ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53429

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 19, 17, 10, 3, 2, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.005, 0.009, 0.013, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.009 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.014, 0.022, 0.030, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.022 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.022, 0.031, 0.040, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.031 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.020, 0.030, 0.039, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.030 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.022, 0.031, 0.040, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.031 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.021, 0.031, 0.040, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.031 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.033, 0.055, 0.076, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.055 std_dev=0.022
O4 A 0, 0.170, 0.244, 0.318, 0.421 max_d=0.421 avg_d=0.244 std_dev=0.074
O4' A 0, -0.003, 0.107, 0.217, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.107 std_dev=0.110
C2' A 0, 0.020, 0.139, 0.257, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.139 std_dev=0.118
O2' B 0, 0.124, 0.267, 0.409, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.267 std_dev=0.142
C2' B 0, 0.109, 0.276, 0.443, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.276 std_dev=0.167
O2' A 0, 0.090, 0.274, 0.459, 1.596 max_d=1.596 avg_d=0.274 std_dev=0.185
C4' A 0, -0.034, 0.163, 0.361, 1.540 max_d=1.540 avg_d=0.163 std_dev=0.197
O5' A 0, -0.013, 0.191, 0.395, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.191 std_dev=0.204
C3' A 0, -0.057, 0.163, 0.382, 1.699 max_d=1.699 avg_d=0.163 std_dev=0.220
C5' A 0, -0.035, 0.216, 0.467, 1.859 max_d=1.859 avg_d=0.216 std_dev=0.251
OP2 A 0, 0.036, 0.319, 0.602, 1.609 max_d=1.609 avg_d=0.319 std_dev=0.283
C3' B 0, -0.031, 0.301, 0.633, 1.963 max_d=1.963 avg_d=0.301 std_dev=0.332
P A 0, -0.045, 0.297, 0.640, 2.011 max_d=2.011 avg_d=0.297 std_dev=0.342
O3' A 0, -0.095, 0.263, 0.621, 2.784 max_d=2.784 avg_d=0.263 std_dev=0.358
C4' B 0, -0.077, 0.330, 0.737, 2.742 max_d=2.742 avg_d=0.330 std_dev=0.407
C1' B 0, -0.075, 0.352, 0.780, 3.073 max_d=3.073 avg_d=0.352 std_dev=0.428
C5' B 0, -0.130, 0.368, 0.866, 3.076 max_d=3.076 avg_d=0.368 std_dev=0.498
O4' B 0, -0.125, 0.374, 0.872, 3.270 max_d=3.270 avg_d=0.374 std_dev=0.499
O5' B 0, -0.132, 0.405, 0.941, 3.999 max_d=3.999 avg_d=0.405 std_dev=0.537
O3' B 0, -0.255, 0.313, 0.881, 3.980 max_d=3.980 avg_d=0.313 std_dev=0.568
P B 0, -0.201, 0.473, 1.148, 5.012 max_d=5.012 avg_d=0.473 std_dev=0.674
N1 B 0, -0.256, 0.439, 1.134, 5.103 max_d=5.103 avg_d=0.439 std_dev=0.695
OP1 A 0, -0.242, 0.463, 1.168, 4.757 max_d=4.757 avg_d=0.463 std_dev=0.705
OP2 B 0, -0.233, 0.517, 1.266, 5.811 max_d=5.811 avg_d=0.517 std_dev=0.749
OP1 B 0, -0.261, 0.545, 1.352, 4.995 max_d=4.995 avg_d=0.545 std_dev=0.807
O2 B 0, -0.358, 0.480, 1.319, 6.653 max_d=6.653 avg_d=0.480 std_dev=0.839
C6 B 0, -0.352, 0.494, 1.339, 5.668 max_d=5.668 avg_d=0.494 std_dev=0.845
C2 B 0, -0.392, 0.505, 1.402, 6.990 max_d=6.990 avg_d=0.505 std_dev=0.897
C5 B 0, -0.566, 0.602, 1.770, 8.147 max_d=8.147 avg_d=0.602 std_dev=1.168
N3 B 0, -0.581, 0.622, 1.824, 9.313 max_d=9.313 avg_d=0.622 std_dev=1.203
C4 B 0, -0.666, 0.667, 2.001, 9.945 max_d=9.945 avg_d=0.667 std_dev=1.334
N4 B 0, -0.860, 0.801, 2.462, 12.443 max_d=12.443 avg_d=0.801 std_dev=1.661

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.09 0.02 0.00 0.03 0.14 0.08 0.05
C2 0.01 0.00 0.05 0.09 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.06 0.01 0.03 0.08 0.23 0.09 0.09
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.05 0.05 0.01 0.04 0.10 0.00 0.02 0.03 0.01 0.12 0.17 0.22 0.14
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.11 0.00 0.11 0.01 0.09 0.07 0.11 0.08 0.01 0.00 0.12 0.01 0.04 0.13 0.07 0.06
C4 0.01 0.01 0.02 0.11 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.07 0.00 0.02 0.14 0.40 0.14 0.17
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.03 0.03 0.03 0.10 0.01 0.05 0.00 0.01 0.15 0.06 0.02
C5 0.01 0.01 0.05 0.11 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.11 0.08 0.01 0.02 0.14 0.40 0.14 0.17
C5' 0.02 0.04 0.05 0.01 0.08 0.00 0.09 0.00 0.08 0.04 0.06 0.03 0.05 0.07 0.08 0.01 0.01 0.14 0.11 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.09 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.06 0.01 0.03 0.12 0.28 0.10 0.12
N1 0.00 0.01 0.01 0.07 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01 0.01 0.07 0.20 0.08 0.08
N3 0.01 0.00 0.04 0.11 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.06 0.01 0.03 0.11 0.33 0.11 0.13
O2 0.02 0.00 0.10 0.08 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.10 0.01 0.04 0.06 0.19 0.09 0.07
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.11 0.10 0.11 0.05 0.09 0.06 0.09 0.06 0.00 0.04 0.11 0.07 0.08 0.19 0.21 0.12
O3' 0.09 0.06 0.02 0.00 0.07 0.01 0.08 0.07 0.06 0.03 0.06 0.10 0.04 0.00 0.09 0.06 0.07 0.12 0.09 0.11
O4 0.02 0.01 0.03 0.12 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.09 0.00 0.03 0.15 0.46 0.15 0.19
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.07 0.06 0.03 0.00 0.04 0.19 0.07 0.08
O5' 0.03 0.08 0.12 0.04 0.14 0.01 0.14 0.01 0.12 0.07 0.11 0.06 0.08 0.07 0.15 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.14 0.23 0.17 0.13 0.40 0.15 0.40 0.14 0.28 0.20 0.33 0.19 0.19 0.12 0.46 0.19 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.09 0.22 0.07 0.14 0.06 0.14 0.11 0.10 0.08 0.11 0.09 0.21 0.09 0.15 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.09 0.14 0.06 0.17 0.02 0.17 0.01 0.12 0.08 0.13 0.07 0.12 0.11 0.19 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.63 0.08 0.24 1.00 0.33 0.86 0.33 0.60 0.47 0.88 1.20 0.50 0.08 0.49 0.12 0.20 0.42 0.15 0.25
C2 0.12 0.51 0.07 0.23 0.77 0.33 0.68 0.30 0.50 0.40 0.69 0.87 0.40 0.08 0.45 0.15 0.20 0.35 0.14 0.23
C2' 0.08 0.49 0.07 0.30 0.86 0.44 0.74 0.45 0.48 0.35 0.74 1.07 0.37 0.12 0.52 0.23 0.32 0.58 0.26 0.39
C3' 0.08 0.52 0.09 0.30 0.95 0.42 0.82 0.42 0.53 0.37 0.80 1.20 0.38 0.17 0.53 0.21 0.27 0.51 0.23 0.34
C4 0.14 0.36 0.09 0.18 0.53 0.29 0.46 0.25 0.35 0.28 0.48 0.61 0.28 0.12 0.34 0.23 0.21 0.28 0.16 0.23
C4' 0.17 0.69 0.08 0.23 1.11 0.31 0.94 0.33 0.64 0.51 0.99 1.38 0.56 0.09 0.47 0.13 0.18 0.41 0.15 0.24
C5 0.15 0.44 0.09 0.19 0.66 0.30 0.57 0.27 0.41 0.33 0.61 0.78 0.36 0.11 0.38 0.23 0.21 0.31 0.17 0.24
C5' 0.16 0.68 0.08 0.23 1.08 0.31 0.90 0.32 0.62 0.49 0.97 1.35 0.56 0.11 0.46 0.14 0.18 0.39 0.16 0.24
C6 0.14 0.53 0.07 0.21 0.81 0.31 0.69 0.30 0.49 0.39 0.74 0.96 0.43 0.09 0.43 0.19 0.21 0.35 0.16 0.24
N1 0.14 0.57 0.07 0.23 0.87 0.32 0.75 0.31 0.53 0.43 0.79 1.02 0.45 0.08 0.46 0.16 0.20 0.37 0.15 0.24
N3 0.11 0.40 0.06 0.20 0.58 0.31 0.52 0.26 0.39 0.31 0.53 0.65 0.31 0.09 0.39 0.19 0.20 0.30 0.15 0.22
O2 0.14 0.52 0.09 0.24 0.81 0.34 0.74 0.32 0.55 0.43 0.70 0.90 0.40 0.09 0.47 0.12 0.20 0.38 0.13 0.24
O2' 0.14 0.54 0.12 0.22 0.89 0.35 0.79 0.37 0.55 0.42 0.77 1.08 0.43 0.10 0.45 0.15 0.26 0.56 0.20 0.33
O3' 0.16 0.64 0.11 0.18 1.10 0.30 0.98 0.30 0.68 0.50 0.93 1.36 0.48 0.11 0.40 0.14 0.18 0.42 0.21 0.26
O4 0.17 0.25 0.13 0.17 0.37 0.26 0.34 0.23 0.27 0.22 0.33 0.42 0.19 0.15 0.27 0.26 0.22 0.24 0.18 0.23
O4' 0.23 0.75 0.10 0.20 1.14 0.26 0.96 0.27 0.68 0.56 1.03 1.38 0.62 0.07 0.45 0.12 0.14 0.35 0.11 0.19
O5' 0.09 0.54 0.11 0.28 0.92 0.37 0.77 0.35 0.51 0.38 0.81 1.15 0.42 0.18 0.50 0.19 0.23 0.42 0.19 0.28
OP1 0.27 0.24 0.33 0.49 0.66 0.58 0.55 0.52 0.31 0.17 0.51 0.91 0.12 0.42 0.67 0.42 0.40 0.54 0.33 0.42
OP2 0.17 0.57 0.12 0.17 0.91 0.26 0.79 0.24 0.56 0.43 0.81 1.12 0.45 0.13 0.38 0.17 0.15 0.33 0.12 0.20
P 0.12 0.46 0.13 0.29 0.84 0.40 0.70 0.38 0.46 0.32 0.72 1.07 0.33 0.19 0.49 0.26 0.27 0.43 0.22 0.31

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.00 0.04 0.06 0.11 0.07
C2 0.01 0.00 0.05 0.06 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.07 0.02 0.08 0.07 0.25 0.12
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.06 0.04 0.01 0.04 0.03 0.08 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.05 0.04
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.11 0.00 0.12 0.01 0.11 0.06 0.08 0.12 0.05 0.01 0.00 0.02 0.11 0.07 0.05 0.08
C4 0.01 0.01 0.02 0.11 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.05 0.02 0.14 0.13 0.40 0.21
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.03 0.03 0.05 0.03 0.09 0.01 0.00 0.01 0.07 0.07 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.12 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.08 0.03 0.16 0.17 0.42 0.24
C5' 0.02 0.04 0.06 0.01 0.07 0.00 0.09 0.00 0.07 0.04 0.05 0.08 0.03 0.04 0.07 0.01 0.01 0.05 0.11 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.11 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.07 0.03 0.14 0.13 0.33 0.20
N1 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01 0.09 0.06 0.23 0.12
N3 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.05 0.02 0.11 0.08 0.32 0.16
N4 0.01 0.01 0.03 0.12 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.06 0.02 0.15 0.16 0.45 0.23
O2 0.02 0.00 0.08 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.13 0.04 0.06 0.09 0.19 0.08
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.10 0.09 0.10 0.04 0.08 0.06 0.09 0.11 0.08 0.00 0.04 0.06 0.08 0.06 0.05 0.07
O3' 0.08 0.07 0.02 0.00 0.05 0.01 0.08 0.07 0.07 0.03 0.05 0.06 0.13 0.04 0.00 0.06 0.13 0.12 0.08 0.11
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.06 0.06 0.00 0.05 0.10 0.10 0.08
O5' 0.04 0.08 0.03 0.11 0.14 0.01 0.16 0.01 0.14 0.09 0.11 0.15 0.06 0.08 0.13 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.07 0.05 0.07 0.13 0.07 0.17 0.05 0.13 0.06 0.08 0.16 0.09 0.06 0.12 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.25 0.05 0.05 0.40 0.07 0.42 0.11 0.33 0.23 0.32 0.45 0.19 0.05 0.08 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.12 0.04 0.08 0.21 0.03 0.24 0.01 0.20 0.12 0.16 0.23 0.08 0.07 0.11 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00