ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53410

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.001, 0.006, 0.012, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.002, 0.011, 0.020, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.001, 0.010, 0.019, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.010 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.003, 0.014, 0.025, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.014 std_dev=0.011
O4 A 0, 0.005, 0.017, 0.030, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.013
O4' A 0, 0.009, 0.122, 0.236, 0.236 max_d=0.236 avg_d=0.122 std_dev=0.113
C2' A 0, 0.016, 0.152, 0.288, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.152 std_dev=0.136
C6 B 0, 0.028, 0.195, 0.362, 0.373 max_d=0.373 avg_d=0.195 std_dev=0.167
C4' A 0, 0.013, 0.193, 0.373, 0.386 max_d=0.386 avg_d=0.193 std_dev=0.180
C5 B 0, 0.021, 0.215, 0.410, 0.422 max_d=0.422 avg_d=0.215 std_dev=0.195
C3' A 0, 0.015, 0.259, 0.503, 0.519 max_d=0.519 avg_d=0.259 std_dev=0.244
O2' A 0, 0.030, 0.282, 0.535, 0.539 max_d=0.539 avg_d=0.282 std_dev=0.252
O2' B 0, 0.046, 0.331, 0.616, 0.629 max_d=0.629 avg_d=0.331 std_dev=0.285
C2' B 0, 0.043, 0.332, 0.620, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.332 std_dev=0.288
C1' B 0, 0.038, 0.355, 0.673, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.355 std_dev=0.317
OP1 A 0, 0.036, 0.364, 0.692, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.364 std_dev=0.328
N1 B 0, 0.028, 0.360, 0.691, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.360 std_dev=0.332
C5' A 0, 0.025, 0.376, 0.726, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.376 std_dev=0.350
O3' A 0, 0.018, 0.369, 0.719, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.369 std_dev=0.351
P A 0, 0.045, 0.411, 0.777, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.411 std_dev=0.366
C3' B 0, 0.052, 0.422, 0.792, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.422 std_dev=0.370
O3' B 0, 0.071, 0.459, 0.847, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.459 std_dev=0.388
O5' A 0, 0.037, 0.431, 0.824, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.431 std_dev=0.394
C4 B 0, 0.012, 0.418, 0.825, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.418 std_dev=0.407
O4' B 0, 0.041, 0.454, 0.867, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.454 std_dev=0.413
C4' B 0, 0.050, 0.468, 0.885, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.468 std_dev=0.418
OP2 A 0, 0.051, 0.516, 0.981, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.516 std_dev=0.465
O4 B 0, 0.015, 0.483, 0.951, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.483 std_dev=0.468
OP2 B 0, 0.041, 0.510, 0.979, 0.982 max_d=0.982 avg_d=0.510 std_dev=0.469
C2 B 0, 0.016, 0.539, 1.062, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.539 std_dev=0.523
O5' B 0, 0.040, 0.564, 1.087, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.564 std_dev=0.524
C5' B 0, 0.054, 0.584, 1.114, 1.127 max_d=1.127 avg_d=0.584 std_dev=0.530
P B 0, 0.048, 0.585, 1.122, 1.130 max_d=1.130 avg_d=0.585 std_dev=0.537
N3 B 0, 0.010, 0.561, 1.111, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.561 std_dev=0.550
OP1 B 0, 0.052, 0.633, 1.214, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.633 std_dev=0.581
O2 B 0, 0.015, 0.680, 1.345, 1.367 max_d=1.367 avg_d=0.680 std_dev=0.665

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.19 0.05 0.11
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.01 0.02 0.05 0.15 0.02 0.05
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.13 0.03 0.05
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.10 0.00 0.13 0.01 0.12 0.06 0.06 0.03 0.01 0.01 0.11 0.01 0.03 0.08 0.06 0.01
C4 0.01 0.00 0.01 0.10 0.00 0.07 0.01 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.12 0.00 0.02 0.14 0.08 0.08 0.03
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.09 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.07 0.00 0.01 0.09 0.00 0.06
C5 0.01 0.00 0.02 0.13 0.01 0.09 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.14 0.01 0.02 0.17 0.06 0.09 0.05
C5' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.14 0.01 0.18 0.00 0.17 0.08 0.09 0.01 0.00 0.04 0.15 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.12 0.00 0.09 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.12 0.00 0.01 0.13 0.09 0.05 0.02
N1 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.01 0.06 0.14 0.01 0.05
N3 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.07 0.01 0.02 0.10 0.12 0.05 0.02
O2 0.01 0.00 0.06 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.03 0.01 0.02 0.01 0.18 0.03 0.09
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.05 0.09 0.00 0.02 0.04 0.03 0.01 0.14 0.02 0.06
O3' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.12 0.01 0.14 0.04 0.12 0.06 0.07 0.03 0.02 0.00 0.13 0.01 0.02 0.06 0.09 0.01
O4 0.01 0.01 0.01 0.11 0.00 0.07 0.01 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.13 0.00 0.02 0.16 0.07 0.10 0.05
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.15 0.06 0.11
O5' 0.02 0.05 0.01 0.03 0.14 0.01 0.17 0.00 0.13 0.06 0.10 0.01 0.01 0.02 0.16 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.19 0.15 0.13 0.08 0.08 0.09 0.06 0.02 0.09 0.14 0.12 0.18 0.14 0.06 0.07 0.15 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.02 0.03 0.06 0.08 0.00 0.09 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.02 0.09 0.10 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.05 0.05 0.01 0.03 0.06 0.05 0.01 0.02 0.05 0.02 0.09 0.06 0.01 0.05 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.06 0.08 0.04 0.17 0.08 0.07 0.07 0.01 0.03 0.17 0.06 0.21 0.03 0.26 0.11 0.05 0.04 0.04 0.04
C2 0.14 0.02 0.14 0.10 0.13 0.12 0.05 0.11 0.04 0.08 0.10 0.04 0.25 0.09 0.23 0.13 0.10 0.08 0.08 0.08
C2' 0.14 0.06 0.14 0.09 0.17 0.13 0.04 0.10 0.05 0.06 0.18 0.07 0.29 0.09 0.28 0.14 0.08 0.08 0.07 0.07
C3' 0.24 0.00 0.23 0.18 0.09 0.22 0.06 0.19 0.16 0.15 0.13 0.05 0.39 0.17 0.21 0.24 0.16 0.16 0.15 0.15
C4 0.16 0.07 0.17 0.15 0.10 0.16 0.04 0.15 0.05 0.11 0.06 0.13 0.26 0.14 0.20 0.16 0.14 0.13 0.12 0.12
C4' 0.18 0.05 0.15 0.10 0.13 0.16 0.00 0.14 0.10 0.09 0.16 0.09 0.31 0.09 0.23 0.19 0.11 0.10 0.10 0.09
C5 0.16 0.02 0.15 0.12 0.13 0.15 0.05 0.14 0.04 0.08 0.11 0.06 0.25 0.12 0.22 0.16 0.13 0.12 0.10 0.11
C5' 0.26 0.01 0.21 0.15 0.07 0.23 0.08 0.20 0.18 0.16 0.12 0.06 0.38 0.13 0.18 0.27 0.16 0.15 0.14 0.15
C6 0.14 0.03 0.12 0.09 0.15 0.13 0.06 0.11 0.03 0.06 0.15 0.01 0.24 0.08 0.24 0.14 0.10 0.10 0.08 0.08
N1 0.13 0.03 0.11 0.08 0.15 0.11 0.06 0.10 0.03 0.06 0.14 0.01 0.24 0.07 0.25 0.13 0.08 0.07 0.07 0.07
N3 0.15 0.05 0.16 0.13 0.11 0.14 0.04 0.13 0.05 0.09 0.06 0.10 0.26 0.12 0.22 0.14 0.12 0.10 0.10 0.10
O2 0.14 0.02 0.14 0.10 0.12 0.12 0.05 0.10 0.04 0.08 0.10 0.04 0.25 0.09 0.23 0.13 0.09 0.07 0.08 0.07
O2' 0.13 0.07 0.13 0.09 0.18 0.12 0.06 0.10 0.03 0.04 0.19 0.08 0.28 0.09 0.29 0.13 0.08 0.08 0.06 0.06
O3' 0.27 0.01 0.28 0.22 0.06 0.26 0.10 0.23 0.20 0.18 0.11 0.04 0.44 0.22 0.18 0.27 0.20 0.20 0.19 0.19
O4 0.17 0.14 0.19 0.17 0.07 0.17 0.03 0.16 0.05 0.13 0.03 0.22 0.25 0.17 0.17 0.16 0.16 0.15 0.13 0.14
O4' 0.06 0.12 0.02 0.03 0.22 0.04 0.11 0.02 0.03 0.02 0.23 0.14 0.16 0.04 0.30 0.08 0.00 0.01 0.01 0.02
O5' 0.31 0.02 0.27 0.23 0.03 0.30 0.14 0.27 0.24 0.21 0.09 0.05 0.44 0.22 0.13 0.32 0.24 0.25 0.23 0.23
OP1 0.14 0.12 0.10 0.09 0.20 0.17 0.05 0.15 0.05 0.03 0.24 0.17 0.25 0.10 0.30 0.18 0.11 0.14 0.09 0.10
OP2 0.25 0.03 0.22 0.20 0.06 0.27 0.12 0.25 0.21 0.15 0.13 0.12 0.37 0.21 0.15 0.28 0.23 0.27 0.23 0.23
P 0.22 0.06 0.18 0.16 0.11 0.24 0.06 0.22 0.16 0.12 0.17 0.14 0.34 0.17 0.20 0.25 0.18 0.21 0.17 0.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01
C2 0.01 0.00 0.11 0.10 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.12 0.01 0.04 0.02 0.00 0.04 0.02
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.02 0.01 0.10 0.00 0.13 0.02 0.07 0.21 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.07 0.04
C3' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.04 0.00 0.15 0.01 0.17 0.02 0.06 0.19 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.08 0.08 0.05
C4 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.11 0.10 0.14 0.12
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.10 0.02 0.01 0.05 0.06 0.02 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01
C5 0.02 0.00 0.10 0.15 0.00 0.10 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.16 0.00 0.02 0.18 0.17 0.17 0.16
C5' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.00 0.13 0.00 0.12 0.04 0.05 0.02 0.06 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
C6 0.02 0.00 0.13 0.17 0.00 0.10 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.18 0.00 0.01 0.15 0.13 0.10 0.11
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.04 0.03 0.03
N3 0.01 0.00 0.07 0.06 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.10 0.01 0.04 0.05 0.03 0.08 0.06
O2 0.01 0.00 0.21 0.19 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.16 0.24 0.02 0.05 0.03 0.05 0.01 0.02
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.02 0.06 0.08 0.06 0.09 0.01 0.05 0.16 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.03 0.02
O3' 0.02 0.12 0.01 0.00 0.02 0.02 0.16 0.01 0.18 0.02 0.10 0.24 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.10 0.09 0.06
O4 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.13 0.12 0.18 0.15
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.04 0.02 0.04 0.00 0.02 0.02 0.06 0.05
O5' 0.02 0.02 0.04 0.04 0.11 0.00 0.18 0.00 0.15 0.05 0.05 0.03 0.01 0.04 0.13 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.02 0.00 0.06 0.08 0.10 0.03 0.17 0.01 0.13 0.04 0.03 0.05 0.03 0.10 0.12 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.01 0.04 0.07 0.08 0.14 0.00 0.17 0.01 0.10 0.03 0.08 0.01 0.03 0.09 0.18 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.02 0.04 0.05 0.12 0.01 0.16 0.01 0.11 0.03 0.06 0.02 0.02 0.06 0.15 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00