ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53398

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 10, 12, 17, 18, 30, 22, 12, 13, 1, 2, 1, 5, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.008, 0.017, 0.027, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.008, 0.017, 0.027, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.008, 0.018, 0.029, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.018 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.006, 0.020, 0.033, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.020 std_dev=0.013
N4 A 0, 0.019, 0.048, 0.077, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.048 std_dev=0.029
O2 A 0, 0.019, 0.053, 0.086, 0.272 max_d=0.272 avg_d=0.053 std_dev=0.034
C2' A 0, 0.067, 0.167, 0.268, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.167 std_dev=0.100
O4' A 0, 0.048, 0.149, 0.249, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.149 std_dev=0.100
O2' A 0, 0.145, 0.277, 0.408, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.277 std_dev=0.132
C4' A 0, 0.099, 0.243, 0.387, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.243 std_dev=0.144
C3' A 0, 0.101, 0.266, 0.431, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.266 std_dev=0.165
N3 B 0, 0.223, 0.431, 0.640, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.431 std_dev=0.208
C2 B 0, 0.239, 0.470, 0.701, 1.302 max_d=1.302 avg_d=0.470 std_dev=0.231
O3' A 0, 0.165, 0.410, 0.656, 1.232 max_d=1.232 avg_d=0.410 std_dev=0.245
C4 B 0, 0.252, 0.504, 0.757, 1.304 max_d=1.304 avg_d=0.504 std_dev=0.252
C5' A 0, 0.150, 0.408, 0.666, 1.433 max_d=1.433 avg_d=0.408 std_dev=0.258
N1 B 0, 0.279, 0.546, 0.813, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.546 std_dev=0.267
C6 B 0, 0.293, 0.597, 0.900, 1.474 max_d=1.474 avg_d=0.597 std_dev=0.304
C5 B 0, 0.283, 0.595, 0.906, 1.596 max_d=1.596 avg_d=0.595 std_dev=0.312
N9 B 0, 0.271, 0.588, 0.905, 1.628 max_d=1.628 avg_d=0.588 std_dev=0.317
O2' B 0, 0.281, 0.601, 0.921, 1.434 max_d=1.434 avg_d=0.601 std_dev=0.320
C2' B 0, 0.277, 0.602, 0.926, 1.738 max_d=1.738 avg_d=0.602 std_dev=0.324
C1' B 0, 0.254, 0.583, 0.913, 1.781 max_d=1.781 avg_d=0.583 std_dev=0.329
O5' A 0, 0.129, 0.477, 0.826, 2.316 max_d=2.316 avg_d=0.477 std_dev=0.348
N6 B 0, 0.334, 0.716, 1.098, 1.736 max_d=1.736 avg_d=0.716 std_dev=0.382
C8 B 0, 0.312, 0.731, 1.150, 2.224 max_d=2.224 avg_d=0.731 std_dev=0.419
N7 B 0, 0.312, 0.731, 1.151, 2.269 max_d=2.269 avg_d=0.731 std_dev=0.419
C3' B 0, 0.310, 0.759, 1.207, 2.487 max_d=2.487 avg_d=0.759 std_dev=0.449
O4' B 0, 0.301, 0.761, 1.222, 2.490 max_d=2.490 avg_d=0.761 std_dev=0.460
P A 0, 0.189, 0.666, 1.142, 3.895 max_d=3.895 avg_d=0.666 std_dev=0.477
O3' B 0, 0.325, 0.818, 1.311, 2.769 max_d=2.769 avg_d=0.818 std_dev=0.493
C4' B 0, 0.313, 0.840, 1.368, 2.815 max_d=2.815 avg_d=0.840 std_dev=0.527
OP2 A 0, 0.208, 0.771, 1.334, 4.769 max_d=4.769 avg_d=0.771 std_dev=0.563
OP1 A 0, 0.211, 0.788, 1.364, 4.623 max_d=4.623 avg_d=0.788 std_dev=0.577
C5' B 0, 0.359, 1.135, 1.911, 3.581 max_d=3.581 avg_d=1.135 std_dev=0.776
O5' B 0, 0.481, 1.324, 2.168, 3.438 max_d=3.438 avg_d=1.324 std_dev=0.843
P B 0, 0.835, 2.071, 3.307, 4.411 max_d=4.411 avg_d=2.071 std_dev=1.236
OP2 B 0, 0.911, 2.394, 3.877, 5.667 max_d=5.667 avg_d=2.394 std_dev=1.483
OP1 B 0, 1.119, 2.623, 4.126, 6.968 max_d=6.968 avg_d=2.623 std_dev=1.504

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.09 0.08 0.13 0.09
C2 0.03 0.00 0.07 0.08 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.09 0.03 0.19 0.16 0.27 0.20
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.06 0.05 0.12 0.00 0.02 0.01 0.10 0.14 0.11 0.08
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.08 0.00 0.10 0.02 0.10 0.05 0.08 0.09 0.12 0.02 0.01 0.01 0.13 0.19 0.11 0.12
C4 0.02 0.01 0.04 0.08 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.10 0.03 0.27 0.28 0.41 0.32
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.04 0.05 0.07 0.06 0.05 0.02 0.00 0.01 0.09 0.07 0.02
C5 0.02 0.01 0.05 0.10 0.00 0.08 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.12 0.03 0.29 0.31 0.41 0.34
C5' 0.03 0.08 0.02 0.02 0.12 0.01 0.14 0.00 0.13 0.08 0.10 0.13 0.07 0.05 0.04 0.01 0.01 0.10 0.11 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.10 0.01 0.08 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.11 0.03 0.26 0.24 0.32 0.27
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.02 0.18 0.16 0.24 0.19
N3 0.02 0.01 0.06 0.08 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.10 0.03 0.23 0.22 0.35 0.26
N4 0.02 0.01 0.05 0.09 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.11 0.03 0.29 0.32 0.46 0.35
O2 0.05 0.01 0.12 0.12 0.02 0.06 0.01 0.07 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.11 0.14 0.05 0.15 0.13 0.23 0.16
O2' 0.02 0.07 0.00 0.02 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.02 0.06 0.05 0.11 0.00 0.05 0.04 0.04 0.15 0.07 0.05
O3' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.10 0.02 0.12 0.04 0.11 0.05 0.10 0.11 0.14 0.05 0.00 0.02 0.13 0.26 0.15 0.16
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.02 0.00 0.07 0.08 0.12 0.09
O5' 0.09 0.19 0.10 0.13 0.27 0.01 0.29 0.01 0.26 0.18 0.23 0.29 0.15 0.04 0.13 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.08 0.16 0.14 0.19 0.28 0.09 0.31 0.10 0.24 0.16 0.22 0.32 0.13 0.15 0.26 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.27 0.11 0.11 0.41 0.07 0.41 0.11 0.32 0.24 0.35 0.46 0.23 0.07 0.15 0.12 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.20 0.08 0.12 0.32 0.02 0.34 0.02 0.27 0.19 0.26 0.35 0.16 0.05 0.16 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.20 0.21 0.21 0.16 0.21 0.15 0.21 0.17 0.16 0.20 0.18 0.18 0.15 0.17 0.20 0.24 0.23 0.25 0.30 0.59 0.24
C2 0.23 0.18 0.20 0.20 0.18 0.25 0.18 0.26 0.19 0.19 0.20 0.18 0.21 0.18 0.20 0.19 0.22 0.29 0.29 0.32 0.72 0.34
C2' 0.22 0.17 0.20 0.19 0.12 0.29 0.12 0.32 0.14 0.15 0.18 0.12 0.15 0.13 0.16 0.19 0.22 0.28 0.23 0.36 0.49 0.25
C3' 0.19 0.17 0.18 0.17 0.12 0.29 0.12 0.35 0.14 0.14 0.18 0.13 0.15 0.12 0.14 0.17 0.22 0.26 0.22 0.51 0.36 0.27
C4 0.23 0.18 0.20 0.20 0.18 0.25 0.18 0.26 0.20 0.19 0.21 0.18 0.23 0.18 0.19 0.19 0.24 0.29 0.27 0.31 0.68 0.29
C4' 0.16 0.21 0.19 0.21 0.14 0.21 0.14 0.24 0.17 0.14 0.20 0.17 0.17 0.14 0.13 0.18 0.26 0.19 0.20 0.52 0.38 0.20
C5 0.21 0.19 0.21 0.22 0.16 0.23 0.16 0.25 0.19 0.17 0.20 0.17 0.21 0.16 0.17 0.20 0.27 0.26 0.24 0.34 0.60 0.23
C5' 0.15 0.22 0.20 0.23 0.15 0.22 0.16 0.26 0.19 0.15 0.22 0.18 0.20 0.15 0.14 0.18 0.30 0.18 0.23 0.68 0.38 0.29
C6 0.21 0.19 0.21 0.22 0.16 0.23 0.16 0.23 0.18 0.16 0.20 0.17 0.20 0.16 0.17 0.20 0.27 0.25 0.23 0.35 0.57 0.22
N1 0.21 0.19 0.20 0.21 0.16 0.23 0.16 0.23 0.17 0.16 0.19 0.17 0.19 0.16 0.17 0.19 0.24 0.25 0.25 0.30 0.63 0.26
N3 0.24 0.18 0.20 0.20 0.19 0.26 0.20 0.28 0.21 0.20 0.21 0.19 0.23 0.20 0.21 0.19 0.22 0.31 0.30 0.34 0.75 0.36
N4 0.24 0.19 0.20 0.20 0.19 0.26 0.20 0.28 0.22 0.20 0.22 0.19 0.25 0.20 0.20 0.19 0.24 0.31 0.28 0.32 0.71 0.31
O2 0.25 0.18 0.21 0.22 0.20 0.27 0.20 0.28 0.20 0.22 0.20 0.20 0.21 0.20 0.22 0.20 0.23 0.31 0.33 0.38 0.80 0.42
O2' 0.22 0.20 0.22 0.22 0.11 0.28 0.12 0.29 0.14 0.15 0.19 0.14 0.15 0.12 0.15 0.21 0.24 0.27 0.25 0.32 0.52 0.27
O3' 0.22 0.20 0.20 0.23 0.15 0.37 0.15 0.48 0.16 0.18 0.20 0.16 0.16 0.16 0.17 0.22 0.27 0.31 0.33 0.66 0.37 0.43
O4' 0.19 0.26 0.24 0.27 0.19 0.21 0.19 0.21 0.22 0.18 0.25 0.22 0.22 0.19 0.18 0.23 0.31 0.20 0.27 0.42 0.55 0.24
O5' 0.16 0.22 0.18 0.20 0.14 0.22 0.15 0.29 0.19 0.14 0.22 0.17 0.20 0.14 0.13 0.17 0.26 0.20 0.21 0.65 0.36 0.25
OP1 0.25 0.22 0.26 0.29 0.19 0.34 0.20 0.43 0.21 0.23 0.23 0.19 0.22 0.21 0.22 0.26 0.36 0.30 0.38 0.93 0.47 0.49
OP2 0.19 0.24 0.19 0.21 0.16 0.26 0.18 0.34 0.22 0.16 0.26 0.18 0.24 0.16 0.16 0.19 0.28 0.25 0.25 0.71 0.37 0.29
P 0.17 0.23 0.20 0.23 0.15 0.25 0.17 0.32 0.21 0.16 0.25 0.18 0.23 0.16 0.15 0.19 0.30 0.21 0.26 0.76 0.39 0.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.18 0.36 0.43 0.26
C2 0.03 0.00 0.16 0.19 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.22 0.06 0.38 0.62 0.95 0.56
C2' 0.00 0.16 0.00 0.01 0.09 0.02 0.06 0.03 0.09 0.07 0.13 0.16 0.08 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.24 0.27 0.39 0.16
C3' 0.01 0.19 0.01 0.00 0.13 0.01 0.13 0.04 0.16 0.12 0.18 0.17 0.16 0.13 0.08 0.02 0.01 0.02 0.31 0.32 0.39 0.22
C4 0.02 0.01 0.09 0.13 0.00 0.05 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.13 0.03 0.41 0.65 0.91 0.58
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.08 0.12 0.06 0.06 0.11 0.12 0.06 0.06 0.02 0.00 0.02 0.30 0.18 0.13
C5 0.01 0.01 0.06 0.13 0.00 0.08 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.07 0.14 0.03 0.51 0.87 1.15 0.78
C5' 0.04 0.11 0.03 0.04 0.14 0.01 0.23 0.00 0.22 0.28 0.16 0.08 0.27 0.30 0.16 0.07 0.04 0.02 0.01 0.13 0.27 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.16 0.01 0.08 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.17 0.03 0.52 0.91 1.23 0.82
C8 0.01 0.01 0.07 0.12 0.01 0.12 0.01 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.06 0.13 0.06 0.52 0.85 1.03 0.76
N1 0.03 0.00 0.13 0.18 0.01 0.06 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.21 0.05 0.46 0.78 1.13 0.71
N3 0.03 0.00 0.16 0.17 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.19 0.06 0.33 0.53 0.81 0.47
N6 0.02 0.01 0.08 0.16 0.01 0.11 0.02 0.27 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.10 0.18 0.04 0.58 1.05 1.38 0.94
N7 0.01 0.01 0.06 0.13 0.01 0.12 0.00 0.30 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.06 0.14 0.05 0.58 1.01 1.25 0.90
N9 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.06 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.07 0.01 0.38 0.59 0.78 0.52
O2' 0.02 0.15 0.00 0.02 0.08 0.06 0.07 0.07 0.10 0.06 0.13 0.14 0.10 0.06 0.03 0.00 0.05 0.05 0.08 0.45 0.22 0.16
O3' 0.02 0.22 0.02 0.01 0.13 0.02 0.14 0.04 0.17 0.13 0.21 0.19 0.18 0.14 0.07 0.05 0.00 0.02 0.28 0.61 0.43 0.28
O4' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.06 0.05 0.06 0.04 0.05 0.01 0.05 0.02 0.00 0.14 0.39 0.32 0.27
O5' 0.18 0.38 0.24 0.31 0.41 0.02 0.51 0.01 0.52 0.52 0.46 0.33 0.58 0.58 0.38 0.08 0.28 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.36 0.62 0.27 0.32 0.65 0.30 0.87 0.13 0.91 0.85 0.78 0.53 1.05 1.01 0.59 0.45 0.61 0.39 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.43 0.95 0.39 0.39 0.91 0.18 1.15 0.27 1.23 1.03 1.13 0.81 1.38 1.25 0.78 0.22 0.43 0.32 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.26 0.56 0.16 0.22 0.58 0.13 0.78 0.02 0.82 0.76 0.71 0.47 0.94 0.90 0.52 0.16 0.28 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00