ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53414

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 5, 3, 1, 7, 4, 2, 1, 3, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.006, 0.014, 0.023, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.006, 0.017, 0.029, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N4 A 0, 0.017, 0.040, 0.063, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.040 std_dev=0.023
O2 A 0, 0.015, 0.040, 0.065, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.040 std_dev=0.025
O4' A 0, 0.019, 0.098, 0.176, 0.352 max_d=0.352 avg_d=0.098 std_dev=0.078
C2' A 0, 0.039, 0.119, 0.200, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.119 std_dev=0.080
O2' A 0, 0.055, 0.196, 0.337, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.196 std_dev=0.141
C4' A 0, 0.043, 0.196, 0.349, 0.551 max_d=0.551 avg_d=0.196 std_dev=0.153
C3' A 0, 0.051, 0.215, 0.379, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.215 std_dev=0.164
C5' A 0, 0.085, 0.352, 0.619, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.352 std_dev=0.267
N2 B 0, 0.157, 0.427, 0.696, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.427 std_dev=0.269
O3' A 0, 0.063, 0.340, 0.618, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.340 std_dev=0.277
C2 B 0, 0.139, 0.458, 0.776, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.458 std_dev=0.319
N3 B 0, 0.076, 0.423, 0.770, 1.368 max_d=1.368 avg_d=0.423 std_dev=0.347
N1 B 0, 0.191, 0.593, 0.995, 1.708 max_d=1.708 avg_d=0.593 std_dev=0.402
C4 B 0, 0.076, 0.550, 1.024, 1.849 max_d=1.849 avg_d=0.550 std_dev=0.474
C1' B 0, 0.129, 0.615, 1.100, 1.801 max_d=1.801 avg_d=0.615 std_dev=0.486
O5' A 0, 0.028, 0.532, 1.037, 2.056 max_d=2.056 avg_d=0.532 std_dev=0.505
C6 B 0, 0.181, 0.707, 1.232, 2.149 max_d=2.149 avg_d=0.707 std_dev=0.525
N9 B 0, 0.089, 0.631, 1.174, 2.066 max_d=2.066 avg_d=0.631 std_dev=0.542
P A 0, 0.059, 0.609, 1.159, 2.280 max_d=2.280 avg_d=0.609 std_dev=0.550
C5 B 0, 0.120, 0.688, 1.257, 2.232 max_d=2.232 avg_d=0.688 std_dev=0.569
O4' B 0, 0.051, 0.642, 1.233, 2.179 max_d=2.179 avg_d=0.642 std_dev=0.591
OP2 A 0, 0.102, 0.696, 1.291, 2.354 max_d=2.354 avg_d=0.696 std_dev=0.594
O6 B 0, 0.237, 0.836, 1.435, 2.460 max_d=2.460 avg_d=0.836 std_dev=0.599
C8 B 0, 0.105, 0.798, 1.491, 2.600 max_d=2.600 avg_d=0.798 std_dev=0.693
N7 B 0, 0.125, 0.833, 1.541, 2.701 max_d=2.701 avg_d=0.833 std_dev=0.708
OP1 A 0, -0.023, 0.751, 1.524, 3.255 max_d=3.255 avg_d=0.751 std_dev=0.773
O3' B 0, 0.118, 0.923, 1.728, 2.726 max_d=2.726 avg_d=0.923 std_dev=0.805
C4' B 0, -0.021, 0.839, 1.698, 2.546 max_d=2.546 avg_d=0.839 std_dev=0.860
C3' B 0, 0.022, 0.903, 1.783, 2.710 max_d=2.710 avg_d=0.903 std_dev=0.881
OP1 B 0, 0.049, 1.047, 2.045, 3.453 max_d=3.453 avg_d=1.047 std_dev=0.998
C2' B 0, 0.052, 1.065, 2.077, 3.150 max_d=3.150 avg_d=1.065 std_dev=1.013
P B 0, -0.122, 1.051, 2.224, 4.030 max_d=4.030 avg_d=1.051 std_dev=1.173
O5' B 0, -0.132, 1.158, 2.448, 3.749 max_d=3.749 avg_d=1.158 std_dev=1.290
C5' B 0, -0.125, 1.191, 2.506, 4.112 max_d=4.112 avg_d=1.191 std_dev=1.315
O2' B 0, 0.070, 1.486, 2.902, 3.848 max_d=3.848 avg_d=1.486 std_dev=1.416
OP2 B 0, -0.172, 1.363, 2.897, 6.036 max_d=6.036 avg_d=1.363 std_dev=1.534

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.14 0.15 0.35 0.14
C2 0.02 0.00 0.06 0.08 0.01 0.04 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.08 0.03 0.25 0.19 0.37 0.18
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.04 0.05 0.02 0.05 0.05 0.11 0.00 0.01 0.01 0.18 0.21 0.29 0.11
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.12 0.00 0.14 0.03 0.13 0.08 0.10 0.13 0.10 0.02 0.01 0.01 0.24 0.27 0.23 0.14
C4 0.02 0.01 0.04 0.12 0.00 0.09 0.00 0.22 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.14 0.03 0.33 0.26 0.37 0.25
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.09 0.00 0.11 0.01 0.10 0.05 0.06 0.09 0.06 0.07 0.03 0.00 0.02 0.10 0.28 0.06
C5 0.01 0.01 0.05 0.14 0.00 0.11 0.00 0.24 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.16 0.03 0.33 0.25 0.35 0.25
C5' 0.05 0.13 0.04 0.03 0.22 0.01 0.24 0.00 0.22 0.14 0.17 0.23 0.10 0.05 0.05 0.02 0.02 0.18 0.28 0.02
C6 0.01 0.01 0.05 0.13 0.01 0.10 0.00 0.22 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.14 0.03 0.29 0.21 0.34 0.20
N1 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.05 0.01 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.02 0.23 0.18 0.35 0.17
N3 0.02 0.00 0.05 0.10 0.00 0.06 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.11 0.02 0.29 0.23 0.38 0.22
N4 0.02 0.01 0.05 0.13 0.00 0.09 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.16 0.03 0.35 0.29 0.39 0.27
O2 0.04 0.00 0.11 0.10 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.15 0.11 0.04 0.21 0.18 0.37 0.17
O2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.06 0.07 0.03 0.05 0.03 0.03 0.09 0.06 0.15 0.00 0.04 0.06 0.11 0.17 0.28 0.08
O3' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.14 0.03 0.16 0.05 0.14 0.07 0.11 0.16 0.11 0.04 0.00 0.03 0.23 0.33 0.21 0.18
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.06 0.03 0.00 0.17 0.16 0.38 0.20
O5' 0.14 0.25 0.18 0.24 0.33 0.02 0.33 0.02 0.29 0.23 0.29 0.35 0.21 0.11 0.23 0.17 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.15 0.19 0.21 0.27 0.26 0.10 0.25 0.18 0.21 0.18 0.23 0.29 0.18 0.17 0.33 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.35 0.37 0.29 0.23 0.37 0.28 0.35 0.28 0.34 0.35 0.38 0.39 0.37 0.28 0.21 0.38 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.18 0.11 0.14 0.25 0.06 0.25 0.02 0.20 0.17 0.22 0.27 0.17 0.08 0.18 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.26 0.12 0.51 0.19 0.13 0.47 0.11 0.69 0.12 0.16 0.14 0.15 0.12 0.13 0.17 1.15 0.54 0.48 0.55 0.14 0.52 0.75 0.42
C2 0.22 0.14 0.43 0.23 0.13 0.52 0.13 0.76 0.14 0.15 0.15 0.17 0.13 0.13 0.16 0.99 0.58 0.51 0.50 0.15 0.51 0.71 0.38
C2' 0.27 0.13 0.56 0.15 0.14 0.45 0.13 0.68 0.14 0.18 0.15 0.15 0.14 0.14 0.19 1.17 0.48 0.49 0.49 0.16 0.52 0.73 0.40
C3' 0.25 0.14 0.57 0.13 0.13 0.44 0.11 0.63 0.13 0.15 0.15 0.18 0.14 0.12 0.17 1.19 0.47 0.54 0.50 0.15 0.52 0.69 0.40
C4 0.24 0.11 0.51 0.15 0.12 0.40 0.11 0.54 0.10 0.16 0.11 0.14 0.11 0.13 0.17 1.05 0.52 0.47 0.34 0.10 0.45 0.72 0.35
C4' 0.29 0.11 0.59 0.12 0.14 0.41 0.12 0.57 0.10 0.19 0.12 0.15 0.13 0.14 0.20 1.25 0.44 0.48 0.54 0.11 0.52 0.70 0.41
C5 0.28 0.10 0.59 0.13 0.14 0.34 0.12 0.44 0.10 0.20 0.10 0.14 0.11 0.16 0.20 1.20 0.47 0.43 0.35 0.10 0.44 0.73 0.35
C5' 0.40 0.21 0.69 0.21 0.28 0.41 0.25 0.52 0.20 0.33 0.19 0.20 0.26 0.28 0.34 1.33 0.38 0.53 0.56 0.18 0.57 0.64 0.43
C6 0.27 0.10 0.57 0.14 0.13 0.38 0.11 0.51 0.09 0.19 0.10 0.14 0.11 0.14 0.19 1.21 0.49 0.45 0.43 0.10 0.47 0.72 0.36
N1 0.25 0.11 0.51 0.18 0.12 0.46 0.11 0.65 0.11 0.16 0.13 0.15 0.11 0.12 0.17 1.13 0.54 0.48 0.49 0.12 0.50 0.73 0.39
N3 0.22 0.13 0.42 0.21 0.13 0.50 0.12 0.72 0.12 0.15 0.13 0.16 0.12 0.13 0.16 0.93 0.57 0.51 0.41 0.12 0.49 0.70 0.35
N4 0.24 0.13 0.52 0.14 0.14 0.35 0.14 0.46 0.13 0.17 0.13 0.16 0.13 0.15 0.18 0.97 0.49 0.46 0.28 0.13 0.43 0.75 0.37
O2 0.20 0.18 0.37 0.28 0.16 0.59 0.17 0.88 0.19 0.16 0.20 0.20 0.15 0.16 0.16 0.91 0.61 0.53 0.56 0.21 0.54 0.70 0.40
O2' 0.29 0.17 0.54 0.17 0.19 0.47 0.18 0.72 0.19 0.21 0.19 0.17 0.18 0.19 0.22 1.16 0.51 0.46 0.50 0.21 0.52 0.77 0.41
O3' 0.25 0.18 0.56 0.15 0.15 0.46 0.15 0.64 0.18 0.15 0.20 0.22 0.16 0.14 0.17 1.16 0.47 0.56 0.50 0.21 0.53 0.70 0.41
O4' 0.27 0.10 0.55 0.16 0.13 0.42 0.11 0.60 0.10 0.18 0.12 0.14 0.11 0.14 0.19 1.23 0.51 0.45 0.56 0.11 0.52 0.75 0.43
O5' 0.27 0.37 0.51 0.30 0.28 0.47 0.30 0.54 0.36 0.24 0.39 0.42 0.31 0.27 0.24 1.11 0.59 0.61 0.56 0.39 0.60 0.82 0.51
OP1 0.30 0.29 0.62 0.24 0.22 0.39 0.23 0.41 0.28 0.23 0.31 0.34 0.24 0.22 0.23 1.21 0.44 0.53 0.48 0.31 0.54 0.73 0.42
OP2 0.34 0.37 0.60 0.25 0.30 0.41 0.30 0.41 0.34 0.27 0.37 0.41 0.34 0.28 0.29 1.15 0.46 0.57 0.47 0.35 0.56 0.72 0.43
P 0.28 0.26 0.57 0.22 0.19 0.40 0.19 0.43 0.23 0.19 0.27 0.31 0.22 0.18 0.20 1.17 0.47 0.54 0.50 0.25 0.56 0.74 0.44

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.18 0.02 0.02 0.04 0.07 0.06 0.01 0.01 0.01 0.28 0.01 0.30 0.02 0.34 0.59 0.25
C2 0.05 0.00 0.21 0.12 0.00 0.45 0.01 0.81 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.40 0.39 0.44 0.24 0.01 0.46 0.42 0.25
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.10 0.02 0.05 0.29 0.09 0.12 0.16 0.25 0.20 0.07 0.02 0.00 0.03 0.01 0.18 0.07 0.97 0.17 0.39
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.08 0.01 0.16 0.02 0.13 0.29 0.10 0.18 0.12 0.27 0.13 0.02 0.01 0.01 0.16 0.17 0.72 0.15 0.28
C4 0.02 0.00 0.10 0.08 0.00 0.24 0.00 0.57 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.23 0.24 0.30 0.01 0.40 0.48 0.31
C4' 0.01 0.45 0.02 0.01 0.24 0.00 0.16 0.00 0.24 0.19 0.37 0.54 0.42 0.12 0.07 0.22 0.04 0.00 0.01 0.20 0.32 0.33 0.06
C5 0.01 0.01 0.05 0.16 0.00 0.16 0.00 0.51 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.13 0.10 0.45 0.01 0.45 0.53 0.42
C5' 0.18 0.81 0.29 0.02 0.57 0.00 0.51 0.00 0.62 0.24 0.76 0.89 0.73 0.33 0.33 0.09 0.20 0.01 0.01 0.59 0.31 0.16 0.02
C6 0.02 0.00 0.09 0.13 0.01 0.24 0.00 0.62 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.17 0.19 0.38 0.00 0.50 0.45 0.39
C8 0.02 0.01 0.12 0.29 0.00 0.19 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.41 0.15 0.20 0.72 0.01 0.37 0.74 0.55
N1 0.04 0.00 0.16 0.10 0.01 0.37 0.00 0.76 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.28 0.33 0.26 0.00 0.49 0.38 0.30
N2 0.07 0.00 0.25 0.18 0.01 0.54 0.01 0.89 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.55 0.49 0.53 0.32 0.01 0.49 0.46 0.27
N3 0.06 0.00 0.20 0.12 0.00 0.42 0.00 0.73 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.38 0.39 0.45 0.21 0.01 0.43 0.46 0.24
N7 0.01 0.01 0.07 0.27 0.00 0.12 0.00 0.33 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.33 0.15 0.11 0.67 0.02 0.46 0.71 0.56
N9 0.01 0.01 0.02 0.13 0.01 0.07 0.01 0.33 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.12 0.13 0.01 0.44 0.01 0.34 0.58 0.36
O2' 0.01 0.40 0.00 0.02 0.12 0.22 0.10 0.09 0.09 0.41 0.25 0.55 0.38 0.33 0.12 0.00 0.08 0.14 0.09 0.10 1.07 0.23 0.39
O3' 0.28 0.39 0.03 0.01 0.23 0.04 0.13 0.20 0.17 0.15 0.28 0.49 0.39 0.15 0.13 0.08 0.00 0.30 0.14 0.14 0.62 0.21 0.21
O4' 0.01 0.44 0.01 0.01 0.24 0.00 0.10 0.01 0.19 0.20 0.33 0.53 0.45 0.11 0.01 0.14 0.30 0.00 0.46 0.13 0.24 0.85 0.56
O5' 0.30 0.24 0.18 0.16 0.30 0.01 0.45 0.01 0.38 0.72 0.26 0.32 0.21 0.67 0.44 0.09 0.14 0.46 0.00 0.45 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.07 0.17 0.01 0.20 0.01 0.59 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.10 0.14 0.13 0.45 0.00 0.54 0.50 0.46
OP1 0.34 0.46 0.97 0.72 0.40 0.32 0.45 0.31 0.50 0.37 0.49 0.49 0.43 0.46 0.34 1.07 0.62 0.24 0.01 0.54 0.00 0.01 0.00
OP2 0.59 0.42 0.17 0.15 0.48 0.33 0.53 0.16 0.45 0.74 0.38 0.46 0.46 0.71 0.58 0.23 0.21 0.85 0.01 0.50 0.01 0.00 0.00
P 0.25 0.25 0.39 0.28 0.31 0.06 0.42 0.02 0.39 0.55 0.30 0.27 0.24 0.56 0.36 0.39 0.21 0.56 0.00 0.46 0.00 0.00 0.00