ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53430

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 11, 12, 8, 4, 8, 7, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.011, 0.016, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.011, 0.019, 0.028, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.019 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.002, 0.011, 0.021, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.010, 0.020, 0.030, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.020 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.007, 0.020, 0.034, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.020 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.005, 0.021, 0.037, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.021 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.016, 0.048, 0.081, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.048 std_dev=0.032
O4 A 0, 0.057, 0.100, 0.143, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.100 std_dev=0.043
O2' B 0, 0.256, 0.418, 0.579, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.418 std_dev=0.161
C2' B 0, 0.201, 0.439, 0.676, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.439 std_dev=0.237
O4' A 0, -0.111, 0.251, 0.614, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.251 std_dev=0.362
C2' A 0, -0.151, 0.280, 0.711, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.280 std_dev=0.431
C4' A 0, -0.151, 0.405, 0.961, 1.668 max_d=1.668 avg_d=0.405 std_dev=0.556
C3' A 0, -0.157, 0.417, 0.991, 1.642 max_d=1.642 avg_d=0.417 std_dev=0.574
C3' B 0, 0.035, 0.632, 1.229, 2.659 max_d=2.659 avg_d=0.632 std_dev=0.597
OP2 A 0, -0.044, 0.568, 1.179, 2.073 max_d=2.073 avg_d=0.568 std_dev=0.611
O5' A 0, -0.058, 0.558, 1.175, 1.987 max_d=1.987 avg_d=0.558 std_dev=0.616
P A 0, -0.052, 0.584, 1.219, 2.245 max_d=2.245 avg_d=0.584 std_dev=0.635
O2' A 0, -0.242, 0.505, 1.252, 2.235 max_d=2.235 avg_d=0.505 std_dev=0.747
C5' A 0, -0.194, 0.561, 1.316, 2.289 max_d=2.289 avg_d=0.561 std_dev=0.755
O3' A 0, -0.235, 0.629, 1.493, 2.361 max_d=2.361 avg_d=0.629 std_dev=0.864
OP1 A 0, -0.222, 0.665, 1.552, 4.537 max_d=4.537 avg_d=0.665 std_dev=0.887
C1' B 0, -0.357, 0.860, 2.077, 3.975 max_d=3.975 avg_d=0.860 std_dev=1.217
O5' B 0, -0.183, 1.057, 2.297, 4.156 max_d=4.156 avg_d=1.057 std_dev=1.240
O3' B 0, -0.329, 0.973, 2.275, 4.459 max_d=4.459 avg_d=0.973 std_dev=1.302
C4' B 0, -0.382, 0.938, 2.257, 4.805 max_d=4.805 avg_d=0.938 std_dev=1.320
P B 0, -0.204, 1.184, 2.571, 4.677 max_d=4.677 avg_d=1.184 std_dev=1.388
O4' B 0, -0.541, 1.060, 2.661, 5.451 max_d=5.451 avg_d=1.060 std_dev=1.601
C5' B 0, -0.483, 1.135, 2.752, 5.742 max_d=5.742 avg_d=1.135 std_dev=1.617
OP2 B 0, -0.432, 1.254, 2.940, 6.677 max_d=6.677 avg_d=1.254 std_dev=1.686
OP1 B 0, -0.404, 1.295, 2.994, 6.327 max_d=6.327 avg_d=1.295 std_dev=1.699
N1 B 0, -0.710, 1.215, 3.140, 5.881 max_d=5.881 avg_d=1.215 std_dev=1.925
C6 B 0, -0.774, 1.396, 3.565, 6.670 max_d=6.670 avg_d=1.396 std_dev=2.170
O2 B 0, -0.917, 1.337, 3.591, 6.789 max_d=6.789 avg_d=1.337 std_dev=2.254
C2 B 0, -1.016, 1.469, 3.954, 7.412 max_d=7.412 avg_d=1.469 std_dev=2.485
C5 B 0, -1.150, 1.820, 4.790, 8.989 max_d=8.989 avg_d=1.820 std_dev=2.970
N3 B 0, -1.395, 1.914, 5.222, 9.799 max_d=9.799 avg_d=1.914 std_dev=3.308
C4 B 0, -1.474, 2.088, 5.651, 10.621 max_d=10.621 avg_d=2.088 std_dev=3.562
N4 B 0, -1.857, 2.556, 6.970, 13.097 max_d=13.097 avg_d=2.556 std_dev=4.413

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.26 0.02 0.01 0.33 0.51 0.22 0.31
C2 0.03 0.00 0.16 0.24 0.01 0.07 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.18 0.11 0.01 0.06 0.49 0.65 0.38 0.48
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.05 0.02 0.15 0.16 0.18 0.03 0.10 0.30 0.01 0.02 0.05 0.02 0.61 0.79 0.65 0.68
C3' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.27 0.01 0.21 0.02 0.16 0.17 0.28 0.24 0.02 0.01 0.30 0.02 0.32 0.52 0.18 0.35
C4 0.02 0.01 0.05 0.27 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.34 0.11 0.00 0.04 0.64 0.77 0.51 0.63
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.07 0.00 0.07 0.01 0.06 0.05 0.07 0.08 0.28 0.02 0.08 0.01 0.01 0.20 0.19 0.04
C5 0.01 0.01 0.15 0.21 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.36 0.10 0.01 0.06 0.67 0.79 0.49 0.65
C5' 0.06 0.05 0.16 0.02 0.08 0.01 0.10 0.00 0.09 0.06 0.06 0.06 0.12 0.22 0.09 0.01 0.01 0.13 0.31 0.02
C6 0.01 0.01 0.18 0.16 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.30 0.08 0.01 0.07 0.62 0.74 0.40 0.57
N1 0.01 0.01 0.03 0.17 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.19 0.11 0.01 0.02 0.50 0.65 0.34 0.46
N3 0.02 0.00 0.10 0.28 0.00 0.07 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.09 0.01 0.05 0.57 0.71 0.46 0.56
O2 0.05 0.00 0.30 0.24 0.01 0.08 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.17 0.01 0.11 0.41 0.59 0.34 0.41
O2' 0.02 0.18 0.01 0.02 0.34 0.28 0.36 0.12 0.30 0.19 0.26 0.13 0.00 0.03 0.37 0.18 0.32 0.56 0.58 0.45
O3' 0.26 0.11 0.02 0.01 0.11 0.02 0.10 0.22 0.08 0.11 0.09 0.17 0.03 0.00 0.14 0.17 0.12 0.15 0.17 0.09
O4 0.02 0.01 0.05 0.30 0.00 0.08 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.37 0.14 0.00 0.04 0.66 0.79 0.55 0.67
O4' 0.01 0.06 0.02 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.07 0.02 0.05 0.11 0.18 0.17 0.04 0.00 0.08 0.34 0.25 0.12
O5' 0.33 0.49 0.61 0.32 0.64 0.01 0.67 0.01 0.62 0.50 0.57 0.41 0.32 0.12 0.66 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.51 0.65 0.79 0.52 0.77 0.20 0.79 0.13 0.74 0.65 0.71 0.59 0.56 0.15 0.79 0.34 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.38 0.65 0.18 0.51 0.19 0.49 0.31 0.40 0.34 0.46 0.34 0.58 0.17 0.55 0.25 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.31 0.48 0.68 0.35 0.63 0.04 0.65 0.02 0.57 0.46 0.56 0.41 0.45 0.09 0.67 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.51 1.84 0.25 0.42 2.74 0.84 2.24 0.97 1.58 1.34 2.56 3.26 1.54 0.13 0.77 0.47 0.90 0.95 1.36 0.93
C2 0.41 1.47 0.22 0.35 2.03 0.80 1.71 0.85 1.26 1.09 1.94 2.29 1.21 0.12 0.58 0.50 0.71 0.77 1.06 0.71
C2' 0.22 1.40 0.16 0.72 2.28 1.25 1.79 1.46 1.12 0.89 2.09 2.83 1.15 0.23 1.07 0.73 1.07 1.45 1.45 1.17
C3' 0.14 1.51 0.14 0.66 2.53 1.18 1.99 1.38 1.24 0.97 2.29 3.21 1.22 0.27 1.00 0.64 1.02 1.36 1.47 1.14
C4 0.24 0.92 0.14 0.15 1.25 0.56 1.03 0.58 0.74 0.64 1.22 1.44 0.78 0.15 0.12 0.45 0.48 0.58 0.86 0.51
C4' 0.48 1.97 0.23 0.42 2.98 0.84 2.38 1.04 1.62 1.37 2.78 3.67 1.68 0.11 0.76 0.39 0.90 1.06 1.41 0.98
C5 0.30 1.19 0.15 0.18 1.64 0.59 1.32 0.65 0.94 0.82 1.62 1.92 1.05 0.14 0.18 0.43 0.59 0.67 1.01 0.63
C5' 0.48 1.95 0.25 0.33 2.89 0.78 2.29 0.98 1.56 1.35 2.74 3.57 1.71 0.12 0.60 0.37 0.87 1.05 1.41 0.97
C6 0.39 1.51 0.19 0.26 2.10 0.69 1.70 0.77 1.21 1.05 2.05 2.47 1.31 0.12 0.38 0.45 0.72 0.78 1.16 0.75
N1 0.45 1.64 0.22 0.34 2.32 0.78 1.90 0.87 1.36 1.18 2.23 2.70 1.39 0.12 0.58 0.47 0.79 0.83 1.21 0.81
N3 0.30 1.08 0.17 0.23 1.45 0.67 1.22 0.68 0.91 0.79 1.40 1.63 0.90 0.13 0.29 0.49 0.53 0.62 0.87 0.54
O2 0.46 1.52 0.26 0.45 2.18 0.89 1.89 0.95 1.41 1.18 2.01 2.42 1.20 0.13 0.81 0.52 0.79 0.82 1.08 0.76
O2' 0.52 1.56 0.32 0.56 2.41 1.12 2.02 1.36 1.41 1.16 2.19 2.92 1.29 0.24 0.96 0.74 1.17 1.43 1.68 1.27
O3' 0.40 1.83 0.30 0.41 2.94 0.92 2.42 1.16 1.62 1.30 2.63 3.67 1.50 0.15 0.77 0.42 0.98 1.19 1.52 1.08
O4 0.21 0.49 0.15 0.14 0.73 0.44 0.61 0.45 0.43 0.34 0.69 0.86 0.38 0.17 0.27 0.45 0.35 0.47 0.72 0.39
O4' 0.69 2.14 0.38 0.31 3.08 0.66 2.50 0.80 1.79 1.57 2.93 3.68 1.85 0.19 0.60 0.46 0.88 0.82 1.38 0.90
O5' 0.94 2.26 0.70 0.38 3.09 0.62 2.54 0.76 1.90 1.71 2.97 3.68 2.04 0.57 0.32 0.67 0.97 0.86 1.56 0.99
OP1 0.97 2.18 0.83 0.61 3.05 0.79 2.53 0.90 1.87 1.67 2.89 3.69 1.96 0.75 0.58 0.77 1.05 0.97 1.65 1.08
OP2 0.71 1.86 0.57 0.26 2.60 0.49 2.16 0.64 1.59 1.40 2.48 3.12 1.66 0.49 0.13 0.49 0.88 0.83 1.60 0.96
P 0.89 2.13 0.68 0.40 2.94 0.63 2.43 0.76 1.81 1.62 2.82 3.53 1.93 0.57 0.32 0.66 0.97 0.88 1.59 1.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.20 0.01 0.11 0.32 0.11 0.06
C2 0.01 0.00 0.15 0.24 0.01 0.06 0.02 0.11 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.15 0.09 0.07 0.25 0.44 0.50 0.24
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.04 0.02 0.09 0.10 0.13 0.02 0.12 0.05 0.26 0.00 0.02 0.02 0.32 0.26 0.50 0.35
C3' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.34 0.01 0.33 0.02 0.27 0.20 0.30 0.37 0.19 0.02 0.01 0.03 0.20 0.10 0.45 0.21
C4 0.02 0.01 0.04 0.34 0.00 0.14 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.28 0.20 0.03 0.42 0.57 0.96 0.44
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.14 0.00 0.18 0.01 0.16 0.08 0.09 0.15 0.06 0.25 0.02 0.00 0.02 0.12 0.22 0.04
C5 0.02 0.02 0.09 0.33 0.01 0.18 0.00 0.24 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.31 0.25 0.06 0.45 0.59 1.01 0.47
C5' 0.04 0.11 0.10 0.02 0.21 0.01 0.24 0.00 0.20 0.11 0.16 0.24 0.10 0.15 0.14 0.02 0.01 0.05 0.19 0.01
C6 0.01 0.01 0.13 0.27 0.01 0.16 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.27 0.18 0.08 0.37 0.51 0.71 0.35
N1 0.01 0.01 0.02 0.20 0.01 0.08 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.17 0.04 0.01 0.25 0.42 0.42 0.21
N3 0.01 0.00 0.12 0.30 0.01 0.09 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.12 0.06 0.34 0.51 0.74 0.35
N4 0.02 0.02 0.05 0.37 0.01 0.15 0.02 0.24 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.30 0.25 0.04 0.46 0.61 1.13 0.51
O2 0.02 0.01 0.26 0.19 0.02 0.06 0.02 0.10 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.12 0.22 0.11 0.18 0.39 0.32 0.16
O2' 0.01 0.15 0.00 0.02 0.28 0.25 0.31 0.15 0.27 0.17 0.21 0.30 0.12 0.00 0.06 0.17 0.16 0.17 0.54 0.25
O3' 0.20 0.09 0.02 0.01 0.20 0.02 0.25 0.14 0.18 0.04 0.12 0.25 0.22 0.06 0.00 0.11 0.16 0.29 0.39 0.14
O4' 0.01 0.07 0.02 0.03 0.03 0.00 0.06 0.02 0.08 0.01 0.06 0.04 0.11 0.17 0.11 0.00 0.08 0.31 0.22 0.17
O5' 0.11 0.25 0.32 0.20 0.42 0.02 0.45 0.01 0.37 0.25 0.34 0.46 0.18 0.16 0.16 0.08 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.32 0.44 0.26 0.10 0.57 0.12 0.59 0.05 0.51 0.42 0.51 0.61 0.39 0.17 0.29 0.31 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.11 0.50 0.50 0.45 0.96 0.22 1.01 0.19 0.71 0.42 0.74 1.13 0.32 0.54 0.39 0.22 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.06 0.24 0.35 0.21 0.44 0.04 0.47 0.01 0.35 0.21 0.35 0.51 0.16 0.25 0.14 0.17 0.00 0.01 0.01 0.00