ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53423

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 3, 1, 5, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.011, 0.020, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.006, 0.015, 0.025, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.003, 0.014, 0.025, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.004, 0.016, 0.027, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.004, 0.016, 0.027, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C5 A 0, -0.005, 0.008, 0.022, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.008 std_dev=0.013
O4 A 0, 0.020, 0.053, 0.086, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.053 std_dev=0.033
O2 A 0, 0.009, 0.046, 0.083, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.046 std_dev=0.037
C2' B 0, 0.325, 0.510, 0.694, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.510 std_dev=0.184
C3' B 0, 0.315, 0.531, 0.748, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.531 std_dev=0.217
O2' B 0, 0.333, 0.562, 0.791, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.562 std_dev=0.229
O4' A 0, 0.095, 0.420, 0.745, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.420 std_dev=0.325
C2' A 0, 0.116, 0.497, 0.879, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.497 std_dev=0.382
C1' B 0, 0.390, 0.822, 1.254, 1.395 max_d=1.395 avg_d=0.822 std_dev=0.432
C4' B 0, 0.320, 0.814, 1.307, 1.367 max_d=1.367 avg_d=0.814 std_dev=0.493
O3' B 0, 0.327, 0.859, 1.391, 1.563 max_d=1.563 avg_d=0.859 std_dev=0.532
C4' A 0, 0.161, 0.714, 1.267, 1.340 max_d=1.340 avg_d=0.714 std_dev=0.553
O4' B 0, 0.353, 0.924, 1.494, 1.656 max_d=1.656 avg_d=0.924 std_dev=0.570
O5' A 0, 0.220, 0.819, 1.418, 1.529 max_d=1.529 avg_d=0.819 std_dev=0.599
C3' A 0, 0.163, 0.791, 1.420, 1.471 max_d=1.471 avg_d=0.791 std_dev=0.628
N1 B 0, 0.501, 1.166, 1.831, 2.031 max_d=2.031 avg_d=1.166 std_dev=0.665
C5' A 0, 0.211, 0.919, 1.628, 1.734 max_d=1.734 avg_d=0.919 std_dev=0.709
O2 B 0, 0.664, 1.387, 2.109, 2.312 max_d=2.312 avg_d=1.387 std_dev=0.722
OP1 B 0, 0.476, 1.206, 1.936, 2.013 max_d=2.013 avg_d=1.206 std_dev=0.730
C2 B 0, 0.624, 1.403, 2.183, 2.396 max_d=2.396 avg_d=1.403 std_dev=0.779
O2' A 0, 0.182, 0.994, 1.807, 1.816 max_d=1.816 avg_d=0.994 std_dev=0.812
C6 B 0, 0.503, 1.329, 2.156, 2.406 max_d=2.406 avg_d=1.329 std_dev=0.826
C5' B 0, 0.414, 1.291, 2.168, 2.260 max_d=2.260 avg_d=1.291 std_dev=0.877
P A 0, 0.276, 1.187, 2.099, 2.112 max_d=2.112 avg_d=1.187 std_dev=0.912
N3 B 0, 0.718, 1.730, 2.743, 3.003 max_d=3.003 avg_d=1.730 std_dev=1.012
C5 B 0, 0.607, 1.663, 2.720, 3.018 max_d=3.018 avg_d=1.663 std_dev=1.057
O5' B 0, 0.414, 1.473, 2.532, 2.691 max_d=2.691 avg_d=1.473 std_dev=1.059
O3' A 0, 0.242, 1.311, 2.379, 2.477 max_d=2.477 avg_d=1.311 std_dev=1.068
P B 0, 0.456, 1.536, 2.615, 2.886 max_d=2.886 avg_d=1.536 std_dev=1.079
C4 B 0, 0.716, 1.868, 3.020, 3.321 max_d=3.321 avg_d=1.868 std_dev=1.152
OP2 A 0, 0.547, 1.752, 2.956, 2.940 max_d=2.940 avg_d=1.752 std_dev=1.205
O4 B 0, 0.808, 2.173, 3.539, 3.871 max_d=3.871 avg_d=2.173 std_dev=1.365
OP2 B 0, 0.528, 2.117, 3.707, 3.885 max_d=3.885 avg_d=2.117 std_dev=1.589
OP1 A 0, 0.622, 2.355, 4.088, 4.002 max_d=4.002 avg_d=2.355 std_dev=1.733

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.32 0.01 0.01 0.08 0.56 0.55 0.05
C2 0.01 0.00 0.15 0.20 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.15 0.21 0.01 0.10 0.08 1.05 0.38 0.30
C2' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.03 0.01 0.13 0.16 0.16 0.02 0.10 0.28 0.00 0.02 0.04 0.02 0.36 0.27 1.23 0.59
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.32 0.01 0.34 0.03 0.29 0.20 0.26 0.13 0.01 0.01 0.34 0.03 0.06 0.33 0.81 0.30
C4 0.01 0.00 0.03 0.32 0.00 0.10 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.38 0.08 0.00 0.03 0.21 1.51 0.12 0.61
C4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.10 0.00 0.16 0.01 0.16 0.07 0.04 0.07 0.31 0.01 0.11 0.00 0.02 0.13 0.28 0.06
C5 0.01 0.02 0.13 0.34 0.00 0.16 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.02 0.42 0.17 0.01 0.07 0.25 1.52 0.10 0.64
C5' 0.04 0.04 0.16 0.03 0.10 0.01 0.16 0.00 0.15 0.05 0.05 0.09 0.15 0.24 0.11 0.01 0.01 0.14 0.24 0.01
C6 0.01 0.01 0.16 0.29 0.01 0.16 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.02 0.37 0.11 0.00 0.10 0.19 1.28 0.18 0.48
N1 0.00 0.00 0.02 0.20 0.01 0.07 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.22 0.12 0.01 0.01 0.07 0.99 0.37 0.27
N3 0.01 0.01 0.10 0.26 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.11 0.01 0.08 0.14 1.30 0.26 0.46
O2 0.04 0.00 0.28 0.13 0.01 0.07 0.02 0.09 0.02 0.02 0.01 0.00 0.07 0.36 0.02 0.16 0.05 0.88 0.48 0.20
O2' 0.02 0.15 0.00 0.01 0.38 0.31 0.42 0.15 0.37 0.22 0.26 0.07 0.00 0.04 0.40 0.20 0.22 0.27 1.24 0.54
O3' 0.32 0.21 0.02 0.01 0.08 0.01 0.17 0.24 0.11 0.12 0.11 0.36 0.04 0.00 0.11 0.20 0.29 0.35 0.53 0.10
O4 0.01 0.01 0.04 0.34 0.00 0.11 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.02 0.40 0.11 0.00 0.03 0.24 1.62 0.11 0.69
O4' 0.01 0.10 0.02 0.03 0.03 0.00 0.07 0.01 0.10 0.01 0.08 0.16 0.20 0.20 0.03 0.00 0.04 0.70 0.17 0.25
O5' 0.08 0.08 0.36 0.06 0.21 0.02 0.25 0.01 0.19 0.07 0.14 0.05 0.22 0.29 0.24 0.04 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.56 1.05 0.27 0.33 1.51 0.13 1.52 0.14 1.28 0.99 1.30 0.88 0.27 0.35 1.62 0.70 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.55 0.38 1.23 0.81 0.12 0.28 0.10 0.24 0.18 0.37 0.26 0.48 1.24 0.53 0.11 0.17 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.30 0.59 0.30 0.61 0.06 0.64 0.01 0.48 0.27 0.46 0.20 0.54 0.10 0.69 0.25 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.17 0.14 0.22 0.28 0.07 0.33 0.09 0.32 0.23 0.20 0.10 0.21 0.47 0.29 0.28 0.74 0.18 1.19 0.60
C2 0.14 0.11 0.13 0.17 0.16 0.07 0.19 0.10 0.20 0.15 0.13 0.09 0.19 0.34 0.17 0.19 0.51 0.11 0.88 0.40
C2' 0.09 0.08 0.35 0.57 0.13 0.42 0.14 0.60 0.12 0.09 0.09 0.10 0.37 0.84 0.15 0.09 0.33 0.70 0.91 0.18
C3' 0.10 0.11 0.30 0.39 0.10 0.27 0.16 0.35 0.13 0.07 0.08 0.21 0.36 0.57 0.12 0.07 0.58 0.47 1.13 0.42
C4 0.07 0.11 0.10 0.10 0.09 0.14 0.07 0.21 0.07 0.08 0.11 0.15 0.13 0.12 0.11 0.08 0.25 0.12 0.66 0.18
C4' 0.14 0.12 0.11 0.14 0.23 0.07 0.30 0.08 0.28 0.18 0.15 0.08 0.17 0.30 0.24 0.22 0.78 0.25 1.21 0.61
C5 0.08 0.10 0.10 0.12 0.11 0.14 0.12 0.23 0.12 0.09 0.11 0.14 0.13 0.18 0.13 0.06 0.35 0.16 0.82 0.24
C5' 0.12 0.09 0.09 0.11 0.18 0.06 0.25 0.10 0.24 0.15 0.11 0.10 0.14 0.23 0.19 0.17 0.73 0.28 1.17 0.55
C6 0.12 0.12 0.11 0.15 0.17 0.11 0.20 0.20 0.20 0.14 0.13 0.11 0.15 0.28 0.18 0.12 0.49 0.17 0.98 0.36
N1 0.15 0.13 0.12 0.18 0.20 0.08 0.25 0.14 0.24 0.18 0.15 0.10 0.18 0.36 0.21 0.20 0.58 0.15 1.02 0.45
N3 0.07 0.08 0.10 0.12 0.08 0.10 0.09 0.15 0.09 0.08 0.08 0.10 0.14 0.18 0.09 0.06 0.31 0.12 0.68 0.24
O2 0.18 0.15 0.16 0.21 0.21 0.10 0.24 0.06 0.24 0.20 0.17 0.11 0.24 0.45 0.22 0.31 0.62 0.10 0.89 0.49
O2' 0.49 0.56 0.14 0.34 0.69 0.14 0.70 0.29 0.66 0.58 0.63 0.49 0.15 0.77 0.73 0.53 0.73 0.43 1.40 0.59
O3' 0.38 0.38 0.20 0.14 0.55 0.25 0.63 0.17 0.60 0.46 0.44 0.26 0.14 0.12 0.57 0.45 1.10 0.12 1.59 0.91
O4 0.11 0.18 0.11 0.09 0.15 0.15 0.11 0.21 0.10 0.13 0.18 0.21 0.16 0.11 0.18 0.17 0.13 0.12 0.50 0.10
O4' 0.25 0.20 0.10 0.08 0.31 0.19 0.38 0.15 0.37 0.28 0.23 0.12 0.12 0.19 0.32 0.35 0.88 0.14 1.26 0.72
O5' 0.08 0.13 0.17 0.22 0.10 0.17 0.14 0.25 0.13 0.08 0.11 0.22 0.22 0.33 0.11 0.08 0.57 0.35 1.09 0.40
OP1 1.07 1.23 1.30 1.19 0.96 0.97 0.76 0.85 0.78 1.02 1.17 1.45 1.45 1.32 0.95 0.85 0.16 0.68 0.75 0.18
OP2 0.59 0.53 0.32 0.29 0.81 0.46 0.94 0.46 0.90 0.68 0.62 0.33 0.19 0.14 0.83 0.70 1.37 0.57 2.13 1.32
P 0.27 0.37 0.45 0.44 0.16 0.32 0.05 0.32 0.06 0.22 0.31 0.54 0.55 0.59 0.17 0.16 0.56 0.27 1.22 0.48

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.11 0.51 0.25 0.09
C2 0.01 0.00 0.12 0.16 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.17 0.02 0.03 0.25 0.79 0.07 0.06
C2' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.03 0.01 0.09 0.03 0.11 0.02 0.09 0.22 0.01 0.01 0.04 0.00 0.23 0.34 0.11 0.08
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.06 0.01 0.09 0.04 0.13 0.03 0.14 0.25 0.01 0.01 0.08 0.01 0.34 0.20 0.23 0.16
C4 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.07 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.01 0.02 0.37 0.97 0.23 0.09
C4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.07 0.00 0.05 0.01 0.03 0.03 0.08 0.08 0.04 0.02 0.08 0.00 0.02 0.20 0.20 0.07
C5 0.02 0.01 0.09 0.09 0.00 0.05 0.00 0.13 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.11 0.01 0.05 0.40 0.93 0.23 0.09
C5' 0.03 0.14 0.03 0.04 0.17 0.01 0.13 0.00 0.09 0.10 0.17 0.14 0.03 0.05 0.19 0.01 0.01 0.10 0.08 0.01
C6 0.01 0.01 0.11 0.13 0.00 0.03 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.14 0.01 0.06 0.35 0.80 0.08 0.06
N1 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.25 0.72 0.10 0.06
N3 0.01 0.00 0.09 0.14 0.00 0.08 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.16 0.02 0.02 0.32 0.91 0.13 0.07
O2 0.02 0.00 0.22 0.25 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.28 0.03 0.05 0.20 0.73 0.10 0.06
O2' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.03 0.04 0.07 0.03 0.08 0.02 0.04 0.13 0.00 0.04 0.03 0.03 0.08 0.24 0.18 0.06
O3' 0.01 0.17 0.01 0.01 0.07 0.02 0.11 0.05 0.14 0.03 0.16 0.28 0.04 0.00 0.09 0.01 0.29 0.06 0.29 0.19
O4 0.02 0.02 0.04 0.08 0.01 0.08 0.01 0.19 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.09 0.00 0.03 0.39 1.01 0.32 0.11
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.02 0.05 0.03 0.01 0.03 0.00 0.10 0.43 0.42 0.17
O5' 0.11 0.25 0.23 0.34 0.37 0.02 0.40 0.01 0.35 0.25 0.32 0.20 0.08 0.29 0.39 0.10 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.51 0.79 0.34 0.20 0.97 0.20 0.93 0.10 0.80 0.72 0.91 0.73 0.24 0.06 1.01 0.43 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.07 0.11 0.23 0.23 0.20 0.23 0.08 0.08 0.10 0.13 0.10 0.18 0.29 0.32 0.42 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.06 0.08 0.16 0.09 0.07 0.09 0.01 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.19 0.11 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00