ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53411

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.020, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.005, 0.020, 0.035, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.020 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.002, 0.017, 0.032, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.017 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.007, 0.022, 0.038, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.022 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.003, 0.022, 0.041, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.022 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.008, 0.029, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.029 std_dev=0.022
C5 A 0, 0.002, 0.024, 0.046, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.024 std_dev=0.022
O4 A 0, 0.009, 0.042, 0.075, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.042 std_dev=0.033
O2 A 0, 0.024, 0.082, 0.140, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.082 std_dev=0.058
O4' A 0, 0.028, 0.101, 0.175, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.101 std_dev=0.074
C2' A 0, 0.000, 0.098, 0.195, 0.230 max_d=0.230 avg_d=0.098 std_dev=0.097
O2' A 0, 0.031, 0.134, 0.237, 0.249 max_d=0.249 avg_d=0.134 std_dev=0.103
C4' A 0, 0.060, 0.204, 0.348, 0.313 max_d=0.313 avg_d=0.204 std_dev=0.144
C3' A 0, 0.062, 0.219, 0.376, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.219 std_dev=0.157
O5' A 0, 0.071, 0.257, 0.444, 0.437 max_d=0.437 avg_d=0.257 std_dev=0.187
C5' A 0, 0.090, 0.312, 0.533, 0.496 max_d=0.496 avg_d=0.312 std_dev=0.222
C2 B 0, 0.034, 0.267, 0.500, 0.567 max_d=0.567 avg_d=0.267 std_dev=0.233
O3' A 0, 0.101, 0.351, 0.602, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.351 std_dev=0.251
N3 B 0, -0.007, 0.260, 0.527, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.260 std_dev=0.267
P A 0, 0.102, 0.410, 0.717, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.410 std_dev=0.307
C1' B 0, 0.041, 0.376, 0.712, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.376 std_dev=0.335
N1 B 0, -0.012, 0.346, 0.703, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.346 std_dev=0.357
O2 B 0, 0.065, 0.446, 0.828, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.446 std_dev=0.381
O4' B 0, 0.041, 0.433, 0.826, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.433 std_dev=0.393
OP2 A 0, 0.131, 0.533, 0.935, 0.970 max_d=0.970 avg_d=0.533 std_dev=0.402
OP1 A 0, 0.087, 0.494, 0.901, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.494 std_dev=0.407
C4 B 0, -0.079, 0.531, 1.142, 1.386 max_d=1.386 avg_d=0.531 std_dev=0.610
C6 B 0, -0.134, 0.509, 1.151, 1.415 max_d=1.415 avg_d=0.509 std_dev=0.643
O4 B 0, -0.024, 0.712, 1.449, 1.726 max_d=1.726 avg_d=0.712 std_dev=0.736
O3' B 0, 0.062, 0.808, 1.554, 1.800 max_d=1.800 avg_d=0.808 std_dev=0.746
C4' B 0, -0.006, 0.771, 1.548, 1.835 max_d=1.835 avg_d=0.771 std_dev=0.777
C5 B 0, -0.144, 0.656, 1.457, 1.783 max_d=1.783 avg_d=0.656 std_dev=0.800
C3' B 0, -0.021, 0.870, 1.761, 2.094 max_d=2.094 avg_d=0.870 std_dev=0.891
C2' B 0, -0.155, 0.987, 2.129, 2.587 max_d=2.587 avg_d=0.987 std_dev=1.142
C5' B 0, -0.166, 1.125, 2.416, 2.933 max_d=2.933 avg_d=1.125 std_dev=1.291
O5' B 0, -0.214, 1.307, 2.828, 3.440 max_d=3.440 avg_d=1.307 std_dev=1.521
O2' B 0, -0.294, 1.433, 3.161, 3.864 max_d=3.864 avg_d=1.433 std_dev=1.728
OP1 B 0, -0.373, 1.518, 3.409, 4.184 max_d=4.184 avg_d=1.518 std_dev=1.891
P B 0, -0.415, 1.536, 3.486, 4.288 max_d=4.288 avg_d=1.536 std_dev=1.951
OP2 B 0, -0.508, 1.704, 3.915, 4.827 max_d=4.827 avg_d=1.704 std_dev=2.212

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01
C2 0.02 0.00 0.03 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.06 0.03
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.02 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.09 0.07 0.06
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.08 0.01 0.10 0.02 0.10 0.03 0.05 0.07 0.01 0.00 0.08 0.01 0.04 0.10 0.09 0.07
C4 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.06 0.00 0.10 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.10 0.00 0.02 0.13 0.17 0.22 0.17
C4' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.07 0.01 0.03 0.07 0.01 0.01 0.06 0.00 0.02 0.07 0.03 0.03
C5 0.01 0.05 0.03 0.10 0.00 0.08 0.00 0.12 0.00 0.02 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.03 0.15 0.20 0.24 0.20
C5' 0.02 0.01 0.02 0.02 0.10 0.01 0.12 0.00 0.09 0.02 0.06 0.06 0.02 0.02 0.11 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02
C6 0.01 0.01 0.05 0.10 0.02 0.07 0.00 0.09 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.11 0.02 0.03 0.09 0.11 0.14 0.11
N1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.03
N3 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.03 0.01 0.00 0.05 0.04 0.06 0.02 0.02 0.08 0.09 0.15 0.11
O2 0.06 0.02 0.08 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06 0.04 0.03 0.05 0.00 0.10 0.08 0.07 0.06 0.05 0.08 0.04 0.04
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.10 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.11 0.07 0.06
O3' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.10 0.01 0.13 0.02 0.11 0.04 0.06 0.08 0.02 0.00 0.10 0.01 0.06 0.14 0.11 0.10
O4 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.06 0.01 0.11 0.02 0.01 0.02 0.07 0.03 0.10 0.00 0.02 0.15 0.22 0.28 0.21
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00
O5' 0.02 0.01 0.04 0.04 0.13 0.02 0.15 0.01 0.09 0.02 0.08 0.05 0.04 0.06 0.15 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.05 0.00 0.09 0.10 0.17 0.07 0.20 0.04 0.11 0.01 0.09 0.08 0.11 0.14 0.22 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.01 0.06 0.07 0.09 0.22 0.03 0.24 0.02 0.14 0.05 0.15 0.04 0.07 0.11 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.01 0.03 0.06 0.07 0.17 0.03 0.20 0.02 0.11 0.03 0.11 0.04 0.06 0.10 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.28 0.22 0.80 0.40 0.05 0.09 0.09 0.25 0.18 0.23 0.12 0.28 0.92 0.13 0.08 0.25 0.40 0.39 0.10 0.25
C2 0.19 0.18 0.62 0.39 0.08 0.06 0.10 0.18 0.16 0.19 0.12 0.20 0.55 0.15 0.05 0.22 0.53 0.44 0.22 0.37
C2' 0.30 0.25 0.89 0.52 0.17 0.02 0.22 0.10 0.28 0.29 0.19 0.25 0.93 0.03 0.10 0.18 0.53 0.57 0.30 0.43
C3' 0.41 0.34 1.06 0.61 0.26 0.10 0.33 0.01 0.39 0.40 0.27 0.32 1.17 0.09 0.19 0.11 0.56 0.68 0.37 0.49
C4 0.21 0.21 0.58 0.41 0.11 0.02 0.14 0.10 0.20 0.21 0.15 0.21 0.46 0.11 0.07 0.15 0.59 0.45 0.22 0.41
C4' 0.42 0.32 1.04 0.52 0.16 0.01 0.21 0.15 0.31 0.36 0.21 0.37 1.29 0.02 0.09 0.16 0.41 0.51 0.15 0.30
C5 0.26 0.22 0.71 0.38 0.06 0.06 0.10 0.20 0.18 0.23 0.12 0.29 0.75 0.15 0.08 0.22 0.44 0.38 0.09 0.27
C5' 0.50 0.38 1.15 0.55 0.20 0.05 0.26 0.12 0.37 0.43 0.26 0.43 1.50 0.03 0.13 0.12 0.37 0.53 0.12 0.28
C6 0.26 0.22 0.77 0.37 0.05 0.10 0.09 0.25 0.17 0.23 0.12 0.29 0.88 0.17 0.09 0.26 0.37 0.36 0.07 0.22
N1 0.24 0.21 0.73 0.38 0.06 0.09 0.09 0.23 0.17 0.22 0.12 0.25 0.78 0.16 0.07 0.25 0.43 0.39 0.12 0.28
N3 0.19 0.19 0.57 0.42 0.12 0.02 0.14 0.10 0.19 0.20 0.15 0.19 0.42 0.10 0.07 0.15 0.61 0.48 0.28 0.44
O2 0.17 0.17 0.59 0.39 0.08 0.07 0.10 0.18 0.16 0.18 0.12 0.18 0.49 0.15 0.03 0.23 0.55 0.46 0.27 0.40
O2' 0.29 0.23 0.88 0.51 0.11 0.01 0.16 0.14 0.23 0.26 0.15 0.24 0.94 0.03 0.05 0.21 0.50 0.54 0.26 0.39
O3' 0.46 0.38 1.16 0.72 0.34 0.20 0.42 0.12 0.48 0.46 0.32 0.33 1.25 0.21 0.27 0.05 0.66 0.82 0.52 0.62
O4 0.18 0.20 0.47 0.42 0.15 0.08 0.17 0.02 0.21 0.20 0.18 0.15 0.24 0.08 0.10 0.08 0.68 0.49 0.30 0.49
O4' 0.33 0.26 0.89 0.39 0.05 0.11 0.08 0.29 0.19 0.27 0.13 0.34 1.13 0.14 0.11 0.24 0.31 0.34 0.05 0.16
O5' 0.54 0.42 1.20 0.59 0.27 0.10 0.34 0.03 0.44 0.48 0.31 0.45 1.55 0.07 0.18 0.07 0.43 0.60 0.20 0.36
OP1 0.72 0.53 1.45 0.77 0.40 0.31 0.51 0.20 0.62 0.64 0.41 0.53 1.93 0.30 0.30 0.13 0.52 0.80 0.35 0.50
OP2 0.74 0.57 1.42 0.74 0.47 0.33 0.58 0.25 0.67 0.68 0.46 0.55 1.86 0.20 0.38 0.17 0.56 0.79 0.38 0.54
P 0.65 0.49 1.33 0.65 0.35 0.20 0.44 0.07 0.54 0.58 0.37 0.51 1.79 0.13 0.25 0.04 0.43 0.66 0.23 0.39

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.13 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.37 0.04 0.01 0.13 0.01 0.41 0.10
C2 0.02 0.00 0.15 0.18 0.03 0.06 0.02 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.26 0.05 0.16 0.42 0.18 0.12 0.17
C2' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.02 0.03 0.13 0.31 0.16 0.01 0.10 0.27 0.00 0.03 0.01 0.01 0.37 0.45 0.77 0.56
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.33 0.01 0.36 0.02 0.31 0.21 0.26 0.09 0.02 0.00 0.36 0.01 0.15 0.12 0.17 0.09
C4 0.03 0.03 0.02 0.33 0.00 0.08 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.34 0.05 0.01 0.03 0.72 0.39 0.24 0.46
C4' 0.01 0.06 0.03 0.01 0.08 0.00 0.18 0.00 0.19 0.06 0.02 0.14 0.27 0.03 0.09 0.00 0.02 0.31 0.29 0.02
C5 0.02 0.02 0.13 0.36 0.01 0.18 0.00 0.06 0.01 0.03 0.01 0.02 0.44 0.18 0.01 0.10 0.79 0.39 0.21 0.49
C5' 0.13 0.16 0.31 0.02 0.04 0.00 0.06 0.00 0.05 0.09 0.12 0.22 0.05 0.20 0.02 0.01 0.01 0.42 0.38 0.01
C6 0.01 0.01 0.16 0.31 0.01 0.19 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.40 0.12 0.01 0.15 0.66 0.26 0.10 0.29
N1 0.01 0.00 0.01 0.21 0.03 0.06 0.03 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.13 0.03 0.01 0.42 0.15 0.21 0.12
N3 0.02 0.01 0.10 0.26 0.01 0.02 0.01 0.12 0.02 0.01 0.00 0.03 0.18 0.13 0.04 0.13 0.58 0.30 0.10 0.33
O2 0.02 0.00 0.27 0.09 0.04 0.14 0.02 0.22 0.01 0.01 0.03 0.00 0.17 0.44 0.07 0.25 0.30 0.13 0.17 0.09
O2' 0.03 0.06 0.00 0.02 0.34 0.27 0.44 0.05 0.40 0.18 0.18 0.17 0.00 0.02 0.36 0.23 0.35 0.58 0.90 0.62
O3' 0.37 0.26 0.03 0.00 0.05 0.03 0.18 0.20 0.12 0.13 0.13 0.44 0.02 0.00 0.09 0.32 0.03 0.57 0.10 0.23
O4 0.04 0.05 0.01 0.36 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.07 0.36 0.09 0.00 0.04 0.78 0.46 0.39 0.56
O4' 0.01 0.16 0.01 0.01 0.03 0.00 0.10 0.01 0.15 0.01 0.13 0.25 0.23 0.32 0.04 0.00 0.30 0.32 0.25 0.12
O5' 0.13 0.42 0.37 0.15 0.72 0.02 0.79 0.01 0.66 0.42 0.58 0.30 0.35 0.03 0.78 0.30 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.01 0.18 0.45 0.12 0.39 0.31 0.39 0.42 0.26 0.15 0.30 0.13 0.58 0.57 0.46 0.32 0.02 0.00 0.02 0.02
OP2 0.41 0.12 0.77 0.17 0.24 0.29 0.21 0.38 0.10 0.21 0.10 0.17 0.90 0.10 0.39 0.25 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.10 0.17 0.56 0.09 0.46 0.02 0.49 0.01 0.29 0.12 0.33 0.09 0.62 0.23 0.56 0.12 0.01 0.02 0.01 0.00