ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53400

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 9, 3, 2, 12, 4, 5, 5, 6, 9, 6, 0, 1, 1, 2, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.001, 0.008, 0.015, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.008 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.008, 0.017, 0.027, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.007, 0.017, 0.026, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.008, 0.018, 0.027, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.018 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.016, 0.041, 0.066, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.041 std_dev=0.025
N4 A 0, 0.022, 0.057, 0.092, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.057 std_dev=0.035
O4' A 0, 0.051, 0.179, 0.307, 0.629 max_d=0.629 avg_d=0.179 std_dev=0.128
C2' A 0, 0.073, 0.203, 0.333, 0.680 max_d=0.680 avg_d=0.203 std_dev=0.130
O2' A 0, 0.116, 0.267, 0.419, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.267 std_dev=0.151
C4' A 0, 0.081, 0.276, 0.470, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.276 std_dev=0.194
C3' A 0, 0.098, 0.301, 0.505, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.301 std_dev=0.203
N3 B 0, 0.274, 0.565, 0.856, 1.356 max_d=1.356 avg_d=0.565 std_dev=0.291
O3' A 0, 0.147, 0.441, 0.735, 1.562 max_d=1.562 avg_d=0.441 std_dev=0.294
C5' A 0, 0.175, 0.508, 0.841, 1.573 max_d=1.573 avg_d=0.508 std_dev=0.333
C2 B 0, 0.350, 0.712, 1.073, 1.646 max_d=1.646 avg_d=0.712 std_dev=0.361
C4 B 0, 0.225, 0.592, 0.958, 1.431 max_d=1.431 avg_d=0.592 std_dev=0.366
C1' B 0, 0.304, 0.714, 1.125, 1.630 max_d=1.630 avg_d=0.714 std_dev=0.410
N9 B 0, 0.285, 0.700, 1.115, 1.640 max_d=1.640 avg_d=0.700 std_dev=0.415
C2' B 0, 0.279, 0.720, 1.162, 2.036 max_d=2.036 avg_d=0.720 std_dev=0.441
N1 B 0, 0.380, 0.823, 1.266, 2.296 max_d=2.296 avg_d=0.823 std_dev=0.443
O2' B 0, 0.247, 0.690, 1.133, 2.174 max_d=2.174 avg_d=0.690 std_dev=0.443
C5 B 0, 0.249, 0.726, 1.203, 2.011 max_d=2.011 avg_d=0.726 std_dev=0.477
C6 B 0, 0.270, 0.790, 1.310, 2.384 max_d=2.384 avg_d=0.790 std_dev=0.520
C8 B 0, 0.384, 0.910, 1.436, 2.198 max_d=2.198 avg_d=0.910 std_dev=0.526
N7 B 0, 0.358, 0.917, 1.476, 2.467 max_d=2.467 avg_d=0.917 std_dev=0.559
O4' B 0, 0.364, 0.966, 1.569, 2.334 max_d=2.334 avg_d=0.966 std_dev=0.603
C3' B 0, 0.342, 1.013, 1.684, 2.955 max_d=2.955 avg_d=1.013 std_dev=0.671
N6 B 0, 0.234, 0.920, 1.606, 3.199 max_d=3.199 avg_d=0.920 std_dev=0.686
P A 0, 0.349, 1.057, 1.766, 2.276 max_d=2.276 avg_d=1.057 std_dev=0.708
C4' B 0, 0.370, 1.097, 1.824, 2.899 max_d=2.899 avg_d=1.097 std_dev=0.727
O5' A 0, 0.121, 0.854, 1.587, 2.255 max_d=2.255 avg_d=0.854 std_dev=0.733
O3' B 0, 0.373, 1.183, 1.994, 3.557 max_d=3.557 avg_d=1.183 std_dev=0.810
O5' B 0, 0.650, 1.572, 2.493, 3.654 max_d=3.654 avg_d=1.572 std_dev=0.921
C5' B 0, 0.444, 1.376, 2.307, 3.592 max_d=3.592 avg_d=1.376 std_dev=0.931
OP1 A 0, 0.344, 1.319, 2.295, 3.317 max_d=3.317 avg_d=1.319 std_dev=0.975
OP2 A 0, 0.323, 1.338, 2.353, 3.827 max_d=3.827 avg_d=1.338 std_dev=1.015
P B 0, 0.683, 2.064, 3.445, 4.899 max_d=4.899 avg_d=2.064 std_dev=1.381
OP2 B 0, 0.875, 2.406, 3.936, 7.102 max_d=7.102 avg_d=2.406 std_dev=1.531
OP1 B 0, 0.867, 2.802, 4.737, 6.512 max_d=6.512 avg_d=2.802 std_dev=1.935

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.24 0.14 0.15 0.08
C2 0.01 0.00 0.09 0.09 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.11 0.04 0.51 0.31 0.49 0.28
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.01 0.07 0.02 0.08 0.02 0.08 0.05 0.16 0.00 0.02 0.01 0.28 0.31 0.20 0.16
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.06 0.00 0.09 0.03 0.10 0.03 0.08 0.07 0.15 0.02 0.01 0.01 0.35 0.52 0.23 0.27
C4 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.08 0.03 0.75 0.54 0.82 0.53
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.03 0.03 0.06 0.04 0.03 0.02 0.00 0.02 0.17 0.24 0.07
C5 0.01 0.01 0.07 0.09 0.00 0.08 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.11 0.04 0.80 0.59 0.82 0.56
C5' 0.03 0.07 0.02 0.03 0.13 0.01 0.15 0.00 0.13 0.08 0.10 0.15 0.05 0.04 0.05 0.01 0.01 0.35 0.38 0.01
C6 0.01 0.01 0.08 0.10 0.01 0.08 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.12 0.04 0.70 0.46 0.58 0.42
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.50 0.30 0.40 0.25
N3 0.01 0.00 0.08 0.08 0.00 0.03 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.11 0.03 0.63 0.42 0.67 0.41
N4 0.01 0.01 0.05 0.07 0.01 0.06 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.09 0.03 0.80 0.62 0.94 0.61
O2 0.02 0.01 0.16 0.15 0.01 0.04 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.15 0.19 0.06 0.38 0.22 0.38 0.19
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.05 0.03 0.05 0.04 0.05 0.02 0.08 0.06 0.15 0.00 0.04 0.03 0.07 0.16 0.17 0.08
O3' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.08 0.02 0.11 0.05 0.12 0.04 0.11 0.09 0.19 0.04 0.00 0.02 0.23 0.63 0.33 0.29
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.06 0.03 0.02 0.00 0.11 0.16 0.21 0.19
O5' 0.24 0.51 0.28 0.35 0.75 0.02 0.80 0.01 0.70 0.50 0.63 0.80 0.38 0.07 0.23 0.11 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.14 0.31 0.31 0.52 0.54 0.17 0.59 0.35 0.46 0.30 0.42 0.62 0.22 0.16 0.63 0.16 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.15 0.49 0.20 0.23 0.82 0.24 0.82 0.38 0.58 0.40 0.67 0.94 0.38 0.17 0.33 0.21 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.28 0.16 0.27 0.53 0.07 0.56 0.01 0.42 0.25 0.41 0.61 0.19 0.08 0.29 0.19 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.24 0.21 0.24 0.20 0.17 0.22 0.17 0.24 0.21 0.25 0.21 0.26 0.23 0.19 0.22 0.31 0.19 0.21 0.44 0.37 0.21
C2 0.22 0.25 0.12 0.14 0.22 0.17 0.24 0.19 0.26 0.22 0.26 0.22 0.28 0.24 0.22 0.16 0.21 0.28 0.27 0.45 0.61 0.35
C2' 0.18 0.13 0.17 0.18 0.13 0.18 0.13 0.18 0.14 0.15 0.14 0.12 0.15 0.14 0.15 0.21 0.23 0.22 0.17 0.37 0.35 0.21
C3' 0.19 0.13 0.23 0.26 0.14 0.22 0.14 0.22 0.14 0.17 0.14 0.13 0.15 0.16 0.16 0.28 0.35 0.23 0.20 0.34 0.30 0.20
C4 0.22 0.25 0.15 0.16 0.23 0.19 0.25 0.20 0.27 0.23 0.28 0.22 0.30 0.25 0.22 0.19 0.27 0.30 0.24 0.42 0.54 0.31
C4' 0.21 0.20 0.31 0.37 0.18 0.28 0.20 0.29 0.21 0.23 0.21 0.17 0.23 0.23 0.20 0.31 0.47 0.22 0.30 0.47 0.39 0.30
C5 0.20 0.24 0.20 0.23 0.20 0.19 0.22 0.19 0.25 0.20 0.26 0.21 0.27 0.22 0.19 0.24 0.35 0.25 0.19 0.40 0.39 0.20
C5' 0.23 0.21 0.36 0.45 0.19 0.34 0.21 0.37 0.22 0.25 0.23 0.17 0.25 0.25 0.22 0.35 0.59 0.26 0.42 0.56 0.56 0.43
C6 0.19 0.23 0.22 0.26 0.19 0.19 0.21 0.19 0.24 0.19 0.25 0.20 0.26 0.21 0.18 0.25 0.37 0.22 0.19 0.41 0.34 0.18
N1 0.18 0.24 0.18 0.20 0.20 0.16 0.21 0.16 0.24 0.19 0.25 0.21 0.26 0.21 0.18 0.20 0.29 0.22 0.20 0.42 0.42 0.22
N3 0.24 0.25 0.12 0.13 0.24 0.20 0.27 0.22 0.28 0.26 0.28 0.23 0.31 0.27 0.24 0.16 0.21 0.32 0.30 0.46 0.66 0.39
N4 0.24 0.25 0.14 0.15 0.24 0.20 0.27 0.23 0.30 0.26 0.29 0.23 0.33 0.28 0.24 0.19 0.26 0.33 0.27 0.43 0.59 0.36
O2 0.25 0.25 0.13 0.14 0.25 0.21 0.26 0.23 0.27 0.25 0.27 0.24 0.28 0.26 0.25 0.15 0.18 0.31 0.36 0.51 0.75 0.45
O2' 0.17 0.15 0.17 0.17 0.14 0.17 0.15 0.16 0.16 0.15 0.16 0.13 0.16 0.15 0.15 0.19 0.20 0.19 0.19 0.39 0.38 0.22
O3' 0.27 0.21 0.29 0.32 0.23 0.31 0.24 0.31 0.24 0.27 0.22 0.21 0.25 0.27 0.26 0.35 0.40 0.31 0.31 0.38 0.40 0.32
O4' 0.22 0.30 0.32 0.38 0.25 0.27 0.29 0.29 0.31 0.29 0.32 0.24 0.34 0.31 0.24 0.31 0.47 0.22 0.31 0.53 0.39 0.31
O5' 0.20 0.24 0.31 0.40 0.12 0.34 0.14 0.35 0.20 0.17 0.25 0.15 0.22 0.15 0.15 0.35 0.53 0.25 0.34 0.39 0.48 0.35
OP1 0.26 0.19 0.35 0.45 0.18 0.38 0.18 0.41 0.17 0.24 0.19 0.17 0.18 0.21 0.22 0.36 0.59 0.30 0.52 0.62 0.78 0.57
OP2 0.33 0.24 0.31 0.38 0.20 0.42 0.21 0.44 0.24 0.30 0.27 0.17 0.26 0.25 0.27 0.36 0.51 0.42 0.41 0.47 0.56 0.42
P 0.21 0.17 0.31 0.40 0.12 0.31 0.13 0.33 0.14 0.19 0.18 0.12 0.16 0.16 0.17 0.33 0.55 0.24 0.38 0.46 0.58 0.40

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.23 0.40 0.44 0.28
C2 0.03 0.00 0.16 0.18 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.23 0.06 0.42 0.69 0.92 0.52
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.09 0.01 0.07 0.01 0.10 0.08 0.14 0.16 0.09 0.07 0.03 0.01 0.02 0.01 0.14 0.30 0.25 0.15
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.12 0.01 0.13 0.02 0.16 0.15 0.17 0.16 0.17 0.15 0.08 0.02 0.01 0.01 0.15 0.32 0.19 0.11
C4 0.02 0.01 0.09 0.12 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.14 0.03 0.46 0.67 0.93 0.55
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.07 0.09 0.06 0.05 0.08 0.10 0.04 0.04 0.03 0.00 0.01 0.14 0.19 0.04
C5 0.01 0.01 0.07 0.13 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.16 0.03 0.59 0.81 1.22 0.72
C5' 0.02 0.08 0.01 0.02 0.08 0.01 0.13 0.00 0.13 0.15 0.10 0.06 0.16 0.17 0.08 0.04 0.04 0.01 0.01 0.16 0.31 0.01
C6 0.02 0.01 0.10 0.16 0.01 0.07 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.19 0.04 0.59 0.85 1.29 0.74
C8 0.01 0.01 0.08 0.15 0.01 0.09 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.16 0.04 0.62 0.75 1.15 0.71
N1 0.03 0.00 0.14 0.17 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.22 0.05 0.51 0.79 1.13 0.65
N3 0.03 0.00 0.16 0.16 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.20 0.06 0.36 0.61 0.78 0.45
N6 0.02 0.01 0.09 0.17 0.01 0.08 0.01 0.16 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.08 0.21 0.04 0.66 0.93 1.46 0.84
N7 0.01 0.01 0.07 0.15 0.00 0.10 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.18 0.03 0.68 0.86 1.37 0.82
N9 0.00 0.01 0.03 0.08 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.08 0.01 0.45 0.60 0.83 0.51
O2' 0.02 0.16 0.01 0.02 0.08 0.04 0.06 0.04 0.09 0.05 0.13 0.15 0.08 0.04 0.02 0.00 0.04 0.04 0.06 0.23 0.17 0.06
O3' 0.02 0.23 0.02 0.01 0.14 0.03 0.16 0.04 0.19 0.16 0.22 0.20 0.21 0.18 0.08 0.04 0.00 0.03 0.24 0.48 0.40 0.23
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.05 0.06 0.04 0.03 0.01 0.04 0.03 0.00 0.22 0.38 0.35 0.26
O5' 0.23 0.42 0.14 0.15 0.46 0.01 0.59 0.01 0.59 0.62 0.51 0.36 0.66 0.68 0.45 0.06 0.24 0.22 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.40 0.69 0.30 0.32 0.67 0.14 0.81 0.16 0.85 0.75 0.79 0.61 0.93 0.86 0.60 0.23 0.48 0.38 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.44 0.92 0.25 0.19 0.93 0.19 1.22 0.31 1.29 1.15 1.13 0.78 1.46 1.37 0.83 0.17 0.40 0.35 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.28 0.52 0.15 0.11 0.55 0.04 0.72 0.01 0.74 0.71 0.65 0.45 0.84 0.82 0.51 0.06 0.23 0.26 0.00 0.01 0.01 0.00