.04 0.16 0.22 0.02 0.00 0.12 0.01 0.09 0.08 0.19 0.07
O4 0.02 0.02 0.07 0.10 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.12 0.00 0.02 0.07 0.17 0.11 0.09
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.05 0.08 0.08 0.04
O5' 0.03 0.08 0.03 0.05 0.07 0.01 0.08 0.01 0.08 0.04 0.08 0.10 0.04 0.09 0.07 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.12 0.06 0.14 0.12 0.16 0.06 0.24 0.08 0.23 0.12 0.09 0.05 0.09 0.08 0.17 0.08 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.05 0.06 0.06 0.10 0.09 0.03 0.18 0.03 0.17 0.05 0.07 0.11 0.06 0.19 0.11 0.08 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.04 0.07 0.04 0.03 0.07 0.02 0.11 0.02 0.11 0.04 0.08 0.10 0.03 0.07 0.09 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.15 0.35 0.11 0.50 0.24 0.51 0.26 0.97 0.35 0.14 0.38 0.38 0.27 0.19 0.17 0.57 0.28 0.25 0.75 0.40 0.88 1.05 0.86
C2 0.15 0.29 0.11 0.46 0.21 0.45 0.24 0.85 0.30 0.14 0.32 0.32 0.24 0.18 0.16 0.53 0.23 0.22 0.62 0.34 0.66 0.80 0.65
C2' 0.30 0.62 0.34 0.24 0.44 0.31 0.46 0.74 0.59 0.26 0.65 0.68 0.51 0.33 0.33 0.84 0.06 0.13 0.56 0.64 0.61 0.74 0.61
C3' 0.35 0.68 0.40 0.21 0.49 0.34 0.51 0.83 0.64 0.30 0.71 0.74 0.57 0.38 0.38 0.95 0.07 0.13 0.67 0.68 0.81 0.94 0.80
C4 0.10 0.16 0.11 0.61 0.12 0.68 0.15 1.22 0.19 0.09 0.18 0.16 0.12 0.13 0.10 0.41 0.30 0.41 1.07 0.22 1.21 1.44 1.24
C4' 0.20 0.44 0.18 0.47 0.31 0.54 0.33 1.06 0.43 0.19 0.48 0.49 0.36 0.25 0.23 0.70 0.25 0.25 0.85 0.48 1.07 1.23 1.04
C5 0.10 0.17 0.11 0.67 0.12 0.77 0.16 1.39 0.21 0.09 0.20 0.18 0.12 0.14 0.09 0.42 0.36 0.47 1.28 0.26 1.53 1.82 1.55
C5' 0.20 0.44 0.17 0.51 0.31 0.62 0.34 1.21 0.43 0.19 0.47 0.48 0.35 0.26 0.23 0.73 0.28 0.31 1.03 0.48 1.34 1.51 1.29
C6 0.11 0.23 0.09 0.62 0.16 0.70 0.20 1.28 0.26 0.11 0.26 0.25 0.17 0.16 0.12 0.47 0.35 0.40 1.14 0.31 1.38 1.63 1.38
N1 0.14 0.29 0.09 0.53 0.20 0.56 0.23 1.04 0.31 0.13 0.32 0.31 0.23 0.18 0.15 0.53 0.28 0.29 0.84 0.35 0.99 1.17 0.98
N3 0.13 0.22 0.10 0.50 0.17 0.50 0.19 0.92 0.24 0.12 0.24 0.24 0.18 0.16 0.14 0.48 0.23 0.26 0.71 0.26 0.76 0.91 0.76
O2 0.19 0.36 0.16 0.37 0.26 0.31 0.27 0.61 0.35 0.15 0.38 0.39 0.30 0.18 0.19 0.57 0.18 0.13 0.39 0.39 0.32 0.41 0.29
O2' 0.25 0.55 0.28 0.28 0.37 0.29 0.38 0.64 0.51 0.20 0.58 0.62 0.45 0.25 0.27 0.74 0.10 0.14 0.45 0.56 0.40 0.50 0.39
O3' 0.42 0.78 0.52 0.10 0.57 0.23 0.57 0.68 0.71 0.34 0.81 0.87 0.67 0.41 0.44 1.07 0.16 0.10 0.53 0.74 0.60 0.70 0.59
O4 0.09 0.10 0.15 0.65 0.08 0.74 0.10 1.30 0.13 0.07 0.12 0.10 0.08 0.11 0.08 0.34 0.31 0.47 1.17 0.16 1.29 1.52 1.33
O4' 0.13 0.29 0.10 0.62 0.19 0.64 0.22 1.17 0.30 0.12 0.32 0.32 0.22 0.17 0.14 0.52 0.40 0.34 0.95 0.35 1.18 1.36 1.14
O5' 0.20 0.44 0.19 0.51 0.32 0.68 0.35 1.32 0.44 0.20 0.48 0.48 0.36 0.27 0.23 0.75 0.28 0.37 1.19 0.49 1.55 1.75 1.51
OP1 0.18 0.45 0.22 0.54 0.29 0.81 0.31 1.48 0.43 0.16 0.49 0.51 0.35 0.21 0.19 0.79 0.29 0.53 1.43 0.48 1.84 2.00 1.80
OP2 0.21 0.47 0.23 0.51 0.33 0.80 0.37 1.54 0.47 0.20 0.51 0.52 0.38 0.27 0.24 0.82 0.27 0.48 1.50 0.52 1.99 2.19 1.94
P 0.22 0.47 0.22 0.50 0.33 0.74 0.36 1.43 0.46 0.21 0.50 0.52 0.38 0.28 0.24 0.81 0.26 0.43 1.36 0.51 1.80 2.00 1.76

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.22 0.01 0.21 0.02 0.31 0.41 0.25
C2 0.02 0.00 0.03 0.05 0.01 0.34 0.02 0.71 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.03 0.35 1.32 0.02 1.52 2.02 1.70
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.11 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.36 0.02 0.47 0.71 0.49
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.09 0.00 0.21 0.01 0.18 0.33 0.07 0.15 0.08 0.33 0.17 0.01 0.00 0.02 0.15 0.23 0.32 0.32 0.23
C4 0.01 0.01 0.01 0.09 0.00 0.12 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.02 0.19 0.71 0.01 0.77 1.06 0.87
C4' 0.01 0.34 0.01 0.00 0.12 0.00 0.03 0.00 0.06 0.30 0.21 0.47 0.34 0.23 0.07 0.22 0.01 0.00 0.01 0.02 0.25 0.09 0.06
C5 0.01 0.02 0.02 0.21 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.22 0.07 0.09 0.50 0.01 0.54 0.79 0.63
C5' 0.03 0.71 0.11 0.01 0.26 0.00 0.04 0.00 0.18 0.47 0.48 0.96 0.67 0.37 0.07 0.09 0.14 0.01 0.01 0.08 0.19 0.18 0.02
C6 0.01 0.02 0.02 0.18 0.01 0.06 0.00 0.18 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.20 0.11 0.16 0.72 0.00 0.83 1.13 0.94
C8 0.03 0.02 0.02 0.33 0.01 0.30 0.01 0.47 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.29 0.04 0.18 0.27 0.02 0.25 0.24 0.17
N1 0.01 0.01 0.02 0.07 0.00 0.21 0.00 0.48 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.10 0.08 0.27 1.08 0.02 1.27 1.69 1.43
N2 0.02 0.01 0.03 0.15 0.01 0.47 0.03 0.96 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.12 0.03 0.42 1.60 0.04 1.95 2.54 2.15
N3 0.02 0.00 0.03 0.08 0.00 0.34 0.01 0.67 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.05 0.35 1.21 0.01 1.31 1.76 1.49
N7 0.03 0.03 0.02 0.33 0.01 0.23 0.01 0.37 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.31 0.09 0.09 0.19 0.01 0.13 0.25 0.06
N9 0.00 0.01 0.01 0.17 0.01 0.07 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.15 0.05 0.01 0.28 0.02 0.32 0.49 0.33
O2' 0.02 0.05 0.00 0.01 0.11 0.22 0.22 0.09 0.20 0.29 0.10 0.12 0.06 0.31 0.15 0.00 0.03 0.16 0.10 0.25 0.33 0.59 0.25
O3' 0.22 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.07 0.14 0.11 0.04 0.08 0.03 0.05 0.09 0.05 0.03 0.00 0.13 0.08 0.14 0.24 0.10 0.06
O4' 0.01 0.35 0.02 0.02 0.19 0.00 0.09 0.01 0.16 0.18 0.27 0.42 0.35 0.09 0.01 0.16 0.13 0.00 0.10 0.12 0.25 0.16 0.08
O5' 0.21 1.32 0.36 0.15 0.71 0.01 0.50 0.01 0.72 0.27 1.08 1.60 1.21 0.19 0.28 0.10 0.08 0.10 0.00 0.61 0.01 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.02 0.23 0.01 0.02 0.01 0.08 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.25 0.14 0.12 0.61 0.00 0.71 0.97 0.81
OP1 0.31 1.52 0.47 0.32 0.77 0.25 0.54 0.19 0.83 0.25 1.27 1.95 1.31 0.13 0.32 0.33 0.24 0.25 0.01 0.71 0.00 0.02 0.01
OP2 0.41 2.02 0.71 0.32 1.06 0.09 0.79 0.18 1.13 0.24 1.69 2.54 1.76 0.25 0.49 0.59 0.10 0.16 0.02 0.97 0.02 0.00 0.01
P 0.25 1.70 0.49 0.23 0.87 0.06 0.63 0.02 0.94 0.17 1.43 2.15 1.49 0.06 0.33 0.25 0.06 0.08 0.01 0.81 0.01 0.01 0.00