ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53420

back

Distances from reference structure (by RMSD)

7, 9, 9, 7, 8, 4, 4, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.007, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.006, 0.012, 0.019, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.011 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.015, 0.036, 0.057, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.036 std_dev=0.021
O4 A 0, 0.019, 0.065, 0.111, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.065 std_dev=0.046
O3' A 0, 0.009, 0.160, 0.312, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.160 std_dev=0.152
O2' B 0, 0.133, 0.302, 0.471, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.302 std_dev=0.169
C3' A 0, -0.052, 0.156, 0.364, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.156 std_dev=0.208
O4' A 0, -0.080, 0.142, 0.364, 1.028 max_d=1.028 avg_d=0.142 std_dev=0.222
C2' A 0, -0.088, 0.148, 0.384, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.148 std_dev=0.236
C4' A 0, -0.079, 0.172, 0.423, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.172 std_dev=0.251
C2' B 0, 0.108, 0.364, 0.620, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.364 std_dev=0.256
O2' A 0, -0.153, 0.250, 0.653, 1.875 max_d=1.875 avg_d=0.250 std_dev=0.403
C5' A 0, -0.159, 0.324, 0.808, 2.286 max_d=2.286 avg_d=0.324 std_dev=0.483
O5' A 0, -0.149, 0.381, 0.911, 2.551 max_d=2.551 avg_d=0.381 std_dev=0.530
C1' B 0, -0.242, 0.507, 1.256, 3.467 max_d=3.467 avg_d=0.507 std_dev=0.749
OP1 A 0, 0.184, 0.938, 1.691, 3.344 max_d=3.344 avg_d=0.938 std_dev=0.753
C3' B 0, -0.275, 0.532, 1.339, 3.908 max_d=3.908 avg_d=0.532 std_dev=0.807
C2 B 0, -0.237, 0.598, 1.432, 4.061 max_d=4.061 avg_d=0.598 std_dev=0.835
N1 B 0, -0.282, 0.584, 1.450, 4.074 max_d=4.074 avg_d=0.584 std_dev=0.866
O2 B 0, -0.257, 0.619, 1.494, 4.260 max_d=4.260 avg_d=0.619 std_dev=0.876
P A 0, -0.335, 0.604, 1.543, 4.469 max_d=4.469 avg_d=0.604 std_dev=0.939
N3 B 0, -0.292, 0.672, 1.637, 4.700 max_d=4.700 avg_d=0.672 std_dev=0.965
O3' B 0, -0.471, 0.603, 1.678, 5.059 max_d=5.059 avg_d=0.603 std_dev=1.074
C4 B 0, -0.353, 0.739, 1.830, 5.230 max_d=5.230 avg_d=0.739 std_dev=1.091
C4' B 0, -0.549, 0.606, 1.762, 5.382 max_d=5.382 avg_d=0.606 std_dev=1.156
C6 B 0, -0.462, 0.701, 1.865, 5.339 max_d=5.339 avg_d=0.701 std_dev=1.163
O4 B 0, -0.373, 0.802, 1.978, 5.673 max_d=5.673 avg_d=0.802 std_dev=1.175
O4' B 0, -0.564, 0.615, 1.795, 5.419 max_d=5.419 avg_d=0.615 std_dev=1.180
C5 B 0, -0.476, 0.775, 2.025, 5.800 max_d=5.800 avg_d=0.775 std_dev=1.250
OP2 A 0, -0.236, 1.234, 2.705, 6.972 max_d=6.972 avg_d=1.234 std_dev=1.471
C5' B 0, -0.950, 0.817, 2.585, 8.120 max_d=8.120 avg_d=0.817 std_dev=1.768
O5' B 0, -1.064, 0.888, 2.840, 8.957 max_d=8.957 avg_d=0.888 std_dev=1.952
OP2 B 0, -1.262, 1.119, 3.501, 10.740 max_d=10.740 avg_d=1.119 std_dev=2.381
P B 0, -1.389, 1.043, 3.474, 11.018 max_d=11.018 avg_d=1.043 std_dev=2.432
OP1 B 0, -1.401, 1.092, 3.585, 11.325 max_d=11.325 avg_d=1.092 std_dev=2.493

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.23 0.34 0.13
C2 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.13 0.06 0.01 0.10 0.07 0.21 0.24 0.12
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.03 0.07 0.02 0.04 0.08 0.00 0.02 0.03 0.01 0.07 0.34 0.52 0.18
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.09 0.41 0.54 0.16
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.03 0.00 0.02 0.11 0.22 0.23 0.13
C4' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.07 0.02 0.05 0.12 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.29 0.32 0.09
C5 0.01 0.00 0.06 0.03 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.04 0.01 0.07 0.17 0.19 0.26 0.17
C5' 0.02 0.11 0.03 0.02 0.08 0.01 0.12 0.00 0.12 0.05 0.10 0.18 0.03 0.03 0.08 0.01 0.01 0.22 0.21 0.01
C6 0.01 0.00 0.07 0.03 0.01 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.14 0.04 0.01 0.09 0.17 0.15 0.28 0.19
N1 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.08 0.18 0.26 0.13
N3 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.05 0.01 0.07 0.07 0.21 0.23 0.12
O2 0.01 0.00 0.08 0.03 0.01 0.12 0.00 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00 0.22 0.10 0.01 0.17 0.10 0.24 0.29 0.14
O2' 0.01 0.13 0.00 0.02 0.07 0.02 0.13 0.03 0.14 0.03 0.10 0.22 0.00 0.06 0.07 0.01 0.09 0.41 0.62 0.21
O3' 0.03 0.06 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.10 0.06 0.00 0.03 0.03 0.09 0.46 0.57 0.15
O4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.03 0.00 0.02 0.12 0.24 0.25 0.13
O4' 0.00 0.10 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.09 0.01 0.07 0.17 0.01 0.03 0.02 0.00 0.08 0.17 0.25 0.09
O5' 0.06 0.07 0.07 0.09 0.11 0.02 0.17 0.01 0.17 0.08 0.07 0.10 0.09 0.09 0.12 0.08 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.23 0.21 0.34 0.41 0.22 0.29 0.19 0.22 0.15 0.18 0.21 0.24 0.41 0.46 0.24 0.17 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.34 0.24 0.52 0.54 0.23 0.32 0.26 0.21 0.28 0.26 0.23 0.29 0.62 0.57 0.25 0.25 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.12 0.18 0.16 0.13 0.09 0.17 0.01 0.19 0.13 0.12 0.14 0.21 0.15 0.13 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.41 0.28 0.17 0.22 0.36 0.50 0.47 0.61 0.49 0.39 0.29 0.22 0.18 0.09 0.35 0.62 0.92 0.57 1.13 0.91
C2 0.33 0.23 0.15 0.16 0.26 0.39 0.33 0.43 0.35 0.30 0.22 0.20 0.17 0.07 0.25 0.49 0.65 0.38 0.81 0.62
C2' 0.53 0.44 0.24 0.24 0.56 0.54 0.66 0.62 0.66 0.55 0.46 0.34 0.20 0.10 0.55 0.73 1.01 0.61 1.32 1.02
C3' 0.48 0.34 0.20 0.27 0.49 0.59 0.62 0.74 0.63 0.49 0.36 0.23 0.18 0.11 0.47 0.72 1.13 0.77 1.44 1.17
C4 0.13 0.21 0.09 0.22 0.15 0.27 0.11 0.39 0.10 0.14 0.20 0.28 0.12 0.34 0.16 0.12 0.19 0.42 0.26 0.24
C4' 0.29 0.16 0.13 0.21 0.24 0.48 0.38 0.64 0.40 0.27 0.16 0.20 0.19 0.12 0.22 0.53 0.97 0.66 1.22 1.01
C5 0.17 0.24 0.08 0.20 0.20 0.19 0.15 0.33 0.14 0.18 0.24 0.29 0.12 0.34 0.21 0.11 0.13 0.41 0.33 0.17
C5' 0.19 0.16 0.14 0.14 0.15 0.34 0.26 0.48 0.28 0.17 0.15 0.27 0.22 0.11 0.14 0.37 0.81 0.51 1.08 0.84
C6 0.26 0.27 0.10 0.08 0.27 0.11 0.27 0.12 0.26 0.27 0.27 0.27 0.13 0.24 0.27 0.28 0.33 0.13 0.59 0.29
N1 0.34 0.26 0.14 0.11 0.30 0.32 0.35 0.35 0.37 0.32 0.26 0.23 0.16 0.11 0.29 0.46 0.63 0.29 0.84 0.59
N3 0.21 0.20 0.10 0.08 0.18 0.15 0.18 0.16 0.19 0.20 0.19 0.22 0.14 0.17 0.18 0.25 0.28 0.15 0.46 0.26
O2 0.41 0.22 0.20 0.34 0.30 0.66 0.42 0.78 0.47 0.36 0.22 0.17 0.20 0.21 0.27 0.68 0.97 0.74 1.06 0.95
O2' 0.74 0.66 0.36 0.34 0.80 0.68 0.90 0.77 0.90 0.77 0.70 0.54 0.27 0.12 0.80 0.95 1.19 0.77 1.54 1.22
O3' 0.60 0.43 0.28 0.40 0.60 0.77 0.77 0.99 0.78 0.60 0.45 0.28 0.20 0.19 0.58 0.90 1.37 1.04 1.67 1.45
O4 0.12 0.18 0.13 0.38 0.10 0.54 0.15 0.72 0.18 0.10 0.17 0.30 0.14 0.44 0.11 0.32 0.50 0.73 0.36 0.56
O4' 0.23 0.15 0.12 0.17 0.17 0.41 0.28 0.55 0.31 0.21 0.14 0.21 0.20 0.11 0.15 0.45 0.83 0.54 1.03 0.84
O5' 0.26 0.18 0.11 0.14 0.26 0.32 0.36 0.40 0.37 0.26 0.19 0.16 0.13 0.09 0.26 0.41 0.75 0.40 1.05 0.76
OP1 0.27 0.27 0.24 0.23 0.32 0.30 0.38 0.37 0.37 0.29 0.28 0.29 0.28 0.23 0.33 0.36 0.67 0.37 1.00 0.69
OP2 0.27 0.25 0.24 0.25 0.32 0.34 0.42 0.45 0.41 0.29 0.25 0.31 0.30 0.26 0.32 0.39 0.78 0.53 1.20 0.84
P 0.22 0.16 0.12 0.13 0.25 0.27 0.35 0.35 0.35 0.24 0.18 0.17 0.17 0.12 0.25 0.35 0.71 0.37 1.07 0.73

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.08 0.27 0.18 0.08
C2 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.01 0.01 0.16 0.41 0.11 0.09
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.07 0.02 0.08 0.02 0.04 0.12 0.00 0.02 0.04 0.00 0.13 0.17 0.07 0.05
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.09 0.02 0.11 0.02 0.06 0.14 0.01 0.01 0.04 0.01 0.19 0.12 0.15 0.12
C4 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.00 0.02 0.24 0.50 0.18 0.12
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.06 0.04 0.02 0.04 0.00 0.01 0.09 0.13 0.04
C5 0.01 0.00 0.07 0.09 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.12 0.00 0.02 0.26 0.48 0.18 0.12
C5' 0.02 0.08 0.02 0.02 0.08 0.00 0.07 0.00 0.05 0.05 0.09 0.09 0.04 0.04 0.09 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01
C6 0.01 0.00 0.08 0.11 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.12 0.01 0.03 0.23 0.42 0.12 0.09
N1 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.17 0.37 0.12 0.08
N3 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.01 0.20 0.48 0.14 0.10
O2 0.02 0.00 0.12 0.14 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.15 0.01 0.03 0.13 0.38 0.11 0.08
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.02 0.04 0.09 0.00 0.04 0.04 0.03 0.06 0.10 0.14 0.04
O3' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.06 0.02 0.12 0.04 0.12 0.03 0.06 0.15 0.04 0.00 0.06 0.02 0.17 0.17 0.22 0.16
O4 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.00 0.02 0.26 0.53 0.23 0.13
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.06 0.25 0.28 0.13
O5' 0.08 0.16 0.13 0.19 0.24 0.01 0.26 0.01 0.23 0.17 0.20 0.13 0.06 0.17 0.26 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.27 0.41 0.17 0.12 0.50 0.09 0.48 0.05 0.42 0.37 0.48 0.38 0.10 0.17 0.53 0.25 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.18 0.11 0.07 0.15 0.18 0.13 0.18 0.06 0.12 0.12 0.14 0.11 0.14 0.22 0.23 0.28 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.09 0.05 0.12 0.12 0.04 0.12 0.01 0.09 0.08 0.10 0.08 0.04 0.16 0.13 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00