ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53425

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.032
O4 A 0, 0.000, 0.036, 0.073, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.036 std_dev=0.036
O4' A 0, 0.000, 0.220, 0.441, 0.441 max_d=0.441 avg_d=0.220 std_dev=0.220
C2' A 0, 0.000, 0.255, 0.510, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.255 std_dev=0.255
C4' A 0, 0.000, 0.328, 0.655, 0.655 max_d=0.655 avg_d=0.328 std_dev=0.328
O2' A 0, 0.000, 0.338, 0.677, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.338 std_dev=0.338
C3' A 0, 0.000, 0.395, 0.791, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.395 std_dev=0.395
C5' B 0, 0.000, 0.397, 0.794, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.397 std_dev=0.397
C4' B 0, 0.000, 0.439, 0.878, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.439 std_dev=0.439
O5' A 0, 0.000, 0.470, 0.940, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.470 std_dev=0.470
O4' B 0, 0.000, 0.500, 1.000, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.500 std_dev=0.500
C5' A 0, 0.000, 0.568, 1.136, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.568 std_dev=0.568
OP1 B 0, 0.000, 0.587, 1.174, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.587 std_dev=0.587
O2' B 0, 0.000, 0.589, 1.177, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.589 std_dev=0.589
C1' B 0, 0.000, 0.590, 1.180, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.590 std_dev=0.590
C3' B 0, 0.000, 0.595, 1.190, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.595 std_dev=0.595
O3' A 0, 0.000, 0.595, 1.190, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.595 std_dev=0.595
O3' B 0, 0.000, 0.626, 1.253, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.626 std_dev=0.626
C2' B 0, 0.000, 0.632, 1.265, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.632 std_dev=0.632
O2 B 0, 0.000, 0.677, 1.355, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.677 std_dev=0.677
N1 B 0, 0.000, 0.710, 1.419, 1.419 max_d=1.419 avg_d=0.710 std_dev=0.710
C2 B 0, 0.000, 0.741, 1.481, 1.481 max_d=1.481 avg_d=0.741 std_dev=0.741
P A 0, 0.000, 0.757, 1.515, 1.515 max_d=1.515 avg_d=0.757 std_dev=0.757
P B 0, 0.000, 0.774, 1.547, 1.547 max_d=1.547 avg_d=0.774 std_dev=0.774
C6 B 0, 0.000, 0.801, 1.602, 1.602 max_d=1.602 avg_d=0.801 std_dev=0.801
N3 B 0, 0.000, 0.857, 1.714, 1.714 max_d=1.714 avg_d=0.857 std_dev=0.857
O5' B 0, 0.000, 0.861, 1.722, 1.722 max_d=1.722 avg_d=0.861 std_dev=0.861
OP2 A 0, 0.000, 0.877, 1.753, 1.753 max_d=1.753 avg_d=0.877 std_dev=0.877
OP1 A 0, 0.000, 0.898, 1.796, 1.796 max_d=1.796 avg_d=0.898 std_dev=0.898
C5 B 0, 0.000, 0.927, 1.855, 1.855 max_d=1.855 avg_d=0.927 std_dev=0.927
C4 B 0, 0.000, 0.963, 1.927, 1.927 max_d=1.927 avg_d=0.963 std_dev=0.963
OP2 B 0, 0.000, 0.969, 1.938, 1.938 max_d=1.938 avg_d=0.969 std_dev=0.969
O4 B 0, 0.000, 1.109, 2.218, 2.218 max_d=2.218 avg_d=1.109 std_dev=1.109

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01
C2 0.00 0.00 0.07 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.06 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.05 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.12 0.03 0.02 0.12 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.02 0.03
C4 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.03 0.06 0.11 0.07
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.06 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.05 0.10 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.12 0.02 0.00 0.06 0.08 0.12 0.08
C5' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.05 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.07 0.12 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.13 0.01 0.01 0.04 0.05 0.07 0.05
N1 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02
N3 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.02 0.02 0.01 0.03 0.08 0.05
O2 0.02 0.00 0.15 0.12 0.01 0.05 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.16 0.16 0.03 0.01 0.04 0.05 0.02 0.01
O2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.06 0.16 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01
O3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.13 0.03 0.04 0.16 0.00 0.00 0.04 0.00 0.09 0.03 0.03 0.06
O4 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.04 0.00 0.01 0.03 0.06 0.10 0.07
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.07 0.07 0.03 0.04
O5' 0.03 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01 0.06 0.00 0.04 0.00 0.01 0.04 0.02 0.09 0.03 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.04 0.01 0.02 0.00 0.06 0.05 0.08 0.05 0.05 0.00 0.03 0.05 0.02 0.03 0.06 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.00 0.05 0.01 0.02 0.11 0.01 0.12 0.02 0.07 0.04 0.08 0.02 0.01 0.03 0.10 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.02 0.01 0.03 0.07 0.01 0.08 0.01 0.05 0.02 0.05 0.01 0.01 0.06 0.07 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.05 0.02 0.02 0.06 0.07 0.03 0.09 0.00 0.00 0.08 0.10 0.05 0.02 0.07 0.09 0.07 0.09 0.10 0.02
C2 0.02 0.08 0.07 0.01 0.03 0.05 0.00 0.09 0.01 0.02 0.07 0.16 0.13 0.02 0.03 0.08 0.06 0.08 0.12 0.03
C2' 0.01 0.11 0.06 0.02 0.12 0.03 0.08 0.05 0.05 0.04 0.14 0.15 0.07 0.02 0.13 0.06 0.08 0.12 0.07 0.01
C3' 0.01 0.11 0.06 0.01 0.11 0.04 0.07 0.07 0.03 0.04 0.14 0.17 0.08 0.01 0.13 0.07 0.05 0.10 0.09 0.01
C4 0.03 0.07 0.03 0.03 0.03 0.05 0.00 0.07 0.00 0.02 0.06 0.15 0.07 0.05 0.03 0.03 0.03 0.10 0.07 0.01
C4' 0.00 0.08 0.04 0.01 0.09 0.06 0.05 0.09 0.02 0.02 0.11 0.13 0.07 0.00 0.10 0.08 0.06 0.08 0.10 0.02
C5 0.00 0.06 0.01 0.06 0.04 0.06 0.02 0.07 0.01 0.01 0.06 0.12 0.01 0.09 0.05 0.05 0.04 0.12 0.05 0.01
C5' 0.00 0.08 0.04 0.01 0.08 0.06 0.03 0.10 0.00 0.01 0.10 0.14 0.08 0.01 0.09 0.09 0.04 0.07 0.12 0.04
C6 0.01 0.05 0.01 0.05 0.05 0.07 0.03 0.08 0.01 0.01 0.07 0.11 0.01 0.07 0.06 0.06 0.05 0.11 0.06 0.01
N1 0.01 0.06 0.02 0.02 0.05 0.06 0.02 0.09 0.00 0.01 0.07 0.12 0.06 0.03 0.06 0.08 0.06 0.10 0.09 0.01
N3 0.05 0.09 0.08 0.01 0.02 0.03 0.01 0.09 0.01 0.03 0.06 0.17 0.15 0.01 0.02 0.04 0.05 0.08 0.10 0.03
O2 0.03 0.08 0.11 0.03 0.01 0.05 0.04 0.11 0.05 0.00 0.06 0.18 0.19 0.05 0.00 0.10 0.05 0.04 0.17 0.08
O2' 0.03 0.13 0.08 0.05 0.17 0.00 0.13 0.02 0.09 0.07 0.18 0.15 0.08 0.05 0.18 0.03 0.13 0.15 0.04 0.04
O3' 0.02 0.14 0.08 0.03 0.16 0.03 0.10 0.05 0.06 0.06 0.18 0.19 0.08 0.04 0.17 0.05 0.06 0.12 0.07 0.00
O4 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.05 0.04 0.08 0.03 0.01 0.02 0.13 0.06 0.07 0.01 0.02 0.01 0.09 0.07 0.02
O4' 0.02 0.04 0.02 0.03 0.05 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.06 0.09 0.06 0.02 0.06 0.09 0.06 0.07 0.12 0.03
O5' 0.01 0.08 0.02 0.04 0.07 0.07 0.03 0.10 0.00 0.01 0.10 0.13 0.05 0.05 0.09 0.08 0.02 0.07 0.10 0.03
OP1 0.00 0.09 0.03 0.04 0.08 0.08 0.03 0.12 0.00 0.02 0.12 0.16 0.06 0.05 0.10 0.09 0.01 0.04 0.12 0.06
OP2 0.05 0.03 0.02 0.09 0.01 0.13 0.06 0.17 0.07 0.04 0.03 0.11 0.03 0.10 0.00 0.13 0.08 0.02 0.18 0.13
P 0.03 0.05 0.00 0.06 0.04 0.10 0.01 0.14 0.03 0.01 0.07 0.12 0.04 0.07 0.05 0.11 0.03 0.02 0.14 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.02 0.01 0.01 0.00 0.10 0.13 0.07 0.02
C2 0.03 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.05 0.01 0.01 0.12 0.08 0.13 0.01
C2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.10 0.11 0.03
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.01 0.12 0.01 0.00 0.03 0.01 0.09 0.09 0.11 0.06
C4 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.08 0.06 0.20 0.09
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.01 0.09 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.15 0.06 0.00
C5 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.08 0.06 0.20 0.09
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.00 0.11 0.00 0.08 0.02 0.05 0.06 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.17 0.04 0.01
C6 0.00 0.01 0.03 0.06 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.11 0.01 0.14 0.04
N1 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.09 0.10 0.00
N3 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02 0.00 0.09 0.00 0.18 0.06
O2 0.08 0.00 0.13 0.12 0.01 0.09 0.01 0.06 0.02 0.03 0.02 0.00 0.14 0.14 0.04 0.06 0.15 0.14 0.09 0.04
O2' 0.02 0.06 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.14 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.13 0.09 0.01
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.02 0.14 0.00 0.00 0.02 0.00 0.18 0.06 0.11 0.09
O4 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.08 0.08 0.20 0.09
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.02 0.00 0.00 0.00 0.16 0.18 0.02 0.07
O5' 0.10 0.12 0.02 0.09 0.08 0.01 0.08 0.00 0.11 0.12 0.09 0.15 0.02 0.18 0.08 0.16 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.13 0.08 0.10 0.09 0.06 0.15 0.06 0.17 0.01 0.09 0.00 0.14 0.13 0.06 0.08 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.13 0.11 0.11 0.20 0.06 0.20 0.04 0.14 0.10 0.18 0.09 0.09 0.11 0.20 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.01 0.03 0.06 0.09 0.00 0.09 0.01 0.04 0.00 0.06 0.04 0.01 0.09 0.09 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00