ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53424

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.017, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.005, 0.019, 0.032, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.005, 0.019, 0.032, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.006, 0.021, 0.037, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.021 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.001, 0.019, 0.037, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.019 std_dev=0.018
O2 A 0, 0.007, 0.028, 0.050, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.028 std_dev=0.022
N3 A 0, 0.003, 0.032, 0.060, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.032 std_dev=0.028
O4 A 0, 0.017, 0.062, 0.107, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.062 std_dev=0.045
O3' A 0, 0.090, 0.310, 0.529, 0.477 max_d=0.477 avg_d=0.310 std_dev=0.219
O2' B 0, 0.057, 0.357, 0.658, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.357 std_dev=0.300
C3' A 0, 0.243, 0.831, 1.419, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.831 std_dev=0.588
C2' A 0, 0.284, 0.975, 1.666, 1.515 max_d=1.515 avg_d=0.975 std_dev=0.691
O4' A 0, 0.284, 0.976, 1.667, 1.521 max_d=1.521 avg_d=0.976 std_dev=0.692
C2' B 0, 0.306, 1.048, 1.790, 1.620 max_d=1.620 avg_d=1.048 std_dev=0.742
C4' A 0, 0.365, 1.245, 2.125, 1.870 max_d=1.870 avg_d=1.245 std_dev=0.880
O2' A 0, 0.473, 1.632, 2.790, 2.575 max_d=2.575 avg_d=1.632 std_dev=1.158
C5' A 0, 0.681, 2.324, 3.967, 3.490 max_d=3.490 avg_d=2.324 std_dev=1.643
C1' B 0, 0.763, 2.632, 4.501, 4.162 max_d=4.162 avg_d=2.632 std_dev=1.869
O5' A 0, 0.773, 2.662, 4.551, 4.184 max_d=4.184 avg_d=2.662 std_dev=1.889
O2 B 0, 0.719, 2.621, 4.522, 4.454 max_d=4.454 avg_d=2.621 std_dev=1.902
C3' B 0, 0.795, 2.736, 4.677, 4.295 max_d=4.295 avg_d=2.736 std_dev=1.941
C2 B 0, 0.758, 2.702, 4.646, 4.492 max_d=4.492 avg_d=2.702 std_dev=1.944
N1 B 0, 0.884, 3.060, 5.237, 4.872 max_d=4.872 avg_d=3.060 std_dev=2.176
N3 B 0, 0.884, 3.133, 5.381, 5.174 max_d=5.174 avg_d=3.133 std_dev=2.249
O3' B 0, 0.943, 3.266, 5.589, 5.205 max_d=5.205 avg_d=3.266 std_dev=2.323
OP1 A 0, 1.021, 3.616, 6.212, 5.970 max_d=5.970 avg_d=3.616 std_dev=2.596
C4' B 0, 1.100, 3.757, 6.414, 5.674 max_d=5.674 avg_d=3.757 std_dev=2.657
P A 0, 1.109, 3.787, 6.465, 5.744 max_d=5.744 avg_d=3.787 std_dev=2.678
O4' B 0, 1.139, 3.893, 6.647, 5.951 max_d=5.951 avg_d=3.893 std_dev=2.754
C4 B 0, 1.130, 3.935, 6.740, 6.338 max_d=6.338 avg_d=3.935 std_dev=2.805
C6 B 0, 1.226, 4.211, 7.195, 6.572 max_d=6.572 avg_d=4.211 std_dev=2.985
O4 B 0, 1.223, 4.284, 7.346, 6.967 max_d=6.967 avg_d=4.284 std_dev=3.061
C5 B 0, 1.347, 4.637, 7.927, 7.283 max_d=7.283 avg_d=4.637 std_dev=3.290
OP2 A 0, 1.405, 4.864, 8.323, 7.743 max_d=7.743 avg_d=4.864 std_dev=3.459
C5' B 0, 1.637, 5.589, 9.541, 8.406 max_d=8.406 avg_d=5.589 std_dev=3.952
O5' B 0, 1.750, 5.979, 10.209, 9.096 max_d=9.096 avg_d=5.979 std_dev=4.229
P B 0, 2.267, 7.742, 13.216, 11.665 max_d=11.665 avg_d=7.742 std_dev=5.474
OP2 B 0, 2.284, 7.802, 13.320, 11.821 max_d=11.821 avg_d=7.802 std_dev=5.518
OP1 B 0, 2.426, 8.285, 14.144, 12.534 max_d=12.534 avg_d=8.285 std_dev=5.859

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.00 0.25 0.21 0.49 0.05
C2 0.01 0.00 0.07 0.02 0.01 0.11 0.01 0.12 0.02 0.02 0.02 0.01 0.17 0.03 0.01 0.14 0.43 0.19 0.45 0.04
C2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.03 0.02 0.05 0.06 0.07 0.01 0.06 0.11 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.13 0.52 0.11
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.11 0.26 0.37 0.06
C4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.05 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.04 0.01 0.03 0.48 0.03 0.59 0.20
C4' 0.00 0.11 0.02 0.01 0.05 0.00 0.15 0.00 0.17 0.02 0.07 0.22 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.37 0.35 0.01
C5 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.15 0.00 0.29 0.01 0.01 0.03 0.01 0.18 0.05 0.02 0.14 0.52 0.08 0.76 0.36
C5' 0.04 0.12 0.06 0.01 0.13 0.00 0.29 0.00 0.30 0.09 0.06 0.29 0.05 0.04 0.15 0.01 0.00 0.43 0.32 0.02
C6 0.01 0.02 0.07 0.05 0.01 0.17 0.01 0.30 0.00 0.01 0.05 0.01 0.21 0.06 0.01 0.17 0.48 0.06 0.77 0.34
N1 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.38 0.13 0.55 0.11
N3 0.03 0.02 0.06 0.03 0.01 0.07 0.03 0.06 0.05 0.04 0.00 0.02 0.12 0.01 0.01 0.10 0.49 0.15 0.45 0.05
O2 0.01 0.01 0.11 0.02 0.01 0.22 0.01 0.29 0.01 0.01 0.02 0.00 0.31 0.06 0.02 0.27 0.44 0.26 0.41 0.17
O2' 0.02 0.17 0.01 0.01 0.06 0.01 0.18 0.05 0.21 0.01 0.12 0.31 0.00 0.04 0.08 0.02 0.03 0.11 0.57 0.17
O3' 0.04 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.04 0.06 0.04 0.01 0.06 0.04 0.00 0.05 0.03 0.15 0.32 0.35 0.03
O4 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.05 0.02 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.05 0.00 0.02 0.47 0.09 0.60 0.21
O4' 0.00 0.14 0.00 0.01 0.03 0.01 0.14 0.01 0.17 0.01 0.10 0.27 0.02 0.03 0.02 0.00 0.29 0.34 0.39 0.06
O5' 0.25 0.43 0.07 0.11 0.48 0.01 0.52 0.00 0.48 0.38 0.49 0.44 0.03 0.15 0.47 0.29 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.21 0.19 0.13 0.26 0.03 0.37 0.08 0.43 0.06 0.13 0.15 0.26 0.11 0.32 0.09 0.34 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.49 0.45 0.52 0.37 0.59 0.35 0.76 0.32 0.77 0.55 0.45 0.41 0.57 0.35 0.60 0.39 0.01 0.02 0.00 0.00
P 0.05 0.04 0.11 0.06 0.20 0.01 0.36 0.02 0.34 0.11 0.05 0.17 0.17 0.03 0.21 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.49 0.30 0.22 0.38 0.48 0.69 0.64 0.83 0.65 0.49 0.33 0.12 0.08 0.21 0.48 0.77 0.98 0.69 1.10 1.00
C2 0.35 0.19 0.18 0.32 0.29 0.52 0.40 0.57 0.42 0.32 0.21 0.09 0.09 0.24 0.28 0.55 0.65 0.45 0.69 0.63
C2' 0.74 0.59 0.40 0.49 0.80 0.82 0.95 0.95 0.95 0.76 0.64 0.39 0.24 0.25 0.81 1.00 1.20 0.82 1.41 1.21
C3' 0.63 0.44 0.30 0.47 0.70 0.83 0.89 1.04 0.89 0.66 0.49 0.20 0.12 0.25 0.70 0.95 1.27 0.97 1.52 1.35
C4 0.03 0.09 0.03 0.19 0.03 0.26 0.04 0.38 0.05 0.03 0.09 0.14 0.06 0.27 0.03 0.08 0.23 0.50 0.17 0.31
C4' 0.33 0.09 0.08 0.32 0.32 0.63 0.53 0.86 0.55 0.32 0.12 0.15 0.08 0.20 0.32 0.66 1.03 0.80 1.21 1.10
C5 0.11 0.14 0.04 0.17 0.11 0.17 0.09 0.31 0.08 0.11 0.14 0.17 0.08 0.29 0.11 0.05 0.16 0.53 0.12 0.24
C5' 0.22 0.03 0.04 0.25 0.20 0.50 0.40 0.69 0.42 0.21 0.01 0.25 0.13 0.17 0.19 0.52 0.88 0.65 1.08 0.94
C6 0.27 0.21 0.10 0.06 0.26 0.15 0.29 0.09 0.30 0.26 0.22 0.16 0.09 0.15 0.26 0.33 0.29 0.15 0.39 0.21
N1 0.38 0.24 0.17 0.24 0.35 0.45 0.45 0.49 0.46 0.36 0.26 0.12 0.08 0.12 0.35 0.56 0.64 0.33 0.72 0.60
N3 0.17 0.14 0.10 0.10 0.13 0.13 0.15 0.10 0.16 0.15 0.14 0.14 0.09 0.11 0.13 0.21 0.19 0.03 0.24 0.16
O2 0.44 0.20 0.26 0.57 0.38 0.85 0.54 1.00 0.58 0.41 0.23 0.07 0.09 0.50 0.36 0.76 1.01 0.90 1.02 1.03
O2' 1.02 0.91 0.60 0.65 1.15 1.03 1.29 1.16 1.27 1.08 0.98 0.71 0.42 0.32 1.16 1.30 1.46 1.01 1.69 1.47
O3' 0.70 0.49 0.33 0.55 0.79 0.97 1.01 1.25 1.00 0.74 0.55 0.22 0.13 0.29 0.79 1.08 1.47 1.21 1.73 1.60
O4 0.20 0.07 0.14 0.41 0.16 0.64 0.28 0.82 0.31 0.18 0.08 0.13 0.06 0.43 0.15 0.44 0.65 0.89 0.57 0.74
O4' 0.22 0.02 0.03 0.25 0.18 0.53 0.37 0.72 0.39 0.20 0.01 0.22 0.14 0.17 0.17 0.52 0.84 0.63 0.96 0.88
O5' 0.44 0.40 0.40 0.39 0.45 0.49 0.55 0.56 0.56 0.44 0.38 0.44 0.44 0.38 0.45 0.56 0.82 0.50 1.01 0.81
OP1 0.35 0.23 0.13 0.21 0.45 0.40 0.60 0.49 0.58 0.39 0.29 0.05 0.05 0.17 0.46 0.54 0.82 0.44 1.11 0.83
OP2 0.57 0.43 0.46 0.54 0.57 0.65 0.69 0.71 0.69 0.56 0.45 0.31 0.41 0.48 0.55 0.71 0.91 0.62 1.16 0.92
P 0.37 0.22 0.18 0.28 0.41 0.46 0.56 0.55 0.56 0.39 0.25 0.05 0.08 0.18 0.41 0.57 0.83 0.49 1.08 0.84

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.03 0.04 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.01 0.10 0.27 0.12 0.10
C2 0.01 0.00 0.04 0.06 0.01 0.04 0.01 0.09 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.01 0.12 0.51 0.12 0.17
C2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.07 0.03 0.07 0.01 0.02 0.08 0.01 0.03 0.04 0.01 0.11 0.17 0.06 0.04
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.06 0.01 0.10 0.03 0.10 0.02 0.05 0.10 0.01 0.02 0.07 0.01 0.19 0.08 0.18 0.10
C4 0.03 0.01 0.04 0.06 0.00 0.08 0.01 0.14 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.07 0.01 0.05 0.08 0.67 0.11 0.21
C4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.08 0.00 0.10 0.01 0.09 0.04 0.05 0.03 0.04 0.03 0.10 0.01 0.02 0.06 0.04 0.02
C5 0.04 0.01 0.07 0.10 0.01 0.10 0.00 0.14 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.11 0.01 0.07 0.06 0.62 0.12 0.21
C5' 0.03 0.09 0.03 0.03 0.14 0.01 0.14 0.00 0.11 0.07 0.11 0.08 0.04 0.03 0.16 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01
C6 0.04 0.02 0.07 0.10 0.02 0.09 0.00 0.11 0.00 0.01 0.04 0.02 0.05 0.12 0.01 0.07 0.06 0.50 0.13 0.17
N1 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.11 0.43 0.12 0.14
N3 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.05 0.01 0.11 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.12 0.61 0.11 0.19
O2 0.03 0.00 0.08 0.10 0.01 0.03 0.01 0.08 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.11 0.02 0.03 0.13 0.47 0.11 0.15
O2' 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.05 0.04 0.05 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.02 0.02 0.07 0.08 0.01 0.04
O3' 0.02 0.06 0.03 0.02 0.07 0.03 0.11 0.03 0.12 0.04 0.05 0.11 0.05 0.00 0.07 0.03 0.20 0.09 0.27 0.16
O4 0.04 0.02 0.04 0.07 0.01 0.10 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.07 0.00 0.06 0.06 0.71 0.11 0.23
O4' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.07 0.02 0.07 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.06 0.00 0.13 0.19 0.18 0.11
O5' 0.10 0.12 0.11 0.19 0.08 0.02 0.06 0.01 0.06 0.11 0.12 0.13 0.07 0.20 0.06 0.13 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.27 0.51 0.17 0.08 0.67 0.06 0.62 0.02 0.50 0.43 0.61 0.47 0.08 0.09 0.71 0.19 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.12 0.06 0.18 0.11 0.04 0.12 0.02 0.13 0.12 0.11 0.11 0.01 0.27 0.11 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.17 0.04 0.10 0.21 0.02 0.21 0.01 0.17 0.14 0.19 0.15 0.04 0.16 0.23 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00