ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53415

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 3, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.002, 0.005, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.003, 0.007, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.003, 0.007, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.006, 0.011, 0.015, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.005, 0.011, 0.016, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.006, 0.011, 0.017, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.006
O2 A 0, 0.014, 0.026, 0.037, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.026 std_dev=0.011
N4 A 0, 0.016, 0.036, 0.055, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.036 std_dev=0.019
O4' A 0, 0.020, 0.081, 0.143, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.081 std_dev=0.061
C4 B 0, 0.068, 0.142, 0.217, 0.194 max_d=0.194 avg_d=0.142 std_dev=0.074
C2' A 0, 0.034, 0.109, 0.184, 0.199 max_d=0.199 avg_d=0.109 std_dev=0.075
C4' A 0, 0.048, 0.137, 0.227, 0.252 max_d=0.252 avg_d=0.137 std_dev=0.089
O2' A 0, 0.064, 0.159, 0.255, 0.269 max_d=0.269 avg_d=0.159 std_dev=0.096
C3' A 0, 0.048, 0.150, 0.252, 0.278 max_d=0.278 avg_d=0.150 std_dev=0.102
C5 B 0, 0.057, 0.171, 0.284, 0.302 max_d=0.302 avg_d=0.171 std_dev=0.114
O3' A 0, 0.055, 0.188, 0.322, 0.353 max_d=0.353 avg_d=0.188 std_dev=0.134
N3 B 0, 0.095, 0.240, 0.385, 0.415 max_d=0.415 avg_d=0.240 std_dev=0.145
N9 B 0, 0.135, 0.317, 0.500, 0.477 max_d=0.477 avg_d=0.317 std_dev=0.183
N7 B 0, 0.114, 0.299, 0.485, 0.515 max_d=0.515 avg_d=0.299 std_dev=0.186
C5' A 0, 0.119, 0.320, 0.521, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.320 std_dev=0.201
C6 B 0, 0.115, 0.359, 0.604, 0.674 max_d=0.674 avg_d=0.359 std_dev=0.245
O5' A 0, 0.143, 0.390, 0.637, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.390 std_dev=0.247
C8 B 0, 0.188, 0.445, 0.701, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.445 std_dev=0.256
C1' B 0, 0.203, 0.472, 0.742, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.472 std_dev=0.270
C2 B 0, 0.184, 0.470, 0.756, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.470 std_dev=0.286
O6 B 0, 0.155, 0.462, 0.768, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.462 std_dev=0.306
C2' B 0, 0.237, 0.554, 0.872, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.554 std_dev=0.317
N1 B 0, 0.203, 0.534, 0.865, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.534 std_dev=0.331
O4' B 0, 0.253, 0.591, 0.929, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.591 std_dev=0.338
OP1 A 0, 0.212, 0.567, 0.922, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.567 std_dev=0.355
P A 0, 0.213, 0.580, 0.947, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.580 std_dev=0.367
O2' B 0, 0.274, 0.650, 1.027, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.650 std_dev=0.376
C3' B 0, 0.301, 0.701, 1.101, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.701 std_dev=0.400
N2 B 0, 0.283, 0.690, 1.098, 1.129 max_d=1.129 avg_d=0.690 std_dev=0.408
C4' B 0, 0.313, 0.731, 1.148, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.731 std_dev=0.417
C5' B 0, 0.338, 0.786, 1.233, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.786 std_dev=0.448
OP2 B 0, 0.292, 0.743, 1.193, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.743 std_dev=0.450
OP2 A 0, 0.300, 0.768, 1.237, 1.336 max_d=1.336 avg_d=0.768 std_dev=0.468
O3' B 0, 0.372, 0.854, 1.337, 1.223 max_d=1.223 avg_d=0.854 std_dev=0.483
P B 0, 0.379, 0.910, 1.440, 1.397 max_d=1.397 avg_d=0.910 std_dev=0.530
O5' B 0, 0.389, 0.979, 1.569, 1.544 max_d=1.544 avg_d=0.979 std_dev=0.590
OP1 B 0, 0.474, 1.187, 1.900, 1.967 max_d=1.967 avg_d=1.187 std_dev=0.713

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.03
C2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.06 0.03
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.08 0.04
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.04 0.09 0.04
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.03 0.03 0.05 0.05 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.08 0.03
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.07 0.03
N3 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.04 0.07 0.03
N4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.05 0.08 0.05
O2 0.02 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.03 0.05 0.05 0.02
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04
O3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.05 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.03
O5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.04 0.06 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.05 0.05 0.02 0.08 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.06 0.02 0.01 0.08 0.01 0.09 0.02 0.08 0.07 0.07 0.08 0.05 0.04 0.05 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.03 0.03 0.05 0.02 0.04 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.10 0.09 0.08 0.11 0.08 0.13 0.09 0.14 0.09 0.11 0.10 0.12 0.08 0.10 0.09 0.12 0.17 0.11 0.09 0.10 0.14 0.12 0.09
C2 0.11 0.07 0.08 0.11 0.07 0.14 0.07 0.14 0.07 0.10 0.08 0.10 0.06 0.09 0.09 0.13 0.17 0.12 0.09 0.08 0.14 0.13 0.10
C2' 0.09 0.08 0.08 0.13 0.08 0.15 0.08 0.16 0.08 0.10 0.09 0.10 0.07 0.09 0.09 0.10 0.19 0.11 0.11 0.09 0.19 0.15 0.12
C3' 0.10 0.09 0.09 0.13 0.09 0.15 0.10 0.17 0.09 0.11 0.09 0.10 0.09 0.10 0.10 0.12 0.19 0.12 0.14 0.10 0.21 0.15 0.13
C4 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.08 0.10 0.08 0.10 0.06 0.10 0.09 0.13 0.12 0.08 0.06 0.08 0.08 0.10 0.06
C4' 0.11 0.11 0.09 0.12 0.11 0.14 0.11 0.15 0.11 0.12 0.11 0.12 0.10 0.12 0.11 0.12 0.18 0.12 0.12 0.12 0.18 0.13 0.11
C5 0.07 0.10 0.06 0.08 0.09 0.08 0.10 0.07 0.10 0.11 0.10 0.13 0.08 0.11 0.09 0.12 0.12 0.07 0.07 0.11 0.08 0.10 0.07
C5' 0.13 0.13 0.10 0.12 0.14 0.16 0.15 0.16 0.14 0.15 0.14 0.13 0.13 0.15 0.14 0.13 0.17 0.15 0.14 0.15 0.19 0.13 0.13
C6 0.08 0.10 0.07 0.09 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.11 0.13 0.08 0.11 0.09 0.12 0.14 0.08 0.07 0.11 0.10 0.10 0.07
N1 0.09 0.09 0.08 0.10 0.08 0.12 0.09 0.13 0.09 0.10 0.10 0.12 0.07 0.10 0.09 0.12 0.16 0.10 0.08 0.09 0.13 0.11 0.08
N3 0.11 0.07 0.08 0.10 0.07 0.13 0.07 0.12 0.07 0.10 0.07 0.09 0.05 0.09 0.09 0.13 0.14 0.12 0.08 0.07 0.11 0.11 0.08
N4 0.07 0.06 0.05 0.05 0.08 0.06 0.09 0.05 0.07 0.10 0.06 0.09 0.05 0.10 0.09 0.11 0.08 0.06 0.06 0.07 0.07 0.10 0.07
O2 0.12 0.07 0.09 0.13 0.07 0.17 0.07 0.18 0.06 0.10 0.07 0.09 0.05 0.08 0.09 0.13 0.18 0.14 0.11 0.07 0.17 0.16 0.13
O2' 0.10 0.08 0.07 0.12 0.08 0.15 0.08 0.18 0.08 0.10 0.09 0.11 0.07 0.09 0.09 0.10 0.19 0.11 0.12 0.09 0.20 0.16 0.13
O3' 0.10 0.08 0.10 0.15 0.09 0.16 0.09 0.18 0.09 0.10 0.09 0.09 0.08 0.09 0.10 0.12 0.21 0.12 0.16 0.09 0.25 0.17 0.16
O4' 0.10 0.11 0.08 0.11 0.10 0.13 0.11 0.13 0.11 0.11 0.11 0.13 0.09 0.11 0.10 0.12 0.17 0.11 0.09 0.11 0.14 0.11 0.09
O5' 0.13 0.15 0.08 0.10 0.15 0.13 0.16 0.14 0.17 0.15 0.16 0.15 0.14 0.16 0.14 0.12 0.15 0.14 0.11 0.17 0.15 0.12 0.11
OP1 0.13 0.18 0.08 0.09 0.16 0.12 0.17 0.13 0.19 0.16 0.20 0.20 0.16 0.17 0.15 0.10 0.13 0.14 0.14 0.20 0.15 0.15 0.12
OP2 0.15 0.20 0.12 0.11 0.18 0.13 0.19 0.13 0.21 0.17 0.21 0.21 0.18 0.18 0.17 0.12 0.13 0.15 0.17 0.22 0.17 0.19 0.16
P 0.13 0.17 0.09 0.09 0.16 0.12 0.17 0.12 0.18 0.15 0.18 0.18 0.16 0.16 0.15 0.11 0.13 0.14 0.13 0.19 0.15 0.15 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.03
C2 0.02 0.00 0.07 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.06 0.02 0.07 0.00 0.07 0.13 0.08
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.06 0.09 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.02 0.04 0.06 0.03
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.06 0.04 0.06 0.04 0.06 0.03 0.01 0.00 0.00 0.10 0.05 0.06 0.08 0.05
C4 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.08 0.00 0.08 0.12 0.09
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.07 0.00
C5 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.11 0.00 0.13 0.17 0.13
C5' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.07 0.09 0.05 0.02 0.02 0.09 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.05 0.08 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.11 0.00 0.14 0.20 0.14
C8 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.13 0.00 0.13 0.13 0.13
N1 0.01 0.00 0.06 0.04 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.05 0.02 0.09 0.00 0.10 0.18 0.11
N2 0.02 0.00 0.09 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.08 0.03 0.07 0.01 0.05 0.12 0.07
N3 0.02 0.00 0.07 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.06 0.02 0.07 0.00 0.05 0.10 0.06
N7 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.14 0.00 0.17 0.19 0.16
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.08 0.00 0.07 0.08 0.08
O2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.05 0.03 0.08 0.12 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.04 0.04 0.06 0.03
O3' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.07 0.05 0.08 0.06 0.07 0.03 0.01 0.00 0.00 0.12 0.06 0.08 0.11 0.06
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.08 0.02 0.07 0.05 0.03
O5' 0.04 0.07 0.05 0.10 0.08 0.00 0.11 0.01 0.11 0.13 0.09 0.07 0.07 0.14 0.08 0.04 0.12 0.08 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.02 0.13 0.00 0.17 0.24 0.16
OP1 0.04 0.07 0.04 0.06 0.08 0.04 0.13 0.05 0.14 0.13 0.10 0.05 0.05 0.17 0.07 0.04 0.08 0.07 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.13 0.06 0.08 0.12 0.07 0.17 0.08 0.20 0.13 0.18 0.12 0.10 0.19 0.08 0.06 0.11 0.05 0.01 0.24 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.08 0.03 0.05 0.09 0.00 0.13 0.01 0.14 0.13 0.11 0.07 0.06 0.16 0.08 0.03 0.06 0.03 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00