ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53405

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.010, 0.019, 0.028, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.001, 0.013, 0.026, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.013 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.006, 0.019, 0.031, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.004, 0.018, 0.032, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.018 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.005, 0.022, 0.038, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.022 std_dev=0.017
C6 A 0, 0.004, 0.022, 0.039, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.022 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.007, 0.025, 0.044, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.025 std_dev=0.018
O2 A 0, 0.009, 0.037, 0.066, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.037 std_dev=0.028
N4 A 0, 0.020, 0.051, 0.082, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.051 std_dev=0.031
O4' A 0, 0.007, 0.117, 0.227, 0.318 max_d=0.318 avg_d=0.117 std_dev=0.110
C2' A 0, 0.035, 0.158, 0.280, 0.373 max_d=0.373 avg_d=0.158 std_dev=0.123
C3' A 0, 0.025, 0.220, 0.414, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.220 std_dev=0.194
O2' A 0, 0.052, 0.267, 0.483, 0.674 max_d=0.674 avg_d=0.267 std_dev=0.215
C4' A 0, 0.027, 0.244, 0.462, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.244 std_dev=0.218
O3' A 0, 0.033, 0.341, 0.649, 0.917 max_d=0.917 avg_d=0.341 std_dev=0.308
N3 B 0, 0.277, 0.603, 0.930, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.603 std_dev=0.327
C5' A 0, 0.074, 0.439, 0.804, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.439 std_dev=0.365
C4 B 0, 0.286, 0.652, 1.019, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.652 std_dev=0.366
N9 B 0, 0.334, 0.725, 1.117, 1.311 max_d=1.311 avg_d=0.725 std_dev=0.392
C2 B 0, 0.421, 0.829, 1.237, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.829 std_dev=0.408
C1' B 0, 0.395, 0.845, 1.296, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.845 std_dev=0.451
C8 B 0, 0.516, 1.061, 1.606, 1.768 max_d=1.768 avg_d=1.061 std_dev=0.545
C5 B 0, 0.389, 1.003, 1.617, 1.623 max_d=1.623 avg_d=1.003 std_dev=0.614
O4' B 0, 0.508, 1.126, 1.744, 1.715 max_d=1.715 avg_d=1.126 std_dev=0.618
N7 B 0, 0.609, 1.276, 1.943, 1.954 max_d=1.954 avg_d=1.276 std_dev=0.667
N1 B 0, 0.381, 1.072, 1.762, 1.836 max_d=1.836 avg_d=1.072 std_dev=0.690
C2' B 0, 0.379, 1.093, 1.806, 1.958 max_d=1.958 avg_d=1.093 std_dev=0.714
C6 B 0, 0.351, 1.177, 2.002, 2.101 max_d=2.101 avg_d=1.177 std_dev=0.825
O5' A 0, 0.230, 1.087, 1.944, 2.355 max_d=2.355 avg_d=1.087 std_dev=0.857
C4' B 0, 0.472, 1.428, 2.384, 2.433 max_d=2.433 avg_d=1.428 std_dev=0.956
C3' B 0, 0.381, 1.446, 2.511, 2.588 max_d=2.588 avg_d=1.446 std_dev=1.065
O2' B 0, 0.502, 1.593, 2.684, 3.148 max_d=3.148 avg_d=1.593 std_dev=1.091
N6 B 0, 0.504, 1.627, 2.750, 2.963 max_d=2.963 avg_d=1.627 std_dev=1.123
C5' B 0, 0.452, 1.681, 2.911, 3.270 max_d=3.270 avg_d=1.681 std_dev=1.229
P B 0, 0.209, 1.443, 2.677, 3.635 max_d=3.635 avg_d=1.443 std_dev=1.234
O5' B 0, 0.148, 1.514, 2.881, 4.155 max_d=4.155 avg_d=1.514 std_dev=1.366
P A 0, 0.150, 1.591, 3.031, 3.772 max_d=3.772 avg_d=1.591 std_dev=1.440
O3' B 0, 0.682, 2.180, 3.678, 3.513 max_d=3.513 avg_d=2.180 std_dev=1.498
OP2 B 0, 0.258, 1.932, 3.606, 5.009 max_d=5.009 avg_d=1.932 std_dev=1.674
OP2 A 0, -0.007, 1.669, 3.344, 4.707 max_d=4.707 avg_d=1.669 std_dev=1.676
OP1 B 0, 0.329, 2.136, 3.942, 4.722 max_d=4.722 avg_d=2.136 std_dev=1.807
OP1 A 0, 0.150, 2.034, 3.919, 4.602 max_d=4.602 avg_d=2.034 std_dev=1.884

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.07 0.03 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.18 0.32 0.22 0.21
C2 0.03 0.00 0.08 0.06 0.02 0.07 0.02 0.20 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.12 0.07 0.04 0.30 0.18 0.38 0.09
C2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.06 0.01 0.06 0.03 0.07 0.03 0.08 0.07 0.11 0.00 0.02 0.01 0.23 0.36 0.23 0.12
C3' 0.02 0.06 0.01 0.00 0.12 0.00 0.16 0.02 0.16 0.08 0.08 0.13 0.07 0.01 0.01 0.02 0.33 0.48 0.33 0.26
C4 0.02 0.02 0.06 0.12 0.00 0.16 0.01 0.36 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.13 0.07 0.33 0.26 0.60 0.29
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.16 0.00 0.21 0.01 0.20 0.09 0.11 0.18 0.05 0.02 0.02 0.01 0.02 0.30 0.26 0.15
C5 0.03 0.02 0.06 0.16 0.01 0.21 0.00 0.41 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.18 0.07 0.30 0.27 0.57 0.30
C5' 0.07 0.20 0.03 0.02 0.36 0.01 0.41 0.00 0.35 0.21 0.28 0.40 0.12 0.02 0.03 0.02 0.01 0.29 0.36 0.03
C6 0.03 0.02 0.07 0.16 0.01 0.20 0.00 0.35 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.06 0.17 0.07 0.27 0.16 0.42 0.18
N1 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.09 0.01 0.21 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.08 0.03 0.27 0.18 0.32 0.10
N3 0.02 0.00 0.08 0.08 0.01 0.11 0.01 0.28 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.12 0.09 0.05 0.33 0.20 0.51 0.19
N4 0.03 0.03 0.07 0.13 0.01 0.18 0.02 0.40 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.08 0.14 0.08 0.34 0.36 0.70 0.38
O2 0.05 0.00 0.11 0.07 0.02 0.05 0.02 0.12 0.03 0.03 0.01 0.04 0.00 0.19 0.11 0.05 0.28 0.26 0.31 0.09
O2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.07 0.02 0.04 0.02 0.06 0.03 0.12 0.08 0.19 0.00 0.04 0.06 0.07 0.36 0.16 0.17
O3' 0.03 0.07 0.02 0.01 0.13 0.02 0.18 0.03 0.17 0.08 0.09 0.14 0.11 0.04 0.00 0.03 0.34 0.62 0.41 0.36
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.07 0.01 0.07 0.02 0.07 0.03 0.05 0.08 0.05 0.06 0.03 0.00 0.22 0.41 0.36 0.37
O5' 0.18 0.30 0.23 0.33 0.33 0.02 0.30 0.01 0.27 0.27 0.33 0.34 0.28 0.07 0.34 0.22 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.32 0.18 0.36 0.48 0.26 0.30 0.27 0.29 0.16 0.18 0.20 0.36 0.26 0.36 0.62 0.41 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.38 0.23 0.33 0.60 0.26 0.57 0.36 0.42 0.32 0.51 0.70 0.31 0.16 0.41 0.36 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.09 0.12 0.26 0.29 0.15 0.30 0.03 0.18 0.10 0.19 0.38 0.09 0.17 0.36 0.37 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.34 0.10 0.37 0.58 0.17 0.53 0.14 0.50 0.12 0.22 0.10 0.19 0.15 0.17 0.25 0.45 1.14 0.39 0.40 0.72 0.54 0.40
C2 0.26 0.13 0.36 0.48 0.18 0.42 0.27 0.35 0.33 0.25 0.28 0.12 0.42 0.30 0.21 0.61 0.99 0.29 0.32 0.83 0.34 0.36
C2' 0.25 0.21 0.24 0.46 0.09 0.46 0.08 0.42 0.13 0.16 0.20 0.11 0.14 0.10 0.17 0.30 1.11 0.32 0.27 0.52 0.39 0.24
C3' 0.34 0.22 0.33 0.59 0.13 0.61 0.13 0.60 0.16 0.26 0.24 0.09 0.18 0.19 0.24 0.38 1.26 0.43 0.38 0.45 0.57 0.36
C4 0.30 0.12 0.43 0.61 0.16 0.52 0.28 0.48 0.37 0.25 0.31 0.12 0.50 0.31 0.21 0.66 1.10 0.34 0.38 0.90 0.44 0.41
C4' 0.47 0.07 0.47 0.75 0.24 0.74 0.22 0.75 0.13 0.38 0.09 0.14 0.13 0.30 0.37 0.50 1.38 0.55 0.60 0.60 0.83 0.57
C5 0.36 0.11 0.47 0.70 0.15 0.62 0.20 0.60 0.28 0.22 0.24 0.15 0.39 0.24 0.23 0.61 1.21 0.41 0.49 0.90 0.57 0.48
C5' 0.51 0.06 0.55 0.88 0.25 0.85 0.23 0.92 0.11 0.42 0.07 0.14 0.10 0.33 0.40 0.58 1.49 0.63 0.80 0.73 1.01 0.74
C6 0.38 0.11 0.46 0.71 0.16 0.64 0.16 0.62 0.21 0.23 0.19 0.18 0.30 0.20 0.25 0.57 1.24 0.44 0.52 0.86 0.61 0.49
N1 0.32 0.10 0.38 0.58 0.14 0.53 0.17 0.49 0.21 0.21 0.18 0.15 0.28 0.20 0.21 0.55 1.12 0.36 0.39 0.79 0.49 0.40
N3 0.26 0.15 0.39 0.51 0.20 0.43 0.33 0.36 0.41 0.29 0.34 0.12 0.53 0.36 0.22 0.66 1.00 0.29 0.33 0.88 0.34 0.38
N4 0.31 0.13 0.46 0.62 0.18 0.53 0.31 0.48 0.41 0.27 0.34 0.12 0.57 0.35 0.22 0.70 1.10 0.34 0.38 0.94 0.43 0.42
O2 0.26 0.16 0.34 0.40 0.24 0.36 0.33 0.28 0.37 0.31 0.30 0.15 0.43 0.35 0.25 0.62 0.88 0.29 0.37 0.85 0.25 0.39
O2' 0.18 0.24 0.16 0.36 0.15 0.39 0.18 0.34 0.20 0.20 0.22 0.17 0.20 0.20 0.17 0.18 1.01 0.27 0.24 0.43 0.34 0.17
O3' 0.32 0.35 0.30 0.57 0.15 0.62 0.22 0.63 0.28 0.31 0.36 0.20 0.32 0.27 0.24 0.40 1.26 0.44 0.34 0.28 0.57 0.35
O4' 0.48 0.17 0.52 0.78 0.28 0.72 0.23 0.71 0.16 0.35 0.14 0.26 0.16 0.28 0.37 0.51 1.33 0.54 0.62 0.79 0.79 0.58
O5' 0.61 0.20 0.69 1.27 0.28 1.13 0.24 1.19 0.20 0.44 0.22 0.21 0.21 0.32 0.44 0.62 1.98 0.74 1.07 1.16 1.03 0.99
OP1 0.70 0.40 0.87 1.59 0.47 1.29 0.49 1.39 0.48 0.62 0.46 0.38 0.51 0.56 0.58 0.76 2.33 0.77 1.32 1.40 1.59 1.41
OP2 0.64 0.18 0.74 1.42 0.32 1.19 0.27 1.25 0.15 0.50 0.15 0.27 0.16 0.38 0.48 0.67 2.14 0.75 1.15 1.35 1.25 1.20
P 0.64 0.18 0.76 1.47 0.34 1.21 0.36 1.29 0.30 0.54 0.25 0.22 0.34 0.46 0.50 0.65 2.20 0.73 1.21 1.37 1.34 1.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.06 0.01 0.02 0.05 0.06 0.02 0.02 0.01 0.02 0.31 0.01 0.22 0.45 0.29 0.18
C2 0.06 0.00 0.23 0.17 0.03 0.12 0.02 0.20 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.37 0.38 0.19 0.44 0.57 0.52 0.41
C2' 0.00 0.23 0.00 0.01 0.14 0.02 0.09 0.16 0.13 0.11 0.19 0.23 0.11 0.07 0.02 0.00 0.04 0.03 0.32 0.73 0.65 0.54
C3' 0.03 0.17 0.01 0.00 0.25 0.01 0.38 0.03 0.37 0.43 0.27 0.13 0.44 0.47 0.25 0.03 0.01 0.01 0.16 0.32 0.95 0.46
C4 0.02 0.03 0.14 0.25 0.00 0.09 0.00 0.24 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.25 0.20 0.10 0.47 0.54 0.52 0.38
C4' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.09 0.00 0.18 0.01 0.16 0.32 0.10 0.13 0.22 0.31 0.14 0.24 0.03 0.00 0.02 0.25 0.53 0.14
C5 0.01 0.02 0.09 0.38 0.00 0.18 0.00 0.38 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.30 0.18 0.04 0.64 0.59 0.75 0.55
C5' 0.06 0.20 0.16 0.03 0.24 0.01 0.38 0.00 0.37 0.49 0.27 0.17 0.45 0.52 0.26 0.13 0.15 0.02 0.01 0.30 0.35 0.01
C6 0.01 0.01 0.13 0.37 0.00 0.16 0.00 0.37 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.33 0.18 0.07 0.66 0.63 0.80 0.60
C8 0.02 0.04 0.11 0.43 0.02 0.32 0.01 0.49 0.02 0.00 0.03 0.03 0.04 0.00 0.01 0.32 0.28 0.11 0.67 0.55 0.70 0.47
N1 0.05 0.00 0.19 0.27 0.02 0.10 0.02 0.27 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.35 0.26 0.15 0.56 0.61 0.68 0.52
N3 0.06 0.01 0.23 0.13 0.01 0.13 0.00 0.17 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.34 0.41 0.19 0.37 0.54 0.43 0.33
N6 0.02 0.01 0.11 0.44 0.02 0.22 0.02 0.45 0.00 0.04 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.35 0.23 0.05 0.75 0.67 0.98 0.72
N7 0.02 0.03 0.07 0.47 0.01 0.31 0.00 0.52 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.02 0.35 0.31 0.07 0.76 0.63 0.89 0.62
N9 0.01 0.04 0.02 0.25 0.01 0.14 0.01 0.26 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.19 0.14 0.01 0.43 0.50 0.43 0.29
O2' 0.02 0.37 0.00 0.03 0.25 0.24 0.30 0.13 0.33 0.32 0.35 0.34 0.35 0.35 0.19 0.00 0.07 0.20 0.25 0.75 0.78 0.57
O3' 0.31 0.38 0.04 0.01 0.20 0.03 0.18 0.15 0.18 0.28 0.26 0.41 0.23 0.31 0.14 0.07 0.00 0.18 0.29 0.48 1.42 0.68
O4' 0.01 0.19 0.03 0.01 0.10 0.00 0.04 0.02 0.07 0.11 0.15 0.19 0.05 0.07 0.01 0.20 0.18 0.00 0.23 0.30 0.22 0.15
O5' 0.22 0.44 0.32 0.16 0.47 0.02 0.64 0.01 0.66 0.67 0.56 0.37 0.75 0.76 0.43 0.25 0.29 0.23 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.45 0.57 0.73 0.32 0.54 0.25 0.59 0.30 0.63 0.55 0.61 0.54 0.67 0.63 0.50 0.75 0.48 0.30 0.01 0.00 0.03 0.01
OP2 0.29 0.52 0.65 0.95 0.52 0.53 0.75 0.35 0.80 0.70 0.68 0.43 0.98 0.89 0.43 0.78 1.42 0.22 0.01 0.03 0.00 0.01
P 0.18 0.41 0.54 0.46 0.38 0.14 0.55 0.01 0.60 0.47 0.52 0.33 0.72 0.62 0.29 0.57 0.68 0.15 0.00 0.01 0.01 0.00