ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53416

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.011, 0.023, 0.035, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.012, 0.025, 0.039, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.025 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.009, 0.022, 0.036, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.022 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.010, 0.043, 0.075, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.043 std_dev=0.033
N4 A 0, 0.016, 0.050, 0.083, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.050 std_dev=0.034
O4' A 0, 0.132, 0.316, 0.499, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.316 std_dev=0.183
N2 B 0, 0.233, 0.465, 0.697, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.465 std_dev=0.232
C3' A 0, 0.322, 0.592, 0.862, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.592 std_dev=0.270
C2 B 0, 0.278, 0.559, 0.841, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.559 std_dev=0.282
C4' A 0, 0.289, 0.578, 0.868, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.578 std_dev=0.289
C2' A 0, 0.224, 0.515, 0.805, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.515 std_dev=0.290
N3 B 0, 0.332, 0.649, 0.966, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.649 std_dev=0.317
N1 B 0, 0.323, 0.655, 0.987, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.655 std_dev=0.332
C4 B 0, 0.343, 0.723, 1.103, 1.184 max_d=1.184 avg_d=0.723 std_dev=0.380
C5 B 0, 0.371, 0.782, 1.194, 1.222 max_d=1.222 avg_d=0.782 std_dev=0.411
C6 B 0, 0.354, 0.780, 1.205, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.780 std_dev=0.426
N9 B 0, 0.399, 0.826, 1.253, 1.341 max_d=1.341 avg_d=0.826 std_dev=0.427
C1' B 0, 0.435, 0.877, 1.318, 1.346 max_d=1.346 avg_d=0.877 std_dev=0.441
O3' A 0, 0.409, 0.853, 1.297, 1.450 max_d=1.450 avg_d=0.853 std_dev=0.444
C5' A 0, 0.443, 0.901, 1.360, 1.477 max_d=1.477 avg_d=0.901 std_dev=0.458
C2' B 0, 0.448, 0.921, 1.393, 1.363 max_d=1.363 avg_d=0.921 std_dev=0.473
N7 B 0, 0.415, 0.896, 1.377, 1.414 max_d=1.414 avg_d=0.896 std_dev=0.481
O2' B 0, 0.386, 0.877, 1.367, 1.466 max_d=1.466 avg_d=0.877 std_dev=0.491
C8 B 0, 0.410, 0.902, 1.394, 1.489 max_d=1.489 avg_d=0.902 std_dev=0.492
O4' B 0, 0.518, 1.037, 1.555, 1.484 max_d=1.484 avg_d=1.037 std_dev=0.519
P A 0, 0.692, 1.220, 1.747, 1.823 max_d=1.823 avg_d=1.220 std_dev=0.527
O6 B 0, 0.315, 0.898, 1.482, 1.724 max_d=1.724 avg_d=0.898 std_dev=0.583
O5' A 0, 0.509, 1.095, 1.681, 1.817 max_d=1.817 avg_d=1.095 std_dev=0.586
O2' A 0, 0.321, 0.942, 1.564, 1.656 max_d=1.656 avg_d=0.942 std_dev=0.622
C3' B 0, 0.589, 1.224, 1.858, 2.273 max_d=2.273 avg_d=1.224 std_dev=0.634
C4' B 0, 0.605, 1.267, 1.930, 2.290 max_d=2.290 avg_d=1.267 std_dev=0.662
O5' B 0, 0.742, 1.576, 2.410, 2.826 max_d=2.826 avg_d=1.576 std_dev=0.834
OP2 B 0, 0.780, 1.621, 2.462, 2.879 max_d=2.879 avg_d=1.621 std_dev=0.841
C5' B 0, 0.660, 1.504, 2.349, 2.908 max_d=2.908 avg_d=1.504 std_dev=0.845
O3' B 0, 0.581, 1.432, 2.283, 3.088 max_d=3.088 avg_d=1.432 std_dev=0.851
P B 0, 0.777, 1.742, 2.707, 3.271 max_d=3.271 avg_d=1.742 std_dev=0.965
OP2 A 0, 0.813, 1.822, 2.832, 3.241 max_d=3.241 avg_d=1.822 std_dev=1.010
OP1 B 0, 0.802, 2.096, 3.391, 4.314 max_d=4.314 avg_d=2.096 std_dev=1.295
OP1 A 0, 0.412, 1.817, 3.222, 3.797 max_d=3.797 avg_d=1.817 std_dev=1.405

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.22 0.01 0.31 0.51 0.28 0.30
C2 0.02 0.00 0.12 0.14 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.25 0.18 0.08 0.46 0.93 0.41 0.47
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.10 0.02 0.11 0.12 0.12 0.06 0.12 0.11 0.19 0.00 0.05 0.02 0.49 0.74 0.32 0.51
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.21 0.00 0.22 0.02 0.19 0.13 0.18 0.23 0.12 0.02 0.01 0.02 0.26 0.44 0.12 0.29
C4 0.02 0.00 0.10 0.21 0.00 0.09 0.00 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.31 0.10 0.05 0.58 1.34 0.57 0.62
C4' 0.02 0.04 0.02 0.00 0.09 0.00 0.12 0.01 0.11 0.05 0.06 0.10 0.07 0.20 0.04 0.01 0.02 0.20 0.15 0.04
C5 0.02 0.00 0.11 0.22 0.00 0.12 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.27 0.12 0.06 0.61 1.41 0.59 0.65
C5' 0.04 0.10 0.12 0.02 0.18 0.01 0.21 0.00 0.18 0.10 0.14 0.20 0.08 0.10 0.17 0.02 0.01 0.25 0.12 0.03
C6 0.02 0.01 0.12 0.19 0.01 0.11 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.10 0.07 0.57 1.18 0.50 0.58
N1 0.01 0.01 0.06 0.13 0.01 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.11 0.03 0.47 0.89 0.40 0.46
N3 0.02 0.00 0.12 0.18 0.00 0.06 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.31 0.14 0.07 0.53 1.14 0.50 0.54
N4 0.02 0.01 0.11 0.23 0.00 0.10 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.34 0.11 0.06 0.60 1.45 0.62 0.65
O2 0.03 0.00 0.19 0.12 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.24 0.30 0.11 0.38 0.75 0.35 0.39
O2' 0.03 0.25 0.00 0.02 0.31 0.20 0.27 0.10 0.21 0.18 0.31 0.34 0.24 0.00 0.13 0.15 0.29 0.53 0.19 0.29
O3' 0.22 0.18 0.05 0.01 0.10 0.04 0.12 0.17 0.10 0.11 0.14 0.11 0.30 0.13 0.00 0.14 0.08 0.43 0.35 0.15
O4' 0.01 0.08 0.02 0.02 0.05 0.01 0.06 0.02 0.07 0.03 0.07 0.06 0.11 0.15 0.14 0.00 0.13 0.16 0.24 0.12
O5' 0.31 0.46 0.49 0.26 0.58 0.02 0.61 0.01 0.57 0.47 0.53 0.60 0.38 0.29 0.08 0.13 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.51 0.93 0.74 0.44 1.34 0.20 1.41 0.25 1.18 0.89 1.14 1.45 0.75 0.53 0.43 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.28 0.41 0.32 0.12 0.57 0.15 0.59 0.12 0.50 0.40 0.50 0.62 0.35 0.19 0.35 0.24 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.30 0.47 0.51 0.29 0.62 0.04 0.65 0.03 0.58 0.46 0.54 0.65 0.39 0.29 0.15 0.12 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.40 0.21 0.25 0.32 0.27 0.53 0.22 0.56 0.17 0.29 0.17 0.21 0.28 0.23 0.32 0.39 0.40 0.53 0.39 0.16 0.43 0.34 0.44
C2 0.38 0.20 0.22 0.25 0.28 0.45 0.23 0.46 0.17 0.30 0.15 0.17 0.29 0.25 0.32 0.34 0.28 0.49 0.33 0.14 0.35 0.30 0.36
C2' 0.44 0.26 0.32 0.36 0.30 0.54 0.27 0.56 0.25 0.33 0.26 0.27 0.30 0.29 0.36 0.43 0.41 0.55 0.41 0.26 0.44 0.36 0.43
C3' 0.19 0.18 0.16 0.17 0.15 0.30 0.16 0.34 0.18 0.15 0.20 0.21 0.16 0.15 0.16 0.17 0.27 0.30 0.20 0.20 0.23 0.24 0.26
C4 0.40 0.09 0.22 0.32 0.24 0.53 0.18 0.56 0.10 0.30 0.06 0.07 0.22 0.23 0.32 0.31 0.39 0.54 0.42 0.07 0.47 0.40 0.48
C4' 0.31 0.20 0.16 0.25 0.22 0.48 0.19 0.54 0.16 0.24 0.17 0.21 0.24 0.20 0.26 0.25 0.36 0.46 0.37 0.15 0.44 0.36 0.45
C5 0.41 0.09 0.27 0.43 0.23 0.64 0.16 0.69 0.08 0.29 0.05 0.07 0.21 0.21 0.32 0.36 0.55 0.58 0.52 0.06 0.61 0.48 0.59
C5' 0.33 0.19 0.22 0.34 0.23 0.55 0.18 0.63 0.14 0.25 0.15 0.20 0.24 0.20 0.27 0.30 0.46 0.49 0.47 0.12 0.57 0.47 0.56
C6 0.41 0.12 0.26 0.40 0.24 0.61 0.17 0.66 0.10 0.28 0.09 0.10 0.23 0.21 0.31 0.38 0.53 0.57 0.49 0.10 0.57 0.44 0.56
N1 0.40 0.18 0.24 0.32 0.26 0.53 0.20 0.56 0.15 0.29 0.14 0.16 0.27 0.23 0.32 0.37 0.40 0.53 0.40 0.13 0.44 0.35 0.45
N3 0.38 0.16 0.20 0.24 0.27 0.44 0.22 0.45 0.14 0.30 0.11 0.10 0.27 0.25 0.33 0.30 0.26 0.49 0.33 0.11 0.34 0.31 0.36
N4 0.40 0.10 0.20 0.33 0.24 0.53 0.19 0.56 0.10 0.31 0.08 0.14 0.20 0.24 0.33 0.25 0.38 0.54 0.44 0.08 0.49 0.43 0.50
O2 0.37 0.25 0.24 0.25 0.30 0.40 0.26 0.39 0.21 0.31 0.20 0.24 0.31 0.27 0.33 0.34 0.25 0.46 0.30 0.18 0.31 0.28 0.31
O2' 0.77 0.53 0.69 0.71 0.61 0.85 0.55 0.84 0.47 0.64 0.46 0.51 0.62 0.57 0.68 0.82 0.74 0.85 0.72 0.43 0.74 0.62 0.71
O3' 0.35 0.41 0.21 0.22 0.38 0.37 0.40 0.41 0.42 0.37 0.43 0.43 0.39 0.39 0.37 0.23 0.24 0.44 0.32 0.42 0.32 0.31 0.35
O4' 0.40 0.22 0.23 0.34 0.28 0.57 0.22 0.63 0.16 0.30 0.16 0.22 0.30 0.24 0.33 0.33 0.43 0.56 0.45 0.12 0.52 0.41 0.53
O5' 0.99 0.58 0.88 1.07 0.74 1.30 0.63 1.38 0.48 0.80 0.45 0.51 0.74 0.68 0.85 1.01 1.24 1.17 1.17 0.38 1.33 1.09 1.26
OP1 2.00 1.23 1.98 2.27 1.55 2.49 1.39 2.60 1.15 1.70 1.07 1.09 1.51 1.50 1.77 2.11 2.52 2.24 2.35 1.02 2.60 2.21 2.43
OP2 0.95 0.61 0.82 1.04 0.77 1.28 0.70 1.42 0.59 0.85 0.55 0.54 0.74 0.76 0.86 0.85 1.17 1.17 1.25 0.53 1.44 1.21 1.37
P 1.08 0.62 1.03 1.27 0.80 1.47 0.68 1.58 0.52 0.87 0.50 0.56 0.79 0.73 0.92 1.12 1.47 1.29 1.37 0.43 1.57 1.27 1.46

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.08 0.02 0.09 0.15 0.08
C2 0.02 0.00 0.16 0.25 0.02 0.07 0.01 0.11 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.14 0.26 0.05 0.25 0.00 0.29 0.28 0.20
C2' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.07 0.03 0.04 0.02 0.05 0.11 0.10 0.21 0.17 0.09 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.06 0.12 0.12 0.05
C3' 0.03 0.25 0.01 0.00 0.18 0.01 0.16 0.02 0.18 0.09 0.22 0.28 0.23 0.10 0.11 0.03 0.01 0.01 0.07 0.16 0.17 0.04 0.06
C4 0.01 0.02 0.07 0.18 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.11 0.17 0.03 0.23 0.01 0.23 0.22 0.16
C4' 0.01 0.07 0.03 0.01 0.07 0.00 0.09 0.00 0.09 0.10 0.08 0.08 0.06 0.10 0.06 0.13 0.02 0.00 0.02 0.10 0.11 0.07 0.03
C5 0.01 0.01 0.04 0.16 0.00 0.09 0.00 0.17 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.16 0.16 0.02 0.28 0.01 0.29 0.27 0.22
C5' 0.01 0.11 0.02 0.02 0.12 0.00 0.17 0.00 0.18 0.18 0.15 0.10 0.09 0.21 0.11 0.12 0.05 0.01 0.01 0.21 0.10 0.02 0.01
C6 0.02 0.00 0.05 0.18 0.01 0.09 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.20 0.03 0.30 0.00 0.33 0.33 0.26
C8 0.01 0.02 0.11 0.09 0.01 0.10 0.01 0.18 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.11 0.11 0.05 0.24 0.02 0.20 0.17 0.15
N1 0.02 0.00 0.10 0.22 0.02 0.08 0.02 0.15 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.24 0.04 0.29 0.00 0.33 0.32 0.24
N2 0.03 0.01 0.21 0.28 0.02 0.08 0.02 0.10 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.14 0.30 0.06 0.24 0.02 0.29 0.28 0.19
N3 0.01 0.01 0.17 0.23 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.11 0.23 0.05 0.21 0.01 0.23 0.23 0.15
N7 0.01 0.01 0.09 0.10 0.01 0.10 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.16 0.12 0.04 0.29 0.02 0.27 0.25 0.23
N9 0.00 0.02 0.02 0.11 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.07 0.10 0.01 0.19 0.02 0.17 0.17 0.11
O2' 0.01 0.14 0.00 0.03 0.11 0.13 0.16 0.12 0.19 0.11 0.17 0.14 0.11 0.16 0.07 0.00 0.06 0.12 0.08 0.22 0.22 0.06 0.07
O3' 0.03 0.26 0.02 0.01 0.17 0.02 0.16 0.05 0.20 0.11 0.24 0.30 0.23 0.12 0.10 0.06 0.00 0.02 0.13 0.18 0.32 0.13 0.16
O4' 0.00 0.05 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.06 0.05 0.04 0.01 0.12 0.02 0.00 0.10 0.03 0.08 0.20 0.13
O5' 0.08 0.25 0.03 0.07 0.23 0.02 0.28 0.01 0.30 0.24 0.29 0.24 0.21 0.29 0.19 0.08 0.13 0.10 0.00 0.33 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.00 0.06 0.16 0.01 0.10 0.01 0.21 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.22 0.18 0.03 0.33 0.00 0.37 0.37 0.30
OP1 0.09 0.29 0.12 0.17 0.23 0.11 0.29 0.10 0.33 0.20 0.33 0.29 0.23 0.27 0.17 0.22 0.32 0.08 0.02 0.37 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.28 0.12 0.04 0.22 0.07 0.27 0.02 0.33 0.17 0.32 0.28 0.23 0.25 0.17 0.06 0.13 0.20 0.02 0.37 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.20 0.05 0.06 0.16 0.03 0.22 0.01 0.26 0.15 0.24 0.19 0.15 0.23 0.11 0.07 0.16 0.13 0.00 0.30 0.01 0.01 0.00