ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53409

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 1, 0, 1, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.016, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.016 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.011, 0.023, 0.035, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.008, 0.024, 0.040, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.024 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.011, 0.027, 0.044, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.027 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.016, 0.037, 0.059, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.037 std_dev=0.022
C2 A 0, 0.018, 0.039, 0.061, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.039 std_dev=0.022
O4 A 0, 0.025, 0.049, 0.073, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.049 std_dev=0.024
C1' A 0, 0.020, 0.051, 0.083, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.051 std_dev=0.031
O2 A 0, 0.032, 0.078, 0.123, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.078 std_dev=0.046
O4' A 0, 0.224, 0.426, 0.627, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.426 std_dev=0.202
N3 B 0, 0.338, 0.565, 0.791, 0.833 max_d=0.833 avg_d=0.565 std_dev=0.227
C2' A 0, 0.237, 0.483, 0.728, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.483 std_dev=0.245
C2 B 0, 0.518, 0.864, 1.210, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.864 std_dev=0.346
C4 B 0, 0.482, 0.883, 1.285, 1.290 max_d=1.290 avg_d=0.883 std_dev=0.402
O4 B 0, 0.463, 0.894, 1.325, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.894 std_dev=0.431
O2 B 0, 0.681, 1.185, 1.689, 1.734 max_d=1.734 avg_d=1.185 std_dev=0.504
N1 B 0, 0.634, 1.141, 1.649, 1.776 max_d=1.776 avg_d=1.141 std_dev=0.508
C5' A 0, 0.627, 1.137, 1.647, 1.661 max_d=1.661 avg_d=1.137 std_dev=0.510
O5' A 0, 0.792, 1.315, 1.837, 1.839 max_d=1.839 avg_d=1.315 std_dev=0.522
C4' A 0, 0.451, 0.982, 1.514, 1.486 max_d=1.486 avg_d=0.982 std_dev=0.531
O2' A 0, 0.389, 0.930, 1.470, 1.509 max_d=1.509 avg_d=0.930 std_dev=0.541
C1' B 0, 0.795, 1.456, 2.117, 2.207 max_d=2.207 avg_d=1.456 std_dev=0.661
C3' A 0, 0.523, 1.210, 1.896, 1.777 max_d=1.777 avg_d=1.210 std_dev=0.686
P A 0, 0.952, 1.671, 2.390, 2.692 max_d=2.692 avg_d=1.671 std_dev=0.719
C6 B 0, 0.721, 1.460, 2.199, 2.346 max_d=2.346 avg_d=1.460 std_dev=0.739
C5 B 0, 0.680, 1.442, 2.204, 2.234 max_d=2.234 avg_d=1.442 std_dev=0.762
O4' B 0, 0.852, 1.614, 2.376, 2.796 max_d=2.796 avg_d=1.614 std_dev=0.762
OP2 A 0, 1.387, 2.351, 3.315, 3.590 max_d=3.590 avg_d=2.351 std_dev=0.964
O3' A 0, 0.748, 1.905, 3.062, 2.906 max_d=2.906 avg_d=1.905 std_dev=1.157
C4' B 0, 1.123, 2.420, 3.716, 4.020 max_d=4.020 avg_d=2.420 std_dev=1.297
C2' B 0, 1.129, 2.591, 4.053, 3.799 max_d=3.799 avg_d=2.591 std_dev=1.462
C3' B 0, 1.185, 2.677, 4.170, 4.193 max_d=4.193 avg_d=2.677 std_dev=1.493
OP1 A 0, 0.672, 2.198, 3.725, 5.445 max_d=5.445 avg_d=2.198 std_dev=1.526
O3' B 0, 1.155, 2.769, 4.383, 4.623 max_d=4.623 avg_d=2.769 std_dev=1.614
O2' B 0, 1.164, 2.826, 4.488, 4.357 max_d=4.357 avg_d=2.826 std_dev=1.662
C5' B 0, 1.411, 3.098, 4.786, 4.940 max_d=4.940 avg_d=3.098 std_dev=1.687
O5' B 0, 1.374, 3.121, 4.868, 4.784 max_d=4.784 avg_d=3.121 std_dev=1.747
P B 0, 1.577, 4.018, 6.460, 6.074 max_d=6.074 avg_d=4.018 std_dev=2.441
OP2 B 0, 1.821, 4.973, 8.126, 7.627 max_d=7.627 avg_d=4.973 std_dev=3.152
OP1 B 0, 2.123, 5.415, 8.708, 8.144 max_d=8.144 avg_d=5.415 std_dev=3.292

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.03 0.05 0.02 0.05 0.02 0.04 0.03 0.05 0.06 0.03 0.21 0.05 0.01 0.14 0.48 0.16 0.24
C2 0.04 0.00 0.16 0.31 0.02 0.14 0.03 0.20 0.02 0.01 0.01 0.01 0.19 0.07 0.02 0.04 0.14 0.74 0.24 0.34
C2' 0.00 0.16 0.00 0.01 0.07 0.03 0.09 0.12 0.12 0.04 0.13 0.27 0.01 0.04 0.07 0.01 0.55 0.69 0.34 0.56
C3' 0.03 0.31 0.01 0.00 0.44 0.01 0.42 0.03 0.35 0.28 0.39 0.24 0.03 0.02 0.47 0.02 0.36 0.40 0.13 0.25
C4 0.05 0.02 0.07 0.44 0.00 0.26 0.01 0.38 0.02 0.02 0.01 0.02 0.31 0.27 0.01 0.09 0.21 1.07 0.33 0.45
C4' 0.02 0.14 0.03 0.01 0.26 0.00 0.31 0.01 0.28 0.17 0.20 0.07 0.26 0.03 0.28 0.00 0.04 0.36 0.16 0.12
C5 0.05 0.03 0.09 0.42 0.01 0.31 0.00 0.41 0.01 0.02 0.03 0.04 0.30 0.32 0.02 0.14 0.23 1.13 0.35 0.48
C5' 0.02 0.20 0.12 0.03 0.38 0.01 0.41 0.00 0.35 0.21 0.29 0.13 0.12 0.19 0.41 0.02 0.01 0.22 0.06 0.03
C6 0.04 0.02 0.12 0.35 0.02 0.28 0.01 0.35 0.00 0.01 0.02 0.03 0.26 0.24 0.03 0.15 0.19 0.96 0.29 0.42
N1 0.03 0.01 0.04 0.28 0.02 0.17 0.02 0.21 0.01 0.00 0.01 0.03 0.19 0.08 0.03 0.06 0.14 0.73 0.23 0.34
N3 0.05 0.01 0.13 0.39 0.01 0.20 0.03 0.29 0.02 0.01 0.00 0.01 0.25 0.15 0.02 0.05 0.17 0.91 0.29 0.40
O2 0.06 0.01 0.27 0.24 0.02 0.07 0.04 0.13 0.03 0.03 0.01 0.00 0.09 0.16 0.02 0.06 0.13 0.61 0.21 0.28
O2' 0.03 0.19 0.01 0.03 0.31 0.26 0.30 0.12 0.26 0.19 0.25 0.09 0.00 0.09 0.33 0.21 0.29 0.48 0.15 0.24
O3' 0.21 0.07 0.04 0.02 0.27 0.03 0.32 0.19 0.24 0.08 0.15 0.16 0.09 0.00 0.31 0.14 0.16 0.46 0.37 0.15
O4 0.05 0.02 0.07 0.47 0.01 0.28 0.02 0.41 0.03 0.03 0.02 0.02 0.33 0.31 0.00 0.09 0.24 1.14 0.36 0.47
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.09 0.00 0.14 0.02 0.15 0.06 0.05 0.06 0.21 0.14 0.09 0.00 0.17 0.29 0.15 0.12
O5' 0.14 0.14 0.55 0.36 0.21 0.04 0.23 0.01 0.19 0.14 0.17 0.13 0.29 0.16 0.24 0.17 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.48 0.74 0.69 0.40 1.07 0.36 1.13 0.22 0.96 0.73 0.91 0.61 0.48 0.46 1.14 0.29 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.16 0.24 0.34 0.13 0.33 0.16 0.35 0.06 0.29 0.23 0.29 0.21 0.15 0.37 0.36 0.15 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.24 0.34 0.56 0.25 0.45 0.12 0.48 0.03 0.42 0.34 0.40 0.28 0.24 0.15 0.47 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.40 0.25 1.00 0.85 0.13 0.41 0.17 0.37 0.24 0.29 0.15 0.31 0.89 0.61 0.12 0.22 0.53 0.54 0.79 0.33
C2 0.26 0.16 0.76 0.72 0.12 0.29 0.12 0.26 0.14 0.17 0.10 0.22 0.54 0.49 0.18 0.18 0.42 0.78 0.77 0.25
C2' 0.30 0.18 0.91 0.80 0.14 0.38 0.19 0.38 0.23 0.23 0.13 0.18 0.71 0.57 0.12 0.22 0.54 0.43 0.88 0.38
C3' 0.86 0.68 1.58 1.44 0.59 0.96 0.69 0.95 0.76 0.76 0.59 0.67 1.43 1.22 0.51 0.63 1.14 0.47 1.43 0.96
C4 0.20 0.13 0.60 0.63 0.10 0.26 0.12 0.25 0.14 0.15 0.10 0.14 0.30 0.39 0.12 0.16 0.41 0.76 0.81 0.24
C4' 0.77 0.56 1.50 1.27 0.39 0.79 0.49 0.75 0.59 0.63 0.43 0.61 1.49 1.05 0.29 0.51 0.92 0.32 1.09 0.71
C5 0.31 0.21 0.80 0.73 0.14 0.36 0.20 0.34 0.24 0.25 0.15 0.22 0.54 0.46 0.10 0.20 0.50 0.56 0.83 0.31
C5' 0.96 0.74 1.72 1.45 0.60 0.98 0.71 0.96 0.80 0.83 0.61 0.76 1.74 1.22 0.50 0.69 1.12 0.53 1.25 0.94
C6 0.38 0.24 0.94 0.81 0.14 0.41 0.20 0.38 0.26 0.29 0.15 0.28 0.75 0.54 0.10 0.23 0.54 0.50 0.82 0.34
N1 0.34 0.21 0.90 0.79 0.11 0.37 0.15 0.33 0.20 0.24 0.13 0.27 0.72 0.55 0.12 0.20 0.49 0.61 0.79 0.30
N3 0.20 0.12 0.62 0.64 0.13 0.25 0.13 0.22 0.12 0.13 0.10 0.17 0.35 0.42 0.18 0.17 0.38 0.85 0.77 0.23
O2 0.25 0.15 0.74 0.71 0.15 0.27 0.14 0.24 0.13 0.16 0.10 0.22 0.54 0.50 0.22 0.19 0.40 0.85 0.74 0.24
O2' 0.18 0.18 0.73 0.65 0.31 0.27 0.24 0.25 0.18 0.15 0.27 0.16 0.56 0.46 0.40 0.23 0.37 0.64 0.68 0.25
O3' 0.93 0.66 1.71 1.62 0.51 1.09 0.64 1.08 0.75 0.78 0.52 0.67 1.60 1.48 0.39 0.70 1.26 0.57 1.53 1.06
O4 0.12 0.09 0.41 0.53 0.11 0.21 0.11 0.20 0.11 0.10 0.10 0.07 0.11 0.31 0.12 0.15 0.36 0.86 0.81 0.21
O4' 0.52 0.35 1.18 0.94 0.17 0.49 0.23 0.43 0.32 0.38 0.22 0.43 1.18 0.70 0.14 0.29 0.59 0.47 0.75 0.38
O5' 0.88 0.61 1.52 1.23 0.46 0.92 0.59 0.90 0.70 0.72 0.47 0.63 1.55 0.97 0.36 0.70 0.98 0.51 1.11 0.83
OP1 0.92 1.09 0.68 0.72 1.16 0.89 1.12 0.92 1.06 1.04 1.15 1.06 0.69 0.80 1.19 1.10 0.91 1.31 0.90 1.02
OP2 0.60 0.45 1.12 0.83 0.41 0.64 0.47 0.64 0.52 0.52 0.41 0.45 1.29 0.65 0.39 0.59 0.68 0.59 0.73 0.63
P 0.49 0.39 0.97 0.70 0.41 0.52 0.41 0.52 0.43 0.42 0.41 0.38 1.08 0.50 0.43 0.49 0.55 0.52 0.62 0.50

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.05 0.02 0.05 0.05 0.04 0.03 0.05 0.07 0.03 0.23 0.06 0.01 0.10 0.67 0.10 0.22
C2 0.05 0.00 0.21 0.32 0.02 0.12 0.03 0.09 0.03 0.02 0.01 0.01 0.13 0.06 0.02 0.05 0.19 0.82 0.51 0.12
C2' 0.00 0.21 0.00 0.01 0.09 0.03 0.08 0.15 0.12 0.05 0.18 0.34 0.01 0.03 0.10 0.02 0.37 0.64 0.21 0.46
C3' 0.02 0.32 0.01 0.00 0.43 0.01 0.40 0.03 0.32 0.26 0.40 0.27 0.03 0.01 0.47 0.03 0.09 0.15 0.10 0.09
C4 0.05 0.02 0.09 0.43 0.00 0.21 0.01 0.18 0.02 0.03 0.01 0.02 0.27 0.27 0.01 0.09 0.35 0.96 0.85 0.16
C4' 0.02 0.12 0.03 0.01 0.21 0.00 0.23 0.01 0.21 0.13 0.16 0.08 0.28 0.02 0.22 0.01 0.04 0.14 0.14 0.03
C5 0.05 0.03 0.08 0.40 0.01 0.23 0.00 0.21 0.01 0.03 0.03 0.04 0.30 0.30 0.02 0.13 0.36 1.00 0.81 0.16
C5' 0.05 0.09 0.15 0.03 0.18 0.01 0.21 0.00 0.17 0.09 0.13 0.06 0.13 0.21 0.21 0.02 0.02 0.14 0.32 0.03
C6 0.04 0.03 0.12 0.32 0.02 0.21 0.01 0.17 0.00 0.02 0.03 0.04 0.27 0.21 0.03 0.14 0.27 0.94 0.57 0.14
N1 0.03 0.02 0.05 0.26 0.03 0.13 0.03 0.09 0.02 0.00 0.02 0.03 0.17 0.06 0.03 0.06 0.16 0.82 0.41 0.14
N3 0.05 0.01 0.18 0.40 0.01 0.16 0.03 0.13 0.03 0.02 0.00 0.01 0.19 0.16 0.02 0.05 0.28 0.90 0.71 0.13
O2 0.07 0.01 0.34 0.27 0.02 0.08 0.04 0.06 0.04 0.03 0.01 0.00 0.11 0.12 0.02 0.07 0.15 0.73 0.42 0.12
O2' 0.03 0.13 0.01 0.03 0.27 0.28 0.30 0.13 0.27 0.17 0.19 0.11 0.00 0.11 0.28 0.18 0.25 0.45 0.16 0.33
O3' 0.23 0.06 0.03 0.01 0.27 0.02 0.30 0.21 0.21 0.06 0.16 0.12 0.11 0.00 0.32 0.15 0.21 0.53 0.28 0.31
O4 0.06 0.02 0.10 0.47 0.01 0.22 0.02 0.21 0.03 0.03 0.02 0.02 0.28 0.32 0.00 0.09 0.39 0.97 0.98 0.19
O4' 0.01 0.05 0.02 0.03 0.09 0.01 0.13 0.02 0.14 0.06 0.05 0.07 0.18 0.15 0.09 0.00 0.10 0.51 0.10 0.09
O5' 0.10 0.19 0.37 0.09 0.35 0.04 0.36 0.02 0.27 0.16 0.28 0.15 0.25 0.21 0.39 0.10 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.67 0.82 0.64 0.15 0.96 0.14 1.00 0.14 0.94 0.82 0.90 0.73 0.45 0.53 0.97 0.51 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.51 0.21 0.10 0.85 0.14 0.81 0.32 0.57 0.41 0.71 0.42 0.16 0.28 0.98 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.12 0.46 0.09 0.16 0.03 0.16 0.03 0.14 0.14 0.13 0.12 0.33 0.31 0.19 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00