ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53426

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
O4 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.000, 0.018, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.018
O4' A 0, 0.000, 0.036, 0.071, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.036 std_dev=0.036
O2 A 0, 0.000, 0.037, 0.075, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.037 std_dev=0.037
C2' B 0, 0.000, 0.065, 0.129, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.065 std_dev=0.065
C1' B 0, 0.000, 0.074, 0.149, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.074 std_dev=0.074
O2' B 0, 0.000, 0.076, 0.152, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.076 std_dev=0.076
O3' B 0, 0.000, 0.084, 0.168, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.084 std_dev=0.084
C2' A 0, 0.000, 0.091, 0.182, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.091 std_dev=0.091
C4' A 0, 0.000, 0.103, 0.205, 0.205 max_d=0.205 avg_d=0.103 std_dev=0.103
C3' B 0, 0.000, 0.114, 0.228, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.114 std_dev=0.114
O2' A 0, 0.000, 0.114, 0.228, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.114 std_dev=0.114
N1 B 0, 0.000, 0.116, 0.231, 0.231 max_d=0.231 avg_d=0.116 std_dev=0.116
C3' A 0, 0.000, 0.119, 0.239, 0.239 max_d=0.239 avg_d=0.119 std_dev=0.119
O3' A 0, 0.000, 0.126, 0.251, 0.251 max_d=0.251 avg_d=0.126 std_dev=0.126
C6 B 0, 0.000, 0.127, 0.254, 0.254 max_d=0.254 avg_d=0.127 std_dev=0.127
C5 B 0, 0.000, 0.144, 0.289, 0.289 max_d=0.289 avg_d=0.144 std_dev=0.144
C4' B 0, 0.000, 0.149, 0.298, 0.298 max_d=0.298 avg_d=0.149 std_dev=0.149
O4' B 0, 0.000, 0.150, 0.301, 0.301 max_d=0.301 avg_d=0.150 std_dev=0.150
C2 B 0, 0.000, 0.150, 0.301, 0.301 max_d=0.301 avg_d=0.150 std_dev=0.150
C4 B 0, 0.000, 0.162, 0.325, 0.325 max_d=0.325 avg_d=0.162 std_dev=0.162
O2 B 0, 0.000, 0.171, 0.342, 0.342 max_d=0.342 avg_d=0.171 std_dev=0.171
O4 B 0, 0.000, 0.173, 0.345, 0.345 max_d=0.345 avg_d=0.173 std_dev=0.173
N3 B 0, 0.000, 0.178, 0.355, 0.355 max_d=0.355 avg_d=0.178 std_dev=0.178
O5' A 0, 0.000, 0.179, 0.358, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.179 std_dev=0.179
C5' A 0, 0.000, 0.187, 0.375, 0.375 max_d=0.375 avg_d=0.187 std_dev=0.187
C5' B 0, 0.000, 0.209, 0.418, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.209 std_dev=0.209
P A 0, 0.000, 0.211, 0.422, 0.422 max_d=0.422 avg_d=0.211 std_dev=0.211
O5' B 0, 0.000, 0.212, 0.425, 0.425 max_d=0.425 avg_d=0.212 std_dev=0.212
OP2 B 0, 0.000, 0.236, 0.471, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.236 std_dev=0.236
OP1 A 0, 0.000, 0.237, 0.474, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.237 std_dev=0.237
P B 0, 0.000, 0.242, 0.484, 0.484 max_d=0.484 avg_d=0.242 std_dev=0.242
OP2 A 0, 0.000, 0.248, 0.496, 0.496 max_d=0.496 avg_d=0.248 std_dev=0.248
OP1 B 0, 0.000, 0.284, 0.567, 0.567 max_d=0.567 avg_d=0.284 std_dev=0.284

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02
C2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.04 0.05
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.05 0.07 0.06
C3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.02 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.05 0.04
C4 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.11 0.11 0.11 0.11
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
C5 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.00 0.01 0.12 0.10 0.11 0.11
C5' 0.02 0.04 0.03 0.00 0.10 0.00 0.11 0.00 0.09 0.05 0.07 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.05 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.01 0.09 0.06 0.08 0.08
N1 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.03 0.04 0.04
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.08 0.08 0.08 0.09
O2 0.03 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.08 0.09 0.09
O3' 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.00 0.06 0.03 0.02 0.03 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.03 0.04 0.04
O4 0.02 0.01 0.04 0.04 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.11 0.12 0.12 0.12
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.03 0.05 0.03 0.03
O5' 0.02 0.05 0.04 0.01 0.11 0.01 0.12 0.00 0.09 0.05 0.08 0.01 0.05 0.01 0.11 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.00 0.04 0.05 0.02 0.11 0.01 0.10 0.01 0.06 0.03 0.08 0.02 0.08 0.03 0.12 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01
OP2 0.02 0.04 0.07 0.05 0.11 0.01 0.11 0.00 0.08 0.04 0.08 0.01 0.09 0.04 0.12 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.05 0.06 0.04 0.11 0.00 0.11 0.01 0.08 0.04 0.09 0.02 0.09 0.04 0.12 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.05 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.05 0.05 0.00 0.03 0.04 0.04 0.03 0.02 0.04 0.03
C2 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.03 0.02 0.05 0.04
C2' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.05 0.04 0.04 0.05 0.03 0.03 0.06 0.05 0.01 0.01 0.05 0.05 0.04 0.04 0.05 0.05
C3' 0.00 0.06 0.02 0.00 0.06 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.07 0.07 0.01 0.01 0.06 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04
C4 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.08 0.07 0.07 0.09 0.08
C4' 0.02 0.08 0.04 0.03 0.08 0.01 0.07 0.01 0.06 0.06 0.09 0.08 0.01 0.04 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01
C5 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.00 0.07 0.06 0.06 0.08 0.07
C5' 0.07 0.12 0.08 0.07 0.13 0.04 0.13 0.03 0.12 0.11 0.13 0.11 0.05 0.07 0.13 0.03 0.04 0.04 0.03 0.04
C6 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.03 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.06 0.04 0.04 0.06 0.05
N1 0.01 0.04 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.04 0.03 0.05 0.03 0.02 0.04 0.04
N3 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.07 0.06 0.05 0.07 0.06
O2 0.00 0.04 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.05 0.01 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01
O2' 0.04 0.02 0.02 0.04 0.02 0.08 0.00 0.08 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.06 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.07 0.08 0.02 0.01 0.05 0.04 0.03 0.02 0.04 0.03
O4 0.03 0.04 0.00 0.02 0.02 0.06 0.01 0.08 0.01 0.03 0.04 0.05 0.05 0.01 0.03 0.08 0.08 0.07 0.09 0.09
O4' 0.02 0.07 0.05 0.04 0.08 0.00 0.06 0.01 0.06 0.06 0.08 0.07 0.02 0.06 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
O5' 0.07 0.10 0.09 0.07 0.12 0.04 0.12 0.03 0.12 0.10 0.11 0.09 0.07 0.09 0.11 0.03 0.04 0.05 0.03 0.04
OP1 0.07 0.07 0.09 0.07 0.09 0.05 0.11 0.03 0.11 0.09 0.07 0.04 0.09 0.09 0.08 0.03 0.04 0.05 0.03 0.04
OP2 0.06 0.08 0.08 0.07 0.10 0.04 0.11 0.03 0.11 0.09 0.09 0.06 0.07 0.08 0.09 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03
P 0.07 0.08 0.09 0.07 0.10 0.05 0.11 0.03 0.11 0.09 0.09 0.06 0.08 0.09 0.09 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02
C2 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.04
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02
C4 0.03 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.05 0.02
C4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C5 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.03 0.06 0.03
C5' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
C6 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.04 0.07 0.05
N1 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.06 0.05
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.03
O2 0.00 0.00 0.06 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03
O2' 0.02 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.05 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00
O3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.00 0.03 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02
O4 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
O5' 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.06 0.04 0.04 0.05 0.01 0.06 0.00 0.07 0.06 0.05 0.05 0.02 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.05 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00