ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53408

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 1, 2, 1, 0, 4, 2, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, -0.005, 0.012, 0.028, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.012 std_dev=0.016
C1' A 0, -0.003, 0.021, 0.045, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.021 std_dev=0.024
C6 A 0, -0.006, 0.021, 0.047, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.021 std_dev=0.027
N1 A 0, -0.008, 0.019, 0.046, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.019 std_dev=0.027
C5 A 0, -0.010, 0.018, 0.047, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.018 std_dev=0.028
C2 A 0, -0.006, 0.025, 0.057, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.025 std_dev=0.032
C4 A 0, -0.007, 0.026, 0.058, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.026 std_dev=0.032
O2 A 0, -0.003, 0.049, 0.100, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.049 std_dev=0.051
O4 A 0, -0.013, 0.094, 0.200, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.094 std_dev=0.107
O2 B 0, 0.314, 0.538, 0.762, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.538 std_dev=0.224
C2 B 0, 0.330, 0.568, 0.806, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.568 std_dev=0.238
N3 B 0, 0.188, 0.517, 0.846, 1.554 max_d=1.554 avg_d=0.517 std_dev=0.329
N1 B 0, 0.403, 0.739, 1.075, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.739 std_dev=0.336
C6 B 0, 0.483, 0.884, 1.285, 1.380 max_d=1.380 avg_d=0.884 std_dev=0.401
C5 B 0, 0.379, 0.814, 1.248, 2.004 max_d=2.004 avg_d=0.814 std_dev=0.435
C4 B 0, 0.156, 0.606, 1.056, 2.167 max_d=2.167 avg_d=0.606 std_dev=0.450
C1' B 0, 0.421, 0.875, 1.329, 1.785 max_d=1.785 avg_d=0.875 std_dev=0.454
C2' B 0, 0.369, 0.878, 1.387, 1.853 max_d=1.853 avg_d=0.878 std_dev=0.509
O4' A 0, -0.114, 0.411, 0.936, 1.726 max_d=1.726 avg_d=0.411 std_dev=0.525
C2' A 0, -0.123, 0.413, 0.950, 1.621 max_d=1.621 avg_d=0.413 std_dev=0.536
O4' B 0, 0.493, 1.064, 1.635, 2.221 max_d=2.221 avg_d=1.064 std_dev=0.571
C3' B 0, 0.459, 1.040, 1.620, 2.179 max_d=2.179 avg_d=1.040 std_dev=0.581
O4 B 0, -0.018, 0.579, 1.175, 2.817 max_d=2.817 avg_d=0.579 std_dev=0.597
O2' B 0, 0.351, 0.994, 1.637, 2.436 max_d=2.436 avg_d=0.994 std_dev=0.643
C4' B 0, 0.535, 1.209, 1.882, 2.571 max_d=2.571 avg_d=1.209 std_dev=0.674
O2' A 0, -0.237, 0.488, 1.213, 2.509 max_d=2.509 avg_d=0.488 std_dev=0.725
O3' B 0, 0.466, 1.197, 1.927, 2.796 max_d=2.796 avg_d=1.197 std_dev=0.730
C4' A 0, -0.147, 0.590, 1.327, 2.433 max_d=2.433 avg_d=0.590 std_dev=0.737
O5' B 0, 0.610, 1.357, 2.105, 2.871 max_d=2.871 avg_d=1.357 std_dev=0.748
C3' A 0, -0.166, 0.618, 1.403, 2.622 max_d=2.622 avg_d=0.618 std_dev=0.785
C5' B 0, 0.617, 1.417, 2.217, 3.092 max_d=3.092 avg_d=1.417 std_dev=0.800
OP2 B 0, 0.434, 1.354, 2.275, 3.249 max_d=3.249 avg_d=1.354 std_dev=0.921
P B 0, 0.537, 1.471, 2.406, 3.380 max_d=3.380 avg_d=1.471 std_dev=0.935
O3' A 0, -0.225, 0.808, 1.841, 3.581 max_d=3.581 avg_d=0.808 std_dev=1.033
OP1 B 0, 0.586, 1.680, 2.774, 3.680 max_d=3.680 avg_d=1.680 std_dev=1.094
C5' A 0, -0.256, 1.014, 2.284, 4.245 max_d=4.245 avg_d=1.014 std_dev=1.270
O5' A 0, -0.402, 1.232, 2.865, 5.349 max_d=5.349 avg_d=1.232 std_dev=1.634
OP2 A 0, 0.036, 1.896, 3.757, 6.511 max_d=6.511 avg_d=1.896 std_dev=1.860
OP1 A 0, -0.013, 2.042, 4.097, 7.143 max_d=7.143 avg_d=2.042 std_dev=2.055
P A 0, -0.492, 1.574, 3.639, 6.758 max_d=6.758 avg_d=1.574 std_dev=2.065

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.10 0.02 0.01 0.03 0.39 0.54 0.20
C2 0.01 0.00 0.22 0.24 0.03 0.06 0.06 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.24 0.03 0.14 0.07 0.35 0.49 0.21
C2' 0.00 0.22 0.00 0.00 0.09 0.01 0.21 0.10 0.24 0.04 0.17 0.41 0.00 0.02 0.12 0.01 0.05 0.39 0.42 0.14
C3' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.13 0.01 0.09 0.02 0.13 0.09 0.24 0.34 0.02 0.01 0.14 0.02 0.08 0.25 0.31 0.06
C4 0.02 0.03 0.09 0.13 0.00 0.07 0.01 0.12 0.04 0.01 0.01 0.05 0.28 0.12 0.00 0.04 0.11 0.34 0.45 0.18
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.09 0.03 0.06 0.11 0.16 0.03 0.08 0.01 0.03 0.30 0.42 0.14
C5 0.01 0.06 0.21 0.09 0.01 0.08 0.00 0.18 0.00 0.03 0.01 0.07 0.32 0.10 0.03 0.12 0.17 0.44 0.47 0.24
C5' 0.05 0.09 0.10 0.02 0.12 0.01 0.18 0.00 0.19 0.07 0.08 0.16 0.08 0.13 0.13 0.01 0.01 0.07 0.20 0.01
C6 0.01 0.01 0.24 0.13 0.04 0.09 0.00 0.19 0.00 0.01 0.04 0.02 0.28 0.16 0.05 0.18 0.15 0.42 0.50 0.25
N1 0.00 0.01 0.04 0.09 0.01 0.03 0.03 0.07 0.01 0.00 0.03 0.01 0.13 0.04 0.02 0.01 0.05 0.31 0.50 0.18
N3 0.01 0.01 0.17 0.24 0.01 0.06 0.01 0.08 0.04 0.03 0.00 0.04 0.22 0.25 0.02 0.08 0.07 0.31 0.47 0.19
O2 0.03 0.01 0.41 0.34 0.05 0.11 0.07 0.16 0.02 0.01 0.04 0.00 0.31 0.38 0.06 0.25 0.14 0.49 0.51 0.28
O2' 0.01 0.18 0.00 0.02 0.28 0.16 0.32 0.08 0.28 0.13 0.22 0.31 0.00 0.04 0.33 0.11 0.19 0.64 0.48 0.31
O3' 0.10 0.24 0.02 0.01 0.12 0.03 0.10 0.13 0.16 0.04 0.25 0.38 0.04 0.00 0.15 0.06 0.24 0.31 0.23 0.15
O4 0.02 0.03 0.12 0.14 0.00 0.08 0.03 0.13 0.05 0.02 0.02 0.06 0.33 0.15 0.00 0.04 0.13 0.35 0.43 0.17
O4' 0.01 0.14 0.01 0.02 0.04 0.01 0.12 0.01 0.18 0.01 0.08 0.25 0.11 0.06 0.04 0.00 0.04 0.36 0.57 0.22
O5' 0.03 0.07 0.05 0.08 0.11 0.03 0.17 0.01 0.15 0.05 0.07 0.14 0.19 0.24 0.13 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.39 0.35 0.39 0.25 0.34 0.30 0.44 0.07 0.42 0.31 0.31 0.49 0.64 0.31 0.35 0.36 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.54 0.49 0.42 0.31 0.45 0.42 0.47 0.20 0.50 0.50 0.47 0.51 0.48 0.23 0.43 0.57 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.20 0.21 0.14 0.06 0.18 0.14 0.24 0.01 0.25 0.18 0.19 0.28 0.31 0.15 0.17 0.22 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.45 0.24 0.41 0.38 0.16 0.51 0.18 0.47 0.23 0.28 0.17 0.28 0.59 0.39 0.17 0.49 0.30 0.31 0.37 0.43
C2 0.41 0.26 0.39 0.33 0.22 0.42 0.22 0.35 0.23 0.28 0.22 0.30 0.54 0.35 0.26 0.42 0.22 0.23 0.31 0.34
C2' 0.79 0.48 0.78 0.73 0.25 0.89 0.33 0.82 0.45 0.55 0.31 0.57 1.04 0.77 0.22 0.84 0.62 0.58 0.56 0.68
C3' 0.63 0.29 0.52 0.47 0.19 0.73 0.20 0.68 0.28 0.37 0.17 0.40 0.82 0.46 0.27 0.72 0.44 0.39 0.39 0.54
C4 0.31 0.22 0.28 0.24 0.21 0.29 0.19 0.25 0.18 0.21 0.21 0.23 0.38 0.25 0.24 0.30 0.18 0.20 0.30 0.29
C4' 0.30 0.10 0.16 0.17 0.16 0.35 0.13 0.34 0.10 0.13 0.12 0.15 0.36 0.18 0.23 0.39 0.20 0.20 0.25 0.32
C5 0.38 0.23 0.32 0.29 0.16 0.39 0.18 0.35 0.21 0.25 0.17 0.26 0.44 0.28 0.17 0.40 0.22 0.28 0.38 0.39
C5' 0.21 0.17 0.31 0.37 0.24 0.21 0.22 0.23 0.20 0.18 0.20 0.18 0.31 0.49 0.28 0.27 0.26 0.24 0.23 0.23
C6 0.46 0.25 0.40 0.37 0.16 0.50 0.20 0.45 0.25 0.29 0.17 0.29 0.56 0.37 0.15 0.49 0.31 0.35 0.42 0.46
N1 0.45 0.25 0.41 0.36 0.17 0.49 0.20 0.43 0.23 0.29 0.19 0.30 0.58 0.37 0.19 0.48 0.27 0.29 0.37 0.41
N3 0.33 0.22 0.31 0.26 0.23 0.31 0.21 0.26 0.19 0.22 0.22 0.25 0.44 0.28 0.29 0.32 0.19 0.19 0.28 0.27
O2 0.42 0.27 0.40 0.34 0.24 0.42 0.23 0.35 0.23 0.28 0.24 0.31 0.56 0.36 0.30 0.42 0.23 0.22 0.30 0.32
O2' 0.86 0.60 0.89 0.86 0.47 0.98 0.52 0.93 0.60 0.66 0.51 0.65 1.11 0.93 0.45 0.90 0.77 0.75 0.73 0.82
O3' 0.76 0.36 0.67 0.63 0.24 0.91 0.27 0.86 0.37 0.46 0.22 0.47 1.00 0.65 0.32 0.87 0.59 0.50 0.47 0.65
O4 0.22 0.19 0.22 0.20 0.22 0.21 0.19 0.21 0.16 0.17 0.22 0.19 0.29 0.21 0.27 0.20 0.20 0.19 0.27 0.23
O4' 0.20 0.09 0.12 0.16 0.17 0.24 0.14 0.24 0.10 0.10 0.14 0.08 0.23 0.18 0.21 0.27 0.15 0.14 0.25 0.27
O5' 0.28 0.20 0.36 0.41 0.24 0.29 0.24 0.31 0.23 0.22 0.20 0.21 0.38 0.55 0.28 0.34 0.29 0.30 0.28 0.28
OP1 0.84 0.62 1.02 1.05 0.50 0.91 0.60 0.86 0.71 0.73 0.50 0.64 1.13 1.23 0.44 0.83 0.91 0.89 0.68 0.75
OP2 0.29 0.32 0.41 0.44 0.33 0.20 0.31 0.22 0.30 0.30 0.32 0.34 0.38 0.61 0.35 0.30 0.23 0.19 0.23 0.21
P 0.28 0.25 0.51 0.55 0.25 0.26 0.25 0.23 0.27 0.27 0.23 0.25 0.51 0.74 0.27 0.27 0.33 0.28 0.20 0.19

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.12 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.10 0.29 0.19
C2 0.06 0.00 0.06 0.08 0.02 0.04 0.02 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.09 0.02 0.05 0.17 0.09 0.22 0.15
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.02 0.06 0.02 0.06 0.01 0.04 0.11 0.00 0.01 0.04 0.01 0.13 0.20 0.19 0.12
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.03 0.07 0.03 0.08 0.12 0.02 0.01 0.07 0.02 0.18 0.28 0.14 0.13
C4 0.02 0.02 0.03 0.06 0.00 0.08 0.01 0.22 0.02 0.01 0.00 0.02 0.07 0.06 0.00 0.03 0.32 0.17 0.14 0.12
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.08 0.00 0.12 0.00 0.10 0.03 0.04 0.13 0.08 0.03 0.10 0.00 0.01 0.10 0.21 0.10
C5 0.01 0.02 0.06 0.06 0.01 0.12 0.00 0.25 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.07 0.01 0.07 0.33 0.17 0.15 0.13
C5' 0.02 0.08 0.02 0.03 0.22 0.00 0.25 0.00 0.19 0.09 0.15 0.10 0.08 0.04 0.25 0.01 0.01 0.09 0.20 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.07 0.02 0.10 0.01 0.19 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.07 0.02 0.08 0.25 0.10 0.22 0.09
N1 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.09 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.16 0.09 0.26 0.16
N3 0.04 0.01 0.04 0.08 0.00 0.04 0.01 0.15 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.09 0.01 0.02 0.26 0.13 0.15 0.08
O2 0.12 0.01 0.11 0.12 0.02 0.13 0.03 0.10 0.03 0.04 0.01 0.00 0.13 0.14 0.02 0.14 0.12 0.14 0.28 0.23
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.07 0.08 0.05 0.08 0.04 0.02 0.08 0.13 0.00 0.03 0.09 0.04 0.06 0.15 0.20 0.13
O3' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.06 0.03 0.07 0.04 0.07 0.03 0.09 0.14 0.03 0.00 0.07 0.02 0.14 0.38 0.12 0.14
O4 0.03 0.02 0.04 0.07 0.00 0.10 0.01 0.25 0.02 0.01 0.01 0.02 0.09 0.07 0.00 0.04 0.36 0.23 0.18 0.17
O4' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.00 0.07 0.01 0.08 0.01 0.02 0.14 0.04 0.02 0.04 0.00 0.06 0.16 0.35 0.26
O5' 0.06 0.17 0.13 0.18 0.32 0.01 0.33 0.01 0.25 0.16 0.26 0.12 0.06 0.14 0.36 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.10 0.09 0.20 0.28 0.17 0.10 0.17 0.09 0.10 0.09 0.13 0.14 0.15 0.38 0.23 0.16 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.29 0.22 0.19 0.14 0.14 0.21 0.15 0.20 0.22 0.26 0.15 0.28 0.20 0.12 0.18 0.35 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.19 0.15 0.12 0.13 0.12 0.10 0.13 0.02 0.09 0.16 0.08 0.23 0.13 0.14 0.17 0.26 0.01 0.01 0.00 0.00