ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53406

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C2 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
N4 A 0, 0.000, 0.054, 0.109, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.054 std_dev=0.054
O2 A 0, 0.000, 0.066, 0.132, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.066 std_dev=0.066
C2 B 0, 0.000, 0.212, 0.424, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.212 std_dev=0.212
N1 B 0, 0.000, 0.244, 0.488, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.244 std_dev=0.244
C2' A 0, 0.000, 0.259, 0.517, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.259 std_dev=0.259
O4' A 0, 0.000, 0.264, 0.527, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.264 std_dev=0.264
N3 B 0, 0.000, 0.294, 0.589, 0.589 max_d=0.589 avg_d=0.294 std_dev=0.294
O2' A 0, 0.000, 0.296, 0.592, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.296 std_dev=0.296
C6 B 0, 0.000, 0.350, 0.700, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.350 std_dev=0.350
C4 B 0, 0.000, 0.373, 0.746, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.373 std_dev=0.373
C4' A 0, 0.000, 0.374, 0.749, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.374 std_dev=0.374
C5 B 0, 0.000, 0.401, 0.802, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.401 std_dev=0.401
C3' A 0, 0.000, 0.413, 0.827, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.413 std_dev=0.413
O2' B 0, 0.000, 0.419, 0.838, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.419 std_dev=0.419
N6 B 0, 0.000, 0.476, 0.952, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.476 std_dev=0.476
N9 B 0, 0.000, 0.481, 0.962, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.481 std_dev=0.481
C1' B 0, 0.000, 0.511, 1.021, 1.021 max_d=1.021 avg_d=0.511 std_dev=0.511
N7 B 0, 0.000, 0.518, 1.037, 1.037 max_d=1.037 avg_d=0.518 std_dev=0.518
C2' B 0, 0.000, 0.524, 1.047, 1.047 max_d=1.047 avg_d=0.524 std_dev=0.524
C8 B 0, 0.000, 0.546, 1.092, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.546 std_dev=0.546
O3' A 0, 0.000, 0.572, 1.144, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.572 std_dev=0.572
C5' A 0, 0.000, 0.661, 1.322, 1.322 max_d=1.322 avg_d=0.661 std_dev=0.661
O4' B 0, 0.000, 0.789, 1.579, 1.579 max_d=1.579 avg_d=0.789 std_dev=0.789
C3' B 0, 0.000, 0.860, 1.719, 1.719 max_d=1.719 avg_d=0.860 std_dev=0.860
C4' B 0, 0.000, 0.962, 1.924, 1.924 max_d=1.924 avg_d=0.962 std_dev=0.962
O3' B 0, 0.000, 1.066, 2.133, 2.133 max_d=2.133 avg_d=1.066 std_dev=1.066
P A 0, 0.000, 1.106, 2.213, 2.213 max_d=2.213 avg_d=1.106 std_dev=1.106
O5' A 0, 0.000, 1.119, 2.239, 2.239 max_d=2.239 avg_d=1.119 std_dev=1.119
O5' B 0, 0.000, 1.348, 2.696, 2.696 max_d=2.696 avg_d=1.348 std_dev=1.348
C5' B 0, 0.000, 1.362, 2.723, 2.723 max_d=2.723 avg_d=1.362 std_dev=1.362
OP1 B 0, 0.000, 1.406, 2.813, 2.813 max_d=2.813 avg_d=1.406 std_dev=1.406
P B 0, 0.000, 1.459, 2.918, 2.918 max_d=2.918 avg_d=1.459 std_dev=1.459
OP2 B 0, 0.000, 1.531, 3.061, 3.061 max_d=3.061 avg_d=1.531 std_dev=1.531
OP2 A 0, 0.000, 1.677, 3.353, 3.353 max_d=3.353 avg_d=1.677 std_dev=1.677
OP1 A 0, 0.000, 1.767, 3.534, 3.534 max_d=3.534 avg_d=1.767 std_dev=1.767

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.00 0.20 0.26 0.15 0.12
C2 0.02 0.00 0.10 0.08 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.10 0.01 0.37 0.14 0.45 0.06
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.09 0.06 0.17 0.01 0.00 0.00 0.21 0.04 0.26 0.04
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.02 0.09 0.01 0.07 0.02 0.16 0.01 0.01 0.00 0.24 0.32 0.27 0.16
C4 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.60 0.05 0.75 0.29
C4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.07 0.13
C5 0.00 0.01 0.01 0.06 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.66 0.09 0.76 0.33
C5' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.04 0.00 0.11 0.01 0.02 0.01 0.01 0.26 0.16 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.09 0.00 0.58 0.00 0.58 0.21
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.40 0.13 0.40 0.05
N3 0.01 0.00 0.09 0.07 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.09 0.01 0.49 0.04 0.62 0.18
N4 0.01 0.01 0.06 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.64 0.11 0.85 0.35
O2 0.05 0.00 0.17 0.16 0.00 0.10 0.01 0.11 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.15 0.19 0.04 0.23 0.23 0.32 0.05
O2' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.07 0.05 0.15 0.00 0.02 0.03 0.04 0.13 0.09 0.11
O3' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.02 0.09 0.00 0.09 0.04 0.19 0.02 0.00 0.01 0.09 0.45 0.20 0.17
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.00 0.09 0.34 0.04 0.23
O5' 0.20 0.37 0.21 0.24 0.60 0.01 0.66 0.01 0.58 0.40 0.49 0.64 0.23 0.04 0.09 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.26 0.14 0.04 0.32 0.05 0.04 0.09 0.26 0.00 0.13 0.04 0.11 0.23 0.13 0.45 0.34 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.15 0.45 0.26 0.27 0.75 0.07 0.76 0.16 0.58 0.40 0.62 0.85 0.32 0.09 0.20 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.12 0.06 0.04 0.16 0.29 0.13 0.33 0.01 0.21 0.05 0.18 0.35 0.05 0.11 0.17 0.23 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.04 0.11 0.17 0.14 0.01 0.12 0.02 0.06 0.16 0.02 0.12 0.04 0.14 0.17 0.09 0.30 0.15 0.04 0.08 0.01 0.08
C2 0.11 0.08 0.16 0.17 0.12 0.04 0.08 0.05 0.03 0.11 0.02 0.14 0.02 0.08 0.13 0.15 0.29 0.19 0.02 0.05 0.04 0.03
C2' 0.12 0.08 0.09 0.10 0.05 0.06 0.02 0.05 0.05 0.10 0.09 0.01 0.07 0.05 0.11 0.07 0.17 0.16 0.01 0.05 0.01 0.05
C3' 0.03 0.10 0.11 0.13 0.00 0.03 0.02 0.03 0.06 0.03 0.10 0.04 0.08 0.01 0.03 0.11 0.18 0.04 0.06 0.13 0.05 0.12
C4 0.13 0.07 0.14 0.15 0.11 0.08 0.05 0.10 0.01 0.10 0.01 0.13 0.07 0.05 0.13 0.11 0.27 0.22 0.05 0.01 0.06 0.00
C4' 0.05 0.01 0.11 0.19 0.07 0.12 0.07 0.14 0.04 0.10 0.00 0.02 0.04 0.09 0.09 0.11 0.29 0.00 0.13 0.18 0.10 0.18
C5 0.16 0.06 0.10 0.13 0.13 0.09 0.08 0.10 0.01 0.14 0.00 0.14 0.05 0.09 0.16 0.07 0.26 0.24 0.05 0.00 0.06 0.01
C5' 0.01 0.01 0.11 0.19 0.05 0.15 0.06 0.18 0.04 0.08 0.01 0.01 0.04 0.08 0.06 0.11 0.28 0.05 0.16 0.22 0.13 0.21
C6 0.18 0.06 0.08 0.13 0.15 0.07 0.10 0.07 0.03 0.16 0.01 0.14 0.01 0.12 0.18 0.05 0.26 0.23 0.03 0.01 0.04 0.01
N1 0.16 0.07 0.11 0.15 0.15 0.05 0.11 0.05 0.05 0.15 0.02 0.15 0.01 0.12 0.17 0.09 0.28 0.20 0.01 0.04 0.03 0.03
N3 0.10 0.07 0.16 0.16 0.10 0.06 0.05 0.08 0.01 0.08 0.00 0.13 0.06 0.05 0.11 0.15 0.28 0.20 0.04 0.03 0.05 0.01
N4 0.11 0.06 0.15 0.15 0.09 0.08 0.03 0.11 0.03 0.07 0.01 0.13 0.10 0.03 0.11 0.13 0.27 0.22 0.05 0.01 0.07 0.01
O2 0.07 0.08 0.21 0.20 0.10 0.00 0.07 0.02 0.03 0.09 0.03 0.13 0.00 0.07 0.10 0.21 0.32 0.14 0.01 0.08 0.03 0.06
O2' 0.11 0.14 0.10 0.12 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.10 0.12 0.06 0.07 0.05 0.10 0.07 0.19 0.11 0.03 0.09 0.03 0.10
O3' 0.04 0.17 0.11 0.09 0.09 0.04 0.09 0.04 0.13 0.04 0.17 0.14 0.13 0.06 0.05 0.11 0.08 0.04 0.07 0.15 0.08 0.15
O4' 0.11 0.07 0.11 0.20 0.14 0.08 0.14 0.11 0.10 0.16 0.07 0.11 0.09 0.16 0.15 0.10 0.34 0.07 0.11 0.14 0.06 0.14
O5' 0.06 0.04 0.31 0.50 0.03 0.37 0.03 0.43 0.03 0.00 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.30 0.71 0.14 0.41 0.46 0.35 0.41
OP1 0.06 0.47 0.32 0.48 0.27 0.23 0.33 0.30 0.45 0.16 0.52 0.33 0.50 0.25 0.15 0.15 0.65 0.05 0.40 0.32 0.45 0.39
OP2 0.06 0.09 0.24 0.43 0.11 0.24 0.10 0.30 0.09 0.09 0.08 0.11 0.08 0.10 0.10 0.21 0.68 0.01 0.30 0.33 0.25 0.28
P 0.10 0.22 0.35 0.51 0.14 0.33 0.16 0.39 0.21 0.10 0.24 0.16 0.23 0.13 0.10 0.28 0.70 0.13 0.42 0.42 0.40 0.42

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.18 0.05 0.16
C2 0.06 0.00 0.29 0.34 0.00 0.18 0.01 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.23 0.42 0.03 0.22 0.26 0.18 0.27
C2' 0.00 0.29 0.00 0.00 0.14 0.00 0.07 0.01 0.13 0.10 0.23 0.29 0.10 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.09
C3' 0.01 0.34 0.00 0.00 0.18 0.00 0.10 0.01 0.17 0.12 0.28 0.32 0.12 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03
C4 0.03 0.00 0.14 0.18 0.00 0.09 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.20 0.01 0.14 0.23 0.13 0.24
C4' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.09 0.00 0.04 0.00 0.08 0.07 0.14 0.17 0.04 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.06
C5 0.01 0.01 0.07 0.10 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.12 0.01 0.09 0.19 0.10 0.20
C5' 0.02 0.19 0.01 0.01 0.11 0.00 0.07 0.00 0.10 0.05 0.16 0.19 0.06 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
C6 0.03 0.00 0.13 0.17 0.01 0.08 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.22 0.01 0.12 0.19 0.11 0.21
C8 0.02 0.00 0.10 0.12 0.00 0.07 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.07 0.13 0.02 0.04 0.16 0.02 0.16
N1 0.05 0.00 0.23 0.28 0.01 0.14 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.18 0.36 0.01 0.19 0.23 0.16 0.24
N3 0.07 0.00 0.29 0.32 0.00 0.17 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.21 0.38 0.04 0.21 0.27 0.17 0.27
N6 0.02 0.00 0.10 0.12 0.00 0.04 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.07 0.17 0.03 0.08 0.14 0.07 0.16
N7 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.01 0.14 0.03 0.15
N9 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.07 0.21 0.09 0.21
O2' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.09 0.02 0.05 0.02 0.10 0.07 0.18 0.21 0.07 0.03 0.00 0.00 0.03 0.03 0.03 0.07 0.02 0.10
O3' 0.00 0.42 0.01 0.00 0.20 0.00 0.12 0.01 0.22 0.13 0.36 0.38 0.17 0.05 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.13 0.01 0.01
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.21 0.03 0.14
O5' 0.04 0.22 0.02 0.01 0.14 0.01 0.09 0.01 0.12 0.04 0.19 0.21 0.08 0.01 0.07 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.18 0.26 0.05 0.04 0.23 0.07 0.19 0.03 0.19 0.16 0.23 0.27 0.14 0.14 0.21 0.07 0.13 0.21 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.18 0.01 0.01 0.13 0.01 0.10 0.01 0.11 0.02 0.16 0.17 0.07 0.03 0.09 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.16 0.27 0.09 0.03 0.24 0.06 0.20 0.01 0.21 0.16 0.24 0.27 0.16 0.15 0.21 0.10 0.01 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00