ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53422

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 5, 1, 1, 1, 2, 0, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, -0.001, 0.011, 0.023, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.011 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.004, 0.018, 0.031, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.014 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.002, 0.017, 0.032, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.017 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.003, 0.025, 0.047, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.025 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.001, 0.025, 0.048, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.025 std_dev=0.024
O2 A 0, 0.013, 0.043, 0.074, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.043 std_dev=0.030
O4 A 0, 0.042, 0.132, 0.222, 0.327 max_d=0.327 avg_d=0.132 std_dev=0.090
C2' B 0, 0.217, 0.532, 0.847, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.532 std_dev=0.315
O2' B 0, 0.167, 0.495, 0.823, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.495 std_dev=0.328
O4' A 0, -0.123, 0.579, 1.280, 1.712 max_d=1.712 avg_d=0.579 std_dev=0.701
C2' A 0, -0.126, 0.619, 1.364, 1.836 max_d=1.836 avg_d=0.619 std_dev=0.745
C3' A 0, -0.160, 0.811, 1.783, 2.325 max_d=2.325 avg_d=0.811 std_dev=0.971
C3' B 0, 0.081, 1.072, 2.063, 2.766 max_d=2.766 avg_d=1.072 std_dev=0.991
O3' A 0, -0.111, 0.934, 1.980, 2.603 max_d=2.603 avg_d=0.934 std_dev=1.045
C4' A 0, -0.213, 0.882, 1.977, 2.541 max_d=2.541 avg_d=0.882 std_dev=1.095
O2' A 0, -0.196, 0.964, 2.123, 2.781 max_d=2.781 avg_d=0.964 std_dev=1.160
C1' B 0, 0.034, 1.276, 2.517, 3.210 max_d=3.210 avg_d=1.276 std_dev=1.242
OP1 A 0, -0.059, 1.282, 2.622, 3.377 max_d=3.377 avg_d=1.282 std_dev=1.341
O3' B 0, -0.041, 1.357, 2.755, 3.570 max_d=3.570 avg_d=1.357 std_dev=1.398
N1 B 0, 0.064, 1.473, 2.882, 3.712 max_d=3.712 avg_d=1.473 std_dev=1.409
C6 B 0, 0.052, 1.685, 3.318, 4.244 max_d=4.244 avg_d=1.685 std_dev=1.633
O5' A 0, -0.301, 1.374, 3.049, 4.087 max_d=4.087 avg_d=1.374 std_dev=1.675
C4' B 0, -0.161, 1.525, 3.212, 4.072 max_d=4.072 avg_d=1.525 std_dev=1.686
C5' A 0, -0.295, 1.414, 3.123, 4.100 max_d=4.100 avg_d=1.414 std_dev=1.709
C2 B 0, 0.004, 1.724, 3.444, 4.426 max_d=4.426 avg_d=1.724 std_dev=1.720
C5 B 0, 0.085, 1.835, 3.585, 4.627 max_d=4.627 avg_d=1.835 std_dev=1.750
C4 B 0, 0.094, 1.886, 3.679, 4.819 max_d=4.819 avg_d=1.886 std_dev=1.793
O4' B 0, -0.172, 1.670, 3.513, 4.465 max_d=4.465 avg_d=1.670 std_dev=1.843
N3 B 0, 0.013, 1.933, 3.853, 5.006 max_d=5.006 avg_d=1.933 std_dev=1.920
O4 B 0, 0.081, 2.081, 4.081, 5.361 max_d=5.361 avg_d=2.081 std_dev=2.000
P A 0, -0.321, 1.699, 3.718, 4.724 max_d=4.724 avg_d=1.699 std_dev=2.020
O2 B 0, -0.105, 1.934, 3.972, 5.034 max_d=5.034 avg_d=1.934 std_dev=2.039
OP2 A 0, -0.379, 2.169, 4.717, 5.975 max_d=5.975 avg_d=2.169 std_dev=2.548
C5' B 0, -0.420, 2.255, 4.930, 6.204 max_d=6.204 avg_d=2.255 std_dev=2.675
O5' B 0, -0.353, 2.393, 5.139, 6.509 max_d=6.509 avg_d=2.393 std_dev=2.746
OP2 B 0, -0.474, 3.120, 6.714, 8.817 max_d=8.817 avg_d=3.120 std_dev=3.594
P B 0, -0.571, 3.129, 6.829, 8.743 max_d=8.743 avg_d=3.129 std_dev=3.700
OP1 B 0, -0.727, 3.555, 7.837, 9.890 max_d=9.890 avg_d=3.555 std_dev=4.282

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.31 0.05 0.00 0.05 0.51 0.21 0.16
C2 0.02 0.00 0.28 0.26 0.02 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.14 0.03 0.22 0.21 0.78 0.33 0.33
C2' 0.00 0.28 0.00 0.01 0.08 0.02 0.17 0.13 0.24 0.04 0.21 0.47 0.00 0.02 0.09 0.03 0.34 0.34 0.40 0.33
C3' 0.01 0.26 0.01 0.00 0.41 0.01 0.39 0.02 0.33 0.24 0.34 0.20 0.03 0.00 0.43 0.03 0.09 0.19 0.06 0.11
C4 0.05 0.02 0.08 0.41 0.00 0.20 0.01 0.29 0.01 0.04 0.01 0.02 0.37 0.14 0.01 0.06 0.58 1.13 0.11 0.79
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.20 0.00 0.34 0.01 0.34 0.10 0.03 0.23 0.31 0.02 0.21 0.01 0.02 0.34 0.09 0.06
C5 0.03 0.01 0.17 0.39 0.01 0.34 0.00 0.48 0.01 0.02 0.02 0.01 0.58 0.18 0.02 0.22 0.72 1.20 0.30 0.95
C5' 0.02 0.09 0.13 0.02 0.29 0.01 0.48 0.00 0.46 0.13 0.09 0.28 0.17 0.20 0.33 0.02 0.01 0.24 0.09 0.01
C6 0.02 0.01 0.24 0.33 0.01 0.34 0.01 0.46 0.00 0.01 0.02 0.01 0.57 0.10 0.02 0.27 0.62 1.03 0.24 0.79
N1 0.01 0.01 0.04 0.24 0.04 0.10 0.02 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.09 0.04 0.01 0.29 0.78 0.14 0.42
N3 0.02 0.01 0.21 0.34 0.01 0.03 0.02 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01 0.12 0.08 0.02 0.14 0.36 0.95 0.24 0.52
O2 0.03 0.01 0.47 0.20 0.02 0.23 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00 0.42 0.26 0.02 0.39 0.09 0.63 0.52 0.15
O2' 0.02 0.07 0.00 0.03 0.37 0.31 0.58 0.17 0.57 0.22 0.12 0.42 0.00 0.04 0.41 0.20 0.22 0.33 0.18 0.24
O3' 0.31 0.14 0.02 0.00 0.14 0.02 0.18 0.20 0.10 0.09 0.08 0.26 0.04 0.00 0.17 0.18 0.17 0.20 0.32 0.16
O4 0.05 0.03 0.09 0.43 0.01 0.21 0.02 0.33 0.02 0.04 0.02 0.02 0.41 0.17 0.00 0.07 0.64 1.22 0.17 0.89
O4' 0.00 0.22 0.03 0.03 0.06 0.01 0.22 0.02 0.27 0.01 0.14 0.39 0.20 0.18 0.07 0.00 0.15 0.73 0.19 0.27
O5' 0.05 0.21 0.34 0.09 0.58 0.02 0.72 0.01 0.62 0.29 0.36 0.09 0.22 0.17 0.64 0.15 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.51 0.78 0.34 0.19 1.13 0.34 1.20 0.24 1.03 0.78 0.95 0.63 0.33 0.20 1.22 0.73 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.21 0.33 0.40 0.06 0.11 0.09 0.30 0.09 0.24 0.14 0.24 0.52 0.18 0.32 0.17 0.19 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.33 0.33 0.11 0.79 0.06 0.95 0.01 0.79 0.42 0.52 0.15 0.24 0.16 0.89 0.27 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.40 0.18 0.14 0.38 0.29 0.75 0.46 1.03 0.50 0.36 0.17 0.12 0.12 0.27 0.26 0.74 0.92 1.16 0.95 1.10
C2 0.38 0.23 0.12 0.25 0.27 0.59 0.37 0.72 0.41 0.34 0.21 0.19 0.10 0.14 0.25 0.64 0.61 0.67 0.59 0.71
C2' 0.90 0.68 0.54 0.82 0.89 1.27 1.09 1.63 1.11 0.90 0.71 0.50 0.30 0.61 0.87 1.29 1.56 1.85 1.65 1.80
C3' 0.83 0.56 0.40 0.70 0.77 1.24 1.00 1.63 1.04 0.81 0.57 0.36 0.20 0.47 0.74 1.29 1.55 1.93 1.68 1.86
C4 0.23 0.42 0.11 0.38 0.27 0.37 0.15 0.56 0.14 0.25 0.39 0.59 0.16 0.60 0.28 0.12 0.49 0.77 0.48 0.52
C4' 0.20 0.21 0.20 0.26 0.11 0.69 0.31 1.08 0.36 0.16 0.21 0.41 0.37 0.20 0.10 0.63 0.98 1.43 1.09 1.28
C5 0.24 0.40 0.11 0.30 0.28 0.26 0.18 0.42 0.16 0.26 0.39 0.54 0.14 0.49 0.29 0.16 0.37 0.64 0.37 0.40
C5' 0.13 0.32 0.27 0.15 0.15 0.51 0.20 0.88 0.24 0.12 0.32 0.52 0.44 0.14 0.17 0.46 0.80 1.24 0.92 1.09
C6 0.29 0.32 0.09 0.11 0.29 0.16 0.26 0.16 0.26 0.29 0.31 0.37 0.11 0.26 0.28 0.35 0.14 0.17 0.15 0.17
N1 0.36 0.25 0.11 0.20 0.29 0.49 0.36 0.62 0.39 0.33 0.24 0.21 0.10 0.12 0.27 0.57 0.54 0.61 0.55 0.64
N3 0.32 0.33 0.09 0.14 0.26 0.17 0.24 0.16 0.25 0.29 0.30 0.38 0.11 0.35 0.25 0.37 0.15 0.17 0.15 0.16
O2 0.44 0.16 0.17 0.52 0.28 0.98 0.47 1.26 0.54 0.37 0.15 0.14 0.15 0.42 0.24 0.86 1.08 1.29 1.04 1.22
O2' 0.76 0.56 0.42 0.71 0.76 1.13 0.96 1.52 0.98 0.77 0.58 0.39 0.19 0.50 0.75 1.14 1.45 1.80 1.56 1.71
O3' 0.56 0.25 0.15 0.39 0.48 1.04 0.76 1.54 0.80 0.53 0.26 0.17 0.28 0.18 0.44 1.11 1.44 1.98 1.63 1.85
O4 0.19 0.52 0.17 0.65 0.27 0.82 0.18 1.18 0.21 0.22 0.48 0.81 0.25 0.84 0.30 0.34 1.02 1.43 0.98 1.11
O4' 0.13 0.37 0.33 0.13 0.23 0.40 0.12 0.71 0.13 0.17 0.38 0.53 0.49 0.15 0.26 0.33 0.60 0.95 0.66 0.82
O5' 0.45 0.30 0.17 0.36 0.42 0.69 0.57 0.94 0.58 0.44 0.31 0.21 0.10 0.25 0.41 0.74 0.89 1.14 1.00 1.11
OP1 0.95 0.94 0.83 0.87 0.97 0.96 0.99 1.00 0.98 0.96 0.95 0.92 0.79 0.84 0.97 1.01 0.99 0.98 1.03 1.05
OP2 0.56 0.77 0.69 0.44 0.62 0.24 0.45 0.16 0.43 0.58 0.77 0.92 0.80 0.41 0.64 0.30 0.15 0.40 0.22 0.29
P 0.48 0.39 0.29 0.42 0.48 0.65 0.57 0.82 0.58 0.48 0.40 0.33 0.21 0.37 0.47 0.68 0.80 0.97 0.89 0.96

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.04 0.13 0.09
C2 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.06 0.01 0.01 0.11 0.09 0.16 0.10
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.03 0.08 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.06 0.09 0.05
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.07 0.01 0.09 0.01 0.09 0.04 0.06 0.07 0.01 0.00 0.08 0.01 0.06 0.10 0.09 0.06
C4 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.10 0.01 0.02 0.16 0.14 0.18 0.13
C4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.05 0.01 0.02 0.04 0.07 0.05
C5 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.06 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.12 0.01 0.03 0.17 0.13 0.17 0.13
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.10 0.01 0.12 0.00 0.10 0.06 0.07 0.05 0.04 0.04 0.11 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02
C6 0.01 0.01 0.05 0.09 0.01 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.11 0.01 0.02 0.15 0.10 0.14 0.11
N1 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.11 0.08 0.14 0.10
N3 0.02 0.01 0.03 0.06 0.00 0.03 0.01 0.07 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.08 0.01 0.02 0.13 0.11 0.17 0.11
O2 0.03 0.00 0.08 0.07 0.01 0.04 0.02 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.10 0.09 0.01 0.03 0.10 0.08 0.16 0.11
O2' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.02 0.05 0.10 0.00 0.03 0.06 0.03 0.04 0.07 0.09 0.06
O3' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.10 0.03 0.12 0.04 0.11 0.05 0.08 0.09 0.03 0.00 0.11 0.02 0.10 0.16 0.13 0.10
O4 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.11 0.00 0.02 0.17 0.16 0.20 0.15
O4' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.06 0.06 0.16 0.12
O5' 0.06 0.11 0.03 0.06 0.16 0.02 0.17 0.01 0.15 0.11 0.13 0.10 0.04 0.10 0.17 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.04 0.09 0.06 0.10 0.14 0.04 0.13 0.05 0.10 0.08 0.11 0.08 0.07 0.16 0.16 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.13 0.16 0.09 0.09 0.18 0.07 0.17 0.02 0.14 0.14 0.17 0.16 0.09 0.13 0.20 0.16 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.09 0.10 0.05 0.06 0.13 0.05 0.13 0.02 0.11 0.10 0.11 0.11 0.06 0.10 0.15 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00